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OPENSEQ.org
SLD5 cut RFA1 cut
Genes: A B A+B
Length: 242 446 647
Sequences: 374 1067 55
Seq/Len: 1.55 2.39 0.09
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.76
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.02 0.02 0.00
2 0.02 0.02 0.00
5 0.02 0.03 0.01
10 0.02 0.03 0.01
20 0.03 0.03 0.01
100 0.03 0.03 0.03
∞ 0.03 0.06 0.08
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
48_N 111_I 1.81 0.30 0.00
179_H 132_A 1.77 0.28 0.00
23_E 274_T 1.61 0.23 0.00
21_S 318_K 1.47 0.18 0.00
99_I 177_G 1.41 0.16 0.00
151_P 79_V 1.41 0.16 0.00
78_E 167_R 1.38 0.16 0.00
31_L 346_L 1.37 0.15 0.00
88_I 217_M 1.35 0.15 0.00
18_E 311_C 1.32 0.14 0.00
95_R 311_C 1.32 0.14 0.00
127_E 311_C 1.32 0.14 0.00
217_L 51_F 1.30 0.14 0.00
78_E 183_G 1.30 0.14 0.00
123_L 316_C 1.30 0.14 0.00
98_K 77_G 1.29 0.14 0.00
19_R 202_I 1.29 0.14 0.00
105_Y 207_V 1.29 0.13 0.00
35_L 147_I 1.28 0.13 0.00
242_I 411_Y 1.28 0.13 0.00
24_L 423_N 1.27 0.13 0.00
226_R 133_I 1.26 0.13 0.00
83_R 79_V 1.23 0.12 0.00
78_E 361_L 1.23 0.12 0.00
157_I 157_L 1.23 0.12 0.00
206_V 369_L 1.23 0.12 0.00
98_K 311_C 1.22 0.12 0.00
178_I 175_D 1.21 0.12 0.00
176_V 183_G 1.20 0.12 0.00
123_L 185_W 1.20 0.12 0.00
37_N 438_D 1.19 0.11 0.00
18_E 53_D 1.19 0.11 0.00
95_R 53_D 1.19 0.11 0.00
127_E 53_D 1.19 0.11 0.00
210_D 175_D 1.19 0.11 0.00
179_H 99_H 1.18 0.11 0.00
141_L 130_L 1.18 0.11 0.00
81_L 27_R 1.17 0.11 0.00
166_M 201_A 1.17 0.11 0.00
18_E 316_C 1.17 0.11 0.00
95_R 316_C 1.17 0.11 0.00
127_E 316_C 1.17 0.11 0.00
49_I 148_I 1.17 0.11 0.00
171_D 356_Q 1.17 0.11 0.00
179_H 200_A 1.16 0.11 0.00
24_L 430_R 1.16 0.11 0.00
18_E 352_D 1.15 0.11 0.00
95_R 352_D 1.15 0.11 0.00
127_E 352_D 1.15 0.11 0.00
222_I 188_Q 1.15 0.11 0.00
230_I 179_S 1.15 0.10 0.00
178_I 287_E 1.14 0.10 0.00
35_L 86_K 1.13 0.10 0.00
80_E 207_V 1.13 0.10 0.00
102_F 207_V 1.13 0.10 0.00
176_V 210_F 1.12 0.10 0.00
151_P 80_Y 1.12 0.10 0.00
143_N 131_D 1.12 0.10 0.00
163_S 403_R 1.12 0.10 0.00
241_L 227_P 1.12 0.10 0.00
82_E 16_S 1.11 0.10 0.00
11_L 207_V 1.11 0.10 0.00
18_E 330_C 1.10 0.10 0.00
95_R 330_C 1.10 0.10 0.00
127_E 330_C 1.10 0.10 0.00
105_Y 402_F 1.10 0.10 0.00
22_P 362_F 1.10 0.10 0.00
80_E 46_L 1.09 0.10 0.00
224_V 317_N 1.09 0.10 0.00
234_L 176_S 1.09 0.10 0.00
170_P 362_F 1.08 0.09 0.00
142_V 213_K 1.08 0.09 0.00
130_Y 146_G 1.07 0.09 0.00
98_K 53_D 1.07 0.09 0.00
216_E 431_A 1.07 0.09 0.00
122_L 412_N 1.07 0.09 0.00
88_I 222_T 1.07 0.09 0.00
89_R 344_Y 1.07 0.09 0.00
227_Y 184_L 1.06 0.09 0.00
11_L 311_C 1.06 0.09 0.00
109_L 256_G 1.06 0.09 0.00
170_P 79_V 1.06 0.09 0.00
49_I 271_Q 1.06 0.09 0.00
19_R 309_P 1.06 0.09 0.00
173_N 200_A 1.05 0.09 0.00
98_K 316_C 1.05 0.09 0.00
98_K 352_D 1.05 0.09 0.00
242_I 275_I 1.04 0.09 0.00
18_E 77_G 1.04 0.09 0.00
95_R 77_G 1.04 0.09 0.00
127_E 77_G 1.04 0.09 0.00
203_C 380_L 1.04 0.09 0.00
147_L 77_G 1.04 0.09 0.00
230_I 212_G 1.04 0.09 0.00
211_L 261_S 1.04 0.09 0.00
72_L 299_S 1.04 0.09 0.00
175_F 105_L 1.04 0.09 0.00
96_L 99_H 1.03 0.09 0.00
3_S 245_N 1.03 0.09 0.00
19_R 210_F 1.03 0.09 0.00
226_R 410_T 1.03 0.09 0.00
222_I 158_T 1.03 0.09 0.00
99_I 104_N 1.02 0.09 0.00
126_D 119_N 1.02 0.09 0.00
96_L 302_K 1.02 0.08 0.00
147_L 403_R 1.02 0.08 0.00
27_Y 199_V 1.02 0.08 0.00
217_L 276_A 1.01 0.08 0.00
128_I 320_V 1.01 0.08 0.00
80_E 405_R 1.01 0.08 0.00
85_K 405_R 1.01 0.08 0.00
108_Q 62_A 1.01 0.08 0.00
10_D 296_A 1.01 0.08 0.00
234_L 433_A 1.01 0.08 0.00
203_C 177_G 1.01 0.08 0.00
204_Y 154_H 1.01 0.08 0.00
237_D 395_I 1.00 0.08 0.00
156_A 111_I 1.00 0.08 0.00
222_I 398_N 1.00 0.08 0.00
234_L 14_Q 1.00 0.08 0.00
98_K 330_C 1.00 0.08 0.00
166_M 47_F 1.00 0.08 0.00
78_E 11_A 1.00 0.08 0.00
18_E 185_W 0.99 0.08 0.00
95_R 185_W 0.99 0.08 0.00
127_E 185_W 0.99 0.08 0.00
26_P 294_V 0.99 0.08 0.00
17_N 184_L 0.99 0.08 0.00
242_I 214_S 0.99 0.08 0.00
225_M 421_V 0.99 0.08 0.00
91_Y 308_Y 0.99 0.08 0.00
133_T 126_N 0.98 0.08 0.00
42_Q 248_F 0.98 0.08 0.00
174_K 287_E 0.98 0.08 0.00
233_L 359_L 0.97 0.08 0.00
91_Y 144_V 0.97 0.08 0.00
123_L 311_C 0.97 0.08 0.00
181_N 217_M 0.97 0.08 0.00
34_R 381_K 0.97 0.08 0.00
78_E 51_F 0.97 0.08 0.00
167_I 43_D 0.97 0.08 0.00
239_V 193_N 0.96 0.08 0.00
91_Y 70_F 0.96 0.08 0.00
211_L 69_K 0.96 0.08 0.00
25_L 358_W 0.96 0.08 0.00
242_I 40_Q 0.96 0.08 0.00
99_I 41_R 0.96 0.08 0.00
151_P 146_G 0.96 0.08 0.00
203_C 373_D 0.96 0.07 0.00
216_E 199_V 0.95 0.07 0.00
170_P 58_I 0.95 0.07 0.00
102_F 199_V 0.95 0.07 0.00
11_L 77_G 0.95 0.07 0.00
169_E 83_S 0.95 0.07 0.00
222_I 82_V 0.95 0.07 0.00
99_I 53_D 0.95 0.07 0.00
241_L 440_L 0.95 0.07 0.00
217_L 439_E 0.95 0.07 0.00
217_L 400_Y 0.95 0.07 0.00
39_I 248_F 0.95 0.07 0.00
225_M 148_I 0.95 0.07 0.00
66_M 246_A 0.95 0.07 0.00
39_I 119_N 0.95 0.07 0.00
142_V 202_I 0.95 0.07 0.00
176_V 185_W 0.95 0.07 0.00
182_G 421_V 0.94 0.07 0.00
162_G 295_K 0.94 0.07 0.00
218_T 277_R 0.94 0.07 0.00
35_L 413_D 0.94 0.07 0.00
151_P 121_P 0.94 0.07 0.00
97_S 367_K 0.94 0.07 0.00
241_L 226_N 0.94 0.07 0.00
86_F 427_L 0.94 0.07 0.00
225_M 222_T 0.94 0.07 0.00
90_S 227_P 0.94 0.07 0.00
25_L 168_R 0.93 0.07 0.00
165_N 406_A 0.93 0.07 0.00
89_R 201_A 0.93 0.07 0.00
233_L 162_G 0.93 0.07 0.00
19_R 24_I 0.93 0.07 0.00
89_R 346_L 0.93 0.07 0.00
11_L 53_D 0.93 0.07 0.00
230_I 105_L 0.93 0.07 0.00
46_I 170_I 0.92 0.07 0.00
30_Q 411_Y 0.92 0.07 0.00
151_P 352_D 0.92 0.07 0.00
86_F 433_A 0.92 0.07 0.00
86_F 127_F 0.92 0.07 0.00
130_Y 203_K 0.92 0.07 0.00
134_H 86_K 0.92 0.07 0.00
179_H 350_I 0.92 0.07 0.00
21_S 180_I 0.92 0.07 0.00
93_R 366_A 0.92 0.07 0.00
181_N 221_S 0.92 0.07 0.00
181_N 202_I 0.92 0.07 0.00
3_S 246_A 0.92 0.07 0.00
48_N 157_L 0.92 0.07 0.00
10_D 415_S 0.92 0.07 0.00
176_V 352_D 0.91 0.07 0.00
135_S 105_L 0.91 0.07 0.00
237_D 127_F 0.91 0.07 0.00
78_E 186_N 0.91 0.07 0.00
170_P 18_Y 0.91 0.07 0.00
11_L 316_C 0.91 0.07 0.00
31_L 371_G 0.91 0.07 0.00
29_H 12_I 0.91 0.07 0.00
180_V 40_Q 0.91 0.07 0.00
135_S 197_G 0.91 0.07 0.00
143_N 357_L 0.90 0.07 0.00
242_I 400_Y 0.90 0.07 0.00
3_S 98_T 0.90 0.07 0.00
3_S 194_L 0.90 0.07 0.00
221_S 244_R 0.90 0.07 0.00
147_L 102_E 0.90 0.07 0.00
44_Q 426_S 0.90 0.07 0.00
230_I 279_Q 0.90 0.07 0.00
147_L 417_I 0.90 0.07 0.00
67_P 247_N 0.90 0.07 0.00
234_L 191_D 0.90 0.07 0.00
225_M 202_I 0.90 0.07 0.00
93_R 362_F 0.90 0.07 0.00
86_F 161_A 0.90 0.07 0.00
124_S 362_F 0.90 0.07 0.00
99_I 388_F 0.90 0.07 0.00
177_F 192_F 0.90 0.07 0.00
18_E 174_D 0.89 0.07 0.00
95_R 174_D 0.89 0.07 0.00
127_E 174_D 0.89 0.07 0.00
103_S 230_P 0.89 0.07 0.00
134_H 406_A 0.89 0.07 0.00
99_I 228_E 0.89 0.07 0.00
68_N 387_E 0.89 0.07 0.00
19_R 209_D 0.89 0.07 0.00
89_R 432_E 0.89 0.07 0.00
128_I 303_V 0.89 0.07 0.00
213_E 41_R 0.89 0.07 0.00
210_D 403_R 0.89 0.07 0.00
122_L 205_V 0.89 0.07 0.00
141_L 186_N 0.89 0.07 0.00
35_L 228_E 0.89 0.07 0.00
135_S 251_L 0.89 0.07 0.00
148_K 207_V 0.89 0.07 0.00
82_E 237_G 0.88 0.07 0.00
163_S 384_D 0.88 0.07 0.00
89_R 374_A 0.88 0.07 0.00
238_K 304_D 0.88 0.07 0.00
67_P 338_A 0.88 0.07 0.00
19_R 126_N 0.88 0.07 0.00
203_C 348_I 0.88 0.07 0.00
204_Y 65_D 0.88 0.07 0.00
38_R 96_N 0.88 0.07 0.00
242_I 424_L 0.88 0.07 0.00
14_S 321_L 0.88 0.07 0.00
174_K 245_N 0.88 0.07 0.00
11_L 352_D 0.87 0.07 0.00
81_L 207_V 0.87 0.07 0.00
17_N 221_S 0.87 0.07 0.00
42_Q 216_S 0.87 0.07 0.00
66_M 413_D 0.87 0.07 0.00
66_M 241_S 0.87 0.07 0.00
209_P 142_V 0.87 0.07 0.00
237_D 87_L 0.87 0.06 0.00
241_L 168_R 0.87 0.06 0.00
37_N 271_Q 0.87 0.06 0.00
5_Q 355_N 0.87 0.06 0.00
19_R 235_L 0.87 0.06 0.00
122_L 103_L 0.87 0.06 0.00
42_Q 182_V 0.87 0.06 0.00
218_T 228_E 0.87 0.06 0.00
227_Y 84_K 0.87 0.06 0.00
25_L 362_F 0.86 0.06 0.00
230_I 290_D 0.86 0.06 0.00
39_I 348_I 0.86 0.06 0.00
43_S 367_K 0.86 0.06 0.00
226_R 194_L 0.86 0.06 0.00
15_W 318_K 0.86 0.06 0.00
4_P 157_L 0.86 0.06 0.00
17_N 380_L 0.86 0.06 0.00
83_R 362_F 0.86 0.06 0.00
234_L 390_K 0.86 0.06 0.00
10_D 355_N 0.86 0.06 0.00
221_S 114_C 0.86 0.06 0.00
142_V 206_R 0.86 0.06 0.00
178_I 88_Q 0.86 0.06 0.00
144_D 133_I 0.86 0.06 0.00
19_R 107_R 0.86 0.06 0.00
234_L 207_V 0.86 0.06 0.00
67_P 137_E 0.86 0.06 0.00
98_K 185_W 0.86 0.06 0.00
122_L 325_D 0.86 0.06 0.00
97_S 193_N 0.86 0.06 0.00
151_P 22_W 0.85 0.06 0.00
105_Y 40_Q 0.85 0.06 0.00
175_F 197_G 0.85 0.06 0.00
128_I 282_N 0.85 0.06 0.00
238_K 105_L 0.85 0.06 0.00
215_V 65_D 0.85 0.06 0.00
166_M 293_S 0.85 0.06 0.00
173_N 146_G 0.85 0.06 0.00
136_L 269_I 0.85 0.06 0.00
34_R 111_I 0.85 0.06 0.00
101_K 296_A 0.85 0.06 0.00
227_Y 130_L 0.85 0.06 0.00
173_N 314_E 0.85 0.06 0.00
124_S 184_L 0.85 0.06 0.00
237_D 227_P 0.85 0.06 0.00
235_R 35_K 0.85 0.06 0.00
8_F 186_N 0.85 0.06 0.00
177_F 215_L 0.85 0.06 0.00
159_D 13_E 0.85 0.06 0.00
23_E 94_F 0.84 0.06 0.00
107_R 167_R 0.84 0.06 0.00
226_R 433_A 0.84 0.06 0.00
78_E 440_L 0.84 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
10238 0.09 SLD5 cut RFA1 cut Δgene:(1, ∞) A:(1E-06, 8) B:(1E-06, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
10233 0.01 SLD5 cut RFA1 cut Δgene:(1, 20) A:(1E-06, 8) B:(1E-06, 8) msa: HHblits (2015_06) Killed - Shared
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