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OPENSEQ.org
Mce4A-Mce4C
Genes: A B A+B
Length: 400 357 660
Sequences: 615 2944 68
Seq/Len: 1.54 8.25 0.1
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.88
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.03 0.64 0.09
2 0.07 0.65 0.09
5 0.13 0.66 0.09
10 0.13 0.66 0.09
20 0.14 0.66 0.09
100 0.19 0.66 0.09
∞ 0.28 0.67 0.09
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
180_A 231_L 1.52 0.21 0.00
349_P 23_V 1.52 0.21 0.00
39_S 86_T 1.50 0.20 0.00
18_L 283_Y 1.48 0.20 0.00
180_A 175_V 1.41 0.18 0.00
152_L 160_A 1.41 0.17 0.00
113_V 205_S 1.40 0.17 0.00
136_Q 199_L 1.40 0.17 0.00
89_G 75_A 1.37 0.17 0.00
167_L 231_L 1.37 0.17 0.00
26_A 184_S 1.35 0.16 0.00
293_G 76_V 1.35 0.16 0.00
324_S 72_A 1.34 0.16 0.00
25_S 294_Y 1.33 0.15 0.00
127_S 95_V 1.30 0.14 0.00
236_D 221_V 1.29 0.14 0.00
122_S 315_V 1.27 0.14 0.00
168_S 46_T 1.26 0.14 0.00
126_L 320_L 1.26 0.14 0.00
35_A 64_Y 1.26 0.14 0.00
269_A 98_Q 1.26 0.14 0.00
83_K 215_E 1.24 0.13 0.00
164_L 23_V 1.24 0.13 0.00
221_N 50_Y 1.22 0.13 0.00
135_S 210_L 1.22 0.13 0.00
63_R 133_T 1.21 0.12 0.00
60_V 127_I 1.21 0.12 0.00
206_A 295_A 1.21 0.12 0.00
237_Q 213_R 1.21 0.12 0.00
320_L 175_V 1.20 0.12 0.00
292_K 95_V 1.20 0.12 0.00
209_V 72_A 1.20 0.12 0.00
259_L 153_N 1.19 0.12 0.00
140_E 37_G 1.19 0.12 0.00
80_A 104_R 1.19 0.12 0.00
144_L 199_L 1.18 0.12 0.00
25_S 180_D 1.18 0.12 0.00
29_T 76_V 1.18 0.12 0.00
259_L 151_D 1.17 0.12 0.00
320_L 79_A 1.17 0.12 0.00
146_Q 138_L 1.17 0.12 0.00
120_T 109_L 1.17 0.12 0.00
228_P 54_A 1.16 0.12 0.00
203_F 274_L 1.16 0.11 0.00
19_A 312_V 1.16 0.11 0.00
37_F 205_S 1.16 0.11 0.00
313_F 21_G 1.15 0.11 0.00
193_N 95_V 1.15 0.11 0.00
146_Q 35_Y 1.15 0.11 0.00
280_T 76_V 1.15 0.11 0.00
84_L 89_V 1.15 0.11 0.00
23_V 310_V 1.15 0.11 0.00
286_V 55_G 1.14 0.11 0.00
314_T 267_L 1.14 0.11 0.00
190_R 220_L 1.14 0.11 0.00
280_T 22_L 1.14 0.11 0.00
23_V 164_F 1.14 0.11 0.00
314_T 163_V 1.14 0.11 0.00
280_T 310_V 1.14 0.11 0.00
24_G 103_I 1.13 0.11 0.00
146_Q 157_F 1.13 0.11 0.00
87_D 225_N 1.12 0.11 0.00
65_I 263_F 1.12 0.11 0.00
233_T 20_F 1.12 0.11 0.00
61_K 141_V 1.12 0.11 0.00
109_G 191_R 1.12 0.11 0.00
320_L 278_N 1.12 0.11 0.00
314_T 157_F 1.11 0.10 0.00
292_K 79_A 1.11 0.10 0.00
148_L 72_A 1.11 0.10 0.00
326_T 309_N 1.10 0.10 0.00
116_I 223_D 1.10 0.10 0.00
255_A 140_G 1.10 0.10 0.00
320_L 133_T 1.10 0.10 0.00
97_N 299_G 1.10 0.10 0.00
235_V 231_L 1.10 0.10 0.00
126_L 186_S 1.09 0.10 0.00
305_I 264_G 1.09 0.10 0.00
267_I 251_Q 1.09 0.10 0.00
25_S 287_A 1.08 0.10 0.00
167_L 277_L 1.08 0.10 0.00
172_R 222_E 1.08 0.10 0.00
81_R 263_F 1.08 0.10 0.00
216_A 175_V 1.08 0.10 0.00
24_G 21_G 1.08 0.10 0.00
155_I 291_L 1.07 0.10 0.00
203_F 162_N 1.07 0.10 0.00
53_V 136_Y 1.07 0.10 0.00
88_S 169_H 1.07 0.10 0.00
54_M 241_L 1.07 0.10 0.00
52_L 295_A 1.07 0.10 0.00
247_A 138_L 1.07 0.10 0.00
113_V 43_Q 1.06 0.10 0.00
68_G 60_G 1.05 0.09 0.00
68_G 67_G 1.05 0.09 0.00
68_G 71_G 1.05 0.09 0.00
68_G 110_G 1.05 0.09 0.00
56_K 114_I 1.05 0.09 0.00
238_K 160_A 1.05 0.09 0.00
238_K 217_V 1.05 0.09 0.00
42_T 103_I 1.05 0.09 0.00
322_A 109_L 1.04 0.09 0.00
318_F 97_D 1.04 0.09 0.00
85_A 77_S 1.04 0.09 0.00
106_T 135_P 1.04 0.09 0.00
248_T 299_G 1.04 0.09 0.00
298_V 322_A 1.04 0.09 0.00
314_T 21_G 1.04 0.09 0.00
304_L 114_I 1.04 0.09 0.00
59_K 148_N 1.04 0.09 0.00
243_D 246_D 1.04 0.09 0.00
26_A 298_L 1.04 0.09 0.00
39_S 308_F 1.04 0.09 0.00
167_L 186_S 1.04 0.09 0.00
62_Y 61_N 1.03 0.09 0.00
86_I 221_V 1.03 0.09 0.00
164_L 252_I 1.03 0.09 0.00
333_I 216_Q 1.03 0.09 0.00
252_S 153_N 1.03 0.09 0.00
115_F 144_D 1.03 0.09 0.00
317_S 23_V 1.03 0.09 0.00
247_A 89_V 1.03 0.09 0.00
151_L 304_S 1.03 0.09 0.00
62_Y 202_H 1.03 0.09 0.00
239_D 122_G 1.02 0.09 0.00
232_K 307_G 1.02 0.09 0.00
237_Q 109_L 1.02 0.09 0.00
348_I 79_A 1.02 0.09 0.00
189_T 15_L 1.02 0.09 0.00
126_L 232_D 1.02 0.09 0.00
350_T 289_K 1.01 0.09 0.00
227_L 296_T 1.01 0.09 0.00
87_D 93_I 1.01 0.09 0.00
113_V 117_S 1.01 0.09 0.00
41_D 44_G 1.01 0.09 0.00
53_V 111_E 1.01 0.09 0.00
70_V 64_Y 1.01 0.09 0.00
145_F 221_V 1.01 0.09 0.00
241_L 185_L 1.01 0.09 0.00
20_G 25_V 1.01 0.09 0.00
189_T 86_T 1.01 0.09 0.00
46_S 228_F 1.00 0.09 0.00
165_S 27_C 1.00 0.09 0.00
34_T 236_A 1.00 0.09 0.00
173_G 45_K 1.00 0.09 0.00
182_L 115_A 1.00 0.09 0.00
115_F 141_V 1.00 0.09 0.00
71_T 184_S 1.00 0.09 0.00
224_F 217_V 1.00 0.09 0.00
68_G 132_T 1.00 0.09 0.00
39_S 294_Y 1.00 0.09 0.00
175_G 284_I 0.99 0.09 0.00
64_G 141_V 0.99 0.09 0.00
23_V 124_S 0.99 0.09 0.00
291_F 318_G 0.99 0.08 0.00
214_A 240_A 0.99 0.08 0.00
124_K 95_V 0.99 0.08 0.00
334_V 66_S 0.98 0.08 0.00
108_F 113_S 0.98 0.08 0.00
340_P 249_A 0.98 0.08 0.00
193_N 194_E 0.98 0.08 0.00
134_A 103_I 0.98 0.08 0.00
146_Q 165_T 0.98 0.08 0.00
247_A 207_T 0.98 0.08 0.00
234_I 98_Q 0.98 0.08 0.00
19_A 94_V 0.98 0.08 0.00
269_A 52_T 0.98 0.08 0.00
100_V 149_A 0.97 0.08 0.00
35_A 136_Y 0.97 0.08 0.00
198_A 252_I 0.97 0.08 0.00
133_A 82_S 0.97 0.08 0.00
234_I 325_F 0.97 0.08 0.00
153_H 19_I 0.97 0.08 0.00
34_T 125_T 0.97 0.08 0.00
280_T 19_I 0.97 0.08 0.00
61_K 135_P 0.97 0.08 0.00
130_A 89_V 0.97 0.08 0.00
265_N 176_R 0.97 0.08 0.00
29_T 58_T 0.97 0.08 0.00
100_V 185_L 0.97 0.08 0.00
155_I 264_G 0.96 0.08 0.00
137_V 239_S 0.96 0.08 0.00
318_F 310_V 0.96 0.08 0.00
203_F 157_F 0.96 0.08 0.00
83_K 200_L 0.96 0.08 0.00
294_I 19_I 0.96 0.08 0.00
193_N 298_L 0.96 0.08 0.00
25_S 82_S 0.96 0.08 0.00
241_L 193_D 0.96 0.08 0.00
62_Y 75_A 0.96 0.08 0.00
129_N 154_R 0.96 0.08 0.00
245_L 164_F 0.96 0.08 0.00
19_A 22_L 0.96 0.08 0.00
290_L 19_I 0.96 0.08 0.00
145_F 186_S 0.95 0.08 0.00
349_P 19_I 0.95 0.08 0.00
256_Y 138_L 0.95 0.08 0.00
48_P 249_A 0.95 0.08 0.00
35_A 137_T 0.95 0.08 0.00
127_S 242_I 0.95 0.08 0.00
63_R 156_Q 0.95 0.08 0.00
324_S 108_I 0.95 0.08 0.00
252_S 31_I 0.95 0.08 0.00
300_E 273_V 0.95 0.08 0.00
224_F 243_S 0.95 0.08 0.00
80_A 108_I 0.94 0.08 0.00
351_K 318_G 0.94 0.08 0.00
282_D 245_I 0.94 0.08 0.00
50_A 34_G 0.94 0.08 0.00
316_S 103_I 0.94 0.08 0.00
203_F 165_T 0.94 0.08 0.00
20_G 140_G 0.94 0.08 0.00
259_L 109_L 0.94 0.08 0.00
292_K 202_H 0.94 0.08 0.00
223_V 187_R 0.94 0.08 0.00
248_T 165_T 0.94 0.08 0.00
347_D 187_R 0.94 0.08 0.00
153_H 82_S 0.94 0.08 0.00
326_T 246_D 0.94 0.08 0.00
293_G 270_L 0.94 0.08 0.00
130_A 274_L 0.93 0.08 0.00
245_L 221_V 0.93 0.08 0.00
234_I 291_L 0.93 0.08 0.00
61_K 134_T 0.93 0.08 0.00
293_G 301_V 0.93 0.08 0.00
198_A 45_K 0.93 0.07 0.00
240_N 123_K 0.93 0.07 0.00
286_V 96_G 0.93 0.07 0.00
195_K 265_P 0.93 0.07 0.00
267_I 213_R 0.93 0.07 0.00
145_F 16_R 0.93 0.07 0.00
159_E 138_L 0.93 0.07 0.00
113_V 45_K 0.93 0.07 0.00
227_L 193_D 0.93 0.07 0.00
74_S 129_L 0.93 0.07 0.00
52_L 61_N 0.93 0.07 0.00
87_D 224_G 0.93 0.07 0.00
203_F 287_A 0.93 0.07 0.00
151_L 177_G 0.92 0.07 0.00
35_A 169_H 0.92 0.07 0.00
121_P 120_G 0.92 0.07 0.00
35_A 113_S 0.92 0.07 0.00
175_G 281_R 0.92 0.07 0.00
126_L 139_N 0.92 0.07 0.00
23_V 138_L 0.92 0.07 0.00
130_A 179_V 0.92 0.07 0.00
81_R 158_E 0.92 0.07 0.00
247_A 204_K 0.92 0.07 0.00
256_Y 164_F 0.92 0.07 0.00
284_S 103_I 0.92 0.07 0.00
59_K 111_E 0.92 0.07 0.00
95_P 305_G 0.92 0.07 0.00
209_V 178_A 0.92 0.07 0.00
20_G 270_L 0.92 0.07 0.00
218_G 141_V 0.92 0.07 0.00
114_E 287_A 0.92 0.07 0.00
268_D 59_P 0.92 0.07 0.00
63_R 138_L 0.92 0.07 0.00
285_P 199_L 0.91 0.07 0.00
296_R 301_V 0.91 0.07 0.00
284_S 213_R 0.91 0.07 0.00
115_F 116_V 0.91 0.07 0.00
284_S 246_D 0.91 0.07 0.00
29_T 25_V 0.91 0.07 0.00
108_F 147_R 0.91 0.07 0.00
304_L 172_T 0.91 0.07 0.00
36_A 125_T 0.91 0.07 0.00
24_G 201_A 0.91 0.07 0.00
143_T 190_N 0.91 0.07 0.00
314_T 138_L 0.91 0.07 0.00
211_N 242_I 0.91 0.07 0.00
176_D 55_G 0.91 0.07 0.00
267_I 242_I 0.91 0.07 0.00
67_V 69_K 0.91 0.07 0.00
175_G 167_A 0.91 0.07 0.00
186_N 209_V 0.91 0.07 0.00
181_L 76_V 0.91 0.07 0.00
113_V 222_E 0.91 0.07 0.00
227_L 66_S 0.91 0.07 0.00
25_S 22_L 0.90 0.07 0.00
291_F 133_T 0.90 0.07 0.00
39_S 138_L 0.90 0.07 0.00
116_I 76_V 0.90 0.07 0.00
57_G 279_E 0.90 0.07 0.00
275_A 153_N 0.90 0.07 0.00
157_P 266_A 0.90 0.07 0.00
190_R 109_L 0.90 0.07 0.00
172_R 308_F 0.90 0.07 0.00
64_G 57_I 0.90 0.07 0.00
56_K 301_V 0.90 0.07 0.00
245_L 278_N 0.90 0.07 0.00
318_F 84_K 0.90 0.07 0.00
107_I 182_L 0.90 0.07 0.00
99_T 211_S 0.90 0.07 0.00
44_T 164_F 0.90 0.07 0.00
90_E 245_I 0.90 0.07 0.00
206_A 193_D 0.90 0.07 0.00
215_D 237_A 0.90 0.07 0.00
264_Q 196_L 0.90 0.07 0.00
255_A 46_T 0.89 0.07 0.00
33_Y 213_R 0.89 0.07 0.00
329_E 30_L 0.89 0.07 0.00
293_G 156_Q 0.89 0.07 0.00
339_G 95_V 0.89 0.07 0.00
228_P 40_F 0.89 0.07 0.00
183_S 320_L 0.89 0.07 0.00
273_L 255_F 0.89 0.07 0.00
206_A 130_S 0.89 0.07 0.00
285_P 94_V 0.89 0.07 0.00
128_P 150_N 0.89 0.07 0.00
68_G 112_R 0.89 0.07 0.00
86_I 271_N 0.89 0.07 0.00
349_P 318_G 0.89 0.07 0.00
66_Q 124_S 0.89 0.07 0.00
53_V 135_P 0.89 0.07 0.00
248_T 233_A 0.89 0.07 0.00
200_Q 84_K 0.89 0.07 0.00
315_S 178_A 0.89 0.07 0.00
337_S 279_E 0.89 0.07 0.00
252_S 126_T 0.89 0.07 0.00
225_D 322_A 0.89 0.07 0.00
189_T 27_C 0.89 0.07 0.00
104_G 69_K 0.89 0.07 0.00
188_L 303_G 0.88 0.07 0.00
320_L 309_N 0.88 0.07 0.00
81_R 157_F 0.88 0.07 0.00
312_L 153_N 0.88 0.07 0.00
24_G 294_Y 0.88 0.07 0.00
312_L 65_V 0.88 0.07 0.00
56_K 126_T 0.88 0.07 0.00
214_A 46_T 0.88 0.07 0.00
349_P 79_A 0.88 0.07 0.00
311_G 287_A 0.88 0.07 0.00
60_V 60_G 0.88 0.07 0.00
60_V 67_G 0.88 0.07 0.00
60_V 71_G 0.88 0.07 0.00
60_V 110_G 0.88 0.07 0.00
108_F 60_G 0.88 0.07 0.00
108_F 67_G 0.88 0.07 0.00
108_F 71_G 0.88 0.07 0.00
108_F 110_G 0.88 0.07 0.00
163_T 218_N 0.88 0.07 0.00
325_Y 206_V 0.88 0.07 0.00
131_H 280_R 0.88 0.07 0.00
332_P 261_K 0.88 0.07 0.00
151_L 315_V 0.88 0.07 0.00
112_S 97_D 0.88 0.07 0.00
128_P 206_V 0.88 0.07 0.00
275_A 78_L 0.88 0.07 0.00
24_G 251_Q 0.88 0.07 0.00
132_V 40_F 0.88 0.07 0.00
61_K 103_I 0.87 0.07 0.00
190_R 114_I 0.87 0.07 0.00
66_Q 89_V 0.87 0.07 0.00
218_G 116_V 0.87 0.07 0.00
343_R 32_A 0.87 0.07 0.00
252_S 222_E 0.87 0.07 0.00
114_E 176_R 0.87 0.07 0.00
130_A 273_V 0.87 0.07 0.00
344_G 89_V 0.87 0.07 0.00
188_L 157_F 0.87 0.07 0.00
57_G 267_L 0.87 0.07 0.00
338_G 260_R 0.87 0.07 0.00
214_A 115_A 0.87 0.07 0.00
41_D 69_K 0.87 0.07 0.00
86_I 300_E 0.87 0.07 0.00
148_L 292_P 0.87 0.07 0.00
238_K 102_A 0.87 0.07 0.00
130_A 150_N 0.87 0.07 0.00
173_G 214_A 0.87 0.07 0.00
340_P 305_G 0.87 0.07 0.00
202_D 89_V 0.87 0.07 0.00
68_G 127_I 0.87 0.07 0.00
181_L 145_L 0.86 0.07 0.00
281_S 119_A 0.86 0.07 0.00
182_L 158_E 0.86 0.07 0.00
253_N 287_A 0.86 0.07 0.00
134_A 302_V 0.86 0.07 0.00
225_D 27_C 0.86 0.07 0.00
62_Y 195_A 0.86 0.07 0.00
293_G 118_P 0.86 0.07 0.00
14_A 66_S 0.86 0.07 0.00
53_V 106_D 0.86 0.07 0.00
95_P 142_L 0.86 0.07 0.00
91_M 73_V 0.86 0.07 0.00
76_S 92_S 0.86 0.07 0.00
44_T 167_A 0.86 0.07 0.00
291_F 262_E 0.86 0.07 0.00
114_E 108_I 0.86 0.07 0.00
180_A 278_N 0.86 0.07 0.00
21_L 77_S 0.86 0.07 0.00
63_R 61_N 0.86 0.07 0.00
96_S 90_D 0.86 0.07 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
WARNING: The input alignment may be corrupted!
  • For sequence B, there is a high ratio (0.66 > 0.4) of paralogs.
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
11224 0.17 Katherine Δgene:(1, 20) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
11215 0.1 Mce4A-Mce4C Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
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