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OPENSEQ.org
spoIIIAA-AE
Genes: A B A+B
Length: 322 403 663
Sequences: 642 350 336
Seq/Len: 1.99 0.87 0.51
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.70
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.00 0.00
2 0.01 0.00 0.01
5 0.01 0.00 0.46
10 0.01 0.00 0.46
20 0.01 0.00 0.46
100 0.01 0.00 0.46
∞ 0.01 0.00 0.46
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
213_V 65_Q 1.61 0.65 0.00
98_I 327_I 1.56 0.61 0.00
113_I 123_L 1.53 0.59 0.00
97_F 353_I 1.49 0.56 0.00
287_L 321_F 1.43 0.51 0.00
100_L 95_D 1.40 0.49 0.00
212_D 393_I 1.38 0.48 0.00
97_F 148_Y 1.38 0.48 0.00
260_N 370_A 1.37 0.47 0.00
78_F 245_K 1.36 0.46 0.00
241_I 247_F 1.35 0.45 0.00
159_I 332_I 1.32 0.43 0.00
97_F 238_L 1.30 0.42 0.00
265_L 385_V 1.29 0.41 0.00
271_G 242_I 1.28 0.40 0.00
220_I 200_S 1.26 0.39 0.00
142_K 329_L 1.25 0.38 0.00
229_I 116_V 1.24 0.37 0.00
174_I 343_V 1.24 0.37 0.00
188_K 267_L 1.22 0.36 0.00
143_I 296_I 1.22 0.35 0.00
16_I 206_I 1.21 0.35 0.00
156_N 283_F 1.21 0.35 0.00
241_I 100_D 1.20 0.34 0.00
246_I 309_I 1.20 0.34 0.00
159_I 265_V 1.19 0.33 0.00
112_A 237_N 1.18 0.33 0.00
145_S 385_V 1.18 0.33 0.00
297_I 312_S 1.17 0.32 0.00
307_I 217_F 1.17 0.32 0.00
283_L 60_D 1.17 0.32 0.00
255_L 309_I 1.17 0.32 0.00
255_L 376_M 1.17 0.32 0.00
43_L 49_D 1.17 0.32 0.00
71_R 321_F 1.16 0.31 0.00
268_T 151_F 1.15 0.31 0.00
126_S 223_F 1.15 0.31 0.00
208_V 330_V 1.15 0.31 0.00
189_G 78_N 1.15 0.31 0.00
261_G 200_S 1.15 0.31 0.00
271_G 162_F 1.15 0.30 0.00
240_V 316_L 1.14 0.30 0.00
12_L 398_S 1.14 0.30 0.00
123_K 219_K 1.14 0.30 0.00
277_I 220_N 1.13 0.30 0.00
178_L 171_D 1.13 0.29 0.00
135_E 150_I 1.13 0.29 0.00
143_I 324_I 1.12 0.29 0.00
239_N 84_K 1.12 0.29 0.00
41_L 240_K 1.12 0.29 0.00
260_N 199_T 1.12 0.29 0.00
312_D 191_L 1.12 0.29 0.00
160_I 199_T 1.12 0.29 0.00
97_F 367_N 1.12 0.29 0.00
97_F 60_D 1.11 0.28 0.00
307_I 338_I 1.11 0.28 0.00
229_I 324_I 1.10 0.28 0.00
178_L 103_K 1.10 0.28 0.00
203_G 203_L 1.10 0.28 0.00
43_L 64_I 1.10 0.27 0.00
16_I 263_F 1.10 0.27 0.00
230_T 309_I 1.09 0.27 0.00
283_L 394_L 1.09 0.27 0.00
141_D 69_N 1.08 0.27 0.00
97_F 344_I 1.08 0.27 0.00
239_N 129_I 1.07 0.26 0.00
203_G 235_I 1.06 0.26 0.00
265_L 315_Q 1.06 0.25 0.00
111_K 236_N 1.06 0.25 0.00
194_L 279_S 1.06 0.25 0.00
106_V 265_V 1.05 0.25 0.00
125_I 106_M 1.05 0.25 0.00
314_E 86_L 1.04 0.24 0.00
199_N 107_F 1.04 0.24 0.00
121_N 231_G 1.04 0.24 0.00
222_T 296_I 1.04 0.24 0.00
286_L 311_L 1.04 0.24 0.00
304_A 159_L 1.03 0.24 0.00
135_E 348_K 1.03 0.24 0.00
37_S 63_E 1.03 0.23 0.00
125_I 312_S 1.03 0.23 0.00
70_T 393_I 1.03 0.23 0.00
118_Q 221_F 1.03 0.23 0.00
191_K 156_S 1.03 0.23 0.00
195_V 133_L 1.03 0.23 0.00
30_I 83_V 1.03 0.23 0.00
255_L 363_S 1.02 0.23 0.00
268_T 328_L 1.01 0.23 0.00
286_L 303_V 1.01 0.23 0.00
189_G 291_A 1.01 0.23 0.00
91_D 365_F 1.01 0.23 0.00
130_I 273_Q 1.01 0.22 0.00
16_I 121_L 1.01 0.22 0.00
35_L 121_L 1.01 0.22 0.00
177_N 244_L 1.00 0.22 0.00
161_S 290_F 1.00 0.22 0.00
155_N 317_I 1.00 0.22 0.00
242_V 79_L 1.00 0.22 0.00
290_E 329_L 1.00 0.22 0.00
122_I 239_S 1.00 0.22 0.00
113_I 83_V 1.00 0.22 0.00
253_K 338_I 1.00 0.22 0.00
299_S 125_L 0.99 0.21 0.00
16_I 331_G 0.99 0.21 0.00
206_L 373_M 0.99 0.21 0.00
278_Q 157_L 0.99 0.21 0.00
203_G 345_V 0.99 0.21 0.00
241_I 125_L 0.98 0.21 0.00
293_K 369_V 0.98 0.21 0.00
269_V 64_I 0.98 0.21 0.00
219_I 125_L 0.98 0.21 0.00
82_C 152_I 0.98 0.21 0.00
92_D 179_L 0.98 0.21 0.00
170_L 349_L 0.98 0.21 0.00
280_R 116_V 0.98 0.21 0.00
307_I 173_I 0.98 0.21 0.00
255_L 252_K 0.98 0.21 0.00
130_I 83_V 0.98 0.21 0.00
12_L 272_I 0.98 0.21 0.00
152_N 264_T 0.97 0.21 0.00
136_I 110_F 0.97 0.21 0.00
217_T 359_E 0.97 0.20 0.00
191_K 143_S 0.97 0.20 0.00
174_I 292_I 0.97 0.20 0.00
250_K 139_S 0.97 0.20 0.00
242_V 122_V 0.97 0.20 0.00
310_I 296_I 0.97 0.20 0.00
280_R 136_S 0.97 0.20 0.00
275_E 338_I 0.97 0.20 0.00
73_D 149_I 0.97 0.20 0.00
78_F 220_N 0.97 0.20 0.00
157_T 348_K 0.97 0.20 0.00
154_I 187_L 0.97 0.20 0.00
232_L 393_I 0.96 0.20 0.00
165_C 272_I 0.96 0.20 0.00
30_I 211_V 0.96 0.20 0.00
275_E 86_L 0.96 0.20 0.00
97_F 349_L 0.96 0.20 0.00
170_L 316_L 0.96 0.20 0.00
106_V 193_L 0.96 0.20 0.00
73_D 151_F 0.96 0.20 0.00
213_V 299_V 0.96 0.20 0.00
91_D 161_G 0.95 0.20 0.00
240_V 187_L 0.95 0.20 0.00
203_G 316_L 0.95 0.20 0.00
223_C 137_F 0.95 0.20 0.00
125_I 353_I 0.95 0.20 0.00
242_V 184_M 0.95 0.20 0.00
15_T 54_G 0.95 0.19 0.00
106_V 208_I 0.95 0.19 0.00
243_T 306_S 0.94 0.19 0.00
286_L 362_I 0.94 0.19 0.00
94_K 172_A 0.94 0.19 0.00
12_L 120_I 0.94 0.19 0.00
133_S 144_Q 0.94 0.19 0.00
203_G 372_L 0.94 0.19 0.00
180_N 370_A 0.94 0.19 0.00
147_I 75_N 0.94 0.19 0.00
170_L 263_F 0.94 0.19 0.00
281_K 118_A 0.93 0.18 0.00
52_Y 239_S 0.93 0.18 0.00
133_S 369_V 0.93 0.18 0.00
37_S 370_A 0.92 0.18 0.00
278_Q 238_L 0.92 0.18 0.00
287_L 123_L 0.92 0.18 0.00
94_K 372_L 0.92 0.18 0.00
104_H 355_E 0.92 0.18 0.00
145_S 238_L 0.92 0.18 0.00
217_T 162_F 0.92 0.18 0.00
170_L 174_D 0.92 0.18 0.00
37_S 258_S 0.92 0.18 0.00
158_L 291_A 0.92 0.18 0.00
268_T 265_V 0.92 0.18 0.00
119_V 145_I 0.92 0.18 0.00
237_S 386_M 0.92 0.18 0.00
240_V 208_I 0.92 0.18 0.00
283_L 139_S 0.91 0.18 0.00
88_S 350_A 0.91 0.17 0.00
220_I 342_S 0.91 0.17 0.00
273_S 118_A 0.91 0.17 0.00
307_I 166_L 0.91 0.17 0.00
35_L 249_S 0.91 0.17 0.00
82_C 362_I 0.91 0.17 0.00
205_Y 221_F 0.91 0.17 0.00
201_I 68_I 0.91 0.17 0.00
139_C 180_M 0.90 0.17 0.00
232_L 177_V 0.90 0.17 0.00
71_R 178_G 0.90 0.17 0.00
170_L 107_F 0.90 0.17 0.00
30_I 207_F 0.90 0.17 0.00
20_V 364_N 0.90 0.17 0.00
135_E 57_D 0.90 0.17 0.00
296_I 359_E 0.90 0.17 0.00
194_L 151_F 0.90 0.17 0.00
147_I 391_V 0.90 0.17 0.00
145_S 355_E 0.89 0.17 0.00
119_V 183_I 0.89 0.17 0.00
106_V 221_F 0.89 0.17 0.00
233_L 328_L 0.89 0.17 0.00
227_L 330_V 0.89 0.17 0.00
269_V 316_L 0.89 0.17 0.00
265_L 167_Q 0.89 0.17 0.00
305_G 228_V 0.89 0.17 0.00
147_I 247_F 0.89 0.17 0.00
252_I 238_L 0.89 0.17 0.00
243_T 243_R 0.89 0.17 0.00
9_I 252_K 0.89 0.17 0.00
88_S 186_I 0.88 0.16 0.00
81_I 246_R 0.88 0.16 0.00
150_G 213_F 0.88 0.16 0.00
202_A 358_G 0.88 0.16 0.00
144_L 66_D 0.88 0.16 0.00
178_L 142_V 0.88 0.16 0.00
208_V 57_D 0.88 0.16 0.00
195_V 208_I 0.88 0.16 0.00
16_I 324_I 0.88 0.16 0.00
216_R 162_F 0.88 0.16 0.00
161_S 359_E 0.88 0.16 0.00
194_L 345_V 0.87 0.16 0.00
122_I 115_K 0.87 0.16 0.00
115_E 129_I 0.87 0.16 0.00
280_R 320_I 0.87 0.16 0.00
286_L 381_I 0.87 0.16 0.00
12_L 393_I 0.87 0.16 0.00
38_Q 254_I 0.87 0.16 0.00
232_L 158_T 0.87 0.16 0.00
97_F 340_I 0.87 0.16 0.00
215_I 238_L 0.87 0.16 0.00
248_S 366_L 0.87 0.16 0.00
144_L 153_T 0.87 0.16 0.00
132_V 209_G 0.87 0.16 0.00
307_I 376_M 0.87 0.16 0.00
88_S 154_M 0.87 0.16 0.00
220_I 118_A 0.87 0.16 0.00
283_L 159_L 0.87 0.16 0.00
20_V 83_V 0.87 0.16 0.00
135_E 246_R 0.86 0.15 0.00
217_T 129_I 0.86 0.15 0.00
265_L 145_I 0.86 0.15 0.00
70_T 328_L 0.86 0.15 0.00
237_S 326_L 0.86 0.15 0.00
82_C 132_S 0.86 0.15 0.00
263_I 96_L 0.86 0.15 0.00
258_A 274_G 0.86 0.15 0.00
9_I 240_K 0.86 0.15 0.00
35_L 380_V 0.86 0.15 0.00
161_S 122_V 0.86 0.15 0.00
310_I 73_V 0.85 0.15 0.00
130_I 64_I 0.85 0.15 0.00
27_N 247_F 0.85 0.15 0.00
144_L 323_G 0.85 0.15 0.00
160_I 169_C 0.85 0.15 0.00
99_T 318_K 0.85 0.15 0.00
295_V 121_L 0.85 0.15 0.00
219_I 343_V 0.85 0.15 0.00
233_L 316_L 0.85 0.15 0.00
274_I 265_V 0.85 0.15 0.00
68_V 239_S 0.85 0.15 0.00
149_K 370_A 0.85 0.15 0.00
203_G 320_I 0.85 0.15 0.00
224_P 173_I 0.85 0.15 0.00
231_M 208_I 0.85 0.15 0.00
48_K 135_N 0.85 0.15 0.00
209_P 158_T 0.85 0.15 0.00
229_I 162_F 0.85 0.15 0.00
35_L 296_I 0.85 0.15 0.00
20_V 211_V 0.84 0.15 0.00
255_L 122_V 0.84 0.15 0.00
82_C 161_G 0.84 0.15 0.00
127_S 169_C 0.84 0.15 0.00
296_I 272_I 0.84 0.15 0.00
288_D 248_F 0.84 0.15 0.00
252_I 129_I 0.84 0.15 0.00
265_L 255_N 0.84 0.15 0.00
143_I 172_A 0.84 0.15 0.00
295_V 127_S 0.84 0.15 0.00
30_I 277_V 0.84 0.15 0.00
258_A 203_L 0.84 0.15 0.00
133_S 142_V 0.84 0.15 0.00
241_I 105_L 0.84 0.15 0.00
132_V 198_I 0.84 0.14 0.00
268_T 299_V 0.84 0.14 0.00
69_V 377_L 0.84 0.14 0.00
222_T 284_S 0.84 0.14 0.00
229_I 142_V 0.84 0.14 0.00
269_V 168_I 0.84 0.14 0.00
86_I 317_I 0.84 0.14 0.00
126_S 100_D 0.84 0.14 0.00
83_K 125_L 0.84 0.14 0.00
240_V 133_L 0.84 0.14 0.00
122_I 259_I 0.83 0.14 0.00
28_L 102_L 0.83 0.14 0.00
229_I 338_I 0.83 0.14 0.00
288_D 397_I 0.83 0.14 0.00
90_M 192_L 0.83 0.14 0.00
190_L 296_I 0.83 0.14 0.00
143_I 380_V 0.83 0.14 0.00
12_L 135_N 0.83 0.14 0.00
299_S 373_M 0.83 0.14 0.00
240_V 259_I 0.83 0.14 0.00
81_I 64_I 0.83 0.14 0.00
178_L 60_D 0.83 0.14 0.00
229_I 225_S 0.83 0.14 0.00
284_N 49_D 0.83 0.14 0.00
241_I 397_I 0.83 0.14 0.00
89_F 347_Y 0.83 0.14 0.00
236_M 162_F 0.83 0.14 0.00
114_V 343_V 0.82 0.14 0.00
265_L 69_N 0.82 0.14 0.00
268_T 111_K 0.82 0.14 0.00
267_T 133_L 0.82 0.14 0.00
242_V 125_L 0.82 0.14 0.00
268_T 395_T 0.82 0.14 0.00
161_S 79_L 0.82 0.14 0.00
273_S 240_K 0.82 0.14 0.00
89_F 161_G 0.82 0.14 0.00
6_D 57_D 0.82 0.14 0.00
97_F 67_Y 0.82 0.14 0.00
231_M 107_F 0.82 0.14 0.00
22_K 69_N 0.82 0.14 0.00
91_D 393_I 0.82 0.14 0.00
212_D 121_L 0.82 0.14 0.00
300_A 166_L 0.82 0.14 0.00
246_I 308_D 0.82 0.14 0.00
269_V 317_I 0.82 0.14 0.00
222_T 329_L 0.82 0.14 0.00
175_V 68_I 0.82 0.14 0.00
66_S 290_F 0.82 0.14 0.00
208_V 369_V 0.82 0.14 0.00
267_T 187_L 0.81 0.14 0.00
119_V 143_S 0.81 0.14 0.00
174_I 321_F 0.81 0.14 0.00
121_N 223_F 0.81 0.14 0.00
31_E 180_M 0.81 0.14 0.00
208_V 54_G 0.81 0.14 0.00
143_I 327_I 0.81 0.14 0.00
90_M 222_L 0.81 0.14 0.00
243_T 291_A 0.81 0.14 0.00
199_N 231_G 0.81 0.14 0.00
280_R 286_K 0.81 0.14 0.00
100_L 169_C 0.81 0.14 0.00
162_P 338_I 0.81 0.13 0.00
277_I 272_I 0.81 0.13 0.00
268_T 171_D 0.81 0.13 0.00
93_I 328_L 0.81 0.13 0.00
142_K 238_L 0.81 0.13 0.00
170_L 218_F 0.81 0.13 0.00
174_I 363_S 0.81 0.13 0.00
36_R 218_F 0.81 0.13 0.00
73_D 394_L 0.81 0.13 0.00
70_T 117_V 0.81 0.13 0.00
170_L 222_L 0.81 0.13 0.00
307_I 331_G 0.81 0.13 0.00
164_Q 308_D 0.81 0.13 0.00
112_A 380_V 0.81 0.13 0.00
33_I 262_M 0.81 0.13 0.00
264_G 283_F 0.80 0.13 0.00
38_Q 86_L 0.80 0.13 0.00
106_V 366_L 0.80 0.13 0.00
296_I 64_I 0.80 0.13 0.00
90_M 201_T 0.80 0.13 0.00
43_L 244_L 0.80 0.13 0.00
124_H 321_F 0.80 0.13 0.00
70_T 221_F 0.80 0.13 0.00
277_I 312_S 0.80 0.13 0.00
99_T 386_M 0.80 0.13 0.00
41_L 316_L 0.80 0.13 0.00
119_V 78_N 0.80 0.13 0.00
255_L 157_L 0.80 0.13 0.00
106_V 182_V 0.80 0.13 0.00
94_K 396_S 0.80 0.13 0.00
69_V 121_L 0.80 0.13 0.00
276_D 273_Q 0.80 0.13 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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