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OPENSEQ.org
RadA_DisA
Genes: A B A+B
Length: 458 360 747
Sequences: 1890 346 318
Seq/Len: 4.13 0.96 0.43
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.76
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.06 0.36
2 0.00 0.06 0.38
5 0.00 0.06 0.39
10 0.00 0.06 0.39
20 0.00 0.06 0.39
100 0.00 0.06 0.39
∞ 0.01 0.06 0.40
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
370_I 286_D 1.81 0.73 0.01
261_T 95_Q 1.54 0.54 0.01
94_V 160_I 1.49 0.51 0.01
387_P 41_G 1.47 0.49 0.01
241_E 62_N 1.47 0.49 0.01
198_T 66_S 1.44 0.47 0.01
246_H 286_D 1.40 0.44 0.01
135_K 88_K 1.39 0.43 0.01
8_F 262_M 1.36 0.42 0.00
251_L 146_L 1.35 0.41 0.00
364_K 88_K 1.34 0.40 0.00
355_A 184_E 1.32 0.39 0.00
295_S 149_I 1.32 0.39 0.00
32_T 241_I 1.31 0.38 0.00
201_L 65_F 1.28 0.36 0.00
357_L 64_A 1.28 0.36 0.00
351_Q 152_I 1.27 0.35 0.00
348_L 41_G 1.27 0.35 0.00
3_K 300_I 1.26 0.35 0.00
353_Q 307_I 1.26 0.34 0.00
299_A 143_K 1.26 0.34 0.00
337_L 117_V 1.25 0.34 0.00
253_A 259_L 1.24 0.33 0.00
131_V 327_E 1.22 0.32 0.00
364_K 227_I 1.22 0.32 0.00
18_P 81_I 1.21 0.31 0.00
297_I 167_K 1.21 0.31 0.00
394_I 309_E 1.21 0.31 0.00
406_V 67_P 1.20 0.31 0.00
125_I 29_A 1.20 0.31 0.00
125_I 285_L 1.20 0.30 0.00
254_V 140_E 1.19 0.30 0.00
258_F 226_V 1.19 0.30 0.00
394_I 294_Y 1.19 0.30 0.00
188_P 117_V 1.17 0.29 0.00
302_E 221_L 1.17 0.29 0.00
338_L 50_K 1.17 0.29 0.00
394_I 308_V 1.17 0.29 0.00
337_L 337_E 1.17 0.28 0.00
356_Y 85_S 1.15 0.28 0.00
283_I 51_V 1.15 0.28 0.00
309_V 292_R 1.15 0.27 0.00
353_Q 34_V 1.13 0.26 0.00
343_E 234_E 1.13 0.26 0.00
96_I 103_S 1.12 0.26 0.00
93_L 33_N 1.12 0.26 0.00
224_I 204_I 1.12 0.26 0.00
146_P 32_E 1.11 0.26 0.00
299_A 286_D 1.11 0.26 0.00
65_I 233_M 1.11 0.25 0.00
381_S 217_T 1.11 0.25 0.00
209_G 194_V 1.11 0.25 0.00
228_R 29_A 1.10 0.25 0.00
57_Q 140_E 1.10 0.25 0.00
72_R 80_I 1.10 0.25 0.00
135_K 61_I 1.10 0.25 0.00
96_I 94_T 1.09 0.24 0.00
65_I 231_T 1.09 0.24 0.00
198_T 60_H 1.09 0.24 0.00
364_K 62_N 1.09 0.24 0.00
209_G 134_V 1.09 0.24 0.00
365_L 153_L 1.08 0.24 0.00
196_E 80_I 1.08 0.24 0.00
76_Q 274_Y 1.08 0.24 0.00
278_L 227_I 1.08 0.24 0.00
28_G 100_A 1.08 0.24 0.00
224_I 107_T 1.08 0.23 0.00
132_K 195_M 1.08 0.23 0.00
210_I 241_I 1.08 0.23 0.00
188_P 233_M 1.07 0.23 0.00
112_S 242_K 1.07 0.23 0.00
171_V 313_E 1.07 0.23 0.00
127_G 335_I 1.06 0.23 0.00
173_V 126_I 1.06 0.23 0.00
377_S 350_L 1.06 0.23 0.00
304_T 155_K 1.06 0.22 0.00
348_L 325_S 1.05 0.22 0.00
150_V 316_G 1.05 0.22 0.00
397_V 174_I 1.05 0.22 0.00
224_I 143_K 1.04 0.22 0.00
315_I 303_L 1.04 0.21 0.00
134_T 212_I 1.04 0.21 0.00
21_M 321_I 1.04 0.21 0.00
124_Y 191_V 1.03 0.21 0.00
102_I 155_K 1.03 0.21 0.00
209_G 276_L 1.03 0.21 0.00
302_E 339_R 1.03 0.21 0.00
279_N 169_I 1.02 0.21 0.00
111_V 285_L 1.02 0.21 0.00
28_G 232_D 1.02 0.21 0.00
102_I 38_N 1.02 0.21 0.00
8_F 299_K 1.02 0.21 0.00
343_E 35_L 1.02 0.21 0.00
138_A 70_L 1.02 0.21 0.00
298_T 140_E 1.02 0.20 0.00
171_V 308_V 1.01 0.20 0.00
172_V 64_A 1.01 0.20 0.00
422_K 101_T 1.01 0.20 0.00
102_I 94_T 1.01 0.20 0.00
400_T 21_V 1.01 0.20 0.00
228_R 199_E 1.01 0.20 0.00
167_N 309_E 1.00 0.20 0.00
295_S 65_F 1.00 0.20 0.00
421_F 207_E 1.00 0.20 0.00
192_S 298_N 1.00 0.20 0.00
90_K 202_L 1.00 0.20 0.00
409_I 64_A 1.00 0.19 0.00
403_V 119_K 0.99 0.19 0.00
409_I 21_V 0.99 0.19 0.00
122_V 115_E 0.99 0.19 0.00
190_S 32_E 0.99 0.19 0.00
92_S 339_R 0.99 0.19 0.00
198_T 32_E 0.99 0.19 0.00
374_I 88_K 0.99 0.19 0.00
198_T 82_L 0.98 0.19 0.00
211_P 312_V 0.98 0.19 0.00
421_F 200_M 0.98 0.19 0.00
190_S 161_Q 0.98 0.19 0.00
358_K 224_L 0.98 0.19 0.00
148_L 356_L 0.98 0.18 0.00
357_L 233_M 0.97 0.18 0.00
413_V 67_P 0.97 0.18 0.00
23_K 103_S 0.97 0.18 0.00
96_I 266_D 0.97 0.18 0.00
179_V 314_A 0.97 0.18 0.00
248_F 172_K 0.97 0.18 0.00
52_S 328_E 0.97 0.18 0.00
23_K 195_M 0.97 0.18 0.00
96_I 289_V 0.97 0.18 0.00
9_I 190_D 0.97 0.18 0.00
25_P 279_Y 0.97 0.18 0.00
413_V 300_I 0.96 0.18 0.00
352_N 137_L 0.96 0.18 0.00
3_K 160_I 0.96 0.18 0.00
243_E 32_E 0.96 0.18 0.00
315_I 107_T 0.96 0.18 0.00
36_E 234_E 0.96 0.18 0.00
12_S 188_F 0.96 0.18 0.00
369_A 290_L 0.96 0.18 0.00
172_V 275_K 0.96 0.18 0.00
419_L 224_L 0.96 0.18 0.00
313_A 103_S 0.96 0.18 0.00
367_E 291_P 0.95 0.18 0.00
211_P 279_Y 0.95 0.17 0.00
134_T 136_T 0.95 0.17 0.00
284_F 318_L 0.95 0.17 0.00
28_G 54_V 0.95 0.17 0.00
297_I 272_I 0.94 0.17 0.00
309_V 307_I 0.94 0.17 0.00
279_N 182_F 0.94 0.17 0.00
250_I 148_D 0.94 0.17 0.00
156_M 232_D 0.94 0.17 0.00
6_S 54_V 0.94 0.17 0.00
199_A 231_T 0.94 0.17 0.00
403_V 52_K 0.94 0.17 0.00
258_F 118_A 0.94 0.17 0.00
410_E 107_T 0.94 0.17 0.00
377_S 325_S 0.94 0.17 0.00
391_D 135_I 0.94 0.17 0.00
111_V 152_I 0.93 0.17 0.00
386_P 341_Q 0.93 0.17 0.00
284_F 22_A 0.93 0.17 0.00
112_S 172_K 0.93 0.16 0.00
158_Y 286_D 0.93 0.16 0.00
236_T 143_K 0.93 0.16 0.00
173_V 193_S 0.93 0.16 0.00
171_V 209_N 0.93 0.16 0.00
409_I 154_T 0.92 0.16 0.00
384_D 186_V 0.92 0.16 0.00
19_K 204_I 0.92 0.16 0.00
99_D 94_T 0.92 0.16 0.00
374_I 126_I 0.92 0.16 0.00
29_A 208_I 0.92 0.16 0.00
134_T 240_F 0.92 0.16 0.00
203_K 115_E 0.92 0.16 0.00
356_Y 294_Y 0.92 0.16 0.00
350_L 193_S 0.91 0.16 0.00
238_L 41_G 0.91 0.16 0.00
102_I 161_Q 0.91 0.16 0.00
418_K 33_N 0.91 0.16 0.00
364_K 276_L 0.91 0.16 0.00
80_F 161_Q 0.91 0.16 0.00
238_L 107_T 0.91 0.16 0.00
381_S 62_N 0.91 0.16 0.00
335_V 43_I 0.91 0.16 0.00
345_R 153_L 0.91 0.15 0.00
338_L 217_T 0.91 0.15 0.00
229_L 308_V 0.90 0.15 0.00
377_S 100_A 0.90 0.15 0.00
184_I 275_K 0.90 0.15 0.00
283_I 41_G 0.90 0.15 0.00
185_T 328_E 0.90 0.15 0.00
271_E 307_I 0.90 0.15 0.00
195_R 81_I 0.90 0.15 0.00
280_P 36_R 0.90 0.15 0.00
397_V 22_A 0.90 0.15 0.00
370_I 170_L 0.90 0.15 0.00
313_A 292_R 0.89 0.15 0.00
364_K 61_I 0.89 0.15 0.00
19_K 262_M 0.89 0.15 0.00
77_L 54_V 0.89 0.15 0.00
275_T 290_L 0.89 0.15 0.00
275_T 53_E 0.89 0.15 0.00
190_S 195_M 0.89 0.15 0.00
236_T 46_G 0.89 0.15 0.00
330_I 126_I 0.89 0.15 0.00
298_T 21_V 0.89 0.15 0.00
296_S 287_D 0.89 0.15 0.00
384_D 208_I 0.89 0.15 0.00
6_S 100_A 0.89 0.15 0.00
122_V 107_T 0.89 0.15 0.00
345_R 275_K 0.89 0.15 0.00
65_I 350_L 0.89 0.15 0.00
184_I 119_K 0.89 0.15 0.00
139_D 299_K 0.88 0.15 0.00
120_N 316_G 0.88 0.15 0.00
251_L 54_V 0.88 0.15 0.00
210_I 147_K 0.88 0.15 0.00
5_K 275_K 0.88 0.15 0.00
29_A 87_Q 0.88 0.15 0.00
316_S 263_S 0.88 0.15 0.00
400_T 68_A 0.88 0.15 0.00
335_V 289_V 0.88 0.15 0.00
384_D 318_L 0.88 0.15 0.00
390_A 54_V 0.88 0.15 0.00
29_A 167_K 0.88 0.14 0.00
236_T 318_L 0.88 0.14 0.00
32_T 208_I 0.88 0.14 0.00
357_L 265_Y 0.88 0.14 0.00
413_V 210_M 0.88 0.14 0.00
172_V 212_I 0.88 0.14 0.00
350_L 188_F 0.88 0.14 0.00
109_L 311_V 0.88 0.14 0.00
196_E 337_E 0.88 0.14 0.00
163_I 148_D 0.88 0.14 0.00
197_C 319_P 0.88 0.14 0.00
32_T 84_D 0.88 0.14 0.00
345_R 61_I 0.88 0.14 0.00
264_M 81_I 0.87 0.14 0.00
373_A 226_V 0.87 0.14 0.00
311_I 34_V 0.87 0.14 0.00
336_S 325_S 0.87 0.14 0.00
302_E 337_E 0.87 0.14 0.00
311_I 335_I 0.87 0.14 0.00
179_V 241_I 0.87 0.14 0.00
112_S 34_V 0.87 0.14 0.00
64_S 325_S 0.87 0.14 0.00
179_V 239_L 0.87 0.14 0.00
121_S 337_E 0.87 0.14 0.00
146_P 127_A 0.87 0.14 0.00
147_S 26_P 0.87 0.14 0.00
261_T 191_V 0.87 0.14 0.00
346_V 308_V 0.87 0.14 0.00
25_P 83_S 0.87 0.14 0.00
195_R 134_V 0.87 0.14 0.00
348_L 67_P 0.86 0.14 0.00
260_S 283_T 0.86 0.14 0.00
127_G 299_K 0.86 0.14 0.00
162_A 269_D 0.86 0.14 0.00
182_S 251_D 0.86 0.14 0.00
383_R 137_L 0.86 0.14 0.00
413_V 280_P 0.86 0.14 0.00
364_K 257_K 0.86 0.14 0.00
392_C 85_S 0.86 0.14 0.00
214_I 300_I 0.86 0.14 0.00
163_I 95_Q 0.86 0.14 0.00
32_T 29_A 0.86 0.14 0.00
122_V 95_Q 0.86 0.14 0.00
266_I 62_N 0.86 0.14 0.00
215_V 327_E 0.86 0.14 0.00
131_V 104_S 0.86 0.14 0.00
83_V 349_R 0.86 0.14 0.00
122_V 43_I 0.86 0.14 0.00
179_V 335_I 0.86 0.14 0.00
330_I 321_I 0.86 0.14 0.00
88_V 262_M 0.86 0.14 0.00
269_M 338_V 0.85 0.14 0.00
309_V 356_L 0.85 0.14 0.00
23_K 345_K 0.85 0.14 0.00
201_L 66_S 0.85 0.14 0.00
279_N 186_V 0.85 0.14 0.00
347_G 222_I 0.85 0.14 0.00
381_S 337_E 0.85 0.14 0.00
357_L 254_V 0.85 0.14 0.00
186_S 169_I 0.85 0.14 0.00
188_P 254_V 0.85 0.14 0.00
17_S 195_M 0.85 0.14 0.00
69_E 252_P 0.85 0.14 0.00
327_A 94_T 0.85 0.13 0.00
209_G 82_L 0.85 0.13 0.00
172_V 43_I 0.85 0.13 0.00
37_M 192_L 0.85 0.13 0.00
269_M 80_I 0.85 0.13 0.00
376_I 66_S 0.85 0.13 0.00
188_P 342_K 0.85 0.13 0.00
403_V 90_L 0.84 0.13 0.00
109_L 159_A 0.84 0.13 0.00
154_T 80_I 0.84 0.13 0.00
77_L 168_T 0.84 0.13 0.00
331_D 125_V 0.84 0.13 0.00
385_T 321_I 0.84 0.13 0.00
243_E 276_L 0.84 0.13 0.00
228_R 345_K 0.84 0.13 0.00
283_I 275_K 0.84 0.13 0.00
278_L 41_G 0.84 0.13 0.00
164_Q 87_Q 0.84 0.13 0.00
330_I 48_N 0.84 0.13 0.00
296_S 83_S 0.84 0.13 0.00
215_V 170_L 0.84 0.13 0.00
134_T 69_H 0.84 0.13 0.00
149_H 141_N 0.84 0.13 0.00
321_G 242_K 0.83 0.13 0.00
195_R 43_I 0.83 0.13 0.00
349_L 126_I 0.83 0.13 0.00
299_A 124_L 0.83 0.13 0.00
90_K 178_N 0.83 0.13 0.00
397_V 94_T 0.83 0.13 0.00
280_P 315_F 0.83 0.13 0.00
313_A 83_S 0.83 0.13 0.00
2_A 273_V 0.83 0.13 0.00
308_L 330_D 0.83 0.13 0.00
394_I 256_L 0.83 0.13 0.00
117_G 90_L 0.83 0.13 0.00
112_S 188_F 0.83 0.13 0.00
264_M 31_M 0.83 0.13 0.00
77_L 357_D 0.83 0.13 0.00
335_V 81_I 0.83 0.13 0.00
261_T 195_M 0.83 0.13 0.00
358_K 188_F 0.83 0.13 0.00
337_L 100_A 0.83 0.13 0.00
221_E 94_T 0.83 0.13 0.00
324_R 269_D 0.83 0.13 0.00
378_I 149_I 0.82 0.13 0.00
111_V 233_M 0.82 0.13 0.00
173_V 175_N 0.82 0.13 0.00
72_R 165_K 0.82 0.13 0.00
142_G 192_L 0.82 0.13 0.00
386_P 80_I 0.82 0.13 0.00
285_L 301_P 0.82 0.13 0.00
202_M 234_E 0.82 0.12 0.00
408_R 274_Y 0.82 0.12 0.00
33_M 192_L 0.82 0.12 0.00
384_D 325_S 0.82 0.12 0.00
11_Q 277_L 0.82 0.12 0.00
26_G 232_D 0.82 0.12 0.00
8_F 269_D 0.82 0.12 0.00
409_I 188_F 0.82 0.12 0.00
152_S 235_E 0.82 0.12 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
10327 0.44 RadA_DisA Δgene:(0, ∞) A:(1E-60, 8) B:(1E-60, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.03 Done - Shared
10326 0.44 RadA_DisA Δgene:(0, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.01 Done - Shared
10323 0.39 RadA_DisA Δgene:(0, 1) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
10322 0.43 RadA_DisA Δgene:(0, 5) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.01 Done - Shared
10312 0.42 RadA_DisA Δgene:(0, 2) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
10311 0.43 RadA_DisA Δgene:(0, 20) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.01 Done - Shared
10308 0.43 RadA_DisA Δgene:(0, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
10306 0.43 RadA_DisA Δgene:(0, 10) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
10305 0 RadA_DisA Δgene:(0, 0) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) Killed - Shared
10304 0.39 RadA_DisA Δgene:(1, 1) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
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