May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
Mce4A-Mce4D
Genes: A B A+B
Length: 400 451 731
Sequences: 615 307 293
Seq/Len: 1.54 0.68 0.4
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.81
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.03 0.00 0.02
2 0.07 0.00 0.04
5 0.13 0.00 0.34
10 0.13 0.00 0.34
20 0.14 0.00 0.34
100 0.19 0.02 0.35
∞ 0.28 0.20 0.35
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
227_L 44_G 1.72 0.65 0.00
322_A 309_D 1.58 0.55 0.00
322_A 312_Q 1.57 0.55 0.00
314_T 320_S 1.47 0.48 0.00
251_L 258_I 1.46 0.47 0.00
150_D 251_L 1.43 0.45 0.00
155_I 70_M 1.41 0.43 0.00
73_I 141_V 1.40 0.42 0.00
87_D 147_R 1.39 0.41 0.00
169_E 43_V 1.37 0.40 0.00
220_L 387_I 1.36 0.40 0.00
239_D 130_D 1.36 0.40 0.00
221_N 44_G 1.36 0.39 0.00
312_L 301_I 1.34 0.38 0.00
41_D 79_K 1.32 0.37 0.00
69_K 351_A 1.32 0.37 0.00
314_T 97_V 1.32 0.37 0.00
314_T 130_D 1.31 0.36 0.00
241_L 109_I 1.30 0.36 0.00
151_L 47_T 1.30 0.35 0.00
86_I 202_I 1.27 0.34 0.00
96_S 321_I 1.26 0.33 0.00
96_S 290_I 1.26 0.33 0.00
149_I 369_Y 1.26 0.33 0.00
115_F 339_A 1.26 0.33 0.00
317_S 314_T 1.26 0.33 0.00
44_T 71_I 1.24 0.31 0.00
243_D 296_V 1.23 0.31 0.00
321_G 375_H 1.20 0.29 0.00
234_I 119_A 1.20 0.29 0.00
86_I 109_I 1.20 0.29 0.00
317_S 43_V 1.18 0.28 0.00
220_L 280_A 1.18 0.28 0.00
112_S 102_N 1.18 0.28 0.00
192_A 331_I 1.17 0.28 0.00
82_L 150_A 1.17 0.28 0.00
234_I 79_K 1.17 0.27 0.00
334_V 299_P 1.17 0.27 0.00
304_L 281_Q 1.17 0.27 0.00
57_G 280_A 1.16 0.27 0.00
316_S 223_I 1.16 0.27 0.00
243_D 256_S 1.15 0.27 0.00
67_V 80_I 1.15 0.26 0.00
240_N 147_R 1.15 0.26 0.00
53_V 138_W 1.15 0.26 0.00
104_G 170_A 1.14 0.26 0.00
21_L 262_L 1.14 0.26 0.00
153_H 262_L 1.14 0.26 0.00
330_S 335_S 1.14 0.25 0.00
185_L 106_A 1.13 0.25 0.00
252_S 60_V 1.13 0.25 0.00
132_V 75_S 1.13 0.25 0.00
94_I 130_D 1.13 0.25 0.00
169_E 380_I 1.13 0.25 0.00
50_A 49_A 1.12 0.25 0.00
291_F 98_I 1.12 0.24 0.00
234_I 228_G 1.11 0.24 0.00
209_V 210_Q 1.11 0.24 0.00
74_S 235_Q 1.10 0.23 0.00
161_N 307_I 1.10 0.23 0.00
89_G 73_P 1.10 0.23 0.00
227_L 164_G 1.10 0.23 0.00
50_A 315_L 1.09 0.23 0.00
234_I 163_L 1.09 0.23 0.00
278_K 167_I 1.09 0.23 0.00
236_D 97_V 1.09 0.23 0.00
167_L 284_S 1.08 0.23 0.00
92_G 70_M 1.07 0.22 0.00
235_V 59_R 1.07 0.22 0.00
19_A 151_D 1.07 0.22 0.00
89_G 114_V 1.07 0.22 0.00
221_N 300_G 1.07 0.22 0.00
107_I 320_S 1.07 0.22 0.00
291_F 322_P 1.06 0.22 0.00
144_L 71_I 1.06 0.22 0.00
239_D 94_V 1.06 0.21 0.00
234_I 315_L 1.06 0.21 0.00
23_V 140_E 1.06 0.21 0.00
102_I 254_A 1.06 0.21 0.00
237_Q 94_V 1.05 0.21 0.00
199_L 234_S 1.05 0.21 0.00
321_G 138_W 1.05 0.21 0.00
82_L 230_V 1.05 0.21 0.00
53_V 71_I 1.05 0.21 0.00
146_Q 167_I 1.05 0.21 0.00
240_N 127_I 1.05 0.21 0.00
20_G 129_L 1.05 0.21 0.00
167_L 72_E 1.04 0.21 0.00
192_A 108_F 1.04 0.21 0.00
22_M 320_S 1.04 0.21 0.00
15_A 290_I 1.04 0.21 0.00
277_L 255_L 1.04 0.20 0.00
214_A 362_L 1.04 0.20 0.00
101_R 314_T 1.04 0.20 0.00
29_T 185_L 1.03 0.20 0.00
190_R 68_I 1.03 0.20 0.00
105_N 370_P 1.03 0.20 0.00
335_N 78_V 1.03 0.20 0.00
58_A 256_S 1.03 0.20 0.00
181_L 60_V 1.03 0.20 0.00
169_E 285_D 1.03 0.20 0.00
195_K 68_I 1.03 0.20 0.00
155_I 234_S 1.03 0.20 0.00
199_L 196_G 1.02 0.20 0.00
89_G 41_T 1.02 0.20 0.00
102_I 23_V 1.02 0.20 0.00
264_Q 64_P 1.02 0.20 0.00
43_V 170_A 1.01 0.19 0.00
139_L 373_M 1.01 0.19 0.00
181_L 314_T 1.01 0.19 0.00
74_S 299_P 1.01 0.19 0.00
15_A 312_Q 1.01 0.19 0.00
73_I 331_I 1.01 0.19 0.00
26_A 302_T 1.01 0.19 0.00
115_F 266_N 1.01 0.19 0.00
52_L 310_P 1.00 0.19 0.00
138_Q 184_A 1.00 0.19 0.00
191_Q 77_D 1.00 0.19 0.00
23_V 204_G 1.00 0.19 0.00
267_I 112_T 1.00 0.19 0.00
29_T 101_P 0.99 0.18 0.00
150_D 238_A 0.99 0.18 0.00
48_P 86_K 0.99 0.18 0.00
345_L 134_V 0.99 0.18 0.00
168_S 51_G 0.99 0.18 0.00
222_T 239_D 0.99 0.18 0.00
84_L 283_L 0.99 0.18 0.00
20_G 365_L 0.99 0.18 0.00
54_M 304_F 0.99 0.18 0.00
253_N 185_L 0.98 0.18 0.00
155_I 271_E 0.98 0.18 0.00
186_N 330_F 0.98 0.18 0.00
316_S 376_P 0.98 0.18 0.00
33_Y 269_L 0.98 0.18 0.00
322_A 105_A 0.98 0.18 0.00
73_I 130_D 0.98 0.18 0.00
94_I 80_I 0.98 0.18 0.00
43_V 199_R 0.98 0.18 0.00
262_A 106_A 0.97 0.18 0.00
238_K 369_Y 0.97 0.18 0.00
94_I 125_G 0.97 0.17 0.00
212_V 42_I 0.97 0.17 0.00
192_A 293_V 0.97 0.17 0.00
23_V 67_E 0.97 0.17 0.00
234_I 63_V 0.97 0.17 0.00
115_F 75_S 0.97 0.17 0.00
38_T 242_A 0.97 0.17 0.00
340_P 195_L 0.97 0.17 0.00
309_K 234_S 0.97 0.17 0.00
80_A 284_S 0.97 0.17 0.00
84_L 171_A 0.97 0.17 0.00
240_N 326_N 0.97 0.17 0.00
245_L 353_I 0.96 0.17 0.00
148_L 376_P 0.96 0.17 0.00
83_K 285_D 0.96 0.17 0.00
234_I 165_A 0.96 0.17 0.00
182_L 331_I 0.96 0.17 0.00
254_N 265_N 0.96 0.17 0.00
225_D 101_P 0.96 0.17 0.00
148_L 166_A 0.96 0.17 0.00
155_I 148_L 0.96 0.17 0.00
80_A 49_A 0.96 0.17 0.00
241_L 122_P 0.96 0.17 0.00
32_S 68_I 0.96 0.17 0.00
85_A 258_I 0.95 0.17 0.00
112_S 147_R 0.95 0.17 0.00
29_T 70_M 0.95 0.17 0.00
104_G 185_L 0.95 0.17 0.00
176_D 331_I 0.95 0.17 0.00
20_G 43_V 0.95 0.17 0.00
23_V 122_P 0.95 0.17 0.00
161_N 134_V 0.95 0.17 0.00
314_T 307_I 0.95 0.17 0.00
120_T 335_S 0.94 0.16 0.00
291_F 163_L 0.94 0.16 0.00
100_V 373_M 0.94 0.16 0.00
20_G 273_V 0.94 0.16 0.00
247_A 162_P 0.94 0.16 0.00
178_L 105_A 0.94 0.16 0.00
115_F 125_G 0.94 0.16 0.00
166_A 294_L 0.94 0.16 0.00
209_V 114_V 0.94 0.16 0.00
132_V 185_L 0.94 0.16 0.00
206_A 307_I 0.94 0.16 0.00
87_D 374_F 0.94 0.16 0.00
204_R 146_T 0.94 0.16 0.00
235_V 85_S 0.94 0.16 0.00
151_L 204_G 0.94 0.16 0.00
234_I 267_S 0.94 0.16 0.00
234_I 260_G 0.94 0.16 0.00
199_L 249_G 0.94 0.16 0.00
287_F 359_G 0.93 0.16 0.00
168_S 45_Y 0.93 0.16 0.00
165_S 262_L 0.93 0.16 0.00
269_A 237_L 0.93 0.16 0.00
239_D 70_M 0.93 0.16 0.00
123_P 387_I 0.93 0.16 0.00
314_T 297_A 0.93 0.16 0.00
248_T 238_A 0.93 0.16 0.00
299_K 372_I 0.93 0.16 0.00
274_R 97_V 0.93 0.16 0.00
225_D 114_V 0.93 0.16 0.00
15_A 64_P 0.93 0.16 0.00
232_K 264_E 0.93 0.16 0.00
235_V 86_K 0.93 0.16 0.00
239_D 120_V 0.93 0.16 0.00
120_T 262_L 0.92 0.16 0.00
291_F 309_D 0.92 0.16 0.00
182_L 184_A 0.92 0.15 0.00
75_Y 273_V 0.92 0.15 0.00
129_N 145_L 0.92 0.15 0.00
142_N 295_H 0.92 0.15 0.00
17_L 300_G 0.92 0.15 0.00
228_P 104_V 0.92 0.15 0.00
80_A 124_N 0.92 0.15 0.00
50_A 273_V 0.92 0.15 0.00
38_T 225_Q 0.92 0.15 0.00
86_I 130_D 0.92 0.15 0.00
338_G 310_P 0.92 0.15 0.00
130_A 202_I 0.92 0.15 0.00
20_G 201_D 0.92 0.15 0.00
154_K 251_L 0.92 0.15 0.00
9_T 362_L 0.91 0.15 0.00
91_M 274_N 0.91 0.15 0.00
100_V 356_E 0.91 0.15 0.00
38_T 114_V 0.91 0.15 0.00
28_L 234_S 0.91 0.15 0.00
204_R 130_D 0.91 0.15 0.00
299_K 94_V 0.91 0.15 0.00
198_A 168_N 0.91 0.15 0.00
155_I 225_Q 0.91 0.15 0.00
218_G 375_H 0.91 0.15 0.00
314_T 351_A 0.91 0.15 0.00
9_T 211_V 0.91 0.15 0.00
142_N 68_I 0.91 0.15 0.00
99_T 167_I 0.91 0.15 0.00
248_T 125_G 0.91 0.15 0.00
29_T 198_S 0.91 0.15 0.00
218_G 54_P 0.91 0.15 0.00
54_M 85_S 0.91 0.15 0.00
107_I 316_N 0.90 0.15 0.00
7_R 225_Q 0.90 0.15 0.00
182_L 210_Q 0.90 0.15 0.00
346_P 134_V 0.90 0.15 0.00
234_I 77_D 0.90 0.15 0.00
329_E 252_N 0.90 0.15 0.00
258_T 49_A 0.90 0.15 0.00
44_T 215_A 0.90 0.15 0.00
259_L 314_T 0.90 0.15 0.00
85_A 235_Q 0.90 0.14 0.00
238_K 263_R 0.90 0.14 0.00
155_I 272_T 0.90 0.14 0.00
126_L 304_F 0.90 0.14 0.00
110_A 141_V 0.89 0.14 0.00
132_V 78_V 0.89 0.14 0.00
192_A 190_Q 0.89 0.14 0.00
23_V 253_Q 0.89 0.14 0.00
334_V 47_T 0.89 0.14 0.00
34_T 205_T 0.89 0.14 0.00
73_I 121_L 0.89 0.14 0.00
228_P 313_G 0.89 0.14 0.00
193_N 269_L 0.89 0.14 0.00
200_Q 277_N 0.89 0.14 0.00
130_A 319_L 0.89 0.14 0.00
20_G 218_E 0.89 0.14 0.00
12_R 80_I 0.89 0.14 0.00
252_S 53_Y 0.89 0.14 0.00
252_S 372_I 0.89 0.14 0.00
33_Y 141_V 0.89 0.14 0.00
98_A 167_I 0.89 0.14 0.00
210_A 39_K 0.89 0.14 0.00
54_M 264_E 0.89 0.14 0.00
105_N 105_A 0.89 0.14 0.00
262_A 162_P 0.88 0.14 0.00
206_A 369_Y 0.88 0.14 0.00
86_I 129_L 0.88 0.14 0.00
34_T 57_Q 0.88 0.14 0.00
72_D 70_M 0.88 0.14 0.00
337_S 119_A 0.88 0.14 0.00
181_L 98_I 0.88 0.14 0.00
209_V 195_L 0.88 0.14 0.00
171_L 83_S 0.88 0.14 0.00
135_S 53_Y 0.88 0.14 0.00
50_A 256_S 0.88 0.14 0.00
96_S 179_D 0.88 0.14 0.00
221_N 74_R 0.88 0.14 0.00
249_I 138_W 0.88 0.14 0.00
178_L 385_G 0.88 0.14 0.00
248_T 80_I 0.88 0.14 0.00
170_G 180_S 0.88 0.14 0.00
153_H 141_V 0.88 0.14 0.00
295_A 69_D 0.88 0.14 0.00
58_A 322_P 0.88 0.14 0.00
49_R 295_H 0.88 0.14 0.00
185_L 314_T 0.88 0.14 0.00
313_F 185_L 0.88 0.14 0.00
47_S 370_P 0.88 0.14 0.00
145_F 134_V 0.87 0.14 0.00
316_S 248_L 0.87 0.14 0.00
273_L 307_I 0.87 0.14 0.00
80_A 252_N 0.87 0.14 0.00
127_S 145_L 0.87 0.14 0.00
249_I 37_G 0.87 0.14 0.00
25_S 143_E 0.87 0.14 0.00
148_L 57_Q 0.87 0.14 0.00
182_L 370_P 0.87 0.14 0.00
297_G 121_L 0.87 0.14 0.00
180_A 280_A 0.87 0.14 0.00
293_G 189_A 0.87 0.14 0.00
226_N 95_Q 0.87 0.14 0.00
54_M 335_S 0.87 0.14 0.00
240_N 331_I 0.87 0.14 0.00
155_I 194_R 0.87 0.14 0.00
148_L 151_D 0.86 0.13 0.00
45_V 124_N 0.86 0.13 0.00
192_A 327_P 0.86 0.13 0.00
203_F 108_F 0.86 0.13 0.00
36_A 329_Q 0.86 0.13 0.00
298_V 267_S 0.86 0.13 0.00
93_F 212_L 0.86 0.13 0.00
277_L 384_K 0.86 0.13 0.00
93_F 335_S 0.86 0.13 0.00
58_A 280_A 0.86 0.13 0.00
251_L 97_V 0.86 0.13 0.00
170_G 192_A 0.86 0.13 0.00
72_D 143_E 0.86 0.13 0.00
274_R 67_E 0.86 0.13 0.00
124_K 293_V 0.86 0.13 0.00
96_S 136_V 0.86 0.13 0.00
192_A 166_A 0.86 0.13 0.00
185_L 376_P 0.86 0.13 0.00
107_I 313_G 0.86 0.13 0.00
313_F 144_G 0.86 0.13 0.00
191_Q 64_P 0.86 0.13 0.00
171_L 53_Y 0.85 0.13 0.00
66_Q 284_S 0.85 0.13 0.00
112_S 243_N 0.85 0.13 0.00
104_G 89_K 0.85 0.13 0.00
24_G 70_M 0.85 0.13 0.00
261_P 74_R 0.85 0.13 0.00
63_R 51_G 0.85 0.13 0.00
46_S 163_L 0.85 0.13 0.00
35_A 213_V 0.85 0.13 0.00
264_Q 109_I 0.85 0.13 0.00
261_P 202_I 0.85 0.13 0.00
87_D 260_G 0.85 0.13 0.00
100_V 273_V 0.85 0.13 0.00
163_T 162_P 0.85 0.13 0.00
152_L 60_V 0.85 0.13 0.00
285_P 51_G 0.85 0.13 0.00
135_S 256_S 0.85 0.13 0.00
37_F 318_L 0.85 0.13 0.00
76_S 128_D 0.85 0.13 0.00
328_P 295_H 0.85 0.13 0.00
172_R 112_T 0.85 0.13 0.00
176_D 251_L 0.85 0.13 0.00
215_D 193_G 0.84 0.13 0.00
238_K 285_D 0.84 0.13 0.00
314_T 233_V 0.84 0.13 0.00
47_S 291_E 0.84 0.13 0.00
40_T 123_D 0.84 0.13 0.00
50_A 106_A 0.84 0.13 0.00
171_L 195_L 0.84 0.13 0.00
16_A 185_L 0.84 0.13 0.00
309_K 101_P 0.84 0.13 0.00
138_Q 198_S 0.84 0.13 0.00
152_L 300_G 0.84 0.13 0.00
155_I 204_G 0.84 0.13 0.00
44_T 81_T 0.84 0.13 0.00
335_N 199_R 0.84 0.13 0.00
333_I 293_V 0.84 0.13 0.00
314_T 141_V 0.84 0.13 0.00
25_S 318_L 0.84 0.13 0.00
126_L 60_V 0.84 0.13 0.00
151_L 202_I 0.84 0.12 0.00
71_T 370_P 0.84 0.12 0.00
104_G 210_Q 0.84 0.12 0.00
322_A 316_N 0.84 0.12 0.00
206_A 80_I 0.83 0.12 0.00
214_A 130_D 0.83 0.12 0.00
270_I 283_L 0.83 0.12 0.00
284_S 281_Q 0.83 0.12 0.00
252_S 170_A 0.83 0.12 0.00
154_K 374_F 0.83 0.12 0.00
209_V 226_F 0.83 0.12 0.00
102_I 134_V 0.83 0.12 0.00
246_L 257_D 0.83 0.12 0.00
274_R 200_G 0.83 0.12 0.00
234_I 372_I 0.83 0.12 0.00
224_F 185_L 0.83 0.12 0.00
249_I 358_L 0.83 0.12 0.00
116_I 57_Q 0.83 0.12 0.00
223_V 234_S 0.83 0.12 0.00
154_K 149_A 0.83 0.12 0.00
38_T 308_Y 0.83 0.12 0.00
188_L 383_Y 0.83 0.12 0.00
211_N 92_V 0.83 0.12 0.00
209_V 362_L 0.83 0.12 0.00
24_G 130_D 0.83 0.12 0.00
128_P 369_Y 0.83 0.12 0.00
37_F 204_G 0.83 0.12 0.00
316_S 282_T 0.83 0.12 0.00
88_S 69_D 0.83 0.12 0.00
319_V 316_N 0.82 0.12 0.00
43_V 321_I 0.82 0.12 0.00
76_S 78_V 0.82 0.12 0.00
328_P 213_V 0.82 0.12 0.00
234_I 95_Q 0.82 0.12 0.00
163_T 153_S 0.82 0.12 0.00
222_T 202_I 0.82 0.12 0.00
162_A 35_S 0.82 0.12 0.00
32_S 52_L 0.82 0.12 0.00
268_D 194_R 0.82 0.12 0.00
288_G 267_S 0.82 0.12 0.00
19_A 93_D 0.82 0.12 0.00
26_A 301_I 0.82 0.12 0.00
80_A 224_V 0.82 0.12 0.00
156_D 382_A 0.82 0.12 0.00
312_L 321_I 0.82 0.12 0.00
267_I 299_P 0.82 0.12 0.00
91_M 275_Q 0.82 0.12 0.00
200_Q 181_L 0.82 0.12 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
11225 0.35 Katherine Δgene:(1, 20) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
11216 0.4 Mce4A-Mce4D Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
Page generated in 0.8802 seconds.