May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
cd spovd-ve
Genes: A B A+B
Length: 659 376 950
Sequences: 4453 4735 2099
Seq/Len: 6.76 12.59 2.21
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.89
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.06 0.01 0.91
2 0.06 0.01 0.95
5 0.06 0.01 1.94
10 0.07 0.02 2.03
20 0.08 0.02 2.06
100 0.10 0.05 2.28
∞ 0.21 0.18 2.56
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
27_V 288_I 2.47 1.00 0.99
30_T 287_C 1.98 0.99 0.97
22_L 329_A 1.93 0.99 0.97
31_G 284_L 1.75 0.97 0.94
35_L 251_L 1.58 0.95 0.89
35_L 284_L 1.53 0.93 0.86
23_F 295_V 1.38 0.88 0.78
26_L 332_I 1.28 0.82 0.70
38_G 250_G 1.25 0.79 0.66
25_C 338_S 1.19 0.75 0.61
384_M 354_T 1.14 0.70 0.55
26_L 338_S 1.05 0.61 0.45
119_V 32_V 1.03 0.59 0.43
27_V 291_I 1.03 0.59 0.42
30_T 275_F 1.02 0.58 0.41
484_K 76_I 1.01 0.57 0.41
256_I 292_M 0.99 0.55 0.38
30_T 336_T 0.98 0.54 0.37
407_G 337_S 0.98 0.53 0.36
26_L 291_I 0.96 0.51 0.35
431_V 237_Y 0.96 0.51 0.34
19_A 325_G 0.95 0.50 0.33
21_A 27_M 0.93 0.47 0.31
424_S 18_F 0.93 0.47 0.31
26_L 336_T 0.93 0.47 0.31
219_S 278_I 0.93 0.47 0.31
565_G 276_A 0.92 0.47 0.30
174_V 138_L 0.92 0.46 0.29
29_R 317_V 0.91 0.46 0.29
141_I 227_D 0.90 0.44 0.28
375_L 93_V 0.90 0.44 0.28
484_K 67_F 0.90 0.43 0.28
323_E 354_T 0.89 0.43 0.27
488_E 369_I 0.88 0.42 0.26
220_I 265_Y 0.87 0.40 0.25
250_N 187_I 0.87 0.40 0.25
443_I 274_I 0.86 0.39 0.23
494_V 92_A 0.85 0.38 0.23
27_V 284_L 0.84 0.38 0.23
63_Y 338_S 0.84 0.37 0.22
478_I 65_L 0.84 0.37 0.22
26_L 356_L 0.84 0.37 0.22
138_L 275_F 0.83 0.37 0.21
24_F 165_A 0.83 0.37 0.21
35_L 184_F 0.83 0.36 0.21
349_W 266_I 0.83 0.36 0.21
506_G 33_G 0.83 0.36 0.21
33_L 167_I 0.83 0.36 0.21
389_E 114_L 0.83 0.36 0.21
20_C 292_M 0.82 0.36 0.21
224_I 341_A 0.82 0.35 0.20
395_D 357_T 0.82 0.35 0.20
379_L 364_G 0.81 0.34 0.20
407_G 174_S 0.81 0.34 0.20
26_L 329_A 0.81 0.34 0.19
407_G 241_Q 0.81 0.34 0.19
41_L 177_G 0.81 0.34 0.19
55_I 161_G 0.80 0.33 0.19
39_N 28_L 0.79 0.32 0.18
516_A 284_L 0.79 0.32 0.18
47_E 110_A 0.78 0.31 0.17
125_I 304_I 0.78 0.31 0.17
216_L 79_S 0.78 0.31 0.17
176_M 222_V 0.78 0.31 0.17
359_E 169_L 0.78 0.31 0.17
450_M 167_I 0.77 0.30 0.17
220_I 293_L 0.77 0.30 0.16
166_S 354_T 0.77 0.30 0.16
391_F 346_L 0.77 0.30 0.16
130_A 40_A 0.77 0.30 0.16
104_Y 369_I 0.76 0.29 0.16
452_P 364_G 0.76 0.29 0.16
481_E 35_V 0.76 0.29 0.15
48_Q 241_Q 0.76 0.29 0.15
181_K 76_I 0.76 0.29 0.15
427_Q 248_S 0.75 0.28 0.15
562_T 126_I 0.75 0.28 0.15
126_D 298_V 0.75 0.28 0.15
588_E 206_A 0.75 0.28 0.15
66_N 121_F 0.74 0.28 0.14
265_Y 213_I 0.74 0.28 0.14
26_L 333_A 0.74 0.28 0.14
220_I 294_F 0.74 0.28 0.14
216_L 292_M 0.74 0.27 0.14
247_I 285_I 0.74 0.27 0.14
341_V 237_Y 0.74 0.27 0.14
20_C 114_L 0.73 0.27 0.14
102_E 163_F 0.73 0.27 0.14
472_K 31_F 0.73 0.27 0.14
513_T 169_L 0.73 0.27 0.14
29_R 117_G 0.73 0.26 0.13
267_P 323_Q 0.73 0.26 0.13
405_A 307_K 0.73 0.26 0.13
379_L 225_F 0.73 0.26 0.13
306_T 114_L 0.72 0.26 0.13
29_R 336_T 0.72 0.26 0.13
211_V 114_L 0.72 0.26 0.13
501_I 357_T 0.72 0.25 0.13
402_P 316_V 0.72 0.25 0.12
215_G 365_I 0.71 0.25 0.12
407_G 236_G 0.71 0.25 0.12
546_V 162_I 0.71 0.25 0.12
480_K 365_I 0.71 0.25 0.12
307_Y 246_L 0.71 0.25 0.12
265_Y 296_V 0.71 0.25 0.12
197_G 109_G 0.71 0.25 0.12
12_L 270_Q 0.71 0.24 0.12
105_K 95_L 0.71 0.24 0.12
104_Y 297_L 0.71 0.24 0.12
479_S 133_I 0.70 0.24 0.12
99_I 114_L 0.70 0.24 0.12
425_F 62_Y 0.70 0.24 0.12
377_S 269_P 0.70 0.24 0.12
48_Q 271_N 0.70 0.24 0.12
451_Q 197_V 0.70 0.24 0.11
518_K 238_Q 0.70 0.24 0.11
546_V 154_V 0.70 0.23 0.11
443_I 164_F 0.69 0.23 0.11
222_E 365_I 0.69 0.23 0.11
215_G 159_V 0.69 0.23 0.11
550_V 84_N 0.69 0.23 0.11
481_E 242_G 0.69 0.23 0.11
135_D 327_Q 0.69 0.23 0.11
141_I 131_T 0.69 0.23 0.11
220_I 358_I 0.69 0.23 0.11
194_D 287_C 0.69 0.23 0.11
41_L 244_Y 0.69 0.23 0.11
252_K 314_C 0.69 0.23 0.11
403_G 332_I 0.69 0.23 0.11
401_L 110_A 0.69 0.23 0.11
157_A 40_A 0.69 0.23 0.11
499_G 18_F 0.68 0.23 0.11
400_D 300_R 0.68 0.22 0.10
517_Q 181_L 0.68 0.22 0.10
399_I 179_V 0.68 0.22 0.10
74_V 313_A 0.68 0.22 0.10
452_P 242_G 0.68 0.22 0.10
247_I 265_Y 0.68 0.22 0.10
484_K 61_I 0.68 0.22 0.10
107_I 300_R 0.68 0.22 0.10
347_K 170_Q 0.68 0.22 0.10
563_T 30_V 0.67 0.22 0.10
70_L 279_G 0.67 0.22 0.10
258_A 97_L 0.67 0.22 0.10
516_A 123_P 0.67 0.22 0.10
34_Q 333_A 0.67 0.22 0.10
576_L 114_L 0.67 0.22 0.10
140_G 241_Q 0.67 0.22 0.10
378_R 198_F 0.67 0.22 0.10
43_T 290_V 0.67 0.21 0.10
424_S 167_I 0.67 0.21 0.10
458_Y 28_L 0.67 0.21 0.10
11_R 135_T 0.67 0.21 0.10
8_S 97_L 0.67 0.21 0.10
212_Q 124_A 0.67 0.21 0.10
306_T 124_A 0.67 0.21 0.10
267_P 170_Q 0.67 0.21 0.10
316_I 78_Y 0.67 0.21 0.10
23_F 328_A 0.67 0.21 0.10
35_L 241_Q 0.67 0.21 0.10
404_E 284_L 0.66 0.21 0.10
194_D 24_Y 0.66 0.21 0.09
51_R 139_I 0.66 0.21 0.09
116_M 276_A 0.66 0.21 0.09
357_T 28_L 0.66 0.21 0.09
362_Q 293_L 0.66 0.21 0.09
70_L 187_I 0.66 0.21 0.09
100_L 33_G 0.66 0.20 0.09
393_L 373_V 0.66 0.20 0.09
434_I 35_V 0.66 0.20 0.09
116_M 348_F 0.66 0.20 0.09
249_M 72_I 0.66 0.20 0.09
261_S 229_F 0.66 0.20 0.09
364_V 92_A 0.66 0.20 0.09
119_V 121_F 0.66 0.20 0.09
184_G 166_L 0.66 0.20 0.09
165_S 262_K 0.65 0.20 0.09
75_T 191_G 0.65 0.20 0.09
479_S 24_Y 0.65 0.20 0.09
256_I 297_L 0.65 0.20 0.09
440_I 190_A 0.65 0.20 0.09
403_G 308_T 0.65 0.20 0.09
302_A 276_A 0.65 0.20 0.09
399_I 35_V 0.65 0.20 0.09
545_V 293_L 0.65 0.20 0.09
363_A 127_A 0.65 0.20 0.09
550_V 355_S 0.65 0.20 0.09
325_G 77_D 0.65 0.20 0.09
170_G 125_E 0.65 0.20 0.09
452_P 178_T 0.65 0.20 0.09
219_S 294_F 0.65 0.20 0.09
256_I 84_N 0.65 0.20 0.09
484_K 83_K 0.65 0.20 0.09
246_A 317_V 0.65 0.20 0.09
510_G 130_A 0.65 0.20 0.09
231_A 365_I 0.65 0.20 0.09
417_P 177_G 0.65 0.20 0.09
136_A 276_A 0.65 0.20 0.09
144_A 161_G 0.65 0.20 0.09
488_E 28_L 0.64 0.20 0.09
28_I 369_I 0.64 0.20 0.09
219_S 322_A 0.64 0.19 0.08
442_S 28_L 0.64 0.19 0.08
534_V 333_A 0.64 0.19 0.08
69_E 136_A 0.64 0.19 0.08
438_T 179_V 0.64 0.19 0.08
125_I 314_C 0.64 0.19 0.08
291_I 58_K 0.64 0.19 0.08
448_D 299_Y 0.64 0.19 0.08
232_V 316_V 0.64 0.19 0.08
394_M 174_S 0.64 0.19 0.08
570_E 60_V 0.64 0.19 0.08
220_I 67_F 0.64 0.19 0.08
504_I 256_L 0.64 0.19 0.08
317_T 59_N 0.64 0.19 0.08
47_E 198_F 0.64 0.19 0.08
272_T 34_I 0.64 0.19 0.08
53_I 37_V 0.63 0.19 0.08
541_D 81_W 0.63 0.19 0.08
338_S 29_L 0.63 0.18 0.08
317_T 114_L 0.63 0.18 0.08
382_G 297_L 0.63 0.18 0.08
499_G 333_A 0.63 0.18 0.08
312_T 188_F 0.63 0.18 0.08
360_F 43_I 0.63 0.18 0.08
488_E 162_I 0.63 0.18 0.08
395_D 165_A 0.63 0.18 0.08
76_K 77_D 0.62 0.18 0.08
540_D 162_I 0.62 0.18 0.08
8_S 314_C 0.62 0.18 0.08
185_K 97_L 0.62 0.18 0.08
460_D 320_I 0.62 0.18 0.08
303_V 295_V 0.62 0.18 0.08
394_M 241_Q 0.62 0.18 0.08
197_G 265_Y 0.62 0.18 0.08
425_F 345_A 0.62 0.18 0.07
587_E 291_I 0.62 0.18 0.07
18_L 297_L 0.62 0.18 0.07
535_G 216_P 0.62 0.18 0.07
484_K 158_V 0.62 0.18 0.07
141_I 138_L 0.62 0.18 0.07
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.1513 seconds.