May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
sD_bC
Genes: A B A+B
Length: 615 344 889
Sequences: 1045 518 246
Seq/Len: 1.7 1.51 0.28
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.74
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.01 0.00
2 0.01 0.01 0.00
5 0.01 0.01 0.00
10 0.01 0.01 0.00
20 0.01 0.01 0.01
100 0.01 0.01 0.02
∞ 0.03 0.05 0.26
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
238_V 305_L 1.54 0.43 0.00
469_I 244_V 1.41 0.34 0.00
507_I 163_I 1.34 0.30 0.00
347_S 286_S 1.28 0.27 0.00
362_G 286_S 1.20 0.23 0.00
317_K 158_R 1.19 0.23 0.00
575_I 333_A 1.17 0.21 0.00
441_I 300_S 1.17 0.21 0.00
304_V 44_A 1.15 0.21 0.00
231_I 266_V 1.15 0.21 0.00
599_A 89_L 1.15 0.21 0.00
186_R 201_M 1.14 0.20 0.00
284_V 263_G 1.14 0.20 0.00
575_I 95_A 1.11 0.19 0.00
368_L 100_T 1.11 0.19 0.00
608_K 118_P 1.11 0.19 0.00
444_T 242_L 1.10 0.19 0.00
552_S 162_Q 1.10 0.19 0.00
532_L 65_Y 1.10 0.18 0.00
332_S 90_A 1.08 0.18 0.00
259_E 55_G 1.08 0.18 0.00
319_V 17_S 1.08 0.18 0.00
135_M 302_D 1.07 0.18 0.00
148_E 135_D 1.07 0.17 0.00
361_I 232_S 1.07 0.17 0.00
361_I 162_Q 1.07 0.17 0.00
482_A 43_E 1.06 0.17 0.00
238_V 330_Q 1.06 0.17 0.00
273_L 301_G 1.04 0.17 0.00
487_L 53_P 1.04 0.16 0.00
183_A 329_S 1.04 0.16 0.00
143_L 62_S 1.03 0.16 0.00
599_A 58_L 1.03 0.16 0.00
482_A 48_A 1.02 0.16 0.00
135_M 244_V 1.02 0.16 0.00
208_N 116_L 1.01 0.15 0.00
350_G 292_G 1.01 0.15 0.00
145_K 65_Y 1.01 0.15 0.00
178_I 115_T 1.01 0.15 0.00
214_M 311_D 1.01 0.15 0.00
546_Y 82_I 1.01 0.15 0.00
67_V 92_V 1.01 0.15 0.00
403_G 268_D 1.00 0.15 0.00
507_I 116_L 1.00 0.15 0.00
139_M 248_F 1.00 0.15 0.00
19_I 113_G 1.00 0.15 0.00
470_I 324_H 1.00 0.15 0.00
560_T 160_R 0.99 0.15 0.00
207_S 242_L 0.99 0.14 0.00
263_I 179_L 0.98 0.14 0.00
233_I 139_Q 0.98 0.14 0.00
456_A 176_V 0.98 0.14 0.00
441_I 116_L 0.98 0.14 0.00
29_F 154_D 0.98 0.14 0.00
600_I 228_M 0.97 0.14 0.00
329_S 28_D 0.97 0.14 0.00
546_Y 336_A 0.97 0.14 0.00
22_L 338_F 0.97 0.14 0.00
326_I 83_R 0.97 0.14 0.00
338_Q 266_V 0.97 0.14 0.00
584_I 342_F 0.96 0.14 0.00
328_D 232_S 0.96 0.14 0.00
596_G 117_W 0.96 0.14 0.00
491_V 331_N 0.96 0.14 0.00
600_I 70_T 0.96 0.14 0.00
332_S 316_L 0.96 0.14 0.00
33_P 160_R 0.96 0.14 0.00
575_I 211_K 0.95 0.14 0.00
558_I 189_A 0.95 0.14 0.00
154_L 270_T 0.95 0.14 0.00
328_D 316_L 0.95 0.13 0.00
344_S 122_S 0.95 0.13 0.00
604_L 67_I 0.95 0.13 0.00
456_A 235_D 0.95 0.13 0.00
143_L 338_F 0.94 0.13 0.00
593_A 238_G 0.94 0.13 0.00
184_K 137_A 0.94 0.13 0.00
546_Y 208_G 0.94 0.13 0.00
368_L 93_S 0.94 0.13 0.00
345_L 68_P 0.94 0.13 0.00
396_A 203_N 0.94 0.13 0.00
94_V 322_K 0.94 0.13 0.00
609_R 237_T 0.93 0.13 0.00
575_I 94_G 0.93 0.13 0.00
336_Y 305_L 0.93 0.13 0.00
147_Q 335_V 0.93 0.13 0.00
287_N 305_L 0.93 0.13 0.00
492_G 203_N 0.93 0.13 0.00
407_R 204_V 0.93 0.13 0.00
113_L 88_P 0.93 0.13 0.00
263_I 173_A 0.93 0.13 0.00
335_E 76_V 0.93 0.13 0.00
134_L 282_P 0.92 0.13 0.00
494_M 85_P 0.92 0.12 0.00
596_G 284_S 0.92 0.12 0.00
562_I 65_Y 0.92 0.12 0.00
5_Y 50_L 0.92 0.12 0.00
17_I 308_G 0.92 0.12 0.00
561_L 271_R 0.91 0.12 0.00
273_L 111_G 0.91 0.12 0.00
317_K 242_L 0.91 0.12 0.00
601_V 277_A 0.91 0.12 0.00
146_L 94_G 0.91 0.12 0.00
513_T 201_M 0.91 0.12 0.00
393_I 217_A 0.91 0.12 0.00
187_D 176_V 0.91 0.12 0.00
352_I 263_G 0.91 0.12 0.00
353_M 292_G 0.90 0.12 0.00
181_R 283_L 0.90 0.12 0.00
325_H 337_V 0.90 0.12 0.00
148_E 52_A 0.90 0.12 0.00
430_I 105_S 0.90 0.12 0.00
212_A 67_I 0.90 0.12 0.00
587_A 106_L 0.90 0.12 0.00
304_V 341_A 0.90 0.12 0.00
273_L 203_N 0.90 0.12 0.00
526_E 32_K 0.90 0.12 0.00
168_V 342_F 0.90 0.12 0.00
588_T 41_Y 0.89 0.12 0.00
477_L 239_L 0.89 0.12 0.00
608_K 295_D 0.89 0.12 0.00
214_M 131_I 0.89 0.12 0.00
436_V 128_N 0.89 0.12 0.00
492_G 59_P 0.89 0.12 0.00
65_K 250_V 0.89 0.12 0.00
569_A 51_H 0.89 0.12 0.00
14_I 125_Q 0.89 0.12 0.00
175_G 62_S 0.88 0.12 0.00
593_A 259_L 0.88 0.12 0.00
186_R 279_T 0.88 0.12 0.00
565_I 138_G 0.88 0.12 0.00
477_L 278_V 0.88 0.11 0.00
331_S 134_R 0.88 0.11 0.00
471_F 65_Y 0.88 0.11 0.00
582_T 129_Y 0.88 0.11 0.00
21_L 163_I 0.88 0.11 0.00
213_V 305_L 0.87 0.11 0.00
533_S 52_A 0.87 0.11 0.00
599_A 309_D 0.87 0.11 0.00
550_F 161_Y 0.87 0.11 0.00
30_G 264_M 0.86 0.11 0.00
234_L 99_F 0.86 0.11 0.00
513_T 52_A 0.86 0.11 0.00
214_M 21_L 0.86 0.11 0.00
232_N 130_T 0.86 0.11 0.00
368_L 132_T 0.86 0.11 0.00
215_S 318_F 0.86 0.11 0.00
57_L 289_Q 0.86 0.11 0.00
94_V 112_R 0.86 0.11 0.00
466_L 120_V 0.86 0.11 0.00
563_K 341_A 0.86 0.11 0.00
336_Y 207_A 0.86 0.11 0.00
80_S 116_L 0.86 0.11 0.00
324_D 289_Q 0.85 0.11 0.00
465_I 170_Y 0.85 0.11 0.00
154_L 218_N 0.85 0.11 0.00
122_K 85_P 0.85 0.11 0.00
397_N 221_Q 0.85 0.11 0.00
31_E 257_A 0.85 0.11 0.00
357_T 229_D 0.85 0.11 0.00
437_E 145_W 0.85 0.11 0.00
5_Y 276_M 0.85 0.11 0.00
178_I 96_R 0.85 0.11 0.00
17_I 62_S 0.85 0.11 0.00
320_I 305_L 0.85 0.11 0.00
332_S 131_I 0.85 0.11 0.00
179_T 242_L 0.85 0.11 0.00
12_M 196_R 0.85 0.11 0.00
342_N 232_S 0.85 0.11 0.00
250_R 85_P 0.85 0.10 0.00
180_F 257_A 0.85 0.10 0.00
212_A 263_G 0.85 0.10 0.00
596_G 51_H 0.84 0.10 0.00
484_I 305_L 0.84 0.10 0.00
321_L 65_Y 0.84 0.10 0.00
367_T 176_V 0.84 0.10 0.00
17_I 23_A 0.84 0.10 0.00
227_V 208_G 0.84 0.10 0.00
464_S 247_P 0.84 0.10 0.00
217_A 163_I 0.84 0.10 0.00
357_T 131_I 0.84 0.10 0.00
321_L 263_G 0.84 0.10 0.00
536_R 87_Q 0.84 0.10 0.00
568_Y 119_Q 0.84 0.10 0.00
13_L 189_A 0.84 0.10 0.00
228_Q 52_A 0.83 0.10 0.00
586_V 270_T 0.83 0.10 0.00
473_K 70_T 0.83 0.10 0.00
31_E 142_T 0.83 0.10 0.00
464_S 304_K 0.83 0.10 0.00
29_F 144_D 0.83 0.10 0.00
94_V 163_I 0.83 0.10 0.00
75_L 270_T 0.83 0.10 0.00
114_A 114_N 0.83 0.10 0.00
433_I 129_Y 0.83 0.10 0.00
24_A 64_D 0.83 0.10 0.00
169_R 66_A 0.83 0.10 0.00
342_N 49_E 0.83 0.10 0.00
546_Y 69_V 0.83 0.10 0.00
317_K 290_E 0.83 0.10 0.00
248_V 177_K 0.83 0.10 0.00
12_M 166_K 0.83 0.10 0.00
614_S 52_A 0.83 0.10 0.00
114_A 126_A 0.83 0.10 0.00
108_A 320_D 0.83 0.10 0.00
568_Y 116_L 0.83 0.10 0.00
283_L 83_R 0.83 0.10 0.00
304_V 132_T 0.83 0.10 0.00
135_M 292_G 0.83 0.10 0.00
419_Q 144_D 0.82 0.10 0.00
201_V 137_A 0.82 0.10 0.00
407_R 316_L 0.82 0.10 0.00
87_A 132_T 0.82 0.10 0.00
248_V 54_A 0.82 0.10 0.00
236_N 181_L 0.82 0.10 0.00
368_L 131_I 0.82 0.10 0.00
575_I 265_K 0.82 0.10 0.00
613_L 95_A 0.82 0.10 0.00
136_E 58_L 0.82 0.10 0.00
240_Q 142_T 0.82 0.10 0.00
25_L 317_Q 0.81 0.10 0.00
24_A 62_S 0.81 0.10 0.00
251_Q 207_A 0.81 0.10 0.00
596_G 212_S 0.81 0.10 0.00
109_T 251_V 0.81 0.10 0.00
315_L 95_A 0.81 0.10 0.00
20_G 275_N 0.81 0.10 0.00
532_L 79_A 0.81 0.10 0.00
319_V 286_S 0.81 0.10 0.00
336_Y 273_Q 0.81 0.10 0.00
246_P 53_P 0.81 0.10 0.00
596_G 134_R 0.81 0.10 0.00
248_V 146_V 0.81 0.10 0.00
216_D 255_L 0.81 0.10 0.00
554_F 177_K 0.81 0.10 0.00
457_C 131_I 0.81 0.10 0.00
180_F 292_G 0.81 0.10 0.00
594_I 148_W 0.81 0.10 0.00
244_A 212_S 0.80 0.10 0.00
216_D 87_Q 0.80 0.10 0.00
168_V 215_D 0.80 0.10 0.00
60_E 250_V 0.80 0.10 0.00
596_G 321_P 0.80 0.10 0.00
87_A 69_V 0.80 0.10 0.00
11_V 231_Q 0.80 0.10 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.3446 seconds.