May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
complexe NarP-NarQ
Genes: A B A+B
Length: 215 566 774
Sequences: 37134 843 362
Seq/Len: 172.72 1.49 0.47
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.78
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.00 0.36
2 0.02 0.00 0.37
5 0.04 0.00 0.39
10 0.07 0.00 0.42
20 0.11 0.00 0.46
100 0.21 0.01 0.70
∞ 0.26 0.09 0.96
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
9_V 400_S 1.65 0.66 0.00
11_I 245_R 1.51 0.55 0.00
32_S 433_P 1.45 0.51 0.00
71_L 240_L 1.45 0.50 0.00
155_T 422_T 1.19 0.32 0.00
175_A 222_L 1.17 0.31 0.00
182_E 229_L 1.17 0.30 0.00
87_T 391_I 1.15 0.29 0.00
83_I 169_L 1.13 0.28 0.00
86_L 431_D 1.12 0.28 0.00
117_L 145_R 1.12 0.27 0.00
114_E 331_P 1.12 0.27 0.00
35_V 220_S 1.11 0.27 0.00
84_I 318_E 1.10 0.26 0.00
39_G 435_A 1.09 0.26 0.00
68_L 427_L 1.09 0.26 0.00
191_N 376_V 1.09 0.26 0.00
159_L 219_S 1.07 0.25 0.00
83_I 108_E 1.07 0.25 0.00
84_I 60_L 1.07 0.24 0.00
103_A 483_K 1.07 0.24 0.00
22_V 11_L 1.07 0.24 0.00
113_P 474_I 1.07 0.24 0.00
183_Q 355_Q 1.06 0.24 0.00
9_V 511_I 1.05 0.24 0.00
95_V 253_C 1.03 0.22 0.00
83_I 158_G 1.03 0.22 0.00
208_F 10_S 1.03 0.22 0.00
85_I 159_I 1.02 0.22 0.00
84_I 176_V 1.02 0.22 0.00
22_V 37_L 1.02 0.22 0.00
9_V 209_G 1.02 0.22 0.00
44_A 406_S 1.02 0.22 0.00
203_A 321_W 1.02 0.22 0.00
55_V 188_Q 1.01 0.21 0.00
207_L 474_I 1.01 0.21 0.00
84_I 163_T 1.01 0.21 0.00
7_F 513_I 1.01 0.21 0.00
74_L 127_N 1.01 0.21 0.00
74_L 141_H 1.01 0.21 0.00
188_H 361_E 1.01 0.21 0.00
135_N 496_T 1.01 0.21 0.00
113_P 416_L 1.00 0.21 0.00
27_E 550_L 1.00 0.21 0.00
83_I 293_I 0.99 0.20 0.00
35_V 198_P 0.99 0.20 0.00
183_Q 432_L 0.99 0.20 0.00
9_V 538_T 0.99 0.20 0.00
45_I 216_N 0.99 0.20 0.00
44_A 39_D 0.98 0.20 0.00
118_E 396_A 0.98 0.20 0.00
121_R 505_Y 0.98 0.20 0.00
102_G 510_G 0.98 0.20 0.00
192_L 490_I 0.98 0.20 0.00
98_L 329_S 0.98 0.20 0.00
74_L 121_Y 0.98 0.20 0.00
120_I 166_F 0.98 0.20 0.00
99_I 540_T 0.97 0.20 0.00
157_R 473_I 0.97 0.20 0.00
45_I 400_S 0.97 0.19 0.00
170_S 473_I 0.97 0.19 0.00
11_I 442_T 0.97 0.19 0.00
115_V 292_R 0.97 0.19 0.00
114_E 196_D 0.97 0.19 0.00
45_I 485_A 0.97 0.19 0.00
169_L 537_G 0.97 0.19 0.00
189_I 154_S 0.96 0.19 0.00
34_V 163_T 0.96 0.19 0.00
11_I 74_F 0.96 0.19 0.00
95_V 415_Q 0.96 0.19 0.00
84_I 440_L 0.95 0.18 0.00
60_L 257_L 0.94 0.18 0.00
190_R 416_L 0.94 0.18 0.00
165_L 529_R 0.94 0.18 0.00
109_K 512_G 0.94 0.18 0.00
109_K 524_G 0.94 0.18 0.00
196_L 177_V 0.94 0.18 0.00
91_A 402_M 0.93 0.18 0.00
106_Y 360_E 0.93 0.17 0.00
69_D 479_L 0.93 0.17 0.00
65_M 555_F 0.93 0.17 0.00
11_I 430_A 0.93 0.17 0.00
11_I 159_I 0.93 0.17 0.00
99_I 443_L 0.92 0.17 0.00
31_G 492_V 0.92 0.17 0.00
152_S 384_L 0.92 0.17 0.00
208_F 405_F 0.92 0.17 0.00
155_T 466_M 0.92 0.17 0.00
132_E 193_G 0.92 0.17 0.00
181_S 537_G 0.91 0.17 0.00
60_L 271_L 0.91 0.17 0.00
11_I 296_G 0.91 0.17 0.00
124_A 489_E 0.91 0.17 0.00
109_K 480_N 0.91 0.17 0.00
114_E 59_D 0.91 0.17 0.00
35_V 67_L 0.91 0.17 0.00
62_M 313_E 0.91 0.17 0.00
87_T 86_L 0.91 0.17 0.00
120_I 448_S 0.90 0.16 0.00
155_T 151_V 0.90 0.16 0.00
204_A 359_M 0.90 0.16 0.00
213_G 551_V 0.90 0.16 0.00
45_I 169_L 0.90 0.16 0.00
211_Q 149_L 0.90 0.16 0.00
33_E 506_I 0.90 0.16 0.00
154_L 539_L 0.90 0.16 0.00
75_R 368_E 0.89 0.16 0.00
196_L 462_L 0.89 0.16 0.00
10_M 235_E 0.89 0.16 0.00
44_A 388_K 0.89 0.16 0.00
155_T 172_I 0.89 0.16 0.00
203_A 410_N 0.89 0.16 0.00
138_L 536_G 0.88 0.15 0.00
114_E 473_I 0.88 0.15 0.00
110_D 416_L 0.88 0.15 0.00
45_I 308_P 0.88 0.15 0.00
160_D 150_V 0.88 0.15 0.00
99_I 400_S 0.88 0.15 0.00
181_S 447_T 0.88 0.15 0.00
183_Q 216_N 0.88 0.15 0.00
150_P 488_S 0.88 0.15 0.00
69_D 306_I 0.87 0.15 0.00
153_V 190_I 0.87 0.15 0.00
10_M 172_I 0.87 0.15 0.00
155_T 240_L 0.87 0.15 0.00
81_A 553_I 0.87 0.15 0.00
82_Q 406_S 0.87 0.15 0.00
198_V 38_R 0.87 0.15 0.00
200_S 423_F 0.87 0.15 0.00
190_R 385_T 0.87 0.15 0.00
31_G 509_N 0.87 0.15 0.00
55_V 192_H 0.87 0.15 0.00
157_R 462_L 0.87 0.15 0.00
177_V 541_F 0.86 0.15 0.00
184_T 361_E 0.86 0.15 0.00
93_S 309_V 0.86 0.15 0.00
9_V 275_R 0.86 0.15 0.00
99_I 506_I 0.86 0.14 0.00
214_A 163_T 0.86 0.14 0.00
40_D 551_V 0.86 0.14 0.00
94_D 440_L 0.86 0.14 0.00
128_K 447_T 0.86 0.14 0.00
26_L 514_G 0.86 0.14 0.00
9_V 274_V 0.85 0.14 0.00
181_S 386_L 0.85 0.14 0.00
112_D 97_T 0.85 0.14 0.00
85_I 545_S 0.85 0.14 0.00
114_E 21_L 0.85 0.14 0.00
55_V 541_F 0.85 0.14 0.00
99_I 160_G 0.85 0.14 0.00
69_D 78_L 0.84 0.14 0.00
123_G 296_G 0.84 0.14 0.00
59_D 512_G 0.84 0.14 0.00
59_D 524_G 0.84 0.14 0.00
194_R 431_D 0.84 0.14 0.00
98_L 442_T 0.84 0.14 0.00
61_N 425_L 0.84 0.14 0.00
68_L 554_S 0.84 0.14 0.00
113_P 81_P 0.84 0.14 0.00
44_A 385_T 0.84 0.14 0.00
131_S 551_V 0.84 0.14 0.00
191_N 474_I 0.84 0.14 0.00
57_L 160_G 0.84 0.14 0.00
155_T 472_Q 0.84 0.14 0.00
66_S 539_L 0.84 0.14 0.00
179_N 23_I 0.84 0.14 0.00
45_I 156_A 0.84 0.14 0.00
95_V 495_V 0.84 0.14 0.00
44_A 432_L 0.84 0.14 0.00
76_R 506_I 0.83 0.14 0.00
124_A 448_S 0.83 0.14 0.00
196_L 553_I 0.83 0.14 0.00
33_E 152_A 0.83 0.14 0.00
35_V 529_R 0.83 0.14 0.00
168_G 369_L 0.83 0.14 0.00
101_A 504_V 0.83 0.14 0.00
109_K 548_G 0.83 0.14 0.00
135_N 421_T 0.83 0.14 0.00
155_T 502_H 0.83 0.14 0.00
109_K 508_D 0.83 0.13 0.00
76_R 20_L 0.83 0.13 0.00
55_V 141_H 0.83 0.13 0.00
34_V 93_E 0.83 0.13 0.00
164_E 190_I 0.83 0.13 0.00
192_L 493_S 0.83 0.13 0.00
55_V 30_L 0.82 0.13 0.00
11_I 356_L 0.82 0.13 0.00
45_I 331_P 0.82 0.13 0.00
153_V 319_L 0.82 0.13 0.00
25_L 361_E 0.82 0.13 0.00
120_I 379_Y 0.82 0.13 0.00
196_L 137_L 0.82 0.13 0.00
43_S 12_A 0.82 0.13 0.00
65_M 500_G 0.82 0.13 0.00
83_I 559_E 0.82 0.13 0.00
85_I 285_L 0.82 0.13 0.00
211_Q 268_R 0.82 0.13 0.00
177_V 313_E 0.82 0.13 0.00
155_T 368_E 0.82 0.13 0.00
117_L 5_R 0.82 0.13 0.00
197_N 538_T 0.82 0.13 0.00
115_V 176_V 0.82 0.13 0.00
72_N 199_P 0.82 0.13 0.00
59_D 480_N 0.81 0.13 0.00
130_F 439_M 0.81 0.13 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 1.779 seconds.