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OPENSEQ.org
spoIIIAB-AE
Genes: A B A+B
Length: 172 403 521
Sequences: 450 375 359
Seq/Len: 2.62 0.93 0.69
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.86
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.01
2 0.00 0.00 0.02
5 0.00 0.00 0.62
10 0.00 0.00 0.62
20 0.00 0.00 0.62
100 0.00 0.00 0.62
∞ 0.00 0.00 0.62
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
170_I 284_S 2.00 0.91 0.45
47_L 326_L 1.44 0.61 0.12
54_L 137_F 1.40 0.58 0.11
87_T 221_F 1.40 0.58 0.11
169_C 370_A 1.36 0.55 0.10
87_T 310_L 1.32 0.52 0.08
114_K 393_I 1.31 0.51 0.08
103_T 329_L 1.29 0.49 0.08
170_I 392_A 1.27 0.47 0.07
152_K 305_D 1.24 0.44 0.06
30_H 315_Q 1.21 0.42 0.06
47_L 238_L 1.21 0.42 0.06
31_K 240_K 1.20 0.41 0.06
28_R 223_F 1.18 0.40 0.05
69_F 254_I 1.16 0.38 0.05
53_T 321_F 1.15 0.37 0.04
92_I 244_L 1.14 0.37 0.04
109_E 137_F 1.14 0.37 0.04
49_F 321_F 1.13 0.36 0.04
52_Y 201_T 1.13 0.36 0.04
126_E 107_F 1.13 0.36 0.04
92_I 322_G 1.12 0.35 0.04
90_I 106_M 1.11 0.34 0.04
33_L 213_F 1.11 0.34 0.04
162_T 353_I 1.11 0.34 0.04
113_L 385_V 1.10 0.34 0.04
156_L 272_I 1.10 0.34 0.04
167_G 291_A 1.10 0.34 0.04
54_L 334_L 1.10 0.34 0.04
50_G 245_K 1.10 0.34 0.04
166_I 186_I 1.08 0.32 0.04
88_L 323_G 1.08 0.32 0.04
156_L 133_L 1.07 0.32 0.03
31_K 353_I 1.07 0.32 0.03
109_E 159_L 1.06 0.31 0.03
132_I 271_S 1.06 0.31 0.03
146_T 305_D 1.06 0.31 0.03
113_L 174_D 1.06 0.31 0.03
11_L 98_N 1.06 0.31 0.03
87_T 177_V 1.04 0.30 0.03
156_L 208_I 1.04 0.29 0.03
79_G 80_K 1.04 0.29 0.03
153_K 226_I 1.04 0.29 0.03
123_S 181_Q 1.04 0.29 0.03
43_L 116_V 1.03 0.29 0.03
91_I 200_S 1.03 0.29 0.03
5_I 62_N 1.03 0.29 0.03
14_S 60_D 1.03 0.29 0.03
138_N 354_V 1.03 0.29 0.03
156_L 301_G 1.03 0.28 0.03
85_S 244_L 1.03 0.28 0.03
171_L 71_E 1.02 0.28 0.03
108_K 69_N 1.02 0.28 0.03
36_L 265_V 1.02 0.28 0.03
49_F 352_I 1.01 0.28 0.03
115_N 272_I 1.01 0.27 0.03
149_D 65_Q 1.01 0.27 0.03
165_G 391_V 1.00 0.27 0.03
160_L 259_I 1.00 0.27 0.03
144_Y 157_L 1.00 0.27 0.03
6_I 170_Y 0.99 0.26 0.03
91_I 120_I 0.99 0.26 0.03
126_E 199_T 0.99 0.26 0.03
72_F 197_P 0.99 0.26 0.03
48_S 263_F 0.99 0.26 0.03
16_Y 206_I 0.99 0.26 0.03
90_I 102_L 0.99 0.26 0.02
162_T 207_F 0.99 0.26 0.02
56_E 273_Q 0.98 0.26 0.02
28_R 97_F 0.98 0.26 0.02
23_Y 230_F 0.98 0.26 0.02
169_C 373_M 0.98 0.25 0.02
70_W 145_I 0.98 0.25 0.02
171_L 142_V 0.98 0.25 0.02
96_I 251_V 0.97 0.25 0.02
23_Y 231_G 0.97 0.25 0.02
40_L 96_L 0.97 0.24 0.02
58_F 375_I 0.97 0.24 0.02
85_S 273_Q 0.97 0.24 0.02
121_G 65_Q 0.96 0.24 0.02
117_I 301_G 0.96 0.24 0.02
159_K 353_I 0.96 0.24 0.02
136_I 364_N 0.96 0.24 0.02
60_R 265_V 0.96 0.24 0.02
10_F 90_E 0.96 0.24 0.02
75_Q 349_L 0.96 0.24 0.02
132_I 298_V 0.95 0.24 0.02
168_I 333_C 0.95 0.24 0.02
77_S 57_D 0.95 0.24 0.02
96_I 333_C 0.95 0.24 0.02
88_L 211_V 0.95 0.24 0.02
116_L 156_S 0.95 0.23 0.02
92_I 273_Q 0.95 0.23 0.02
161_V 179_L 0.95 0.23 0.02
56_E 251_V 0.94 0.23 0.02
58_F 99_K 0.94 0.23 0.02
155_V 235_I 0.94 0.23 0.02
136_I 82_F 0.94 0.23 0.02
61_I 174_D 0.94 0.23 0.02
160_L 319_N 0.94 0.23 0.02
31_K 355_E 0.94 0.23 0.02
9_A 62_N 0.94 0.23 0.02
11_L 249_S 0.94 0.23 0.02
127_S 228_V 0.93 0.23 0.02
15_S 217_F 0.93 0.23 0.02
76_I 196_F 0.93 0.23 0.02
59_N 299_V 0.93 0.22 0.02
57_I 232_I 0.93 0.22 0.02
56_E 324_I 0.93 0.22 0.02
3_I 59_L 0.93 0.22 0.02
92_I 150_I 0.93 0.22 0.02
5_I 102_L 0.93 0.22 0.02
7_I 192_L 0.93 0.22 0.02
149_D 223_F 0.93 0.22 0.02
107_N 54_G 0.93 0.22 0.02
95_N 340_I 0.92 0.22 0.02
133_D 321_F 0.92 0.22 0.02
28_R 296_I 0.92 0.22 0.02
23_Y 349_L 0.92 0.22 0.02
120_L 180_M 0.92 0.22 0.02
110_I 97_F 0.92 0.22 0.02
169_C 319_N 0.92 0.22 0.02
92_I 318_K 0.92 0.22 0.02
151_N 357_V 0.92 0.21 0.02
27_T 59_L 0.92 0.21 0.02
23_Y 387_F 0.91 0.21 0.02
43_L 231_G 0.91 0.21 0.02
45_M 216_V 0.91 0.21 0.02
66_E 331_G 0.91 0.21 0.02
113_L 112_A 0.91 0.21 0.02
49_F 348_K 0.91 0.21 0.02
139_L 267_L 0.91 0.21 0.02
80_L 201_T 0.91 0.21 0.02
77_S 354_V 0.91 0.21 0.02
143_T 392_A 0.91 0.21 0.02
168_I 145_I 0.91 0.21 0.02
166_I 150_I 0.91 0.21 0.02
45_M 306_S 0.91 0.21 0.02
51_L 250_F 0.91 0.21 0.02
92_I 301_G 0.91 0.21 0.02
23_Y 105_L 0.91 0.21 0.02
73_F 120_I 0.91 0.21 0.02
168_I 125_L 0.90 0.21 0.02
151_N 129_I 0.90 0.21 0.02
168_I 324_I 0.90 0.20 0.02
139_L 123_L 0.90 0.20 0.02
140_K 222_L 0.90 0.20 0.02
164_I 208_I 0.90 0.20 0.02
105_L 139_S 0.90 0.20 0.02
83_E 323_G 0.89 0.20 0.02
15_S 338_I 0.89 0.20 0.02
170_I 321_F 0.89 0.20 0.02
3_I 66_D 0.89 0.20 0.02
116_L 157_L 0.89 0.20 0.02
157_Y 167_Q 0.89 0.20 0.02
138_N 333_C 0.89 0.20 0.02
141_K 223_F 0.88 0.20 0.02
96_I 81_S 0.88 0.20 0.02
162_T 147_T 0.88 0.20 0.02
47_L 190_F 0.88 0.20 0.01
157_Y 230_F 0.88 0.20 0.01
143_T 285_V 0.88 0.19 0.01
168_I 139_S 0.88 0.19 0.01
136_I 222_L 0.88 0.19 0.01
151_N 125_L 0.87 0.19 0.01
168_I 129_I 0.87 0.19 0.01
54_L 128_S 0.87 0.19 0.01
46_D 203_L 0.87 0.19 0.01
97_D 49_D 0.87 0.19 0.01
56_E 392_A 0.87 0.19 0.01
23_Y 268_G 0.87 0.19 0.01
36_L 135_N 0.87 0.19 0.01
56_E 365_F 0.87 0.19 0.01
169_C 176_T 0.87 0.19 0.01
155_V 273_Q 0.87 0.19 0.01
136_I 317_I 0.87 0.19 0.01
54_L 89_G 0.87 0.19 0.01
116_L 96_L 0.86 0.19 0.01
143_T 134_E 0.86 0.19 0.01
157_Y 149_I 0.86 0.19 0.01
51_L 128_S 0.86 0.19 0.01
43_L 158_T 0.86 0.18 0.01
144_Y 342_S 0.86 0.18 0.01
158_K 271_S 0.86 0.18 0.01
162_T 217_F 0.86 0.18 0.01
171_L 117_V 0.86 0.18 0.01
32_Q 353_I 0.86 0.18 0.01
109_E 123_L 0.86 0.18 0.01
85_S 106_M 0.86 0.18 0.01
166_I 171_D 0.86 0.18 0.01
168_I 48_I 0.86 0.18 0.01
74_Y 283_F 0.85 0.18 0.01
79_G 97_F 0.85 0.18 0.01
46_D 137_F 0.85 0.18 0.01
148_E 293_G 0.85 0.18 0.01
66_E 110_F 0.85 0.18 0.01
123_S 216_V 0.85 0.18 0.01
27_T 81_S 0.85 0.18 0.01
11_L 66_D 0.85 0.18 0.01
161_V 310_L 0.84 0.18 0.01
46_D 152_I 0.84 0.18 0.01
99_L 139_S 0.84 0.18 0.01
57_I 231_G 0.84 0.18 0.01
45_M 286_K 0.84 0.18 0.01
54_L 223_F 0.84 0.18 0.01
22_I 263_F 0.84 0.17 0.01
45_M 260_G 0.84 0.17 0.01
33_L 200_S 0.84 0.17 0.01
105_L 180_M 0.84 0.17 0.01
158_K 295_F 0.84 0.17 0.01
24_K 338_I 0.84 0.17 0.01
165_G 185_P 0.84 0.17 0.01
31_K 394_L 0.84 0.17 0.01
14_S 279_S 0.84 0.17 0.01
61_I 127_S 0.84 0.17 0.01
23_Y 342_S 0.84 0.17 0.01
75_Q 327_I 0.84 0.17 0.01
109_E 389_V 0.84 0.17 0.01
87_T 60_D 0.83 0.17 0.01
87_T 175_H 0.83 0.17 0.01
146_T 205_P 0.83 0.17 0.01
101_K 332_I 0.83 0.17 0.01
171_L 130_L 0.83 0.17 0.01
56_E 94_L 0.83 0.17 0.01
134_L 386_M 0.83 0.17 0.01
82_N 234_I 0.83 0.17 0.01
14_S 156_S 0.83 0.17 0.01
4_K 218_F 0.83 0.17 0.01
136_I 251_V 0.83 0.17 0.01
30_H 317_I 0.83 0.17 0.01
127_S 347_Y 0.83 0.17 0.01
59_N 231_G 0.83 0.17 0.01
6_I 50_K 0.83 0.17 0.01
132_I 152_I 0.83 0.17 0.01
158_K 293_G 0.83 0.17 0.01
5_I 131_K 0.83 0.17 0.01
99_L 296_I 0.83 0.17 0.01
125_I 73_V 0.83 0.17 0.01
71_K 265_V 0.82 0.17 0.01
96_I 78_N 0.82 0.17 0.01
11_L 288_A 0.82 0.17 0.01
44_R 59_L 0.82 0.17 0.01
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
11172 0.69 spoIIIAB-AE Δgene:(1, 20) A:(1E-06, 8) B:(1E-06, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.45 Done - Shared
11171 0.64 spoIIIAB-AE Δgene:(1, 20) A:(1E-06, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.05 Done - Shared
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