May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
1ZUN_AB
Genes: A B A+B
Length: 204 394 557
Sequences: 2051 5841 1126
Seq/Len: 10.05 14.82 2.02
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.77
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.04 0.06 1.77
2 0.04 0.06 1.83
5 0.04 0.06 1.86
10 0.04 0.06 1.87
20 0.05 0.07 1.88
100 0.05 0.09 1.99
∞ 0.11 0.19 2.49
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
153_K 277_S 2.74 1.00 1.00
60_G 222_A 2.09 0.99 0.98
54_R 253_F 1.91 0.98 0.96
186_I 36_I 1.69 0.96 0.92
166_N 321_Y 1.51 0.92 0.84
161_N 372_T 1.44 0.89 0.80
112_K 317_R 1.41 0.88 0.78
162_V 319_T 1.36 0.85 0.74
81_F 165_A 1.12 0.66 0.50
51_H 265_A 1.09 0.62 0.46
110_G 82_A 1.08 0.62 0.46
124_F 71_T 1.08 0.62 0.46
162_V 318_A 1.08 0.61 0.46
186_I 34_K 1.07 0.60 0.45
106_M 111_I 1.05 0.58 0.42
140_V 303_A 1.05 0.58 0.42
163_Y 299_L 1.04 0.57 0.41
196_P 320_S 1.02 0.55 0.39
184_L 348_L 1.02 0.55 0.39
173_I 71_T 0.99 0.52 0.36
149_R 317_R 0.99 0.52 0.36
90_G 310_G 0.98 0.50 0.34
106_M 48_Q 0.97 0.49 0.33
133_K 33_S 0.96 0.48 0.32
112_K 44_V 0.96 0.48 0.32
186_I 246_R 0.93 0.45 0.29
188_Q 7_K 0.93 0.45 0.29
188_Q 65_K 0.93 0.45 0.29
88_E 204_L 0.93 0.44 0.28
104_D 166_L 0.89 0.40 0.25
166_N 314_D 0.88 0.39 0.24
119_G 95_V 0.87 0.38 0.23
143_F 384_N 0.86 0.38 0.22
140_V 229_I 0.86 0.37 0.22
62_L 264_Q 0.86 0.37 0.22
66_V 269_T 0.86 0.37 0.22
149_R 240_P 0.86 0.37 0.22
95_T 114_L 0.86 0.37 0.22
123_A 384_N 0.85 0.37 0.22
99_S 89_D 0.85 0.37 0.21
188_Q 336_N 0.85 0.36 0.21
102_H 15_C 0.84 0.36 0.21
148_H 15_C 0.84 0.36 0.21
151_D 239_L 0.84 0.36 0.21
90_G 185_S 0.84 0.35 0.20
101_K 68_I 0.83 0.34 0.19
159_L 166_L 0.83 0.34 0.19
161_N 8_E 0.82 0.34 0.19
112_K 15_C 0.82 0.34 0.19
166_N 384_N 0.82 0.33 0.19
42_I 82_A 0.82 0.33 0.18
146_S 95_V 0.82 0.33 0.18
92_D 120_I 0.82 0.33 0.18
65_P 301_W 0.81 0.32 0.18
167_V 111_I 0.81 0.32 0.18
50_L 316_K 0.81 0.32 0.18
153_K 335_V 0.81 0.32 0.18
60_G 206_F 0.81 0.32 0.18
42_I 174_K 0.80 0.32 0.17
161_N 375_A 0.80 0.32 0.17
170_G 234_D 0.80 0.31 0.17
153_K 31_H 0.80 0.31 0.17
118_H 320_S 0.80 0.31 0.17
186_I 317_R 0.80 0.31 0.17
148_H 381_R 0.80 0.31 0.17
168_N 178_S 0.79 0.30 0.16
161_N 224_T 0.79 0.30 0.16
162_V 375_A 0.79 0.30 0.16
101_K 382_L 0.79 0.30 0.16
175_V 35_M 0.79 0.30 0.16
186_I 58_Y 0.78 0.30 0.16
203_A 139_S 0.78 0.29 0.16
62_L 354_V 0.78 0.29 0.15
88_E 230_V 0.78 0.29 0.15
141_Y 216_L 0.78 0.29 0.15
106_M 82_A 0.77 0.29 0.15
49_M 226_A 0.76 0.28 0.14
104_D 48_Q 0.76 0.28 0.14
168_N 320_S 0.76 0.28 0.14
103_T 105_T 0.76 0.28 0.14
54_R 265_A 0.76 0.27 0.14
99_S 62_A 0.76 0.27 0.14
159_L 302_M 0.76 0.27 0.14
88_E 133_D 0.76 0.27 0.14
202_F 322_V 0.75 0.27 0.14
94_I 295_F 0.75 0.27 0.14
49_M 41_A 0.75 0.27 0.14
119_G 145_L 0.75 0.27 0.14
94_I 63_K 0.75 0.27 0.14
87_E 231_H 0.75 0.27 0.13
141_Y 331_H 0.75 0.26 0.13
85_M 8_E 0.75 0.26 0.13
106_M 13_L 0.75 0.26 0.13
49_M 245_S 0.74 0.26 0.13
60_G 235_E 0.74 0.26 0.13
116_D 295_F 0.74 0.26 0.13
154_N 385_G 0.74 0.26 0.13
92_D 247_V 0.74 0.26 0.13
105_I 224_T 0.74 0.26 0.13
166_N 186_L 0.73 0.25 0.12
110_G 300_V 0.73 0.25 0.12
104_D 127_M 0.73 0.25 0.12
143_F 127_M 0.73 0.25 0.12
88_E 195_I 0.73 0.25 0.12
103_T 15_C 0.73 0.25 0.12
88_E 258_E 0.73 0.25 0.12
161_N 226_A 0.72 0.24 0.12
148_H 44_V 0.72 0.24 0.12
104_D 240_P 0.72 0.24 0.12
145_D 95_V 0.72 0.24 0.12
81_F 41_A 0.72 0.24 0.12
106_M 15_C 0.72 0.24 0.12
194_G 258_E 0.72 0.24 0.12
38_M 316_K 0.72 0.24 0.11
107_K 300_V 0.72 0.24 0.11
124_F 316_K 0.72 0.24 0.11
90_G 171_V 0.71 0.24 0.11
77_E 288_V 0.71 0.23 0.11
83_D 137_F 0.71 0.23 0.11
87_E 138_E 0.71 0.23 0.11
173_I 188_E 0.71 0.23 0.11
89_M 36_I 0.71 0.23 0.11
194_G 200_N 0.71 0.23 0.11
117_K 356_V 0.71 0.23 0.11
172_S 377_I 0.71 0.23 0.11
121_D 105_T 0.71 0.23 0.11
99_S 123_A 0.70 0.23 0.11
65_P 26_I 0.70 0.23 0.11
159_L 280_D 0.69 0.22 0.10
169_K 82_A 0.69 0.22 0.10
60_G 292_S 0.69 0.22 0.10
194_G 247_V 0.69 0.22 0.10
69_V 131_G 0.69 0.21 0.10
149_R 239_L 0.69 0.21 0.10
109_E 316_K 0.68 0.21 0.10
62_L 13_L 0.68 0.21 0.10
87_E 63_K 0.68 0.21 0.10
122_A 326_I 0.68 0.21 0.10
140_V 329_I 0.68 0.21 0.09
123_A 373_T 0.68 0.21 0.09
152_P 57_R 0.68 0.21 0.09
154_N 119_H 0.68 0.21 0.09
80_R 258_E 0.68 0.21 0.09
186_I 199_R 0.68 0.21 0.09
66_V 160_F 0.68 0.21 0.09
101_K 120_I 0.67 0.20 0.09
184_L 33_S 0.67 0.20 0.09
53_A 338_L 0.67 0.20 0.09
165_G 311_K 0.67 0.20 0.09
49_M 164_S 0.67 0.20 0.09
191_Y 166_L 0.67 0.20 0.09
168_N 334_D 0.67 0.20 0.09
200_L 192_T 0.67 0.20 0.09
51_H 263_G 0.67 0.20 0.09
69_V 196_A 0.67 0.20 0.09
176_F 78_T 0.67 0.20 0.09
51_H 317_R 0.67 0.20 0.09
87_E 131_G 0.67 0.20 0.09
84_Q 286_D 0.67 0.20 0.09
66_V 67_I 0.67 0.20 0.09
84_Q 143_D 0.66 0.20 0.09
180_N 54_V 0.66 0.20 0.09
161_N 172_V 0.66 0.20 0.09
99_S 262_P 0.66 0.20 0.09
120_F 276_I 0.66 0.20 0.09
122_A 296_D 0.66 0.20 0.09
162_V 281_L 0.66 0.20 0.09
59_P 220_G 0.66 0.19 0.08
176_F 46_G 0.66 0.19 0.08
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.2133 seconds.