May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
2Y69_AC
Genes: A B A+B
Length: 513 259 767
Sequences: 3012 2510 1382
Seq/Len: 5.87 9.69 1.8
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.82
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.01 0.11
2 0.01 0.01 0.35
5 0.01 0.01 1.51
10 0.01 0.01 1.69
20 0.01 0.01 1.79
100 0.01 0.01 1.83
∞ 0.04 0.01 1.89
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
203_A 94_G 3.76 1.00 1.00
214_L 33_F 2.11 0.99 0.98
99_M 19_A 1.91 0.98 0.95
99_M 18_G 1.88 0.98 0.95
216_T 186_I 1.35 0.82 0.70
274_W 94_G 1.32 0.79 0.68
169_N 76_G 1.30 0.78 0.66
329_G 226_T 1.26 0.75 0.62
151_L 26_T 1.20 0.69 0.55
154_V 52_M 1.19 0.69 0.55
154_V 18_G 1.18 0.68 0.53
278_S 248_L 1.15 0.65 0.50
158_L 52_M 1.14 0.64 0.49
355_I 169_V 1.11 0.61 0.46
133_G 134_V 1.08 0.57 0.41
147_F 26_T 1.07 0.57 0.41
341_L 208_I 1.07 0.57 0.41
389_M 93_T 1.07 0.56 0.41
418_V 215_V 1.05 0.55 0.38
204_G 185_T 1.04 0.54 0.37
98_N 139_G 1.03 0.53 0.37
446_Y 127_V 1.03 0.53 0.36
45_T 121_P 1.02 0.52 0.36
260_Y 94_G 1.02 0.52 0.35
164_I 83_L 1.01 0.50 0.34
188_M 196_F 0.97 0.47 0.30
25_A 6_Y 0.97 0.46 0.30
6_L 16_L 0.97 0.46 0.30
167_I 133_S 0.95 0.44 0.28
282_L 101_H 0.94 0.43 0.27
356_V 157_M 0.94 0.43 0.27
26_G 236_A 0.93 0.42 0.26
134_N 34_H 0.92 0.41 0.25
32_L 251_Y 0.92 0.41 0.25
260_Y 3_T 0.92 0.40 0.24
25_A 187_S 0.91 0.40 0.24
387_A 251_Y 0.91 0.40 0.24
20_L 207_I 0.91 0.40 0.24
214_L 186_I 0.91 0.39 0.24
422_M 16_L 0.90 0.39 0.23
210_T 197_V 0.90 0.38 0.23
151_L 22_A 0.89 0.37 0.22
396_F 168_G 0.89 0.37 0.22
191_A 147_H 0.88 0.37 0.21
228_I 150_M 0.88 0.36 0.21
446_Y 211_T 0.87 0.36 0.20
504_F 4_H 0.87 0.35 0.20
491_L 149_L 0.87 0.35 0.20
184_V 223_F 0.87 0.35 0.20
260_Y 134_V 0.86 0.35 0.20
49_D 8_M 0.86 0.35 0.20
271_G 104_L 0.86 0.35 0.20
393_V 3_T 0.86 0.34 0.20
489_T 196_F 0.86 0.34 0.19
507_P 126_E 0.85 0.34 0.19
154_V 22_A 0.85 0.34 0.19
278_S 259_S 0.85 0.34 0.19
63_V 127_V 0.85 0.34 0.19
397_P 76_G 0.85 0.34 0.19
41_G 237_A 0.85 0.33 0.18
154_V 140_V 0.84 0.33 0.18
442_Y 219_R 0.84 0.33 0.18
154_V 51_T 0.84 0.33 0.18
112_L 251_Y 0.84 0.32 0.18
252_M 31_M 0.83 0.32 0.17
109_L 23_L 0.83 0.32 0.17
324_A 93_T 0.83 0.32 0.17
96_M 236_A 0.83 0.32 0.17
388_I 3_T 0.83 0.32 0.17
82_V 176_A 0.83 0.31 0.17
451_T 140_V 0.82 0.31 0.17
264_K 248_L 0.82 0.31 0.17
153_G 209_G 0.82 0.31 0.17
361_S 137_A 0.82 0.31 0.17
165_T 51_T 0.82 0.30 0.16
468_V 185_T 0.82 0.30 0.16
88_A 149_L 0.81 0.30 0.16
256_I 237_A 0.81 0.30 0.16
103_L 70_T 0.81 0.30 0.16
96_M 52_M 0.81 0.30 0.16
255_H 236_A 0.81 0.30 0.15
82_V 151_E 0.81 0.30 0.15
106_P 23_L 0.81 0.29 0.15
333_W 45_L 0.81 0.29 0.15
47_L 122_L 0.81 0.29 0.15
396_F 63_S 0.81 0.29 0.15
110_L 222_K 0.80 0.29 0.15
503_T 19_A 0.80 0.29 0.15
96_M 61_R 0.80 0.29 0.15
293_T 127_V 0.80 0.28 0.15
186_S 216_C 0.80 0.28 0.15
195_L 83_L 0.80 0.28 0.15
409_A 94_G 0.80 0.28 0.15
122_G 116_P 0.80 0.28 0.15
152_A 168_G 0.79 0.28 0.14
473_E 32_W 0.79 0.28 0.14
214_L 78_R 0.79 0.28 0.14
510_V 169_V 0.79 0.28 0.14
404_L 16_L 0.79 0.28 0.14
61_A 137_A 0.79 0.28 0.14
455_M 218_F 0.79 0.28 0.14
28_V 252_V 0.79 0.28 0.14
121_A 27_S 0.78 0.28 0.14
52_I 142_I 0.78 0.27 0.14
388_I 122_L 0.78 0.27 0.14
284_F 86_I 0.78 0.27 0.14
303_Y 139_G 0.78 0.27 0.14
107_S 75_K 0.78 0.27 0.13
158_L 81_M 0.78 0.27 0.13
124_G 115_P 0.78 0.27 0.13
274_W 90_L 0.78 0.27 0.13
356_V 173_L 0.77 0.27 0.13
323_L 148_S 0.77 0.27 0.13
226_D 101_H 0.77 0.27 0.13
6_L 123_N 0.77 0.27 0.13
206_T 128_P 0.77 0.26 0.13
323_L 137_A 0.77 0.26 0.13
344_I 11_P 0.77 0.26 0.13
68_M 3_T 0.77 0.26 0.13
468_V 63_S 0.77 0.26 0.13
355_I 198_A 0.76 0.26 0.12
506_E 3_T 0.76 0.26 0.12
181_P 185_T 0.76 0.26 0.12
389_M 29_L 0.76 0.26 0.12
344_I 53_Y 0.76 0.25 0.12
356_V 105_A 0.76 0.25 0.12
466_L 129_L 0.75 0.25 0.12
430_L 139_G 0.75 0.25 0.12
257_V 210_S 0.75 0.25 0.12
244_I 21_S 0.75 0.25 0.12
264_K 125_L 0.75 0.25 0.12
344_I 248_L 0.75 0.25 0.12
72_I 33_F 0.75 0.25 0.12
298_V 133_S 0.75 0.24 0.12
109_L 25_M 0.75 0.24 0.12
168_I 79_Y 0.75 0.24 0.12
358_A 156_H 0.75 0.24 0.12
355_I 1_H 0.74 0.24 0.12
418_V 173_L 0.74 0.24 0.11
310_I 123_N 0.74 0.24 0.11
139_G 73_V 0.74 0.24 0.11
55_V 10_N 0.74 0.24 0.11
118_E 98_A 0.74 0.24 0.11
157_I 117_T 0.74 0.24 0.11
339_W 168_G 0.74 0.24 0.11
80_W 238_W 0.74 0.24 0.11
161_I 29_L 0.73 0.23 0.11
296_M 156_H 0.73 0.23 0.11
168_I 11_P 0.73 0.23 0.11
35_L 23_L 0.73 0.23 0.11
339_W 189_G 0.73 0.23 0.11
204_G 53_Y 0.73 0.23 0.11
417_F 129_L 0.73 0.23 0.11
263_K 168_G 0.73 0.23 0.11
99_M 54_Q 0.73 0.23 0.11
82_V 49_M 0.73 0.23 0.11
288_A 197_V 0.73 0.23 0.11
332_K 47_T 0.73 0.23 0.11
210_T 182_A 0.73 0.23 0.11
273_V 181_E 0.73 0.23 0.11
85_M 81_M 0.73 0.23 0.10
468_V 229_H 0.73 0.23 0.10
475_F 236_A 0.73 0.23 0.10
153_G 242_F 0.73 0.23 0.10
172_P 121_P 0.73 0.23 0.10
337_M 90_L 0.73 0.23 0.10
412_H 19_A 0.72 0.23 0.10
454_S 163_I 0.72 0.23 0.10
278_S 147_H 0.72 0.23 0.10
161_I 170_Y 0.72 0.23 0.10
400_S 169_V 0.72 0.23 0.10
90_D 244_D 0.72 0.23 0.10
465_M 100_Y 0.72 0.23 0.10
466_L 29_L 0.72 0.23 0.10
127_V 139_G 0.72 0.23 0.10
297_D 5_A 0.72 0.22 0.10
391_G 20_L 0.72 0.22 0.10
86_I 31_M 0.72 0.22 0.10
412_H 35_F 0.72 0.22 0.10
223_G 238_W 0.72 0.22 0.10
508_T 251_Y 0.72 0.22 0.10
406_D 233_F 0.71 0.22 0.10
20_L 204_L 0.71 0.22 0.10
414_A 149_L 0.71 0.22 0.10
292_F 68_H 0.71 0.22 0.10
479_R 166_T 0.71 0.22 0.10
337_M 145_A 0.71 0.22 0.10
101_F 131_N 0.71 0.22 0.10
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.1948 seconds.