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OPENSEQ.org
KN
Genes: A B A+B
Length: 282 380 640
Sequences: 59 57 53
Seq/Len: 0.21 0.15 0.08
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.93
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.06
2 0.00 0.00 0.07
5 0.00 0.00 0.07
10 0.00 0.00 0.07
20 0.00 0.00 0.08
100 0.00 0.00 0.08
∞ 0.03 0.02 0.08
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
119_V 216_S 1.86 0.30 0.00
134_T 331_A 1.79 0.27 0.00
119_V 4_K 1.59 0.20 0.00
142_V 14_P 1.57 0.20 0.00
255_D 187_P 1.51 0.18 0.00
60_F 273_L 1.51 0.18 0.00
155_I 274_A 1.49 0.17 0.00
112_S 156_E 1.43 0.16 0.00
273_A 349_E 1.43 0.16 0.00
37_N 349_E 1.42 0.16 0.00
44_Y 139_R 1.42 0.16 0.00
235_K 320_E 1.41 0.15 0.00
212_W 304_P 1.41 0.15 0.00
163_W 350_Y 1.41 0.15 0.00
274_K 356_E 1.38 0.14 0.00
119_V 165_H 1.35 0.14 0.00
175_F 76_C 1.34 0.14 0.00
265_I 76_C 1.34 0.14 0.00
12_Y 252_F 1.34 0.14 0.00
189_K 345_L 1.33 0.14 0.00
163_W 76_C 1.32 0.13 0.00
120_F 304_P 1.31 0.13 0.00
212_W 358_I 1.31 0.13 0.00
141_I 167_L 1.31 0.13 0.00
57_L 116_I 1.30 0.13 0.00
204_P 226_R 1.30 0.13 0.00
259_T 149_L 1.29 0.13 0.00
111_V 79_V 1.29 0.13 0.00
217_I 86_I 1.29 0.13 0.00
63_Y 347_T 1.29 0.13 0.00
110_V 134_E 1.28 0.12 0.00
54_L 61_I 1.28 0.12 0.00
242_Y 240_C 1.28 0.12 0.00
70_Y 139_R 1.27 0.12 0.00
110_V 243_M 1.27 0.12 0.00
182_V 13_M 1.27 0.12 0.00
156_P 351_I 1.25 0.12 0.00
155_I 132_N 1.25 0.12 0.00
273_A 359_V 1.25 0.12 0.00
51_L 4_K 1.25 0.12 0.00
268_R 228_N 1.24 0.12 0.00
267_S 48_P 1.24 0.12 0.00
80_L 236_I 1.24 0.12 0.00
53_T 306_S 1.23 0.11 0.00
160_Y 293_Q 1.23 0.11 0.00
212_W 360_V 1.22 0.11 0.00
50_T 331_A 1.21 0.11 0.00
216_M 334_F 1.21 0.11 0.00
70_Y 24_D 1.21 0.11 0.00
196_P 307_F 1.21 0.11 0.00
142_V 232_L 1.19 0.11 0.00
276_V 252_F 1.19 0.11 0.00
233_A 248_A 1.18 0.10 0.00
201_V 15_L 1.18 0.10 0.00
242_Y 281_F 1.17 0.10 0.00
212_W 252_F 1.17 0.10 0.00
107_F 71_V 1.17 0.10 0.00
44_Y 135_E 1.16 0.10 0.00
142_V 78_A 1.15 0.10 0.00
39_K 358_I 1.15 0.10 0.00
78_L 86_I 1.15 0.10 0.00
262_D 267_L 1.15 0.10 0.00
163_W 14_P 1.15 0.10 0.00
273_A 294_K 1.14 0.10 0.00
21_L 320_E 1.14 0.10 0.00
176_D 304_P 1.14 0.10 0.00
70_Y 311_L 1.13 0.10 0.00
220_Y 139_R 1.13 0.10 0.00
263_N 80_T 1.13 0.10 0.00
182_V 139_R 1.12 0.10 0.00
132_A 205_F 1.12 0.10 0.00
263_N 78_A 1.12 0.09 0.00
212_W 356_E 1.10 0.09 0.00
1_M 71_V 1.10 0.09 0.00
137_L 131_P 1.10 0.09 0.00
161_E 123_F 1.10 0.09 0.00
83_Y 79_V 1.10 0.09 0.00
164_R 7_V 1.09 0.09 0.00
273_A 221_A 1.09 0.09 0.00
144_V 120_V 1.09 0.09 0.00
274_K 358_I 1.09 0.09 0.00
223_K 16_S 1.08 0.09 0.00
271_I 324_I 1.08 0.09 0.00
185_I 360_V 1.08 0.09 0.00
163_W 78_A 1.08 0.09 0.00
220_Y 13_M 1.07 0.09 0.00
263_N 170_G 1.07 0.09 0.00
228_R 320_E 1.07 0.09 0.00
166_T 88_F 1.07 0.09 0.00
209_F 189_C 1.07 0.09 0.00
216_M 230_G 1.07 0.09 0.00
66_M 294_K 1.07 0.09 0.00
70_Y 353_Q 1.07 0.09 0.00
17_I 261_N 1.07 0.09 0.00
212_W 256_N 1.07 0.09 0.00
15_Y 236_I 1.07 0.09 0.00
163_W 232_L 1.06 0.09 0.00
163_W 129_G 1.06 0.09 0.00
163_W 141_P 1.06 0.09 0.00
106_G 31_I 1.06 0.09 0.00
115_F 356_E 1.05 0.09 0.00
90_W 169_I 1.05 0.08 0.00
129_G 142_N 1.05 0.08 0.00
74_T 209_F 1.05 0.08 0.00
156_P 139_R 1.05 0.08 0.00
266_R 61_I 1.05 0.08 0.00
116_F 139_R 1.05 0.08 0.00
149_Y 316_E 1.05 0.08 0.00
209_F 246_Y 1.05 0.08 0.00
83_Y 172_I 1.05 0.08 0.00
93_K 338_L 1.05 0.08 0.00
61_L 307_F 1.04 0.08 0.00
189_K 137_P 1.04 0.08 0.00
264_R 59_I 1.04 0.08 0.00
119_V 171_R 1.04 0.08 0.00
259_T 162_L 1.04 0.08 0.00
259_T 78_A 1.04 0.08 0.00
94_D 117_I 1.04 0.08 0.00
40_R 355_K 1.04 0.08 0.00
225_P 43_N 1.04 0.08 0.00
223_K 21_N 1.04 0.08 0.00
81_G 45_G 1.04 0.08 0.00
81_G 83_G 1.04 0.08 0.00
81_G 263_P 1.04 0.08 0.00
81_G 295_Y 1.04 0.08 0.00
81_G 299_W 1.04 0.08 0.00
81_G 319_Y 1.04 0.08 0.00
81_G 321_H 1.04 0.08 0.00
81_G 352_G 1.04 0.08 0.00
239_W 45_G 1.04 0.08 0.00
239_W 83_G 1.04 0.08 0.00
239_W 263_P 1.04 0.08 0.00
239_W 295_Y 1.04 0.08 0.00
239_W 299_W 1.04 0.08 0.00
239_W 319_Y 1.04 0.08 0.00
239_W 321_H 1.04 0.08 0.00
239_W 352_G 1.04 0.08 0.00
241_F 45_G 1.04 0.08 0.00
241_F 83_G 1.04 0.08 0.00
241_F 263_P 1.04 0.08 0.00
241_F 295_Y 1.04 0.08 0.00
241_F 299_W 1.04 0.08 0.00
241_F 319_Y 1.04 0.08 0.00
241_F 321_H 1.04 0.08 0.00
241_F 352_G 1.04 0.08 0.00
275_R 45_G 1.04 0.08 0.00
275_R 83_G 1.04 0.08 0.00
275_R 263_P 1.04 0.08 0.00
275_R 295_Y 1.04 0.08 0.00
275_R 299_W 1.04 0.08 0.00
275_R 319_Y 1.04 0.08 0.00
275_R 321_H 1.04 0.08 0.00
275_R 352_G 1.04 0.08 0.00
213_F 345_L 1.04 0.08 0.00
70_Y 304_P 1.04 0.08 0.00
87_M 195_H 1.04 0.08 0.00
165_Y 13_M 1.03 0.08 0.00
217_I 117_I 1.03 0.08 0.00
190_Q 117_I 1.03 0.08 0.00
128_Y 338_L 1.03 0.08 0.00
221_N 19_I 1.02 0.08 0.00
193_D 86_I 1.02 0.08 0.00
182_V 47_L 1.02 0.08 0.00
67_P 353_Q 1.02 0.08 0.00
30_A 283_Y 1.02 0.08 0.00
262_D 7_V 1.02 0.08 0.00
242_Y 304_P 1.02 0.08 0.00
274_K 182_D 1.02 0.08 0.00
112_S 82_S 1.02 0.08 0.00
263_N 47_L 1.02 0.08 0.00
52_L 16_S 1.02 0.08 0.00
39_K 132_N 1.02 0.08 0.00
156_P 219_I 1.02 0.08 0.00
182_V 48_P 1.01 0.08 0.00
263_N 187_P 1.01 0.08 0.00
47_G 79_V 1.01 0.08 0.00
47_G 262_A 1.01 0.08 0.00
271_I 348_L 1.01 0.08 0.00
118_L 41_S 1.00 0.08 0.00
244_K 328_M 1.00 0.08 0.00
141_I 265_D 1.00 0.08 0.00
79_L 207_N 1.00 0.08 0.00
98_Y 283_Y 1.00 0.08 0.00
271_I 131_P 1.00 0.08 0.00
110_V 253_T 1.00 0.08 0.00
229_I 145_P 1.00 0.08 0.00
246_T 256_N 1.00 0.08 0.00
65_F 256_N 1.00 0.08 0.00
267_S 13_M 1.00 0.08 0.00
150_R 61_I 0.99 0.08 0.00
273_A 342_W 0.99 0.08 0.00
122_L 136_V 0.99 0.08 0.00
104_L 160_S 0.99 0.07 0.00
60_F 241_R 0.99 0.07 0.00
67_P 311_L 0.99 0.07 0.00
69_G 6_L 0.98 0.07 0.00
190_Q 262_A 0.98 0.07 0.00
217_I 116_I 0.98 0.07 0.00
210_G 80_T 0.98 0.07 0.00
105_T 189_C 0.98 0.07 0.00
271_I 44_Y 0.98 0.07 0.00
94_D 157_I 0.98 0.07 0.00
202_K 13_M 0.98 0.07 0.00
37_N 359_V 0.98 0.07 0.00
274_K 252_F 0.98 0.07 0.00
29_I 82_S 0.98 0.07 0.00
77_Y 358_I 0.97 0.07 0.00
44_Y 221_A 0.97 0.07 0.00
145_F 354_H 0.97 0.07 0.00
55_P 358_I 0.97 0.07 0.00
220_Y 88_F 0.97 0.07 0.00
1_M 324_I 0.97 0.07 0.00
80_L 320_E 0.97 0.07 0.00
220_Y 137_P 0.97 0.07 0.00
267_S 291_E 0.97 0.07 0.00
238_G 20_F 0.96 0.07 0.00
111_V 323_D 0.96 0.07 0.00
247_L 288_Q 0.96 0.07 0.00
104_L 119_S 0.96 0.07 0.00
67_P 201_Y 0.96 0.07 0.00
151_I 280_S 0.96 0.07 0.00
193_D 188_P 0.96 0.07 0.00
32_K 238_L 0.96 0.07 0.00
132_A 118_L 0.96 0.07 0.00
220_Y 48_P 0.96 0.07 0.00
220_Y 223_I 0.96 0.07 0.00
131_W 205_F 0.95 0.07 0.00
268_R 359_V 0.95 0.07 0.00
144_V 127_G 0.95 0.07 0.00
113_M 280_S 0.95 0.07 0.00
165_Y 139_R 0.95 0.07 0.00
159_V 335_M 0.95 0.07 0.00
141_I 307_F 0.95 0.07 0.00
229_I 233_G 0.95 0.07 0.00
189_K 228_N 0.95 0.07 0.00
256_F 127_G 0.95 0.07 0.00
274_K 201_Y 0.95 0.07 0.00
164_R 257_K 0.95 0.07 0.00
13_L 324_I 0.95 0.07 0.00
223_K 306_S 0.95 0.07 0.00
54_L 355_K 0.95 0.07 0.00
225_P 76_C 0.95 0.07 0.00
195_E 181_V 0.95 0.07 0.00
153_I 120_V 0.95 0.07 0.00
242_Y 73_L 0.95 0.07 0.00
54_L 292_T 0.94 0.07 0.00
209_F 255_T 0.94 0.07 0.00
246_T 139_R 0.94 0.07 0.00
219_D 273_L 0.94 0.07 0.00
119_V 314_T 0.94 0.07 0.00
271_I 127_G 0.94 0.07 0.00
37_N 39_T 0.94 0.07 0.00
166_T 305_G 0.94 0.07 0.00
92_Y 164_S 0.94 0.07 0.00
101_E 172_I 0.94 0.07 0.00
120_F 252_F 0.94 0.07 0.00
56_A 236_I 0.94 0.07 0.00
142_V 12_C 0.94 0.07 0.00
142_V 350_Y 0.94 0.07 0.00
37_N 236_I 0.94 0.07 0.00
105_T 239_I 0.94 0.07 0.00
26_G 155_G 0.94 0.07 0.00
176_D 344_R 0.94 0.07 0.00
248_L 353_Q 0.94 0.07 0.00
217_I 182_D 0.94 0.07 0.00
65_F 304_P 0.93 0.07 0.00
131_W 307_F 0.93 0.07 0.00
220_Y 47_L 0.93 0.07 0.00
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100_H 306_S 0.86 0.06 0.00
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20_L 259_L 0.86 0.06 0.00
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239_W 20_F 0.86 0.06 0.00
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275_R 20_F 0.86 0.06 0.00
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189_K 13_M 0.86 0.06 0.00
33_N 118_L 0.86 0.06 0.00
19_G 23_H 0.86 0.06 0.00
107_F 62_S 0.86 0.06 0.00
156_P 13_M 0.86 0.06 0.00
213_F 185_F 0.86 0.06 0.00
217_I 120_V 0.85 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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