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OPENSEQ.org
ACIAD3524 ACIAD3523
Genes: A B A+B
Length: 355 344 617
Sequences: 292 2460 223
Seq/Len: 0.82 7.15 0.36
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.45
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.07 0.32
2 0.00 0.07 0.32
5 0.00 0.07 0.32
10 0.00 0.08 0.32
20 0.00 0.08 0.32
100 0.00 0.09 0.32
∞ 0.00 0.14 0.32
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
318_T 124_Q 1.79 0.67 0.01
256_E 12_A 1.77 0.65 0.01
181_K 12_A 1.76 0.65 0.01
256_E 276_V 1.59 0.53 0.00
253_T 252_I 1.50 0.47 0.00
253_T 167_L 1.48 0.45 0.00
300_I 23_E 1.46 0.44 0.00
230_Y 196_V 1.45 0.43 0.00
235_N 283_T 1.43 0.42 0.00
256_E 56_A 1.41 0.41 0.00
187_L 283_T 1.40 0.40 0.00
259_G 264_D 1.37 0.37 0.00
89_I 164_Q 1.35 0.36 0.00
187_L 192_N 1.35 0.36 0.00
190_S 43_R 1.34 0.36 0.00
145_H 56_A 1.33 0.35 0.00
256_E 192_N 1.33 0.35 0.00
178_N 228_K 1.32 0.35 0.00
150_A 208_C 1.32 0.34 0.00
256_E 243_K 1.31 0.34 0.00
256_E 208_C 1.31 0.34 0.00
192_T 196_V 1.30 0.33 0.00
256_E 228_K 1.30 0.33 0.00
245_R 228_K 1.30 0.33 0.00
218_D 302_F 1.29 0.32 0.00
326_Y 208_C 1.29 0.32 0.00
234_K 140_I 1.28 0.32 0.00
308_S 269_I 1.28 0.32 0.00
316_K 167_L 1.27 0.32 0.00
110_T 192_N 1.27 0.32 0.00
259_G 283_T 1.27 0.31 0.00
112_I 336_E 1.26 0.31 0.00
197_R 317_T 1.25 0.30 0.00
323_M 337_I 1.24 0.30 0.00
196_H 94_N 1.24 0.29 0.00
281_V 283_T 1.23 0.29 0.00
329_I 116_E 1.23 0.29 0.00
191_T 228_K 1.22 0.28 0.00
326_Y 309_Y 1.22 0.28 0.00
89_I 240_A 1.21 0.28 0.00
65_N 52_E 1.21 0.28 0.00
148_N 233_E 1.20 0.27 0.00
309_Q 52_E 1.19 0.27 0.00
256_E 256_C 1.19 0.27 0.00
259_G 160_K 1.19 0.27 0.00
253_T 3_M 1.18 0.26 0.00
308_S 52_E 1.18 0.26 0.00
280_S 294_D 1.18 0.26 0.00
181_K 243_K 1.18 0.26 0.00
187_L 228_K 1.18 0.26 0.00
256_E 309_Y 1.17 0.26 0.00
181_K 228_K 1.16 0.25 0.00
322_F 119_K 1.16 0.25 0.00
283_G 198_T 1.15 0.25 0.00
181_K 192_N 1.15 0.24 0.00
181_K 276_V 1.15 0.24 0.00
187_L 240_A 1.14 0.24 0.00
170_V 340_R 1.14 0.24 0.00
214_Y 264_D 1.13 0.24 0.00
313_K 52_E 1.13 0.23 0.00
256_E 11_T 1.13 0.23 0.00
295_F 258_N 1.13 0.23 0.00
204_V 36_A 1.12 0.23 0.00
120_R 164_Q 1.11 0.23 0.00
68_F 328_L 1.11 0.22 0.00
211_Q 302_F 1.10 0.22 0.00
181_K 11_T 1.10 0.22 0.00
312_I 307_K 1.09 0.22 0.00
187_L 243_K 1.09 0.22 0.00
107_I 257_H 1.09 0.21 0.00
145_H 276_V 1.08 0.21 0.00
193_K 240_A 1.08 0.21 0.00
190_S 124_Q 1.08 0.21 0.00
245_R 243_K 1.07 0.21 0.00
113_I 209_E 1.07 0.21 0.00
158_Y 167_L 1.07 0.21 0.00
66_N 326_G 1.07 0.20 0.00
191_T 246_Q 1.07 0.20 0.00
95_V 309_Y 1.07 0.20 0.00
311_A 176_I 1.06 0.20 0.00
197_R 89_T 1.06 0.20 0.00
146_N 311_S 1.06 0.20 0.00
212_D 325_R 1.06 0.20 0.00
210_Q 23_E 1.06 0.20 0.00
227_K 291_E 1.05 0.20 0.00
145_H 208_C 1.05 0.20 0.00
109_K 228_K 1.05 0.20 0.00
110_T 228_K 1.05 0.20 0.00
66_N 208_C 1.05 0.20 0.00
280_S 257_H 1.04 0.19 0.00
204_V 85_A 1.04 0.19 0.00
110_T 243_K 1.04 0.19 0.00
110_T 12_A 1.04 0.19 0.00
258_I 4_K 1.04 0.19 0.00
266_T 51_Q 1.03 0.19 0.00
128_N 291_E 1.03 0.19 0.00
141_L 320_S 1.03 0.19 0.00
181_K 256_C 1.03 0.19 0.00
95_V 243_K 1.03 0.19 0.00
169_F 291_E 1.02 0.18 0.00
65_N 203_L 1.02 0.18 0.00
245_R 276_V 1.02 0.18 0.00
245_R 12_A 1.02 0.18 0.00
250_S 264_D 1.02 0.18 0.00
322_F 86_K 1.02 0.18 0.00
235_N 291_E 1.02 0.18 0.00
327_Q 338_I 1.01 0.18 0.00
287_Q 50_L 1.01 0.18 0.00
100_E 61_V 1.01 0.18 0.00
253_T 42_K 1.01 0.18 0.00
93_I 168_E 1.01 0.18 0.00
144_E 4_K 1.01 0.18 0.00
182_Q 164_Q 1.01 0.18 0.00
259_G 298_K 1.00 0.18 0.00
328_S 320_S 1.00 0.18 0.00
125_V 102_T 1.00 0.17 0.00
213_A 257_H 1.00 0.17 0.00
286_Y 174_V 0.99 0.17 0.00
182_Q 332_S 0.99 0.17 0.00
93_I 149_K 0.99 0.17 0.00
287_Q 116_E 0.99 0.17 0.00
118_N 12_A 0.99 0.17 0.00
150_A 85_A 0.99 0.17 0.00
110_T 276_V 0.98 0.17 0.00
122_E 110_Q 0.98 0.17 0.00
124_I 36_A 0.98 0.17 0.00
128_N 257_H 0.98 0.17 0.00
201_Q 196_V 0.98 0.17 0.00
295_F 257_H 0.98 0.17 0.00
190_S 41_G 0.98 0.17 0.00
170_V 126_T 0.98 0.17 0.00
111_N 86_K 0.98 0.17 0.00
187_L 276_V 0.98 0.17 0.00
316_K 119_K 0.98 0.17 0.00
193_K 239_E 0.97 0.17 0.00
326_Y 164_Q 0.97 0.16 0.00
70_A 228_K 0.97 0.16 0.00
121_I 56_A 0.97 0.16 0.00
156_E 320_S 0.97 0.16 0.00
308_S 26_K 0.97 0.16 0.00
259_G 240_A 0.97 0.16 0.00
299_R 132_A 0.97 0.16 0.00
329_I 264_D 0.97 0.16 0.00
176_N 104_V 0.96 0.16 0.00
294_D 36_A 0.96 0.16 0.00
318_T 294_D 0.96 0.16 0.00
156_E 307_K 0.96 0.16 0.00
313_K 326_G 0.96 0.16 0.00
299_R 337_I 0.96 0.16 0.00
191_T 240_A 0.96 0.16 0.00
332_R 127_Q 0.96 0.16 0.00
190_S 47_L 0.96 0.16 0.00
115_Y 116_E 0.96 0.16 0.00
250_S 198_T 0.96 0.16 0.00
87_D 269_I 0.96 0.16 0.00
316_K 225_D 0.96 0.16 0.00
174_T 111_K 0.96 0.16 0.00
128_N 102_T 0.95 0.16 0.00
305_E 61_V 0.95 0.16 0.00
101_T 119_K 0.95 0.16 0.00
197_R 30_P 0.95 0.16 0.00
97_G 258_N 0.95 0.16 0.00
109_K 12_A 0.95 0.15 0.00
218_D 196_V 0.95 0.15 0.00
226_L 332_S 0.95 0.15 0.00
301_V 12_A 0.95 0.15 0.00
280_S 48_V 0.94 0.15 0.00
301_V 48_V 0.94 0.15 0.00
245_R 126_T 0.94 0.15 0.00
245_R 311_S 0.94 0.15 0.00
292_H 36_A 0.94 0.15 0.00
201_Q 36_A 0.94 0.15 0.00
254_D 164_Q 0.94 0.15 0.00
117_N 257_H 0.94 0.15 0.00
145_H 192_N 0.94 0.15 0.00
300_I 286_I 0.94 0.15 0.00
140_V 23_E 0.94 0.15 0.00
105_I 211_A 0.93 0.15 0.00
99_G 208_C 0.93 0.15 0.00
122_E 208_C 0.93 0.15 0.00
218_D 106_A 0.93 0.15 0.00
112_I 248_K 0.93 0.15 0.00
266_T 104_V 0.93 0.15 0.00
283_G 208_C 0.92 0.15 0.00
181_K 311_S 0.92 0.14 0.00
326_Y 286_I 0.92 0.14 0.00
92_D 269_I 0.92 0.14 0.00
98_N 233_E 0.92 0.14 0.00
226_L 326_G 0.92 0.14 0.00
321_H 37_D 0.92 0.14 0.00
116_K 26_K 0.92 0.14 0.00
245_R 192_N 0.91 0.14 0.00
109_K 243_K 0.91 0.14 0.00
275_I 312_T 0.91 0.14 0.00
295_F 176_I 0.91 0.14 0.00
95_V 211_A 0.91 0.14 0.00
99_G 50_L 0.91 0.14 0.00
190_S 189_D 0.91 0.14 0.00
334_A 146_A 0.91 0.14 0.00
122_E 37_D 0.91 0.14 0.00
72_A 168_E 0.91 0.14 0.00
297_L 276_V 0.91 0.14 0.00
245_R 256_C 0.91 0.14 0.00
182_Q 42_K 0.91 0.14 0.00
170_V 110_Q 0.91 0.14 0.00
164_K 257_H 0.90 0.14 0.00
211_Q 264_D 0.90 0.14 0.00
90_S 19_S 0.90 0.14 0.00
71_L 21_I 0.90 0.14 0.00
262_S 328_L 0.90 0.14 0.00
87_D 48_V 0.90 0.14 0.00
170_V 149_K 0.90 0.14 0.00
150_A 4_K 0.90 0.14 0.00
230_Y 140_I 0.90 0.14 0.00
232_M 198_T 0.90 0.14 0.00
158_Y 104_V 0.90 0.14 0.00
316_K 338_I 0.89 0.14 0.00
216_L 62_S 0.89 0.14 0.00
262_S 112_P 0.89 0.14 0.00
230_Y 170_E 0.89 0.14 0.00
262_S 191_V 0.89 0.13 0.00
174_T 112_P 0.89 0.13 0.00
226_L 338_I 0.89 0.13 0.00
329_I 58_I 0.89 0.13 0.00
65_N 294_D 0.89 0.13 0.00
144_E 26_K 0.89 0.13 0.00
256_E 311_S 0.89 0.13 0.00
316_K 283_T 0.89 0.13 0.00
187_L 256_C 0.89 0.13 0.00
210_Q 207_K 0.89 0.13 0.00
216_L 132_A 0.89 0.13 0.00
112_I 190_E 0.88 0.13 0.00
157_N 110_Q 0.88 0.13 0.00
109_K 192_N 0.88 0.13 0.00
198_T 326_G 0.88 0.13 0.00
84_V 251_I 0.88 0.13 0.00
178_N 276_V 0.88 0.13 0.00
169_F 102_T 0.88 0.13 0.00
334_A 47_L 0.88 0.13 0.00
101_T 91_R 0.88 0.13 0.00
170_V 248_K 0.88 0.13 0.00
99_G 12_A 0.88 0.13 0.00
235_N 40_Q 0.88 0.13 0.00
95_V 258_N 0.88 0.13 0.00
117_N 311_S 0.88 0.13 0.00
115_Y 106_A 0.87 0.13 0.00
124_I 167_L 0.87 0.13 0.00
240_L 47_L 0.87 0.13 0.00
300_I 265_L 0.87 0.13 0.00
269_K 177_I 0.87 0.13 0.00
292_H 41_G 0.87 0.13 0.00
324_K 320_S 0.87 0.13 0.00
192_T 258_N 0.87 0.13 0.00
316_K 285_T 0.87 0.13 0.00
192_T 171_A 0.87 0.13 0.00
169_F 257_H 0.87 0.13 0.00
256_E 50_L 0.87 0.13 0.00
280_S 252_I 0.87 0.13 0.00
95_V 228_K 0.87 0.13 0.00
95_V 50_L 0.87 0.13 0.00
281_V 36_A 0.86 0.13 0.00
193_K 286_I 0.86 0.13 0.00
111_N 298_K 0.86 0.13 0.00
322_F 153_K 0.86 0.13 0.00
323_M 228_K 0.86 0.13 0.00
326_Y 240_A 0.86 0.13 0.00
293_Q 307_K 0.86 0.13 0.00
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329_I 5_R 0.86 0.12 0.00
293_Q 257_H 0.86 0.12 0.00
308_S 111_K 0.86 0.12 0.00
74_W 6_V 0.86 0.12 0.00
187_L 12_A 0.86 0.12 0.00
297_L 56_A 0.86 0.12 0.00
287_Q 258_N 0.86 0.12 0.00
244_F 284_N 0.86 0.12 0.00
115_Y 108_S 0.86 0.12 0.00
297_L 228_K 0.85 0.12 0.00
309_Q 326_G 0.85 0.12 0.00
323_M 191_V 0.85 0.12 0.00
87_D 232_S 0.85 0.12 0.00
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201_Q 335_A 0.85 0.12 0.00
193_K 140_I 0.85 0.12 0.00
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245_R 240_A 0.85 0.12 0.00
178_N 54_L 0.85 0.12 0.00
199_T 325_R 0.85 0.12 0.00
72_A 153_K 0.85 0.12 0.00
97_G 50_L 0.85 0.12 0.00
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178_N 243_K 0.84 0.12 0.00
160_E 167_L 0.84 0.12 0.00
89_I 116_E 0.84 0.12 0.00
156_E 306_D 0.84 0.12 0.00
87_D 51_Q 0.84 0.12 0.00
111_N 48_V 0.84 0.12 0.00
149_Q 311_S 0.84 0.12 0.00
144_E 320_S 0.84 0.12 0.00
192_T 88_E 0.84 0.12 0.00
87_D 43_R 0.84 0.12 0.00
178_N 12_A 0.84 0.12 0.00
230_Y 157_E 0.84 0.12 0.00
199_T 42_K 0.84 0.12 0.00
287_Q 286_I 0.84 0.12 0.00
129_F 144_Y 0.83 0.12 0.00
322_F 323_V 0.83 0.12 0.00
154_T 48_V 0.83 0.12 0.00
259_G 192_N 0.83 0.12 0.00
124_I 224_T 0.83 0.12 0.00
65_N 283_T 0.83 0.12 0.00
193_K 51_Q 0.83 0.12 0.00
181_K 309_Y 0.83 0.12 0.00
258_I 260_R 0.83 0.12 0.00
104_T 248_K 0.83 0.12 0.00
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143_L 161_I 0.82 0.12 0.00
79_G 332_S 0.82 0.12 0.00
144_E 160_K 0.82 0.12 0.00
297_L 309_Y 0.82 0.11 0.00
124_I 233_E 0.82 0.11 0.00
335_A 337_I 0.82 0.11 0.00
177_D 12_A 0.82 0.11 0.00
121_I 192_N 0.82 0.11 0.00
141_L 266_I 0.82 0.11 0.00
164_K 269_I 0.82 0.11 0.00
157_N 284_N 0.82 0.11 0.00
228_V 298_K 0.82 0.11 0.00
74_W 116_E 0.82 0.11 0.00
158_Y 47_L 0.82 0.11 0.00
317_W 88_E 0.82 0.11 0.00
98_N 140_I 0.82 0.11 0.00
259_G 196_V 0.82 0.11 0.00
199_T 56_A 0.82 0.11 0.00
153_S 56_A 0.82 0.11 0.00
336_N 283_T 0.82 0.11 0.00
235_N 240_A 0.82 0.11 0.00
92_D 208_C 0.82 0.11 0.00
295_F 236_Q 0.82 0.11 0.00
193_K 191_V 0.82 0.11 0.00
313_K 257_H 0.81 0.11 0.00
164_K 252_I 0.81 0.11 0.00
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177_D 298_K 0.81 0.11 0.00
116_K 208_C 0.81 0.11 0.00
213_A 232_S 0.81 0.11 0.00
112_I 273_K 0.81 0.11 0.00
191_T 243_K 0.81 0.11 0.00
182_Q 239_E 0.81 0.11 0.00
338_V 325_R 0.81 0.11 0.00
99_G 49_S 0.81 0.11 0.00
110_T 256_C 0.81 0.11 0.00
92_D 320_S 0.81 0.11 0.00
158_Y 252_I 0.81 0.11 0.00
170_V 336_E 0.81 0.11 0.00
332_R 5_R 0.81 0.11 0.00
154_T 55_H 0.80 0.11 0.00
320_E 35_G 0.80 0.11 0.00
74_W 263_M 0.80 0.11 0.00
178_N 311_S 0.80 0.11 0.00
178_N 192_N 0.80 0.11 0.00
110_T 335_A 0.80 0.11 0.00
191_T 276_V 0.80 0.11 0.00
250_S 269_I 0.80 0.11 0.00
317_W 246_Q 0.80 0.11 0.00
152_F 132_A 0.80 0.11 0.00
167_K 89_T 0.80 0.11 0.00
316_K 80_D 0.80 0.11 0.00
99_G 243_K 0.80 0.11 0.00
329_I 160_K 0.80 0.11 0.00
171_N 126_T 0.80 0.11 0.00
167_K 276_V 0.80 0.11 0.00
335_A 338_I 0.80 0.11 0.00
180_S 269_I 0.80 0.11 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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