May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
grampos
Genes: A B A+B
Length: 646 334 961
Sequences: 1378 20832 915
Seq/Len: 2.13 62.37 0.95
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.61
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.09 0.00 0.04
2 0.10 0.01 0.70
5 0.11 0.02 0.91
10 0.13 0.05 0.93
20 0.14 0.08 0.97
100 0.16 0.16 1.04
∞ 0.22 0.22 1.13
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
125_S 43_Y 1.94 0.94 0.63
136_K 32_S 1.94 0.94 0.63
463_S 309_E 1.34 0.63 0.18
532_G 295_A 1.25 0.55 0.14
108_N 299_A 1.24 0.54 0.14
550_Q 275_G 1.23 0.53 0.13
481_S 186_L 1.22 0.53 0.13
430_H 232_A 1.22 0.52 0.12
534_L 283_H 1.18 0.49 0.11
578_I 301_P 1.17 0.48 0.11
118_I 306_I 1.17 0.48 0.11
87_I 268_V 1.15 0.46 0.10
330_S 228_L 1.15 0.46 0.10
207_L 271_I 1.14 0.45 0.10
132_M 40_Y 1.12 0.43 0.09
259_I 243_I 1.11 0.42 0.08
588_I 271_I 1.10 0.41 0.08
21_Y 320_L 1.10 0.41 0.08
25_L 125_E 1.10 0.41 0.08
126_I 303_L 1.10 0.41 0.08
29_V 303_L 1.09 0.41 0.08
558_K 51_I 1.09 0.41 0.08
30_A 48_F 1.08 0.40 0.08
433_Q 256_V 1.07 0.39 0.07
576_K 58_R 1.06 0.38 0.07
57_I 186_L 1.05 0.37 0.07
550_Q 294_L 1.05 0.37 0.07
312_I 276_F 1.04 0.36 0.07
550_Q 204_G 1.04 0.36 0.06
266_S 243_I 1.04 0.36 0.06
341_E 14_A 1.03 0.36 0.06
546_L 233_V 1.03 0.36 0.06
587_G 256_V 1.03 0.35 0.06
100_I 38_V 1.02 0.35 0.06
88_G 152_E 1.02 0.35 0.06
165_L 112_L 1.02 0.34 0.06
165_L 323_P 1.02 0.34 0.06
182_S 242_E 1.01 0.34 0.06
207_L 300_A 1.01 0.34 0.06
206_A 14_A 1.01 0.34 0.06
400_A 17_L 1.01 0.34 0.06
403_A 94_I 1.01 0.34 0.06
533_F 165_H 1.00 0.33 0.06
625_A 92_R 1.00 0.33 0.06
561_Y 194_L 1.00 0.33 0.06
98_H 271_I 1.00 0.33 0.06
271_L 137_I 0.99 0.32 0.05
247_G 294_L 0.99 0.32 0.05
637_Y 152_E 0.99 0.32 0.05
177_K 245_S 0.98 0.32 0.05
342_N 94_I 0.98 0.32 0.05
8_L 268_V 0.98 0.31 0.05
12_K 43_Y 0.98 0.31 0.05
85_K 239_S 0.97 0.31 0.05
135_F 320_L 0.97 0.31 0.05
180_I 87_E 0.97 0.30 0.05
459_I 218_A 0.97 0.30 0.05
593_G 125_E 0.96 0.30 0.05
326_A 276_F 0.96 0.30 0.05
558_K 46_I 0.96 0.30 0.05
272_N 191_I 0.96 0.30 0.05
261_N 308_V 0.95 0.29 0.04
44_I 15_A 0.95 0.29 0.04
80_I 131_T 0.95 0.29 0.04
151_Q 228_L 0.95 0.29 0.04
591_V 312_F 0.95 0.29 0.04
95_M 223_F 0.95 0.29 0.04
404_V 47_L 0.95 0.29 0.04
210_V 42_V 0.94 0.28 0.04
638_Y 198_C 0.94 0.28 0.04
461_D 228_L 0.94 0.28 0.04
65_V 225_I 0.94 0.28 0.04
162_G 65_K 0.94 0.28 0.04
165_L 187_I 0.94 0.28 0.04
58_K 268_V 0.94 0.28 0.04
533_F 40_Y 0.94 0.28 0.04
209_I 131_T 0.94 0.28 0.04
591_V 25_F 0.94 0.28 0.04
76_N 156_I 0.93 0.28 0.04
160_F 288_T 0.93 0.28 0.04
625_A 256_V 0.93 0.28 0.04
84_S 134_H 0.93 0.28 0.04
189_S 225_I 0.93 0.28 0.04
117_A 107_R 0.93 0.28 0.04
59_T 287_S 0.93 0.27 0.04
115_S 228_L 0.93 0.27 0.04
527_V 201_K 0.93 0.27 0.04
312_I 14_A 0.92 0.27 0.04
632_F 228_L 0.92 0.27 0.04
325_V 191_I 0.92 0.27 0.04
630_F 299_A 0.92 0.27 0.04
295_I 276_F 0.92 0.27 0.04
329_F 320_L 0.91 0.26 0.04
87_I 176_L 0.91 0.26 0.04
114_G 15_A 0.91 0.26 0.04
169_I 62_A 0.91 0.26 0.04
245_I 52_F 0.91 0.26 0.04
544_C 167_K 0.91 0.26 0.04
210_V 100_H 0.90 0.26 0.04
302_L 290_M 0.90 0.25 0.04
425_K 306_I 0.90 0.25 0.04
629_I 203_I 0.90 0.25 0.04
210_V 49_F 0.90 0.25 0.04
31_L 304_I 0.90 0.25 0.04
567_L 35_F 0.90 0.25 0.04
167_I 228_L 0.90 0.25 0.04
465_F 88_A 0.90 0.25 0.04
576_K 188_F 0.90 0.25 0.04
110_M 189_K 0.89 0.25 0.04
128_K 40_Y 0.89 0.25 0.03
126_I 49_F 0.89 0.25 0.03
209_I 47_L 0.89 0.25 0.03
398_V 218_A 0.89 0.24 0.03
246_I 50_I 0.89 0.24 0.03
537_T 301_P 0.89 0.24 0.03
208_G 137_I 0.89 0.24 0.03
259_I 131_T 0.89 0.24 0.03
534_L 186_L 0.88 0.24 0.03
64_L 200_Q 0.88 0.24 0.03
122_A 47_L 0.88 0.24 0.03
256_V 162_Q 0.88 0.24 0.03
591_V 46_I 0.88 0.24 0.03
313_S 308_V 0.88 0.24 0.03
165_L 183_L 0.87 0.24 0.03
385_L 265_P 0.87 0.23 0.03
66_A 276_F 0.87 0.23 0.03
164_Y 214_V 0.87 0.23 0.03
150_E 62_A 0.87 0.23 0.03
160_F 223_F 0.87 0.23 0.03
570_T 266_K 0.87 0.23 0.03
213_L 212_K 0.87 0.23 0.03
210_V 265_P 0.87 0.23 0.03
576_K 13_I 0.87 0.23 0.03
303_A 264_D 0.86 0.23 0.03
594_L 268_V 0.86 0.23 0.03
319_K 213_E 0.86 0.23 0.03
162_G 14_A 0.86 0.23 0.03
458_V 232_A 0.86 0.23 0.03
117_A 229_L 0.86 0.23 0.03
388_V 273_D 0.86 0.23 0.03
549_K 304_I 0.86 0.23 0.03
175_I 63_F 0.86 0.23 0.03
642_I 239_S 0.86 0.23 0.03
270_Y 169_I 0.86 0.23 0.03
533_F 120_M 0.86 0.23 0.03
248_T 122_W 0.86 0.22 0.03
161_C 105_A 0.85 0.22 0.03
206_A 252_T 0.85 0.22 0.03
167_I 52_F 0.85 0.22 0.03
31_L 269_P 0.85 0.22 0.03
286_M 47_L 0.85 0.22 0.03
153_L 318_F 0.85 0.22 0.03
245_I 202_G 0.85 0.22 0.03
48_K 105_A 0.85 0.22 0.03
130_V 172_I 0.85 0.22 0.03
117_A 256_V 0.85 0.22 0.03
621_V 94_I 0.85 0.22 0.03
220_S 161_D 0.84 0.22 0.03
400_A 243_I 0.84 0.22 0.03
21_Y 294_L 0.84 0.21 0.03
100_I 28_F 0.84 0.21 0.03
352_V 5_F 0.84 0.21 0.03
477_Q 318_F 0.84 0.21 0.03
92_L 41_M 0.84 0.21 0.03
202_M 308_V 0.84 0.21 0.03
346_E 228_L 0.84 0.21 0.03
588_I 313_G 0.84 0.21 0.03
408_Y 225_I 0.84 0.21 0.03
67_V 304_I 0.84 0.21 0.03
37_T 9_R 0.84 0.21 0.03
294_T 275_G 0.84 0.21 0.03
591_V 6_L 0.84 0.21 0.03
289_N 126_V 0.83 0.21 0.03
295_I 252_T 0.83 0.21 0.03
104_L 82_P 0.83 0.21 0.03
124_F 205_F 0.83 0.21 0.03
308_S 290_M 0.83 0.21 0.03
640_K 283_H 0.83 0.21 0.03
461_D 221_L 0.83 0.21 0.03
148_F 202_G 0.83 0.21 0.03
131_L 276_F 0.83 0.21 0.03
278_S 306_I 0.82 0.20 0.03
353_K 205_F 0.82 0.20 0.03
114_G 318_F 0.82 0.20 0.03
579_R 269_P 0.82 0.20 0.03
530_I 47_L 0.82 0.20 0.03
11_L 97_Q 0.82 0.20 0.03
206_A 211_A 0.82 0.20 0.03
150_E 256_V 0.82 0.20 0.03
515_D 229_L 0.82 0.20 0.03
19_Y 103_Q 0.82 0.20 0.03
572_G 14_A 0.82 0.20 0.03
298_T 243_I 0.82 0.20 0.03
481_S 268_V 0.82 0.20 0.03
363_V 252_T 0.82 0.20 0.03
541_T 163_Q 0.82 0.20 0.03
567_L 206_D 0.82 0.20 0.03
632_F 47_L 0.81 0.20 0.02
394_K 65_K 0.81 0.20 0.02
567_L 5_F 0.81 0.20 0.02
330_S 287_S 0.81 0.20 0.02
19_Y 155_R 0.81 0.20 0.02
172_Y 225_I 0.81 0.20 0.02
364_D 187_I 0.81 0.20 0.02
486_V 107_R 0.81 0.20 0.02
1_M 160_L 0.81 0.20 0.02
117_A 233_V 0.81 0.20 0.02
141_K 252_T 0.81 0.20 0.02
475_R 257_K 0.81 0.20 0.02
70_I 290_M 0.81 0.20 0.02
171_N 128_T 0.81 0.20 0.02
322_E 50_I 0.81 0.20 0.02
246_I 17_L 0.81 0.20 0.02
103_I 138_D 0.81 0.20 0.02
616_M 244_K 0.81 0.19 0.02
558_K 21_A 0.81 0.19 0.02
632_F 290_M 0.81 0.19 0.02
166_L 14_A 0.81 0.19 0.02
151_Q 186_L 0.80 0.19 0.02
610_S 221_L 0.80 0.19 0.02
117_A 242_E 0.80 0.19 0.02
42_P 168_R 0.80 0.19 0.02
13_K 197_W 0.80 0.19 0.02
636_L 216_S 0.80 0.19 0.02
540_I 69_T 0.80 0.19 0.02
569_F 117_D 0.80 0.19 0.02
151_Q 21_A 0.80 0.19 0.02
259_I 241_I 0.80 0.19 0.02
625_A 50_I 0.80 0.19 0.02
275_E 187_I 0.80 0.19 0.02
80_I 135_L 0.80 0.19 0.02
157_V 324_I 0.80 0.19 0.02
561_Y 236_S 0.80 0.19 0.02
622_L 320_L 0.80 0.19 0.02
392_D 271_I 0.80 0.19 0.02
296_I 302_L 0.80 0.19 0.02
207_L 96_G 0.80 0.19 0.02
64_L 37_N 0.80 0.19 0.02
550_Q 159_L 0.80 0.19 0.02
213_L 318_F 0.80 0.19 0.02
625_A 214_V 0.80 0.19 0.02
110_M 300_A 0.80 0.19 0.02
509_E 54_W 0.80 0.19 0.02
460_V 306_I 0.80 0.19 0.02
350_S 233_V 0.80 0.19 0.02
365_I 216_S 0.79 0.19 0.02
342_N 99_E 0.79 0.19 0.02
627_Y 275_G 0.79 0.19 0.02
32_Y 128_T 0.79 0.19 0.02
544_C 282_H 0.79 0.19 0.02
423_V 232_A 0.79 0.18 0.02
130_V 108_H 0.79 0.18 0.02
360_Q 290_M 0.79 0.18 0.02
148_F 266_K 0.79 0.18 0.02
162_G 109_R 0.79 0.18 0.02
100_I 34_S 0.79 0.18 0.02
20_L 205_F 0.79 0.18 0.02
306_L 133_M 0.79 0.18 0.02
561_Y 282_H 0.79 0.18 0.02
68_V 191_I 0.78 0.18 0.02
97_K 9_R 0.78 0.18 0.02
80_I 322_F 0.78 0.18 0.02
297_T 119_L 0.78 0.18 0.02
169_I 208_Q 0.78 0.18 0.02
463_S 180_F 0.78 0.18 0.02
460_V 319_T 0.78 0.18 0.02
268_G 48_F 0.78 0.18 0.02
341_E 187_I 0.78 0.18 0.02
153_L 176_L 0.78 0.18 0.02
642_I 198_C 0.78 0.18 0.02
553_E 296_K 0.78 0.18 0.02
283_M 155_R 0.78 0.18 0.02
125_S 182_Q 0.78 0.18 0.02
123_G 282_H 0.78 0.18 0.02
214_T 54_W 0.78 0.18 0.02
626_L 202_G 0.78 0.18 0.02
206_A 230_T 0.77 0.18 0.02
264_R 208_Q 0.77 0.18 0.02
573_D 168_R 0.77 0.18 0.02
206_A 320_L 0.77 0.18 0.02
516_T 149_L 0.77 0.18 0.02
347_S 228_L 0.77 0.18 0.02
620_M 67_L 0.77 0.18 0.02
638_Y 236_S 0.77 0.17 0.02
387_V 301_P 0.77 0.17 0.02
597_S 288_T 0.77 0.17 0.02
67_V 160_L 0.77 0.17 0.02
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
12032 1.06 BceBS_deltagene100 Δgene:(1, 100) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.48 Done - Shared
11911 0.98 BceBS Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.60 Done - Shared
10833 0.92 grampos2 Δgene:(1, 5) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.73 Done
10832 0.95 grampos Δgene:(1, 10) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.63 Done
3615 1.19 B-S Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done - Shared
3614 0.04 B-S Δgene:(1, 1) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) Killed - Shared
Page generated in 0.2659 seconds.