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OPENSEQ.org
Katherine
Genes: A B A+B
Length: 400 384 693
Sequences: 783 1339 233
Seq/Len: 1.96 3.49 0.34
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.88
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.02 0.25 0.17
2 0.09 0.48 0.23
5 0.25 0.75 0.29
10 0.26 0.75 0.30
20 0.26 0.75 0.30
100 0.32 0.76 0.30
∞ 0.39 0.77 0.30
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
233_T 282_I 1.70 0.58 0.00
148_L 106_S 1.65 0.56 0.00
12_R 45_T 1.54 0.48 0.00
360_A 105_V 1.47 0.43 0.00
14_A 115_H 1.47 0.43 0.00
20_G 88_K 1.39 0.38 0.00
26_A 9_I 1.36 0.36 0.00
19_A 217_A 1.33 0.34 0.00
220_L 306_P 1.32 0.33 0.00
182_L 300_L 1.32 0.33 0.00
269_A 282_I 1.30 0.32 0.00
127_S 15_S 1.28 0.31 0.00
127_S 219_L 1.27 0.30 0.00
100_V 54_L 1.24 0.28 0.00
326_T 246_H 1.23 0.28 0.00
37_F 194_L 1.20 0.26 0.00
148_L 229_A 1.19 0.26 0.00
77_G 10_I 1.19 0.26 0.00
24_G 221_R 1.19 0.25 0.00
227_L 201_Q 1.17 0.25 0.00
171_L 63_D 1.17 0.24 0.00
245_L 229_A 1.17 0.24 0.00
74_S 44_V 1.16 0.24 0.00
105_N 53_T 1.16 0.24 0.00
317_S 151_F 1.16 0.24 0.00
194_P 11_L 1.16 0.24 0.00
120_T 139_A 1.16 0.24 0.00
35_A 58_S 1.15 0.24 0.00
148_L 273_G 1.15 0.24 0.00
28_L 239_V 1.14 0.23 0.00
108_F 144_F 1.13 0.23 0.00
332_P 329_L 1.13 0.23 0.00
206_A 236_A 1.13 0.23 0.00
115_F 54_L 1.12 0.22 0.00
207_A 129_R 1.12 0.22 0.00
35_A 145_P 1.12 0.22 0.00
46_S 15_S 1.12 0.22 0.00
349_P 37_H 1.12 0.22 0.00
231_N 201_Q 1.12 0.22 0.00
199_L 166_L 1.11 0.22 0.00
285_P 323_T 1.11 0.21 0.00
292_K 147_T 1.11 0.21 0.00
362_F 332_I 1.10 0.21 0.00
68_G 68_G 1.10 0.21 0.00
96_S 14_S 1.10 0.21 0.00
112_S 14_S 1.09 0.21 0.00
25_S 196_A 1.09 0.21 0.00
118_P 216_S 1.09 0.21 0.00
151_L 211_G 1.09 0.21 0.00
108_F 329_L 1.09 0.21 0.00
206_A 13_A 1.09 0.21 0.00
128_P 134_S 1.09 0.20 0.00
240_N 268_T 1.08 0.20 0.00
59_K 73_I 1.08 0.20 0.00
259_L 197_G 1.08 0.20 0.00
318_F 151_F 1.08 0.20 0.00
241_L 293_F 1.08 0.20 0.00
245_L 27_N 1.08 0.20 0.00
360_A 337_F 1.08 0.20 0.00
245_L 91_L 1.08 0.20 0.00
125_P 14_S 1.08 0.20 0.00
327_Y 201_Q 1.07 0.20 0.00
211_N 207_D 1.07 0.20 0.00
174_H 27_N 1.07 0.20 0.00
23_V 17_L 1.06 0.20 0.00
155_I 73_I 1.06 0.20 0.00
16_A 175_Q 1.06 0.19 0.00
172_R 26_L 1.06 0.19 0.00
358_Y 339_T 1.05 0.19 0.00
110_A 113_S 1.05 0.19 0.00
45_V 66_T 1.05 0.19 0.00
94_I 287_N 1.05 0.19 0.00
92_G 69_S 1.05 0.19 0.00
291_F 286_L 1.05 0.19 0.00
95_P 48_M 1.04 0.19 0.00
211_N 18_L 1.04 0.19 0.00
42_T 16_A 1.04 0.19 0.00
239_D 209_L 1.04 0.19 0.00
363_L 335_T 1.04 0.19 0.00
24_G 94_N 1.04 0.18 0.00
256_Y 20_G 1.04 0.18 0.00
70_V 112_G 1.04 0.18 0.00
28_L 220_A 1.03 0.18 0.00
149_I 105_V 1.03 0.18 0.00
153_H 175_Q 1.03 0.18 0.00
26_A 87_V 1.03 0.18 0.00
229_T 124_R 1.03 0.18 0.00
21_L 128_G 1.03 0.18 0.00
308_R 234_P 1.03 0.18 0.00
26_A 220_A 1.03 0.18 0.00
298_V 177_V 1.02 0.18 0.00
218_G 329_L 1.02 0.18 0.00
19_A 212_L 1.02 0.18 0.00
310_A 207_D 1.02 0.18 0.00
125_P 162_N 1.02 0.18 0.00
280_T 139_A 1.02 0.18 0.00
44_T 116_V 1.02 0.18 0.00
20_G 286_L 1.02 0.18 0.00
45_V 204_D 1.02 0.17 0.00
253_N 14_S 1.02 0.17 0.00
65_I 230_L 1.01 0.17 0.00
203_F 129_R 1.01 0.17 0.00
331_L 143_R 1.01 0.17 0.00
299_K 188_V 1.01 0.17 0.00
332_P 196_A 1.01 0.17 0.00
255_A 217_A 1.01 0.17 0.00
227_L 329_L 1.01 0.17 0.00
124_K 121_P 1.01 0.17 0.00
41_D 173_T 1.01 0.17 0.00
148_L 219_L 1.01 0.17 0.00
229_T 11_L 1.01 0.17 0.00
175_G 176_A 1.00 0.17 0.00
334_V 329_L 1.00 0.17 0.00
144_L 201_Q 1.00 0.17 0.00
141_V 35_A 1.00 0.17 0.00
26_A 335_T 1.00 0.17 0.00
265_N 99_A 1.00 0.17 0.00
50_A 239_V 1.00 0.17 0.00
202_D 158_V 1.00 0.17 0.00
113_V 212_L 1.00 0.17 0.00
244_T 209_L 0.99 0.17 0.00
240_N 173_T 0.99 0.17 0.00
159_E 282_I 0.99 0.17 0.00
319_V 230_L 0.99 0.17 0.00
180_A 313_A 0.99 0.17 0.00
252_S 188_V 0.99 0.16 0.00
341_N 327_L 0.99 0.16 0.00
65_I 197_G 0.98 0.16 0.00
21_L 26_L 0.98 0.16 0.00
113_V 209_L 0.98 0.16 0.00
194_P 76_V 0.98 0.16 0.00
191_Q 221_R 0.98 0.16 0.00
286_V 226_L 0.98 0.16 0.00
317_S 289_D 0.98 0.16 0.00
68_G 112_G 0.98 0.16 0.00
256_Y 256_R 0.98 0.16 0.00
87_D 102_V 0.98 0.16 0.00
32_S 290_R 0.98 0.16 0.00
226_N 226_L 0.98 0.16 0.00
191_Q 58_S 0.98 0.16 0.00
217_A 333_G 0.97 0.16 0.00
48_P 196_A 0.97 0.16 0.00
16_A 157_V 0.97 0.16 0.00
16_A 333_G 0.97 0.16 0.00
357_F 319_L 0.97 0.16 0.00
257_E 74_V 0.97 0.16 0.00
83_K 119_A 0.97 0.16 0.00
225_D 15_S 0.97 0.16 0.00
43_V 151_F 0.96 0.15 0.00
141_V 19_A 0.96 0.15 0.00
22_M 152_S 0.96 0.15 0.00
31_L 166_L 0.96 0.15 0.00
23_V 331_R 0.96 0.15 0.00
360_A 145_P 0.96 0.15 0.00
17_L 209_L 0.96 0.15 0.00
63_R 49_A 0.96 0.15 0.00
362_F 328_T 0.96 0.15 0.00
188_L 213_N 0.96 0.15 0.00
224_F 157_V 0.96 0.15 0.00
303_P 139_A 0.95 0.15 0.00
43_V 160_K 0.95 0.15 0.00
227_L 319_L 0.95 0.15 0.00
108_F 64_D 0.95 0.15 0.00
133_A 247_I 0.95 0.15 0.00
170_G 54_L 0.95 0.15 0.00
121_P 124_R 0.95 0.15 0.00
266_F 207_D 0.95 0.15 0.00
15_A 21_C 0.95 0.15 0.00
348_I 285_A 0.95 0.15 0.00
362_F 329_L 0.95 0.15 0.00
363_L 330_R 0.95 0.15 0.00
53_V 321_V 0.95 0.15 0.00
360_A 339_T 0.95 0.15 0.00
215_D 67_V 0.94 0.15 0.00
114_E 274_E 0.94 0.15 0.00
93_F 13_A 0.94 0.15 0.00
358_Y 64_D 0.94 0.15 0.00
86_I 119_A 0.94 0.15 0.00
365_T 334_E 0.94 0.15 0.00
119_K 13_A 0.94 0.15 0.00
312_L 321_V 0.94 0.15 0.00
19_A 49_A 0.94 0.15 0.00
33_Y 107_Q 0.94 0.15 0.00
338_G 310_I 0.94 0.15 0.00
197_P 73_I 0.94 0.15 0.00
20_G 217_A 0.94 0.15 0.00
366_D 329_L 0.94 0.14 0.00
130_A 240_L 0.93 0.14 0.00
178_L 208_A 0.93 0.14 0.00
205_K 287_N 0.93 0.14 0.00
363_L 328_T 0.93 0.14 0.00
245_L 163_V 0.93 0.14 0.00
64_G 68_G 0.93 0.14 0.00
339_G 335_T 0.93 0.14 0.00
111_K 33_G 0.93 0.14 0.00
357_F 331_R 0.93 0.14 0.00
280_T 229_A 0.93 0.14 0.00
169_E 134_S 0.93 0.14 0.00
121_P 63_D 0.93 0.14 0.00
210_A 198_L 0.93 0.14 0.00
359_R 343_D 0.93 0.14 0.00
147_S 64_D 0.93 0.14 0.00
223_V 181_Q 0.93 0.14 0.00
357_F 328_T 0.93 0.14 0.00
236_D 189_P 0.93 0.14 0.00
218_G 310_I 0.93 0.14 0.00
352_Q 105_V 0.92 0.14 0.00
19_A 95_V 0.92 0.14 0.00
226_N 184_F 0.92 0.14 0.00
300_E 321_V 0.92 0.14 0.00
171_L 321_V 0.92 0.14 0.00
22_M 76_V 0.92 0.14 0.00
286_V 344_P 0.92 0.14 0.00
26_A 106_S 0.92 0.14 0.00
102_I 113_S 0.92 0.14 0.00
366_D 334_E 0.92 0.14 0.00
50_A 327_L 0.92 0.14 0.00
74_S 46_V 0.92 0.14 0.00
294_I 310_I 0.92 0.14 0.00
106_T 113_S 0.92 0.14 0.00
141_V 49_A 0.92 0.14 0.00
256_Y 27_N 0.92 0.14 0.00
22_M 206_I 0.92 0.14 0.00
12_R 51_V 0.92 0.14 0.00
182_L 220_A 0.92 0.14 0.00
247_A 8_A 0.92 0.14 0.00
278_K 192_A 0.92 0.14 0.00
280_T 175_Q 0.92 0.14 0.00
50_A 325_F 0.92 0.14 0.00
114_E 114_L 0.91 0.14 0.00
56_K 26_L 0.91 0.14 0.00
244_T 91_L 0.91 0.14 0.00
250_G 125_P 0.91 0.14 0.00
245_L 51_V 0.91 0.14 0.00
113_V 284_K 0.91 0.14 0.00
35_A 219_L 0.91 0.14 0.00
365_T 328_T 0.91 0.14 0.00
59_K 27_N 0.91 0.14 0.00
116_I 264_V 0.91 0.14 0.00
45_V 102_V 0.91 0.14 0.00
44_T 20_G 0.91 0.14 0.00
45_V 47_E 0.91 0.14 0.00
287_F 82_S 0.91 0.14 0.00
366_D 64_D 0.91 0.14 0.00
333_I 199_N 0.91 0.14 0.00
56_K 13_A 0.91 0.14 0.00
113_V 272_F 0.91 0.14 0.00
266_F 150_V 0.91 0.14 0.00
39_S 84_Y 0.91 0.14 0.00
348_I 163_V 0.90 0.14 0.00
215_D 8_A 0.90 0.13 0.00
269_A 139_A 0.90 0.13 0.00
186_N 150_V 0.90 0.13 0.00
97_N 26_L 0.90 0.13 0.00
206_A 226_L 0.90 0.13 0.00
231_N 115_H 0.90 0.13 0.00
72_D 231_D 0.90 0.13 0.00
169_E 193_E 0.90 0.13 0.00
203_F 76_V 0.90 0.13 0.00
287_F 137_T 0.90 0.13 0.00
17_L 325_F 0.90 0.13 0.00
221_N 14_S 0.90 0.13 0.00
238_K 243_N 0.90 0.13 0.00
273_L 166_L 0.90 0.13 0.00
360_A 219_L 0.90 0.13 0.00
94_I 271_D 0.90 0.13 0.00
259_L 217_A 0.90 0.13 0.00
190_R 137_T 0.90 0.13 0.00
31_L 254_L 0.90 0.13 0.00
274_R 151_F 0.90 0.13 0.00
68_G 60_V 0.89 0.13 0.00
211_N 220_A 0.89 0.13 0.00
326_T 73_I 0.89 0.13 0.00
324_S 326_D 0.89 0.13 0.00
363_L 9_I 0.89 0.13 0.00
39_S 217_A 0.89 0.13 0.00
17_L 296_S 0.89 0.13 0.00
27_V 221_R 0.89 0.13 0.00
226_N 13_A 0.89 0.13 0.00
360_A 318_Y 0.89 0.13 0.00
44_T 225_N 0.89 0.13 0.00
209_V 248_V 0.89 0.13 0.00
30_Y 19_A 0.89 0.13 0.00
247_A 319_L 0.89 0.13 0.00
192_A 294_V 0.89 0.13 0.00
123_P 239_V 0.89 0.13 0.00
86_I 259_M 0.89 0.13 0.00
95_P 215_V 0.89 0.13 0.00
188_L 282_I 0.89 0.13 0.00
198_A 117_E 0.89 0.13 0.00
272_R 230_L 0.89 0.13 0.00
17_L 247_I 0.89 0.13 0.00
132_V 89_L 0.89 0.13 0.00
169_E 175_Q 0.89 0.13 0.00
102_I 85_A 0.89 0.13 0.00
319_V 21_C 0.89 0.13 0.00
13_V 269_K 0.89 0.13 0.00
113_V 44_V 0.89 0.13 0.00
57_G 12_T 0.89 0.13 0.00
259_L 15_S 0.88 0.13 0.00
314_T 87_V 0.88 0.13 0.00
248_T 15_S 0.88 0.13 0.00
77_G 123_D 0.88 0.13 0.00
255_A 266_A 0.88 0.13 0.00
95_P 103_A 0.88 0.13 0.00
39_S 224_D 0.88 0.13 0.00
103_A 314_V 0.88 0.13 0.00
244_T 69_S 0.88 0.13 0.00
259_L 254_L 0.88 0.13 0.00
21_L 5_W 0.88 0.13 0.00
364_V 64_D 0.88 0.13 0.00
207_A 209_L 0.88 0.13 0.00
311_G 335_T 0.88 0.13 0.00
346_P 26_L 0.88 0.13 0.00
74_S 216_S 0.88 0.13 0.00
32_S 262_S 0.88 0.13 0.00
327_Y 61_M 0.88 0.13 0.00
339_G 137_T 0.88 0.13 0.00
360_A 322_F 0.88 0.13 0.00
49_R 295_T 0.88 0.13 0.00
100_V 61_M 0.88 0.13 0.00
347_D 344_P 0.88 0.13 0.00
316_S 237_V 0.87 0.12 0.00
314_T 22_Q 0.87 0.12 0.00
45_V 213_N 0.87 0.12 0.00
139_L 71_A 0.87 0.12 0.00
350_T 197_G 0.87 0.12 0.00
152_L 26_L 0.87 0.12 0.00
39_S 101_A 0.87 0.12 0.00
338_G 291_K 0.87 0.12 0.00
259_L 237_V 0.87 0.12 0.00
286_V 249_D 0.87 0.12 0.00
255_A 221_R 0.87 0.12 0.00
95_P 54_L 0.87 0.12 0.00
67_V 275_D 0.87 0.12 0.00
164_L 186_N 0.87 0.12 0.00
81_R 303_F 0.87 0.12 0.00
250_G 325_F 0.87 0.12 0.00
360_A 214_R 0.87 0.12 0.00
312_L 324_T 0.87 0.12 0.00
168_S 175_Q 0.87 0.12 0.00
225_D 16_A 0.87 0.12 0.00
86_I 11_L 0.87 0.12 0.00
363_L 331_R 0.87 0.12 0.00
13_V 334_E 0.86 0.12 0.00
261_P 299_L 0.86 0.12 0.00
337_S 328_T 0.86 0.12 0.00
113_V 100_N 0.86 0.12 0.00
255_A 184_F 0.86 0.12 0.00
94_I 183_Q 0.86 0.12 0.00
128_P 139_A 0.86 0.12 0.00
363_L 334_E 0.86 0.12 0.00
357_F 285_A 0.86 0.12 0.00
206_A 221_R 0.86 0.12 0.00
176_D 39_E 0.86 0.12 0.00
280_T 313_A 0.86 0.12 0.00
19_A 157_V 0.86 0.12 0.00
24_G 308_F 0.86 0.12 0.00
235_V 335_T 0.86 0.12 0.00
192_A 208_A 0.86 0.12 0.00
365_T 330_R 0.86 0.12 0.00
328_P 202_V 0.86 0.12 0.00
56_K 116_V 0.86 0.12 0.00
20_G 118_L 0.86 0.12 0.00
333_I 190_R 0.86 0.12 0.00
59_K 146_T 0.86 0.12 0.00
303_P 196_A 0.86 0.12 0.00
237_Q 129_R 0.86 0.12 0.00
200_Q 13_A 0.85 0.12 0.00
165_S 18_L 0.85 0.12 0.00
211_N 210_D 0.85 0.12 0.00
147_S 171_D 0.85 0.12 0.00
331_L 64_D 0.85 0.12 0.00
328_P 167_E 0.85 0.12 0.00
366_D 339_T 0.85 0.12 0.00
143_T 115_H 0.85 0.12 0.00
136_Q 214_R 0.85 0.12 0.00
33_Y 243_N 0.85 0.12 0.00
97_N 94_N 0.85 0.12 0.00
168_S 272_F 0.85 0.12 0.00
98_A 123_D 0.85 0.12 0.00
271_N 258_T 0.85 0.12 0.00
357_F 81_G 0.85 0.12 0.00
328_P 61_M 0.85 0.12 0.00
96_S 183_Q 0.85 0.12 0.00
128_P 126_P 0.85 0.12 0.00
365_T 64_D 0.85 0.12 0.00
49_R 191_L 0.85 0.12 0.00
303_P 15_S 0.85 0.12 0.00
365_T 331_R 0.85 0.12 0.00
258_T 107_Q 0.85 0.12 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
WARNING: The input alignment may be corrupted!
  • For sequence B, there is a high ratio (0.75 > 0.4) of paralogs.
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
11245 0.6 Mce4A-Mce4E-1,10 Δgene:(1, 10) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
11236 0.68 Mce4A-Mce4E-1,10 Δgene:(1, 10) A:(1E-40, 8) B:(1E-40, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.76 Done - Shared
11234 0.19 Mce4A-Mce4E-1,1 Δgene:(1, 1) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
11226 0.34 Katherine Δgene:(1, 20) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
11217 0.6 Mce4A-Mce4E Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
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