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OPENSEQ.org
spoIIIAB-AE
Genes: A B A+B
Length: 172 403 522
Sequences: 450 350 335
Seq/Len: 2.62 0.87 0.64
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.86
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.01
2 0.00 0.00 0.02
5 0.00 0.00 0.58
10 0.00 0.00 0.58
20 0.00 0.00 0.58
100 0.00 0.00 0.58
∞ 0.00 0.00 0.58
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
170_I 284_S 1.77 0.81 0.05
169_C 370_A 1.56 0.68 0.03
52_Y 201_T 1.46 0.61 0.02
156_L 272_I 1.45 0.60 0.02
47_L 326_L 1.44 0.59 0.02
114_K 393_I 1.42 0.58 0.02
54_L 137_F 1.39 0.55 0.02
87_T 310_L 1.39 0.55 0.02
49_F 321_F 1.31 0.48 0.01
152_K 305_D 1.28 0.46 0.01
31_K 240_K 1.24 0.43 0.01
72_F 197_P 1.23 0.42 0.01
95_N 234_I 1.23 0.42 0.01
166_I 186_I 1.21 0.40 0.01
28_R 223_F 1.18 0.38 0.01
30_H 315_Q 1.16 0.36 0.01
109_E 389_V 1.16 0.36 0.01
126_E 107_F 1.15 0.36 0.01
156_L 133_L 1.14 0.35 0.01
170_I 392_A 1.14 0.35 0.01
108_K 69_N 1.14 0.35 0.01
69_F 254_I 1.13 0.34 0.01
87_T 177_V 1.13 0.34 0.01
23_Y 231_G 1.13 0.34 0.01
80_L 201_T 1.13 0.34 0.01
92_I 244_L 1.13 0.34 0.01
156_L 208_I 1.12 0.34 0.01
23_Y 268_G 1.12 0.33 0.01
11_L 98_N 1.11 0.33 0.01
91_I 200_S 1.11 0.33 0.01
132_I 271_S 1.11 0.33 0.01
23_Y 105_L 1.11 0.33 0.01
156_L 301_G 1.10 0.32 0.01
146_T 305_D 1.10 0.32 0.01
101_K 332_I 1.09 0.32 0.01
117_I 301_G 1.09 0.31 0.01
162_T 353_I 1.08 0.31 0.01
70_W 145_I 1.08 0.30 0.01
138_N 354_V 1.08 0.30 0.01
40_L 96_L 1.08 0.30 0.01
94_E 118_A 1.07 0.30 0.01
87_T 221_F 1.07 0.30 0.01
54_L 334_L 1.07 0.30 0.01
103_T 329_L 1.06 0.29 0.01
92_I 322_G 1.06 0.29 0.01
28_R 296_I 1.06 0.29 0.01
36_L 265_V 1.05 0.29 0.01
90_I 106_M 1.05 0.29 0.01
143_T 392_A 1.05 0.29 0.01
96_I 251_V 1.05 0.28 0.01
123_S 181_Q 1.05 0.28 0.01
133_D 321_F 1.04 0.28 0.01
43_L 116_V 1.04 0.28 0.01
66_E 331_G 1.04 0.28 0.01
3_I 59_L 1.04 0.28 0.01
166_I 150_I 1.03 0.28 0.01
24_K 129_I 1.03 0.28 0.01
91_I 120_I 1.03 0.27 0.01
139_L 267_L 1.02 0.27 0.01
101_K 296_I 1.02 0.27 0.01
23_Y 230_F 1.02 0.27 0.01
169_C 176_T 1.02 0.27 0.01
153_K 226_I 1.02 0.27 0.01
167_G 291_A 1.02 0.26 0.01
113_L 112_A 1.02 0.26 0.01
31_K 355_E 1.01 0.26 0.01
68_C 251_V 1.01 0.26 0.01
9_A 62_N 1.00 0.26 0.01
33_L 213_F 1.00 0.26 0.01
92_I 273_Q 1.00 0.26 0.01
47_L 190_F 1.00 0.25 0.01
11_L 249_S 0.99 0.25 0.01
106_G 234_I 0.99 0.25 0.01
50_G 245_K 0.99 0.25 0.01
49_F 348_K 0.99 0.24 0.01
171_L 235_I 0.98 0.24 0.01
28_R 97_F 0.98 0.24 0.01
27_T 59_L 0.98 0.24 0.01
56_E 273_Q 0.98 0.24 0.01
51_L 128_S 0.98 0.24 0.01
56_E 251_V 0.98 0.24 0.01
43_L 231_G 0.98 0.24 0.01
7_I 192_L 0.97 0.24 0.01
87_T 175_H 0.97 0.24 0.01
10_F 90_E 0.97 0.24 0.01
143_T 285_V 0.97 0.24 0.01
116_L 340_I 0.97 0.24 0.01
49_F 129_I 0.97 0.23 0.01
79_G 80_K 0.97 0.23 0.01
14_S 156_S 0.97 0.23 0.01
144_Y 157_L 0.96 0.23 0.01
168_I 333_C 0.96 0.23 0.01
5_I 327_I 0.96 0.23 0.01
109_E 210_G 0.96 0.23 0.01
44_R 59_L 0.96 0.23 0.01
61_I 127_S 0.96 0.23 0.01
161_V 263_F 0.96 0.23 0.01
53_T 321_F 0.95 0.23 0.01
14_S 60_D 0.95 0.23 0.01
168_I 139_S 0.95 0.23 0.01
171_L 117_V 0.95 0.22 0.01
149_D 65_Q 0.95 0.22 0.01
54_L 331_G 0.94 0.22 0.01
10_F 298_V 0.94 0.22 0.01
169_C 319_N 0.94 0.22 0.00
15_S 338_I 0.94 0.22 0.00
73_F 350_A 0.94 0.22 0.00
76_I 196_F 0.94 0.22 0.00
3_I 66_D 0.94 0.22 0.00
146_T 195_G 0.94 0.22 0.00
45_M 216_V 0.93 0.21 0.00
149_D 223_F 0.93 0.21 0.00
109_E 137_F 0.93 0.21 0.00
5_I 131_K 0.93 0.21 0.00
116_L 157_L 0.92 0.21 0.00
158_K 234_I 0.92 0.21 0.00
85_S 244_L 0.92 0.21 0.00
162_T 147_T 0.92 0.21 0.00
47_L 238_L 0.92 0.20 0.00
35_D 149_I 0.91 0.20 0.00
30_H 317_I 0.91 0.20 0.00
134_L 386_M 0.91 0.20 0.00
139_L 207_F 0.91 0.20 0.00
109_E 159_L 0.91 0.20 0.00
22_I 263_F 0.91 0.20 0.00
168_I 48_I 0.91 0.20 0.00
164_I 208_I 0.91 0.20 0.00
130_R 225_S 0.91 0.20 0.00
88_L 211_V 0.91 0.20 0.00
61_I 174_D 0.91 0.20 0.00
6_I 50_K 0.91 0.20 0.00
9_A 74_I 0.91 0.20 0.00
49_F 352_I 0.91 0.20 0.00
164_I 203_L 0.91 0.20 0.00
153_K 325_G 0.90 0.20 0.00
169_C 169_C 0.90 0.20 0.00
123_S 355_E 0.90 0.20 0.00
143_T 134_E 0.90 0.20 0.00
132_I 152_I 0.90 0.20 0.00
96_I 333_C 0.90 0.20 0.00
28_R 396_S 0.90 0.20 0.00
172_I 274_G 0.90 0.20 0.00
169_C 373_M 0.90 0.20 0.00
61_I 342_S 0.90 0.20 0.00
9_A 254_I 0.90 0.20 0.00
12_I 246_R 0.90 0.20 0.00
153_K 128_S 0.90 0.20 0.00
85_S 273_Q 0.90 0.19 0.00
23_Y 342_S 0.90 0.19 0.00
105_L 180_M 0.89 0.19 0.00
15_S 182_V 0.89 0.19 0.00
37_I 151_F 0.89 0.19 0.00
171_L 71_E 0.89 0.19 0.00
24_K 221_F 0.89 0.19 0.00
46_D 137_F 0.89 0.19 0.00
165_G 391_V 0.89 0.19 0.00
99_L 139_S 0.89 0.19 0.00
157_Y 167_Q 0.89 0.19 0.00
36_L 135_N 0.89 0.19 0.00
147_K 166_L 0.88 0.19 0.00
116_L 96_L 0.88 0.19 0.00
132_I 298_V 0.88 0.19 0.00
15_S 213_F 0.88 0.19 0.00
57_I 325_G 0.88 0.19 0.00
66_E 110_F 0.88 0.19 0.00
148_E 293_G 0.88 0.19 0.00
105_L 237_N 0.88 0.19 0.00
168_I 125_L 0.88 0.19 0.00
79_G 97_F 0.88 0.19 0.00
158_K 271_S 0.88 0.19 0.00
5_I 100_D 0.88 0.19 0.00
156_L 127_S 0.88 0.18 0.00
12_I 142_V 0.88 0.18 0.00
113_L 174_D 0.88 0.18 0.00
40_L 141_A 0.88 0.18 0.00
113_L 385_V 0.88 0.18 0.00
37_I 338_I 0.87 0.18 0.00
77_S 334_L 0.87 0.18 0.00
127_S 228_V 0.87 0.18 0.00
120_L 353_I 0.87 0.18 0.00
32_Q 353_I 0.87 0.18 0.00
170_I 130_L 0.87 0.18 0.00
4_K 218_F 0.87 0.18 0.00
88_L 261_A 0.87 0.18 0.00
71_K 265_V 0.87 0.18 0.00
31_K 353_I 0.87 0.18 0.00
56_E 392_A 0.87 0.18 0.00
147_K 338_I 0.87 0.18 0.00
50_G 332_I 0.86 0.18 0.00
88_L 323_G 0.86 0.18 0.00
159_K 128_S 0.86 0.18 0.00
56_E 324_I 0.86 0.18 0.00
80_L 198_I 0.86 0.18 0.00
92_I 150_I 0.86 0.18 0.00
120_L 180_M 0.86 0.18 0.00
46_D 250_F 0.86 0.18 0.00
57_I 231_G 0.86 0.18 0.00
77_S 57_D 0.86 0.18 0.00
63_G 66_D 0.86 0.18 0.00
154_G 55_Q 0.86 0.18 0.00
73_F 296_I 0.86 0.18 0.00
140_K 222_L 0.86 0.18 0.00
136_I 222_L 0.86 0.17 0.00
77_S 354_V 0.86 0.17 0.00
162_T 207_F 0.86 0.17 0.00
96_I 360_D 0.86 0.17 0.00
23_Y 387_F 0.86 0.17 0.00
99_L 296_I 0.85 0.17 0.00
3_I 221_F 0.85 0.17 0.00
129_Q 168_I 0.85 0.17 0.00
6_I 170_Y 0.85 0.17 0.00
111_E 394_L 0.85 0.17 0.00
139_L 154_M 0.85 0.17 0.00
59_N 299_V 0.85 0.17 0.00
171_L 142_V 0.85 0.17 0.00
136_I 364_N 0.85 0.17 0.00
61_I 377_L 0.85 0.17 0.00
164_I 231_G 0.85 0.17 0.00
152_K 129_I 0.85 0.17 0.00
140_K 223_F 0.85 0.17 0.00
123_S 216_V 0.85 0.17 0.00
11_L 89_G 0.85 0.17 0.00
116_L 343_V 0.85 0.17 0.00
155_V 97_F 0.84 0.17 0.00
132_I 382_A 0.84 0.17 0.00
48_S 263_F 0.84 0.17 0.00
138_N 333_C 0.84 0.17 0.00
71_K 321_F 0.84 0.17 0.00
54_L 89_G 0.84 0.17 0.00
136_I 251_V 0.84 0.17 0.00
157_Y 230_F 0.84 0.17 0.00
75_Q 349_L 0.84 0.17 0.00
76_I 87_I 0.84 0.17 0.00
168_I 221_F 0.84 0.17 0.00
127_S 384_T 0.84 0.17 0.00
17_L 275_L 0.84 0.17 0.00
23_Y 198_I 0.84 0.17 0.00
165_G 185_P 0.84 0.17 0.00
136_I 317_I 0.84 0.17 0.00
77_S 217_F 0.84 0.17 0.00
54_L 223_F 0.84 0.17 0.00
60_R 265_V 0.84 0.17 0.00
92_I 301_G 0.83 0.17 0.00
60_R 62_N 0.83 0.16 0.00
116_L 156_S 0.83 0.16 0.00
45_M 193_L 0.83 0.16 0.00
130_R 176_T 0.83 0.16 0.00
48_S 256_Y 0.83 0.16 0.00
67_F 321_F 0.83 0.16 0.00
158_K 236_N 0.83 0.16 0.00
94_E 53_D 0.83 0.16 0.00
33_L 279_S 0.83 0.16 0.00
69_F 342_S 0.82 0.16 0.00
9_A 394_L 0.82 0.16 0.00
139_L 123_L 0.82 0.16 0.00
95_N 315_Q 0.82 0.16 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
11172 0.69 spoIIIAB-AE Δgene:(1, 20) A:(1E-06, 8) B:(1E-06, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.45 Done - Shared
11171 0.64 spoIIIAB-AE Δgene:(1, 20) A:(1E-06, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.05 Done - Shared
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