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OPENSEQ.org
hetero
Genes: A B A+B
Length: 445 310 723
Sequences: 149 142 135
Seq/Len: 0.33 0.46 0.19
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.92
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.03 0.04 0.11
2 0.03 0.04 0.13
5 0.03 0.04 0.18
10 0.03 0.04 0.18
20 0.03 0.04 0.18
100 0.03 0.04 0.18
∞ 0.05 0.06 0.18
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
330_P 97_S 1.68 0.41 0.00
82_F 161_N 1.61 0.37 0.00
227_N 97_S 1.55 0.34 0.00
311_Y 104_N 1.52 0.32 0.00
324_V 291_V 1.42 0.27 0.00
219_K 272_I 1.39 0.26 0.00
275_A 71_D 1.38 0.25 0.00
40_D 247_G 1.37 0.25 0.00
60_P 218_E 1.34 0.24 0.00
218_Q 298_L 1.33 0.23 0.00
310_I 97_S 1.33 0.23 0.00
328_L 23_D 1.31 0.22 0.00
360_A 17_V 1.29 0.21 0.00
338_I 176_V 1.28 0.21 0.00
291_V 254_K 1.28 0.21 0.00
253_K 104_N 1.28 0.21 0.00
88_F 285_A 1.27 0.21 0.00
148_A 150_R 1.26 0.20 0.00
143_F 127_I 1.24 0.19 0.00
311_Y 190_L 1.23 0.19 0.00
230_L 228_R 1.23 0.19 0.00
203_L 238_L 1.23 0.19 0.00
128_V 152_C 1.21 0.18 0.00
170_A 162_Y 1.21 0.18 0.00
280_S 176_V 1.21 0.18 0.00
133_L 53_V 1.20 0.18 0.00
327_I 256_A 1.20 0.18 0.00
374_T 189_Q 1.20 0.18 0.00
230_L 298_L 1.20 0.18 0.00
47_D 77_V 1.20 0.18 0.00
84_H 219_Y 1.19 0.18 0.00
33_A 189_Q 1.19 0.17 0.00
47_D 202_N 1.18 0.17 0.00
229_I 299_A 1.17 0.17 0.00
87_R 210_I 1.17 0.17 0.00
186_A 166_V 1.17 0.17 0.00
406_L 183_D 1.17 0.17 0.00
212_A 97_S 1.17 0.17 0.00
204_T 169_C 1.17 0.17 0.00
85_D 197_M 1.17 0.17 0.00
432_S 182_L 1.16 0.17 0.00
336_V 154_L 1.16 0.17 0.00
220_I 69_F 1.16 0.17 0.00
230_L 288_H 1.16 0.17 0.00
249_R 111_A 1.15 0.16 0.00
170_A 34_L 1.15 0.16 0.00
129_N 253_A 1.14 0.16 0.00
133_L 309_L 1.14 0.16 0.00
126_H 169_C 1.14 0.16 0.00
347_F 187_S 1.14 0.16 0.00
252_I 170_M 1.14 0.16 0.00
185_T 256_A 1.13 0.16 0.00
122_V 181_P 1.13 0.16 0.00
311_Y 202_N 1.13 0.16 0.00
413_L 141_P 1.13 0.16 0.00
150_A 302_K 1.12 0.15 0.00
368_D 182_L 1.12 0.15 0.00
306_L 157_A 1.12 0.15 0.00
425_I 162_Y 1.12 0.15 0.00
50_K 192_I 1.11 0.15 0.00
335_P 79_W 1.10 0.15 0.00
225_Y 110_L 1.10 0.15 0.00
87_R 168_T 1.10 0.15 0.00
281_V 107_G 1.10 0.15 0.00
88_F 221_Y 1.10 0.15 0.00
81_L 297_S 1.09 0.15 0.00
245_T 37_L 1.09 0.14 0.00
185_T 203_R 1.09 0.14 0.00
260_G 187_S 1.08 0.14 0.00
238_S 268_A 1.08 0.14 0.00
33_A 193_M 1.08 0.14 0.00
223_L 88_A 1.07 0.14 0.00
387_A 250_A 1.07 0.14 0.00
280_S 227_M 1.07 0.14 0.00
358_I 250_A 1.07 0.14 0.00
86_K 272_I 1.07 0.14 0.00
250_L 31_D 1.06 0.14 0.00
436_N 12_S 1.06 0.14 0.00
351_G 180_A 1.06 0.14 0.00
328_L 22_G 1.06 0.14 0.00
79_T 293_R 1.06 0.14 0.00
66_V 107_G 1.06 0.14 0.00
207_A 140_F 1.06 0.14 0.00
340_T 213_L 1.05 0.13 0.00
157_P 292_M 1.05 0.13 0.00
142_T 49_F 1.05 0.13 0.00
399_V 11_N 1.04 0.13 0.00
195_L 53_V 1.04 0.13 0.00
387_A 125_L 1.04 0.13 0.00
89_E 118_A 1.04 0.13 0.00
74_E 297_S 1.03 0.13 0.00
116_K 119_D 1.03 0.13 0.00
81_L 53_V 1.03 0.13 0.00
275_A 91_V 1.02 0.13 0.00
315_Q 193_M 1.02 0.13 0.00
347_F 186_L 1.02 0.13 0.00
418_Q 130_C 1.02 0.13 0.00
277_M 297_S 1.02 0.12 0.00
337_F 176_V 1.02 0.12 0.00
53_L 262_A 1.02 0.12 0.00
374_T 193_M 1.02 0.12 0.00
144_A 91_V 1.02 0.12 0.00
253_K 49_F 1.02 0.12 0.00
337_F 230_G 1.01 0.12 0.00
290_I 28_L 1.01 0.12 0.00
391_K 116_A 1.01 0.12 0.00
315_Q 189_Q 1.01 0.12 0.00
352_D 290_F 1.01 0.12 0.00
400_N 10_W 1.00 0.12 0.00
148_A 25_T 1.00 0.12 0.00
195_L 113_V 1.00 0.12 0.00
56_A 161_N 1.00 0.12 0.00
82_F 109_E 1.00 0.12 0.00
398_K 39_F 1.00 0.12 0.00
82_F 108_A 1.00 0.12 0.00
352_D 254_K 1.00 0.12 0.00
286_Y 183_D 0.99 0.12 0.00
113_K 297_S 0.99 0.12 0.00
298_A 271_A 0.99 0.12 0.00
361_Y 146_A 0.99 0.12 0.00
81_L 134_E 0.99 0.12 0.00
122_V 221_Y 0.99 0.12 0.00
162_G 127_I 0.99 0.12 0.00
328_L 48_R 0.99 0.12 0.00
261_Y 98_A 0.99 0.12 0.00
123_G 204_I 0.99 0.12 0.00
275_A 72_V 0.99 0.12 0.00
183_A 289_L 0.99 0.12 0.00
261_Y 110_L 0.98 0.12 0.00
292_L 109_E 0.98 0.12 0.00
380_K 243_V 0.98 0.12 0.00
353_V 91_V 0.98 0.12 0.00
354_E 187_S 0.98 0.12 0.00
194_E 112_E 0.98 0.12 0.00
404_A 16_E 0.98 0.12 0.00
204_T 107_G 0.98 0.11 0.00
112_E 109_E 0.98 0.11 0.00
39_L 27_T 0.98 0.11 0.00
440_K 51_L 0.98 0.11 0.00
399_V 19_L 0.98 0.11 0.00
61_V 290_F 0.98 0.11 0.00
239_E 152_C 0.97 0.11 0.00
64_I 139_I 0.97 0.11 0.00
277_M 180_A 0.97 0.11 0.00
351_G 293_R 0.97 0.11 0.00
256_F 244_C 0.97 0.11 0.00
79_T 180_A 0.97 0.11 0.00
182_Y 71_D 0.97 0.11 0.00
215_E 67_E 0.97 0.11 0.00
302_P 123_V 0.97 0.11 0.00
315_Q 279_T 0.97 0.11 0.00
424_E 224_I 0.96 0.11 0.00
85_D 176_V 0.96 0.11 0.00
301_L 182_L 0.96 0.11 0.00
140_A 27_T 0.96 0.11 0.00
219_K 97_S 0.96 0.11 0.00
204_T 142_V 0.96 0.11 0.00
292_L 297_S 0.96 0.11 0.00
150_A 127_I 0.96 0.11 0.00
58_A 117_V 0.96 0.11 0.00
228_L 108_A 0.96 0.11 0.00
356_A 279_T 0.96 0.11 0.00
110_R 127_I 0.95 0.11 0.00
183_A 32_S 0.95 0.11 0.00
124_Q 264_W 0.95 0.11 0.00
140_A 180_A 0.95 0.11 0.00
170_A 236_K 0.95 0.11 0.00
347_F 137_A 0.95 0.11 0.00
429_P 117_V 0.95 0.11 0.00
378_A 52_E 0.95 0.11 0.00
66_V 297_S 0.95 0.11 0.00
241_L 170_M 0.95 0.11 0.00
70_E 91_V 0.94 0.11 0.00
405_I 127_I 0.94 0.11 0.00
277_M 240_M 0.94 0.11 0.00
64_I 267_Y 0.94 0.11 0.00
425_I 168_T 0.94 0.11 0.00
131_V 176_V 0.94 0.11 0.00
250_L 97_S 0.94 0.11 0.00
133_L 302_K 0.94 0.10 0.00
341_N 207_D 0.94 0.10 0.00
363_L 45_N 0.94 0.10 0.00
252_I 112_E 0.94 0.10 0.00
261_Y 40_E 0.94 0.10 0.00
181_L 26_V 0.94 0.10 0.00
366_D 135_K 0.94 0.10 0.00
343_S 3_V 0.93 0.10 0.00
398_K 82_K 0.93 0.10 0.00
77_H 99_H 0.93 0.10 0.00
404_A 160_D 0.93 0.10 0.00
350_A 22_G 0.93 0.10 0.00
75_I 98_A 0.93 0.10 0.00
391_K 121_I 0.93 0.10 0.00
311_Y 291_V 0.93 0.10 0.00
341_N 225_E 0.93 0.10 0.00
432_S 290_F 0.93 0.10 0.00
53_L 142_V 0.93 0.10 0.00
360_A 42_E 0.93 0.10 0.00
198_K 27_T 0.93 0.10 0.00
164_P 272_I 0.92 0.10 0.00
249_R 153_L 0.92 0.10 0.00
351_G 218_E 0.92 0.10 0.00
181_L 281_A 0.92 0.10 0.00
413_L 154_L 0.92 0.10 0.00
145_K 164_P 0.92 0.10 0.00
308_L 240_M 0.92 0.10 0.00
423_W 47_P 0.92 0.10 0.00
323_K 145_E 0.92 0.10 0.00
87_R 117_V 0.92 0.10 0.00
107_I 62_P 0.92 0.10 0.00
341_N 213_L 0.92 0.10 0.00
418_Q 224_I 0.92 0.10 0.00
360_A 133_E 0.92 0.10 0.00
213_L 89_D 0.92 0.10 0.00
336_V 71_D 0.92 0.10 0.00
159_I 88_A 0.91 0.10 0.00
210_L 153_L 0.91 0.10 0.00
424_E 242_V 0.91 0.10 0.00
351_G 69_F 0.91 0.10 0.00
91_P 40_E 0.91 0.10 0.00
142_T 288_H 0.91 0.10 0.00
107_I 127_I 0.91 0.10 0.00
181_L 108_A 0.91 0.10 0.00
409_G 152_C 0.91 0.10 0.00
286_Y 214_G 0.91 0.10 0.00
318_I 233_T 0.91 0.10 0.00
395_I 44_P 0.91 0.10 0.00
133_L 10_W 0.91 0.10 0.00
114_I 240_M 0.91 0.10 0.00
210_L 97_S 0.91 0.10 0.00
122_V 219_Y 0.91 0.10 0.00
185_T 194_I 0.91 0.10 0.00
427_V 93_L 0.91 0.10 0.00
52_L 140_F 0.91 0.10 0.00
260_G 279_T 0.91 0.10 0.00
432_S 254_K 0.91 0.10 0.00
144_A 53_V 0.91 0.10 0.00
336_V 256_A 0.91 0.10 0.00
397_E 289_L 0.91 0.10 0.00
405_I 59_T 0.90 0.10 0.00
283_I 37_L 0.90 0.10 0.00
404_A 46_P 0.90 0.10 0.00
30_M 189_Q 0.90 0.10 0.00
394_G 72_V 0.90 0.10 0.00
121_R 163_K 0.90 0.10 0.00
323_K 2_A 0.90 0.10 0.00
88_F 208_P 0.90 0.10 0.00
324_V 298_L 0.90 0.10 0.00
133_L 224_I 0.90 0.10 0.00
69_G 168_T 0.90 0.10 0.00
159_I 297_S 0.90 0.10 0.00
405_I 28_L 0.90 0.10 0.00
87_R 157_A 0.90 0.10 0.00
32_I 212_A 0.90 0.10 0.00
282_Y 40_E 0.90 0.10 0.00
429_P 27_T 0.90 0.10 0.00
397_E 13_K 0.90 0.10 0.00
406_L 298_L 0.90 0.10 0.00
375_A 287_G 0.90 0.10 0.00
373_L 219_Y 0.90 0.10 0.00
132_A 79_W 0.90 0.10 0.00
62_A 182_L 0.90 0.10 0.00
117_L 97_S 0.90 0.10 0.00
199_Y 91_V 0.90 0.10 0.00
394_G 78_A 0.90 0.10 0.00
239_E 153_L 0.90 0.10 0.00
415_G 190_L 0.90 0.10 0.00
260_G 218_E 0.89 0.10 0.00
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150_A 71_D 0.83 0.08 0.00
252_I 53_V 0.83 0.08 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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