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OPENSEQ.org
cq
Genes: A B A+B
Length: 335 410 653
Sequences: 1285 142 97
Seq/Len: 3.84 0.35 0.15
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.80
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.01 0.11
2 0.00 0.01 0.12
5 0.00 0.02 0.13
10 0.01 0.02 0.15
20 0.02 0.03 0.16
100 0.04 0.03 0.16
∞ 0.11 0.07 0.16
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
51_G 154_H 1.71 0.36 0.00
51_G 129_C 1.69 0.35 0.00
54_G 143_W 1.69 0.35 0.00
51_G 132_C 1.67 0.34 0.00
105_Q 37_S 1.54 0.28 0.00
58_S 88_F 1.53 0.28 0.00
51_G 344_A 1.52 0.27 0.00
161_K 158_L 1.50 0.27 0.00
247_R 252_A 1.48 0.26 0.00
56_G 151_C 1.47 0.25 0.00
156_I 36_G 1.47 0.25 0.00
190_S 295_V 1.43 0.24 0.00
187_Q 154_H 1.43 0.23 0.00
201_F 12_D 1.41 0.23 0.00
99_L 343_D 1.40 0.22 0.00
237_A 129_C 1.39 0.22 0.00
173_L 33_I 1.37 0.21 0.00
57_K 151_C 1.35 0.21 0.00
175_G 151_C 1.35 0.21 0.00
191_R 158_L 1.35 0.20 0.00
237_A 154_H 1.35 0.20 0.00
138_I 248_A 1.34 0.20 0.00
142_Q 26_N 1.32 0.20 0.00
191_R 143_W 1.32 0.19 0.00
58_S 164_A 1.31 0.19 0.00
237_A 132_C 1.31 0.19 0.00
268_L 24_Q 1.30 0.19 0.00
105_Q 259_W 1.30 0.19 0.00
276_A 214_N 1.29 0.18 0.00
172_V 133_L 1.28 0.18 0.00
53_T 250_T 1.27 0.18 0.00
142_Q 256_F 1.26 0.17 0.00
57_K 13_E 1.26 0.17 0.00
175_G 13_E 1.26 0.17 0.00
91_T 155_G 1.25 0.17 0.00
187_Q 132_C 1.21 0.16 0.00
187_Q 129_C 1.21 0.16 0.00
138_I 207_G 1.20 0.15 0.00
56_G 154_H 1.19 0.15 0.00
56_G 129_C 1.19 0.15 0.00
246_L 17_S 1.19 0.15 0.00
56_G 132_C 1.19 0.15 0.00
244_G 162_C 1.17 0.15 0.00
133_T 257_T 1.17 0.15 0.00
57_K 129_C 1.16 0.14 0.00
175_G 129_C 1.16 0.14 0.00
57_K 154_H 1.16 0.14 0.00
175_G 154_H 1.16 0.14 0.00
58_S 346_T 1.16 0.14 0.00
268_L 76_L 1.16 0.14 0.00
55_T 261_D 1.15 0.14 0.00
256_S 76_L 1.15 0.14 0.00
140_E 151_C 1.14 0.14 0.00
57_K 21_R 1.14 0.14 0.00
175_G 21_R 1.14 0.14 0.00
51_G 151_C 1.14 0.14 0.00
191_R 151_C 1.14 0.14 0.00
192_L 312_L 1.14 0.14 0.00
244_G 180_C 1.14 0.14 0.00
179_A 14_A 1.13 0.14 0.00
286_N 151_C 1.12 0.13 0.00
57_K 143_W 1.12 0.13 0.00
175_G 143_W 1.12 0.13 0.00
57_K 132_C 1.12 0.13 0.00
175_G 132_C 1.12 0.13 0.00
187_Q 151_C 1.12 0.13 0.00
95_T 286_D 1.12 0.13 0.00
87_P 132_C 1.12 0.13 0.00
56_G 26_N 1.11 0.13 0.00
126_K 116_I 1.11 0.13 0.00
139_D 151_C 1.11 0.13 0.00
273_I 165_C 1.11 0.13 0.00
210_F 162_C 1.11 0.13 0.00
58_S 125_Q 1.11 0.13 0.00
288_F 151_C 1.11 0.13 0.00
213_L 181_Q 1.11 0.13 0.00
92_L 270_M 1.11 0.13 0.00
87_P 129_C 1.10 0.13 0.00
273_I 162_C 1.10 0.13 0.00
124_L 292_G 1.10 0.13 0.00
218_A 133_L 1.09 0.13 0.00
213_L 152_H 1.09 0.12 0.00
136_I 159_I 1.09 0.12 0.00
54_G 17_S 1.08 0.12 0.00
87_P 154_H 1.08 0.12 0.00
161_K 143_W 1.08 0.12 0.00
214_I 358_L 1.08 0.12 0.00
151_E 124_H 1.07 0.12 0.00
19_V 236_Y 1.06 0.12 0.00
269_K 131_D 1.06 0.12 0.00
56_G 267_L 1.06 0.12 0.00
58_S 340_S 1.06 0.12 0.00
22_P 339_L 1.06 0.12 0.00
84_S 80_D 1.06 0.12 0.00
294_E 140_R 1.05 0.12 0.00
54_G 132_C 1.05 0.12 0.00
129_K 216_L 1.05 0.12 0.00
181_K 205_A 1.05 0.12 0.00
272_H 357_R 1.05 0.12 0.00
255_E 270_M 1.05 0.12 0.00
163_I 226_F 1.05 0.12 0.00
110_D 133_L 1.05 0.12 0.00
103_L 43_H 1.04 0.12 0.00
49_L 18_Y 1.04 0.12 0.00
286_N 26_N 1.04 0.12 0.00
142_Q 263_F 1.04 0.11 0.00
245_S 137_A 1.04 0.11 0.00
87_P 227_G 1.04 0.11 0.00
261_L 227_G 1.04 0.11 0.00
268_L 17_S 1.04 0.11 0.00
252_L 226_F 1.03 0.11 0.00
53_T 272_D 1.03 0.11 0.00
183_A 205_A 1.03 0.11 0.00
277_Y 306_T 1.03 0.11 0.00
132_E 152_H 1.03 0.11 0.00
145_I 18_Y 1.03 0.11 0.00
138_I 291_F 1.03 0.11 0.00
191_R 13_E 1.03 0.11 0.00
138_I 245_D 1.02 0.11 0.00
196_R 350_T 1.02 0.11 0.00
212_R 75_A 1.02 0.11 0.00
173_L 76_L 1.02 0.11 0.00
238_L 23_S 1.02 0.11 0.00
268_L 323_V 1.01 0.11 0.00
140_E 13_E 1.01 0.11 0.00
163_I 111_R 1.01 0.11 0.00
124_L 349_S 1.01 0.11 0.00
206_D 95_L 1.01 0.11 0.00
183_A 125_Q 1.01 0.11 0.00
172_V 313_K 1.00 0.11 0.00
156_I 153_R 1.00 0.11 0.00
244_G 182_C 1.00 0.11 0.00
287_P 165_C 1.00 0.11 0.00
196_R 322_L 1.00 0.11 0.00
172_V 241_E 1.00 0.11 0.00
191_R 130_P 1.00 0.11 0.00
296_K 373_R 1.00 0.11 0.00
99_L 201_L 1.00 0.10 0.00
171_I 364_L 1.00 0.10 0.00
139_D 13_E 1.00 0.10 0.00
54_G 154_H 0.99 0.10 0.00
260_A 227_G 0.99 0.10 0.00
88_S 33_I 0.99 0.10 0.00
81_L 318_F 0.99 0.10 0.00
18_Y 344_A 0.99 0.10 0.00
277_Y 133_L 0.99 0.10 0.00
57_K 158_L 0.98 0.10 0.00
175_G 158_L 0.98 0.10 0.00
121_T 37_S 0.98 0.10 0.00
273_I 45_T 0.98 0.10 0.00
249_L 28_F 0.98 0.10 0.00
95_T 80_D 0.98 0.10 0.00
68_H 94_A 0.98 0.10 0.00
58_S 291_F 0.97 0.10 0.00
178_W 95_L 0.97 0.10 0.00
56_G 13_E 0.97 0.10 0.00
105_Q 35_S 0.97 0.10 0.00
47_M 217_L 0.97 0.10 0.00
272_H 291_F 0.97 0.10 0.00
149_T 307_G 0.97 0.10 0.00
81_L 182_C 0.97 0.10 0.00
228_R 34_F 0.97 0.10 0.00
61_I 82_L 0.96 0.10 0.00
142_Q 27_G 0.96 0.10 0.00
57_K 130_P 0.96 0.10 0.00
175_G 130_P 0.96 0.10 0.00
161_K 151_C 0.96 0.10 0.00
149_T 221_S 0.95 0.10 0.00
54_G 129_C 0.95 0.10 0.00
276_A 39_Q 0.95 0.10 0.00
273_I 180_C 0.95 0.10 0.00
47_M 160_Y 0.95 0.10 0.00
117_A 182_C 0.95 0.09 0.00
60_L 267_L 0.95 0.09 0.00
185_E 259_W 0.94 0.09 0.00
96_M 344_A 0.94 0.09 0.00
174_V 314_N 0.94 0.09 0.00
51_G 170_N 0.94 0.09 0.00
144_L 9_P 0.94 0.09 0.00
138_I 365_P 0.94 0.09 0.00
54_G 158_L 0.94 0.09 0.00
98_E 12_D 0.94 0.09 0.00
257_V 31_Y 0.93 0.09 0.00
213_L 330_R 0.93 0.09 0.00
283_D 131_D 0.93 0.09 0.00
61_I 354_Q 0.93 0.09 0.00
120_L 7_P 0.93 0.09 0.00
64_Y 202_S 0.93 0.09 0.00
94_S 118_L 0.93 0.09 0.00
192_L 133_L 0.93 0.09 0.00
238_L 262_A 0.93 0.09 0.00
268_L 103_G 0.93 0.09 0.00
173_L 244_R 0.93 0.09 0.00
171_I 326_H 0.93 0.09 0.00
240_A 233_Q 0.93 0.09 0.00
58_S 171_Y 0.93 0.09 0.00
273_I 354_Q 0.93 0.09 0.00
191_R 129_C 0.93 0.09 0.00
10_K 358_L 0.92 0.09 0.00
106_F 26_N 0.92 0.09 0.00
120_L 323_V 0.92 0.09 0.00
191_R 154_H 0.92 0.09 0.00
137_I 297_D 0.92 0.09 0.00
140_E 129_C 0.92 0.09 0.00
43_E 227_G 0.92 0.09 0.00
162_Y 127_P 0.92 0.09 0.00
140_E 154_H 0.92 0.09 0.00
223_F 343_D 0.92 0.09 0.00
66_A 229_L 0.92 0.09 0.00
177_P 90_L 0.92 0.09 0.00
135_L 226_F 0.92 0.09 0.00
259_Q 31_Y 0.92 0.09 0.00
221_M 320_T 0.92 0.09 0.00
189_S 345_A 0.91 0.09 0.00
54_G 340_S 0.91 0.09 0.00
35_R 231_W 0.91 0.09 0.00
103_L 85_G 0.91 0.09 0.00
100_L 21_R 0.91 0.09 0.00
246_L 128_C 0.91 0.09 0.00
233_H 330_R 0.91 0.09 0.00
300_V 104_N 0.91 0.09 0.00
58_S 36_G 0.91 0.09 0.00
111_R 236_Y 0.91 0.09 0.00
105_Q 34_F 0.91 0.09 0.00
27_I 256_F 0.90 0.09 0.00
136_I 124_H 0.90 0.09 0.00
9_D 80_D 0.90 0.09 0.00
53_T 81_R 0.90 0.09 0.00
49_L 164_A 0.90 0.09 0.00
252_L 301_I 0.90 0.09 0.00
129_K 97_H 0.90 0.09 0.00
163_I 304_R 0.90 0.09 0.00
158_N 298_C 0.90 0.09 0.00
222_P 154_H 0.90 0.09 0.00
139_D 129_C 0.90 0.09 0.00
47_M 311_I 0.90 0.09 0.00
271_E 344_A 0.90 0.09 0.00
91_T 315_L 0.90 0.09 0.00
174_V 14_A 0.90 0.09 0.00
191_R 21_R 0.90 0.09 0.00
139_D 154_H 0.90 0.09 0.00
53_T 26_N 0.89 0.09 0.00
105_Q 316_I 0.89 0.09 0.00
31_F 195_Q 0.89 0.08 0.00
170_P 26_N 0.89 0.08 0.00
221_M 162_C 0.89 0.08 0.00
173_L 158_L 0.89 0.08 0.00
276_A 145_F 0.89 0.08 0.00
37_N 273_D 0.89 0.08 0.00
110_D 294_V 0.89 0.08 0.00
58_S 188_T 0.89 0.08 0.00
21_T 364_L 0.89 0.08 0.00
103_L 17_S 0.89 0.08 0.00
144_L 358_L 0.89 0.08 0.00
51_G 135_E 0.89 0.08 0.00
120_L 320_T 0.89 0.08 0.00
7_D 91_L 0.88 0.08 0.00
9_D 189_A 0.88 0.08 0.00
233_H 133_L 0.88 0.08 0.00
86_I 357_R 0.88 0.08 0.00
198_I 236_Y 0.88 0.08 0.00
12_R 113_G 0.88 0.08 0.00
91_T 267_L 0.88 0.08 0.00
103_L 182_C 0.88 0.08 0.00
237_A 151_C 0.88 0.08 0.00
173_L 45_T 0.88 0.08 0.00
242_C 183_G 0.88 0.08 0.00
263_A 14_A 0.88 0.08 0.00
158_N 89_R 0.88 0.08 0.00
136_I 217_L 0.88 0.08 0.00
80_P 138_Y 0.88 0.08 0.00
47_M 128_C 0.88 0.08 0.00
82_L 319_L 0.88 0.08 0.00
19_V 260_P 0.88 0.08 0.00
77_I 85_G 0.88 0.08 0.00
75_G 18_Y 0.88 0.08 0.00
82_L 170_N 0.88 0.08 0.00
191_R 132_C 0.88 0.08 0.00
203_L 257_T 0.87 0.08 0.00
238_L 13_E 0.87 0.08 0.00
103_L 311_I 0.87 0.08 0.00
142_Q 220_G 0.87 0.08 0.00
140_E 132_C 0.87 0.08 0.00
290_Q 83_T 0.87 0.08 0.00
193_L 345_A 0.87 0.08 0.00
144_L 275_L 0.87 0.08 0.00
281_Y 205_A 0.87 0.08 0.00
24_L 136_S 0.87 0.08 0.00
23_L 298_C 0.87 0.08 0.00
247_R 316_I 0.87 0.08 0.00
46_C 20_L 0.87 0.08 0.00
82_L 21_R 0.87 0.08 0.00
177_P 364_L 0.87 0.08 0.00
163_I 322_L 0.86 0.08 0.00
93_E 364_L 0.86 0.08 0.00
242_C 319_L 0.86 0.08 0.00
82_L 318_F 0.86 0.08 0.00
58_S 3_L 0.86 0.08 0.00
260_A 133_L 0.86 0.08 0.00
195_R 355_V 0.86 0.08 0.00
177_P 129_C 0.86 0.08 0.00
140_E 143_W 0.86 0.08 0.00
91_T 260_P 0.86 0.08 0.00
102_D 273_D 0.86 0.08 0.00
139_D 21_R 0.86 0.08 0.00
39_Q 326_H 0.86 0.08 0.00
140_E 21_R 0.86 0.08 0.00
47_M 298_C 0.86 0.08 0.00
79_K 220_G 0.86 0.08 0.00
249_L 359_H 0.86 0.08 0.00
158_N 27_G 0.86 0.08 0.00
242_C 335_G 0.86 0.08 0.00
22_P 29_E 0.86 0.08 0.00
217_L 130_P 0.86 0.08 0.00
143_E 29_E 0.85 0.08 0.00
60_L 178_N 0.85 0.08 0.00
268_L 320_T 0.85 0.08 0.00
273_I 94_A 0.85 0.08 0.00
47_M 177_I 0.85 0.08 0.00
95_T 226_F 0.85 0.08 0.00
58_S 185_D 0.85 0.08 0.00
31_F 287_F 0.85 0.08 0.00
155_Q 34_F 0.85 0.08 0.00
122_E 329_C 0.85 0.08 0.00
54_G 94_A 0.85 0.08 0.00
223_F 296_A 0.85 0.08 0.00
10_K 46_D 0.85 0.08 0.00
139_D 132_C 0.85 0.08 0.00
96_M 238_S 0.85 0.08 0.00
58_S 26_N 0.85 0.08 0.00
279_L 125_Q 0.85 0.08 0.00
139_D 143_W 0.85 0.08 0.00
12_R 247_R 0.84 0.08 0.00
249_L 225_R 0.84 0.08 0.00
23_L 315_L 0.84 0.08 0.00
274_A 356_R 0.84 0.08 0.00
128_L 223_S 0.84 0.08 0.00
100_L 15_L 0.84 0.08 0.00
245_S 305_N 0.84 0.08 0.00
221_M 249_L 0.84 0.08 0.00
190_S 132_C 0.84 0.08 0.00
127_C 145_F 0.84 0.08 0.00
214_I 301_I 0.84 0.08 0.00
274_A 114_V 0.84 0.08 0.00
91_T 130_P 0.84 0.08 0.00
287_P 136_S 0.84 0.08 0.00
93_E 127_P 0.84 0.08 0.00
189_S 309_N 0.84 0.08 0.00
273_I 259_W 0.84 0.08 0.00
219_N 255_H 0.84 0.08 0.00
18_Y 348_L 0.84 0.08 0.00
161_K 13_E 0.84 0.08 0.00
19_V 12_D 0.84 0.08 0.00
50_T 310_F 0.84 0.08 0.00
126_K 315_L 0.84 0.08 0.00
214_I 153_R 0.84 0.07 0.00
223_F 216_L 0.83 0.07 0.00
286_N 203_A 0.83 0.07 0.00
253_L 293_S 0.83 0.07 0.00
273_I 160_Y 0.83 0.07 0.00
242_C 180_C 0.83 0.07 0.00
18_Y 334_V 0.83 0.07 0.00
208_E 39_Q 0.83 0.07 0.00
276_A 249_L 0.83 0.07 0.00
21_T 325_R 0.83 0.07 0.00
146_E 300_Q 0.83 0.07 0.00
279_L 94_A 0.83 0.07 0.00
53_T 326_H 0.83 0.07 0.00
56_G 21_R 0.83 0.07 0.00
287_P 338_L 0.83 0.07 0.00
268_L 165_C 0.83 0.07 0.00
223_F 317_G 0.83 0.07 0.00
27_I 259_W 0.83 0.07 0.00
69_P 15_L 0.83 0.07 0.00
142_Q 229_L 0.83 0.07 0.00
288_F 158_L 0.83 0.07 0.00
232_K 221_S 0.83 0.07 0.00
147_N 269_Q 0.83 0.07 0.00
252_L 315_L 0.83 0.07 0.00
254_D 326_H 0.83 0.07 0.00
233_H 218_A 0.83 0.07 0.00
84_S 138_Y 0.83 0.07 0.00
33_R 115_D 0.83 0.07 0.00
196_R 318_F 0.83 0.07 0.00
280_F 291_F 0.82 0.07 0.00
222_P 129_C 0.82 0.07 0.00
56_G 143_W 0.82 0.07 0.00
254_D 361_E 0.82 0.07 0.00
158_N 3_L 0.82 0.07 0.00
275_V 366_L 0.82 0.07 0.00
196_R 252_A 0.82 0.07 0.00
99_L 18_Y 0.82 0.07 0.00
142_Q 132_C 0.82 0.07 0.00
187_Q 203_A 0.82 0.07 0.00
294_E 283_N 0.82 0.07 0.00
82_L 22_L 0.82 0.07 0.00
221_M 183_G 0.82 0.07 0.00
132_E 340_S 0.82 0.07 0.00
210_F 11_A 0.82 0.07 0.00
120_L 294_V 0.82 0.07 0.00
128_L 227_G 0.82 0.07 0.00
14_F 79_V 0.82 0.07 0.00
176_M 127_P 0.82 0.07 0.00
222_P 195_Q 0.82 0.07 0.00
137_I 314_N 0.82 0.07 0.00
45_Q 24_Q 0.82 0.07 0.00
264_H 272_D 0.82 0.07 0.00
187_Q 13_E 0.82 0.07 0.00
136_I 194_A 0.81 0.07 0.00
25_R 94_A 0.81 0.07 0.00
277_Y 154_H 0.81 0.07 0.00
176_M 17_S 0.81 0.07 0.00
221_M 259_W 0.81 0.07 0.00
171_I 229_L 0.81 0.07 0.00
127_C 259_W 0.81 0.07 0.00
220_R 29_E 0.81 0.07 0.00
171_I 35_S 0.81 0.07 0.00
111_R 185_D 0.81 0.07 0.00
72_V 291_F 0.81 0.07 0.00
286_N 154_H 0.81 0.07 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
10992 0.16 cq2 Δgene:(1, 20) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.01 Done
10991 0.15 cq Δgene:(1, 5) A:(1E-06, 8) B:(1E-06, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
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