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OPENSEQ.org
yubA-yubB_morestringent
Genes: A B A+B
Length: 388 276 572
Sequences: 5320 3169 80
Seq/Len: 13.71 11.48 0.14
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.65
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.07 0.02
2 0.00 0.07 0.02
5 0.00 0.07 0.06
10 0.01 0.07 0.09
20 0.01 0.07 0.12
100 0.03 0.08 0.44
∞ 0.14 0.11 2.27
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
326_I 30_M 1.74 0.36 0.00
104_I 60_S 1.65 0.32 0.00
194_F 268_G 1.52 0.26 0.00
64_V 24_V 1.50 0.25 0.00
199_D 268_G 1.48 0.24 0.00
262_L 242_L 1.39 0.21 0.00
88_L 100_G 1.36 0.20 0.00
263_L 237_A 1.32 0.19 0.00
268_A 245_V 1.29 0.17 0.00
326_I 24_V 1.28 0.17 0.00
191_F 100_G 1.26 0.17 0.00
268_A 72_I 1.26 0.17 0.00
98_T 10_A 1.24 0.16 0.00
262_L 198_F 1.24 0.16 0.00
335_L 100_G 1.21 0.15 0.00
264_A 215_L 1.20 0.15 0.00
96_L 237_A 1.19 0.15 0.00
264_A 128_G 1.19 0.15 0.00
348_I 135_L 1.19 0.15 0.00
207_I 203_A 1.18 0.14 0.00
61_T 133_A 1.18 0.14 0.00
194_F 9_A 1.18 0.14 0.00
162_A 254_K 1.17 0.14 0.00
256_G 262_I 1.16 0.14 0.00
195_Y 64_V 1.16 0.14 0.00
179_L 232_V 1.16 0.14 0.00
238_I 262_I 1.16 0.14 0.00
104_I 99_V 1.15 0.14 0.00
87_L 213_L 1.14 0.13 0.00
262_L 241_A 1.13 0.13 0.00
348_I 165_L 1.12 0.13 0.00
298_L 59_G 1.12 0.13 0.00
187_V 109_F 1.12 0.13 0.00
230_L 161_I 1.11 0.13 0.00
356_V 104_A 1.11 0.12 0.00
310_I 27_T 1.10 0.12 0.00
268_A 268_G 1.10 0.12 0.00
166_N 273_L 1.10 0.12 0.00
231_S 259_P 1.09 0.12 0.00
307_V 268_G 1.09 0.12 0.00
342_F 241_A 1.08 0.12 0.00
254_I 24_V 1.08 0.12 0.00
273_V 249_L 1.08 0.12 0.00
280_I 98_A 1.08 0.12 0.00
194_F 130_I 1.08 0.12 0.00
121_R 36_I 1.06 0.12 0.00
349_L 70_D 1.06 0.11 0.00
324_L 209_G 1.06 0.11 0.00
217_E 97_I 1.06 0.11 0.00
336_L 233_G 1.05 0.11 0.00
353_G 156_S 1.05 0.11 0.00
47_I 243_F 1.04 0.11 0.00
288_I 32_I 1.04 0.11 0.00
259_Y 16_E 1.04 0.11 0.00
203_L 270_I 1.04 0.11 0.00
326_I 157_Y 1.03 0.11 0.00
232_S 268_G 1.03 0.11 0.00
222_V 63_A 1.03 0.11 0.00
270_T 196_A 1.03 0.11 0.00
335_L 253_N 1.03 0.11 0.00
77_R 158_K 1.03 0.11 0.00
283_T 232_V 1.03 0.11 0.00
71_V 158_K 1.03 0.11 0.00
247_L 137_L 1.02 0.11 0.00
337_T 199_T 1.02 0.11 0.00
313_K 163_V 1.02 0.11 0.00
329_I 249_L 1.02 0.11 0.00
59_I 32_I 1.02 0.10 0.00
306_I 71_R 1.02 0.10 0.00
310_I 239_V 1.01 0.10 0.00
216_K 30_M 1.01 0.10 0.00
287_I 155_I 1.01 0.10 0.00
98_T 68_F 1.01 0.10 0.00
48_I 70_D 1.01 0.10 0.00
249_F 248_F 1.00 0.10 0.00
361_T 166_F 1.00 0.10 0.00
268_A 98_A 1.00 0.10 0.00
306_I 175_F 1.00 0.10 0.00
207_I 99_V 0.99 0.10 0.00
129_Q 24_V 0.98 0.10 0.00
355_A 169_L 0.98 0.10 0.00
199_D 125_V 0.98 0.10 0.00
341_L 237_A 0.98 0.10 0.00
195_Y 180_S 0.98 0.10 0.00
94_I 252_I 0.98 0.10 0.00
94_I 232_V 0.97 0.10 0.00
179_L 239_V 0.97 0.10 0.00
202_K 212_F 0.97 0.10 0.00
329_I 99_V 0.97 0.10 0.00
54_I 130_I 0.97 0.10 0.00
81_R 109_F 0.97 0.10 0.00
81_R 254_K 0.97 0.10 0.00
238_I 98_A 0.97 0.10 0.00
169_F 125_V 0.97 0.10 0.00
177_G 235_I 0.97 0.10 0.00
280_I 269_V 0.96 0.09 0.00
363_H 7_F 0.95 0.09 0.00
254_I 266_I 0.95 0.09 0.00
262_L 75_L 0.95 0.09 0.00
263_L 128_G 0.95 0.09 0.00
274_P 17_G 0.95 0.09 0.00
274_P 20_E 0.95 0.09 0.00
274_P 23_P 0.95 0.09 0.00
274_P 25_S 0.95 0.09 0.00
274_P 164_G 0.95 0.09 0.00
274_P 167_Q 0.95 0.09 0.00
274_P 173_P 0.95 0.09 0.00
274_P 176_S 0.95 0.09 0.00
274_P 177_R 0.95 0.09 0.00
277_G 17_G 0.95 0.09 0.00
277_G 20_E 0.95 0.09 0.00
277_G 23_P 0.95 0.09 0.00
277_G 25_S 0.95 0.09 0.00
277_G 164_G 0.95 0.09 0.00
277_G 167_Q 0.95 0.09 0.00
277_G 173_P 0.95 0.09 0.00
277_G 176_S 0.95 0.09 0.00
277_G 177_R 0.95 0.09 0.00
317_P 17_G 0.95 0.09 0.00
317_P 20_E 0.95 0.09 0.00
317_P 23_P 0.95 0.09 0.00
317_P 25_S 0.95 0.09 0.00
317_P 164_G 0.95 0.09 0.00
317_P 167_Q 0.95 0.09 0.00
317_P 173_P 0.95 0.09 0.00
317_P 176_S 0.95 0.09 0.00
317_P 177_R 0.95 0.09 0.00
346_G 17_G 0.95 0.09 0.00
346_G 20_E 0.95 0.09 0.00
346_G 23_P 0.95 0.09 0.00
346_G 25_S 0.95 0.09 0.00
346_G 164_G 0.95 0.09 0.00
346_G 167_Q 0.95 0.09 0.00
346_G 173_P 0.95 0.09 0.00
346_G 176_S 0.95 0.09 0.00
346_G 177_R 0.95 0.09 0.00
244_I 261_A 0.95 0.09 0.00
186_I 54_V 0.95 0.09 0.00
118_N 235_I 0.94 0.09 0.00
348_I 24_V 0.94 0.09 0.00
63_I 195_A 0.94 0.09 0.00
283_T 217_K 0.94 0.09 0.00
348_I 63_A 0.94 0.09 0.00
276_L 72_I 0.93 0.09 0.00
193_L 270_I 0.93 0.09 0.00
84_Y 262_I 0.93 0.09 0.00
250_I 201_I 0.93 0.09 0.00
110_E 161_I 0.93 0.09 0.00
329_I 66_I 0.93 0.09 0.00
178_A 160_A 0.93 0.09 0.00
348_I 110_L 0.92 0.09 0.00
60_L 16_E 0.92 0.09 0.00
202_K 64_V 0.92 0.09 0.00
256_G 238_F 0.92 0.09 0.00
105_I 33_V 0.92 0.09 0.00
359_V 204_M 0.92 0.09 0.00
350_A 184_G 0.92 0.09 0.00
104_I 62_L 0.92 0.09 0.00
80_I 267_L 0.92 0.09 0.00
298_L 199_T 0.91 0.09 0.00
314_L 199_T 0.91 0.09 0.00
85_S 14_I 0.91 0.09 0.00
324_L 213_L 0.91 0.09 0.00
203_L 273_L 0.91 0.09 0.00
343_G 17_G 0.91 0.08 0.00
343_G 20_E 0.91 0.08 0.00
343_G 23_P 0.91 0.08 0.00
343_G 25_S 0.91 0.08 0.00
343_G 164_G 0.91 0.08 0.00
343_G 167_Q 0.91 0.08 0.00
343_G 173_P 0.91 0.08 0.00
343_G 176_S 0.91 0.08 0.00
343_G 177_R 0.91 0.08 0.00
236_G 265_I 0.91 0.08 0.00
63_I 222_L 0.91 0.08 0.00
85_S 63_A 0.91 0.08 0.00
91_L 220_D 0.90 0.08 0.00
115_L 271_L 0.90 0.08 0.00
60_L 203_A 0.90 0.08 0.00
286_I 14_I 0.90 0.08 0.00
81_R 196_A 0.90 0.08 0.00
108_L 242_L 0.90 0.08 0.00
124_D 161_I 0.90 0.08 0.00
96_L 161_I 0.90 0.08 0.00
262_L 59_G 0.90 0.08 0.00
264_A 7_F 0.89 0.08 0.00
243_C 275_M 0.89 0.08 0.00
104_I 156_S 0.89 0.08 0.00
223_L 247_F 0.89 0.08 0.00
318_Q 249_L 0.89 0.08 0.00
55_S 235_I 0.89 0.08 0.00
301_V 36_I 0.89 0.08 0.00
90_Y 15_V 0.89 0.08 0.00
88_L 242_L 0.89 0.08 0.00
306_I 270_I 0.88 0.08 0.00
314_L 245_V 0.88 0.08 0.00
137_N 106_V 0.88 0.08 0.00
322_K 133_A 0.88 0.08 0.00
361_T 99_V 0.88 0.08 0.00
58_I 108_G 0.88 0.08 0.00
68_L 67_V 0.88 0.08 0.00
189_V 152_L 0.88 0.08 0.00
228_H 64_V 0.88 0.08 0.00
242_F 9_A 0.88 0.08 0.00
312_G 237_A 0.88 0.08 0.00
221_T 232_V 0.88 0.08 0.00
104_I 191_N 0.88 0.08 0.00
203_L 10_A 0.87 0.08 0.00
232_S 165_L 0.87 0.08 0.00
218_Q 16_E 0.87 0.08 0.00
314_L 90_H 0.87 0.08 0.00
313_K 137_L 0.87 0.08 0.00
119_I 252_I 0.87 0.08 0.00
92_L 124_T 0.87 0.08 0.00
84_Y 30_M 0.87 0.08 0.00
97_I 156_S 0.87 0.08 0.00
281_A 198_F 0.87 0.08 0.00
260_A 195_A 0.86 0.08 0.00
335_L 105_A 0.86 0.08 0.00
349_L 18_L 0.86 0.08 0.00
148_I 262_I 0.86 0.08 0.00
255_I 201_I 0.86 0.08 0.00
258_D 249_L 0.86 0.08 0.00
278_P 69_K 0.86 0.08 0.00
294_P 240_V 0.86 0.08 0.00
60_L 60_S 0.86 0.08 0.00
183_I 107_L 0.86 0.08 0.00
184_I 21_Y 0.85 0.08 0.00
342_F 21_Y 0.85 0.08 0.00
307_V 187_I 0.85 0.08 0.00
206_Y 266_I 0.85 0.08 0.00
298_L 80_K 0.85 0.08 0.00
111_Q 21_Y 0.85 0.08 0.00
325_H 237_A 0.85 0.08 0.00
189_V 203_A 0.85 0.07 0.00
287_I 70_D 0.85 0.07 0.00
240_V 188_L 0.85 0.07 0.00
108_L 245_V 0.85 0.07 0.00
337_T 100_G 0.85 0.07 0.00
347_I 32_I 0.85 0.07 0.00
55_S 157_Y 0.85 0.07 0.00
51_L 233_G 0.85 0.07 0.00
265_V 34_D 0.85 0.07 0.00
211_V 186_V 0.85 0.07 0.00
238_I 195_A 0.85 0.07 0.00
257_L 168_C 0.84 0.07 0.00
72_V 68_F 0.84 0.07 0.00
191_F 206_I 0.84 0.07 0.00
318_Q 186_V 0.84 0.07 0.00
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160_Q 186_V 0.84 0.07 0.00
199_D 130_I 0.84 0.07 0.00
184_I 274_I 0.84 0.07 0.00
188_T 16_E 0.84 0.07 0.00
321_G 141_W 0.84 0.07 0.00
345_V 151_T 0.84 0.07 0.00
95_G 15_V 0.84 0.07 0.00
182_I 108_G 0.84 0.07 0.00
213_T 269_V 0.84 0.07 0.00
71_V 134_I 0.84 0.07 0.00
262_L 250_R 0.84 0.07 0.00
247_L 161_I 0.84 0.07 0.00
123_V 33_V 0.84 0.07 0.00
217_E 11_I 0.84 0.07 0.00
326_I 248_F 0.84 0.07 0.00
350_A 210_A 0.84 0.07 0.00
172_V 235_I 0.84 0.07 0.00
60_L 207_M 0.84 0.07 0.00
337_T 30_M 0.84 0.07 0.00
179_L 60_S 0.83 0.07 0.00
268_A 272_L 0.83 0.07 0.00
326_I 184_G 0.83 0.07 0.00
193_L 128_G 0.83 0.07 0.00
200_G 33_V 0.83 0.07 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
11069 0.14 yubA-yubB_morestringent Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
11064 2.58 yubA-yubB Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
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