May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
YBB
Genes: A B A+B
Length: 228 804 1022
Sequences: 87731 5640 2011
Seq/Len: 384.79 7.01 1.97
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.50
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.10 0.04 1.70
2 0.10 0.05 1.77
5 0.14 0.06 1.95
10 0.19 0.07 2.20
20 0.25 0.07 2.56
100 0.35 0.09 3.67
∞ 0.37 0.16 4.09
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
107_E 8_R 1.67 0.95 0.75
84_K 283_G 1.37 0.85 0.51
87_A 723_L 1.32 0.82 0.47
29_V 591_V 1.22 0.74 0.37
185_I 151_L 1.18 0.70 0.33
84_K 720_G 1.15 0.67 0.30
137_G 590_T 1.05 0.57 0.22
67_V 308_A 1.01 0.53 0.19
50_S 368_L 1.00 0.52 0.19
83_A 278_K 1.00 0.52 0.19
11_H 289_K 1.00 0.52 0.19
62_G 308_A 1.00 0.52 0.19
32_V 591_V 0.99 0.51 0.18
93_V 717_L 0.98 0.49 0.17
29_V 332_A 0.97 0.49 0.17
178_D 731_E 0.97 0.48 0.17
35_R 765_P 0.93 0.44 0.14
164_R 741_L 0.93 0.44 0.14
33_V 466_L 0.92 0.43 0.14
12_L 300_T 0.91 0.42 0.13
114_L 440_R 0.90 0.41 0.13
67_V 114_T 0.89 0.39 0.12
41_L 272_D 0.89 0.39 0.12
167_V 342_G 0.88 0.39 0.12
180_Q 301_L 0.88 0.38 0.12
63_S 466_L 0.87 0.38 0.11
219_L 134_A 0.87 0.37 0.11
100_I 364_P 0.86 0.37 0.11
151_E 321_L 0.86 0.36 0.11
94_F 279_T 0.85 0.36 0.10
57_A 287_L 0.85 0.35 0.10
117_G 723_L 0.84 0.35 0.10
62_G 79_G 0.84 0.35 0.10
217_L 788_L 0.84 0.35 0.10
90_V 23_S 0.84 0.35 0.10
156_A 6_F 0.84 0.35 0.10
41_L 725_R 0.84 0.35 0.10
29_V 149_A 0.84 0.35 0.10
93_V 590_T 0.84 0.35 0.10
217_L 127_L 0.84 0.34 0.10
53_L 621_F 0.84 0.34 0.10
90_V 417_L 0.83 0.34 0.10
32_V 791_R 0.83 0.34 0.10
114_L 4_R 0.83 0.33 0.09
162_N 206_L 0.82 0.33 0.09
35_R 515_V 0.82 0.33 0.09
59_L 628_L 0.82 0.33 0.09
181_T 314_E 0.82 0.33 0.09
115_L 310_G 0.82 0.32 0.09
182_G 723_L 0.82 0.32 0.09
185_I 686_V 0.82 0.32 0.09
32_V 690_A 0.82 0.32 0.09
203_V 197_Y 0.82 0.32 0.09
167_V 341_L 0.81 0.32 0.09
109_V 35_I 0.81 0.32 0.09
68_S 779_L 0.81 0.32 0.09
219_L 792_L 0.81 0.32 0.09
178_D 261_V 0.81 0.32 0.09
23_L 731_E 0.81 0.31 0.09
8_E 217_L 0.81 0.31 0.09
81_A 756_A 0.81 0.31 0.09
90_V 287_L 0.81 0.31 0.09
201_I 454_L 0.80 0.31 0.08
195_E 304_V 0.80 0.31 0.08
200_L 351_V 0.80 0.31 0.08
39_I 20_L 0.80 0.30 0.08
32_V 511_E 0.79 0.30 0.08
51_T 365_L 0.79 0.30 0.08
136_L 267_C 0.79 0.30 0.08
50_S 697_L 0.78 0.29 0.08
201_I 372_V 0.78 0.29 0.08
167_V 716_T 0.78 0.29 0.08
35_R 690_A 0.78 0.29 0.08
213_C 696_L 0.78 0.28 0.07
88_K 576_E 0.77 0.28 0.07
54_A 368_L 0.77 0.28 0.07
191_S 20_L 0.76 0.27 0.07
50_S 754_L 0.76 0.27 0.07
157_L 114_T 0.76 0.27 0.07
178_D 295_W 0.76 0.27 0.07
61_D 609_K 0.76 0.27 0.07
104_N 8_R 0.76 0.27 0.07
219_L 468_A 0.76 0.27 0.07
182_G 458_S 0.76 0.27 0.07
32_V 334_L 0.76 0.27 0.07
9_V 786_G 0.76 0.27 0.07
190_F 712_V 0.75 0.26 0.07
185_I 628_L 0.75 0.26 0.07
6_I 209_Y 0.75 0.26 0.07
162_N 154_A 0.75 0.26 0.07
145_A 548_N 0.75 0.26 0.07
202_M 268_R 0.75 0.26 0.07
13_K 746_G 0.75 0.26 0.07
107_E 444_S 0.75 0.26 0.06
134_L 302_S 0.74 0.26 0.06
38_T 270_R 0.74 0.26 0.06
115_L 418_C 0.74 0.26 0.06
79_E 605_T 0.74 0.25 0.06
41_L 563_A 0.74 0.25 0.06
63_S 250_L 0.74 0.25 0.06
218_R 308_A 0.74 0.25 0.06
100_I 470_L 0.74 0.25 0.06
162_N 328_A 0.73 0.25 0.06
34_K 783_L 0.73 0.25 0.06
176_N 136_L 0.73 0.25 0.06
31_L 349_L 0.73 0.25 0.06
73_P 297_M 0.73 0.25 0.06
113_A 693_M 0.73 0.25 0.06
201_I 517_E 0.73 0.25 0.06
189_L 591_V 0.73 0.25 0.06
85_L 747_A 0.73 0.24 0.06
219_L 451_W 0.73 0.24 0.06
28_G 686_V 0.73 0.24 0.06
56_L 473_L 0.73 0.24 0.06
203_V 99_V 0.73 0.24 0.06
121_A 346_V 0.73 0.24 0.06
216_C 497_I 0.73 0.24 0.06
29_V 387_S 0.73 0.24 0.06
50_S 378_P 0.72 0.24 0.06
69_L 19_W 0.72 0.24 0.06
147_L 242_Q 0.72 0.24 0.06
105_A 360_L 0.72 0.24 0.06
209_L 740_G 0.72 0.24 0.06
162_N 572_E 0.72 0.24 0.06
84_K 296_L 0.72 0.23 0.06
132_E 591_V 0.72 0.23 0.06
223_Q 330_P 0.72 0.23 0.06
156_A 296_L 0.72 0.23 0.06
201_I 500_E 0.72 0.23 0.06
30_E 646_G 0.71 0.23 0.06
104_N 135_L 0.71 0.23 0.06
185_I 453_T 0.71 0.23 0.06
7_V 233_L 0.71 0.23 0.06
38_T 273_L 0.71 0.23 0.06
57_A 697_L 0.71 0.23 0.05
69_L 461_S 0.71 0.23 0.05
50_S 92_D 0.71 0.23 0.05
31_L 71_A 0.71 0.23 0.05
200_L 244_L 0.71 0.23 0.05
53_L 589_D 0.71 0.23 0.05
33_V 248_A 0.71 0.23 0.05
189_L 152_R 0.71 0.23 0.05
41_L 250_L 0.71 0.23 0.05
16_V 252_L 0.70 0.23 0.05
13_K 501_Q 0.70 0.23 0.05
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
11058 1.74 Ybb Δgene:(1, 2) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.99 Done - Shared
11057 1.97 YBB Δgene:(1, 5) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.75 Done - Shared
Page generated in 1.1622 seconds.