May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
Mt_S_DP
Genes: A B A+B
Length: 265 335 565
Sequences: 258 1364 123
Seq/Len: 0.97 4.07 0.22
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.78
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.01 0.21
2 0.01 0.01 0.20
5 0.01 0.01 0.20
10 0.01 0.01 0.20
20 0.01 0.01 0.20
100 0.01 0.02 0.20
∞ 0.01 0.10 0.22
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
153_I 302_T 1.88 0.57 0.00
119_I 120_L 1.73 0.48 0.00
27_F 221_S 1.65 0.43 0.00
54_R 195_V 1.65 0.43 0.00
180_K 111_V 1.56 0.38 0.00
209_I 16_T 1.49 0.33 0.00
105_K 182_K 1.45 0.31 0.00
96_S 171_N 1.43 0.30 0.00
182_S 125_D 1.38 0.28 0.00
23_A 91_H 1.37 0.27 0.00
23_A 88_G 1.37 0.27 0.00
146_P 191_E 1.36 0.27 0.00
148_E 39_S 1.34 0.26 0.00
84_L 163_T 1.33 0.25 0.00
212_A 38_L 1.32 0.25 0.00
178_Y 216_A 1.30 0.24 0.00
113_F 55_K 1.30 0.24 0.00
238_D 230_D 1.29 0.24 0.00
257_A 226_N 1.28 0.23 0.00
181_V 100_L 1.28 0.23 0.00
93_E 256_Y 1.28 0.23 0.00
104_V 91_H 1.26 0.22 0.00
181_V 239_V 1.26 0.22 0.00
249_T 56_H 1.25 0.22 0.00
75_L 128_T 1.25 0.22 0.00
253_L 221_S 1.24 0.21 0.00
113_F 102_F 1.23 0.21 0.00
27_F 309_P 1.22 0.20 0.00
222_F 128_T 1.21 0.20 0.00
154_S 229_T 1.20 0.20 0.00
13_E 134_H 1.19 0.19 0.00
18_E 267_T 1.19 0.19 0.00
5_Y 231_D 1.19 0.19 0.00
104_V 88_G 1.19 0.19 0.00
12_T 16_T 1.18 0.19 0.00
5_Y 283_T 1.17 0.19 0.00
164_G 245_F 1.17 0.19 0.00
164_G 290_S 1.17 0.19 0.00
182_S 237_K 1.16 0.18 0.00
238_D 63_I 1.16 0.18 0.00
193_E 273_N 1.16 0.18 0.00
109_K 22_L 1.16 0.18 0.00
26_T 245_F 1.16 0.18 0.00
26_T 290_S 1.16 0.18 0.00
191_I 263_T 1.15 0.18 0.00
222_F 262_R 1.14 0.17 0.00
28_K 104_I 1.13 0.17 0.00
175_A 53_P 1.13 0.17 0.00
198_L 308_H 1.13 0.17 0.00
26_T 182_K 1.12 0.17 0.00
49_A 201_V 1.12 0.17 0.00
31_I 257_F 1.12 0.17 0.00
189_Y 273_N 1.12 0.17 0.00
46_V 11_I 1.12 0.17 0.00
54_R 127_V 1.12 0.17 0.00
119_I 130_V 1.11 0.17 0.00
215_L 33_T 1.10 0.16 0.00
46_V 308_H 1.10 0.16 0.00
5_Y 59_V 1.09 0.16 0.00
246_L 66_D 1.09 0.16 0.00
89_I 276_L 1.09 0.16 0.00
250_L 157_P 1.09 0.16 0.00
60_A 192_S 1.09 0.16 0.00
184_T 224_A 1.09 0.16 0.00
184_T 266_V 1.07 0.15 0.00
119_I 28_A 1.07 0.15 0.00
89_I 210_I 1.07 0.15 0.00
246_L 30_G 1.07 0.15 0.00
27_F 266_V 1.07 0.15 0.00
88_E 286_V 1.06 0.15 0.00
109_K 187_M 1.06 0.15 0.00
89_I 282_N 1.06 0.15 0.00
26_T 256_Y 1.06 0.15 0.00
212_A 291_T 1.06 0.15 0.00
159_E 304_D 1.06 0.15 0.00
193_E 161_K 1.06 0.15 0.00
87_N 137_R 1.06 0.15 0.00
228_T 138_F 1.05 0.15 0.00
52_T 262_R 1.05 0.15 0.00
183_E 266_V 1.05 0.14 0.00
235_A 209_D 1.04 0.14 0.00
209_I 27_G 1.04 0.14 0.00
79_R 50_F 1.04 0.14 0.00
180_K 212_L 1.04 0.14 0.00
181_V 38_L 1.04 0.14 0.00
48_A 35_H 1.03 0.14 0.00
119_I 137_R 1.03 0.14 0.00
166_D 221_S 1.03 0.14 0.00
195_L 82_P 1.03 0.14 0.00
184_T 267_T 1.03 0.14 0.00
75_L 95_A 1.03 0.14 0.00
125_A 67_A 1.03 0.14 0.00
54_R 84_V 1.03 0.14 0.00
117_R 244_P 1.02 0.14 0.00
180_K 179_H 1.02 0.14 0.00
149_I 11_I 1.02 0.14 0.00
215_L 26_I 1.02 0.14 0.00
195_L 304_D 1.02 0.14 0.00
12_T 226_N 1.02 0.14 0.00
19_I 94_P 1.02 0.14 0.00
174_S 230_D 1.02 0.14 0.00
195_L 205_T 1.02 0.14 0.00
93_E 180_V 1.02 0.14 0.00
202_D 137_R 1.01 0.14 0.00
28_K 20_I 1.01 0.13 0.00
184_T 276_L 1.01 0.13 0.00
132_R 67_A 1.01 0.13 0.00
11_V 265_T 1.01 0.13 0.00
137_N 297_L 1.01 0.13 0.00
201_G 133_V 1.01 0.13 0.00
102_E 205_T 1.00 0.13 0.00
222_F 251_G 1.00 0.13 0.00
260_S 307_D 1.00 0.13 0.00
83_T 125_D 1.00 0.13 0.00
186_D 8_P 0.99 0.13 0.00
174_S 12_L 0.99 0.13 0.00
105_K 185_H 0.99 0.13 0.00
199_V 52_D 0.99 0.13 0.00
31_I 111_V 0.99 0.13 0.00
79_R 102_F 0.99 0.13 0.00
249_T 247_E 0.98 0.13 0.00
24_A 236_R 0.98 0.12 0.00
228_T 122_S 0.98 0.12 0.00
154_S 38_L 0.98 0.12 0.00
27_F 223_V 0.98 0.12 0.00
145_D 78_T 0.98 0.12 0.00
14_A 86_L 0.98 0.12 0.00
27_F 230_D 0.97 0.12 0.00
248_E 279_P 0.97 0.12 0.00
125_A 71_L 0.97 0.12 0.00
89_I 220_N 0.97 0.12 0.00
163_A 29_D 0.97 0.12 0.00
187_H 266_V 0.97 0.12 0.00
28_K 207_L 0.97 0.12 0.00
183_E 223_V 0.97 0.12 0.00
214_V 283_T 0.97 0.12 0.00
54_R 11_I 0.96 0.12 0.00
21_L 296_G 0.96 0.12 0.00
79_R 182_K 0.96 0.12 0.00
61_P 35_H 0.96 0.12 0.00
137_N 58_S 0.96 0.12 0.00
83_T 201_V 0.96 0.12 0.00
76_V 302_T 0.96 0.12 0.00
114_V 184_V 0.96 0.12 0.00
172_L 209_D 0.96 0.12 0.00
84_L 230_D 0.95 0.12 0.00
79_R 256_Y 0.95 0.12 0.00
83_T 170_R 0.95 0.12 0.00
105_K 245_F 0.95 0.12 0.00
105_K 290_S 0.95 0.12 0.00
212_A 227_V 0.95 0.12 0.00
68_H 48_I 0.95 0.12 0.00
96_S 108_T 0.95 0.12 0.00
149_I 293_V 0.95 0.12 0.00
63_N 160_I 0.95 0.12 0.00
206_A 159_A 0.95 0.12 0.00
104_V 291_T 0.95 0.12 0.00
157_L 130_V 0.95 0.12 0.00
172_L 90_R 0.95 0.12 0.00
136_S 49_G 0.94 0.12 0.00
230_V 197_E 0.94 0.12 0.00
212_A 248_V 0.94 0.12 0.00
84_L 304_D 0.94 0.12 0.00
105_K 256_Y 0.94 0.12 0.00
85_S 263_T 0.94 0.12 0.00
119_I 292_A 0.94 0.12 0.00
113_F 24_A 0.94 0.12 0.00
119_I 94_P 0.94 0.11 0.00
33_G 230_D 0.94 0.11 0.00
183_E 221_S 0.94 0.11 0.00
174_S 259_G 0.93 0.11 0.00
134_A 267_T 0.93 0.11 0.00
257_A 118_R 0.93 0.11 0.00
260_S 137_R 0.93 0.11 0.00
187_H 309_P 0.93 0.11 0.00
111_L 56_H 0.93 0.11 0.00
213_F 172_F 0.92 0.11 0.00
12_T 120_L 0.92 0.11 0.00
48_A 168_E 0.92 0.11 0.00
199_V 76_R 0.92 0.11 0.00
13_E 192_S 0.92 0.11 0.00
11_V 267_T 0.92 0.11 0.00
59_K 124_G 0.92 0.11 0.00
55_L 11_I 0.92 0.11 0.00
17_A 194_S 0.91 0.11 0.00
238_D 30_G 0.91 0.11 0.00
180_K 55_K 0.91 0.11 0.00
212_A 180_V 0.91 0.11 0.00
31_I 221_S 0.91 0.11 0.00
84_L 86_L 0.91 0.11 0.00
222_F 307_D 0.91 0.11 0.00
146_P 85_E 0.91 0.11 0.00
179_T 151_T 0.91 0.11 0.00
125_A 35_H 0.91 0.11 0.00
217_T 137_R 0.91 0.11 0.00
93_E 253_Y 0.91 0.11 0.00
85_S 13_A 0.91 0.11 0.00
215_L 95_A 0.91 0.11 0.00
121_E 27_G 0.91 0.11 0.00
223_D 133_V 0.90 0.10 0.00
151_D 11_I 0.90 0.10 0.00
91_D 232_D 0.90 0.10 0.00
27_F 220_N 0.90 0.10 0.00
235_A 15_L 0.90 0.10 0.00
99_S 82_P 0.90 0.10 0.00
101_W 225_L 0.90 0.10 0.00
31_I 259_G 0.90 0.10 0.00
139_A 137_R 0.90 0.10 0.00
151_D 215_N 0.90 0.10 0.00
105_K 184_V 0.90 0.10 0.00
144_E 84_V 0.90 0.10 0.00
102_E 257_F 0.90 0.10 0.00
193_E 187_M 0.89 0.10 0.00
123_Y 172_F 0.89 0.10 0.00
170_S 137_R 0.89 0.10 0.00
209_I 305_F 0.89 0.10 0.00
172_L 107_E 0.89 0.10 0.00
93_E 90_R 0.89 0.10 0.00
19_I 130_V 0.89 0.10 0.00
197_R 29_D 0.89 0.10 0.00
151_D 28_A 0.89 0.10 0.00
106_E 106_A 0.89 0.10 0.00
198_L 79_E 0.89 0.10 0.00
196_N 282_N 0.89 0.10 0.00
179_T 207_L 0.89 0.10 0.00
103_P 306_L 0.89 0.10 0.00
136_S 46_R 0.89 0.10 0.00
137_N 165_I 0.88 0.10 0.00
252_F 185_H 0.88 0.10 0.00
214_V 237_K 0.88 0.10 0.00
148_E 94_P 0.88 0.10 0.00
67_A 53_P 0.88 0.10 0.00
19_I 114_E 0.88 0.10 0.00
137_N 105_R 0.88 0.10 0.00
110_K 13_A 0.88 0.10 0.00
78_L 119_I 0.88 0.10 0.00
123_Y 10_P 0.88 0.10 0.00
24_A 276_L 0.88 0.10 0.00
209_I 12_L 0.87 0.10 0.00
18_E 38_L 0.87 0.10 0.00
54_R 278_D 0.87 0.10 0.00
60_A 24_A 0.87 0.10 0.00
72_S 48_I 0.87 0.10 0.00
164_G 50_F 0.87 0.10 0.00
228_T 187_M 0.87 0.10 0.00
123_Y 71_L 0.87 0.10 0.00
131_I 44_L 0.87 0.10 0.00
88_E 114_E 0.87 0.10 0.00
216_T 52_D 0.87 0.10 0.00
177_V 273_N 0.87 0.10 0.00
65_V 29_D 0.87 0.10 0.00
196_N 37_A 0.87 0.10 0.00
76_V 187_M 0.87 0.10 0.00
243_R 54_T 0.87 0.10 0.00
144_E 76_R 0.87 0.10 0.00
216_T 17_P 0.87 0.10 0.00
174_S 234_T 0.87 0.10 0.00
176_D 229_T 0.87 0.10 0.00
166_D 42_S 0.87 0.10 0.00
105_K 59_V 0.87 0.10 0.00
133_S 215_N 0.86 0.10 0.00
51_S 261_S 0.86 0.10 0.00
249_T 216_A 0.86 0.10 0.00
123_Y 293_V 0.86 0.10 0.00
178_Y 133_V 0.86 0.10 0.00
12_T 122_S 0.86 0.10 0.00
187_H 224_A 0.86 0.10 0.00
62_T 263_T 0.86 0.10 0.00
23_A 143_D 0.86 0.10 0.00
181_V 63_I 0.86 0.10 0.00
170_S 120_L 0.86 0.10 0.00
36_V 245_F 0.86 0.10 0.00
36_V 290_S 0.86 0.10 0.00
27_F 193_L 0.85 0.10 0.00
26_T 50_F 0.85 0.10 0.00
198_L 145_L 0.85 0.09 0.00
222_F 26_I 0.85 0.09 0.00
83_T 117_G 0.85 0.09 0.00
135_S 115_L 0.85 0.09 0.00
47_T 239_V 0.85 0.09 0.00
77_R 179_H 0.85 0.09 0.00
154_S 219_A 0.85 0.09 0.00
125_A 293_V 0.85 0.09 0.00
225_Q 221_S 0.85 0.09 0.00
7_D 165_I 0.85 0.09 0.00
242_V 213_D 0.85 0.09 0.00
133_S 276_L 0.85 0.09 0.00
222_F 90_R 0.85 0.09 0.00
119_I 231_D 0.85 0.09 0.00
222_F 229_T 0.85 0.09 0.00
152_V 69_D 0.85 0.09 0.00
235_A 116_A 0.85 0.09 0.00
65_V 286_V 0.85 0.09 0.00
175_A 126_A 0.85 0.09 0.00
152_V 167_D 0.85 0.09 0.00
187_H 226_N 0.85 0.09 0.00
77_R 241_H 0.85 0.09 0.00
215_L 41_I 0.85 0.09 0.00
23_A 162_A 0.85 0.09 0.00
215_L 24_A 0.84 0.09 0.00
11_V 89_P 0.84 0.09 0.00
178_Y 272_R 0.84 0.09 0.00
23_A 15_L 0.84 0.09 0.00
5_Y 138_F 0.84 0.09 0.00
192_R 38_L 0.84 0.09 0.00
153_I 40_K 0.84 0.09 0.00
255_Y 208_D 0.84 0.09 0.00
202_D 129_V 0.84 0.09 0.00
69_L 155_S 0.84 0.09 0.00
164_G 182_K 0.84 0.09 0.00
85_S 237_K 0.84 0.09 0.00
166_D 230_D 0.84 0.09 0.00
13_E 8_P 0.84 0.09 0.00
58_V 293_V 0.84 0.09 0.00
171_V 82_P 0.84 0.09 0.00
146_P 130_V 0.84 0.09 0.00
104_V 38_L 0.84 0.09 0.00
127_S 59_V 0.84 0.09 0.00
102_E 224_A 0.84 0.09 0.00
123_Y 35_H 0.83 0.09 0.00
23_A 144_L 0.83 0.09 0.00
182_S 137_R 0.83 0.09 0.00
40_S 125_D 0.83 0.09 0.00
202_D 78_T 0.83 0.09 0.00
183_E 226_N 0.83 0.09 0.00
180_K 300_S 0.83 0.09 0.00
253_L 42_S 0.83 0.09 0.00
246_L 75_P 0.83 0.09 0.00
164_G 297_L 0.83 0.09 0.00
111_L 179_H 0.83 0.09 0.00
158_S 221_S 0.82 0.09 0.00
235_A 105_R 0.82 0.09 0.00
58_V 128_T 0.82 0.09 0.00
125_A 79_E 0.82 0.09 0.00
102_E 59_V 0.82 0.09 0.00
129_E 90_R 0.82 0.09 0.00
139_A 107_E 0.82 0.09 0.00
79_R 15_L 0.82 0.09 0.00
93_E 79_E 0.82 0.09 0.00
42_P 71_L 0.82 0.09 0.00
255_Y 230_D 0.82 0.09 0.00
59_K 14_P 0.82 0.09 0.00
153_I 22_L 0.82 0.09 0.00
129_E 26_I 0.82 0.09 0.00
179_T 49_G 0.82 0.09 0.00
199_V 54_T 0.82 0.09 0.00
33_G 24_A 0.82 0.09 0.00
158_S 266_V 0.82 0.09 0.00
30_H 78_T 0.82 0.09 0.00
109_K 78_T 0.82 0.09 0.00
13_E 299_F 0.82 0.09 0.00
118_T 292_A 0.82 0.09 0.00
212_A 229_T 0.82 0.09 0.00
5_Y 176_C 0.82 0.09 0.00
47_T 259_G 0.82 0.09 0.00
203_I 104_I 0.82 0.09 0.00
238_D 163_T 0.82 0.09 0.00
135_S 47_A 0.81 0.09 0.00
73_K 241_H 0.81 0.09 0.00
249_T 193_L 0.81 0.09 0.00
183_E 220_N 0.81 0.09 0.00
63_N 157_P 0.81 0.09 0.00
138_P 47_A 0.81 0.09 0.00
145_D 187_M 0.81 0.09 0.00
36_V 114_E 0.81 0.09 0.00
72_S 261_S 0.81 0.09 0.00
21_L 189_S 0.81 0.09 0.00
140_L 249_G 0.81 0.09 0.00
26_T 297_L 0.81 0.09 0.00
139_A 194_S 0.81 0.09 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.145 seconds.