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OPENSEQ.org
rfa cut pol30 uncut
Genes: A B A+B
Length: 446 258 695
Sequences: 1067 3822 165
Seq/Len: 2.39 14.81 0.24
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.36
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.02 0.02 0.00
2 0.02 0.02 0.00
5 0.03 0.02 0.00
10 0.03 0.02 0.01
20 0.03 0.02 0.01
100 0.03 0.02 0.04
∞ 0.06 0.05 0.23
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
298_I 142_S 2.68 0.92 0.88
28_V 198_E 1.61 0.43 0.20
183_G 225_V 1.48 0.35 0.13
377_L 60_Y 1.46 0.34 0.12
35_K 137_L 1.41 0.31 0.10
162_G 232_E 1.39 0.30 0.10
215_L 169_F 1.32 0.26 0.08
299_S 78_I 1.32 0.26 0.07
346_L 227_I 1.31 0.26 0.07
376_T 256_D 1.30 0.25 0.07
208_T 180_V 1.27 0.24 0.06
74_L 34_G 1.26 0.24 0.06
215_L 29_Q 1.26 0.23 0.06
111_I 122_D 1.24 0.23 0.06
221_S 246_L 1.23 0.22 0.05
207_V 202_P 1.22 0.22 0.05
320_V 240_D 1.19 0.20 0.04
54_T 235_A 1.19 0.20 0.04
222_T 101_L 1.15 0.19 0.04
74_L 239_F 1.14 0.19 0.04
177_G 39_A 1.14 0.18 0.04
26_A 90_L 1.14 0.18 0.04
14_Q 12_F 1.14 0.18 0.04
236_K 35_I 1.12 0.18 0.03
205_V 60_Y 1.12 0.18 0.03
369_L 12_F 1.11 0.17 0.03
79_V 88_L 1.11 0.17 0.03
103_L 155_S 1.11 0.17 0.03
276_A 83_N 1.11 0.17 0.03
144_V 101_L 1.11 0.17 0.03
26_A 101_L 1.10 0.17 0.03
82_V 158_I 1.10 0.17 0.03
48_N 129_E 1.10 0.17 0.03
82_V 241_L 1.09 0.17 0.03
111_I 103_F 1.09 0.17 0.03
207_V 114_Y 1.09 0.17 0.03
216_S 75_L 1.08 0.17 0.03
200_A 14_R 1.08 0.16 0.03
74_L 132_Q 1.08 0.16 0.03
221_S 257_E 1.07 0.16 0.03
113_E 173_G 1.06 0.16 0.03
142_V 70_M 1.06 0.16 0.03
375_N 99_I 1.05 0.15 0.03
82_V 235_A 1.05 0.15 0.03
200_A 31_K 1.04 0.15 0.03
9_I 68_L 1.04 0.15 0.02
133_I 229_L 1.03 0.15 0.02
27_R 144_F 1.02 0.14 0.02
74_L 113_E 1.02 0.14 0.02
428_N 35_I 1.02 0.14 0.02
88_Q 75_L 1.02 0.14 0.02
394_S 139_L 1.01 0.14 0.02
118_S 12_F 1.01 0.14 0.02
128_I 169_F 1.01 0.14 0.02
221_S 99_I 1.00 0.14 0.02
148_I 68_L 0.99 0.13 0.02
398_N 35_I 0.99 0.13 0.02
298_I 139_L 0.99 0.13 0.02
394_S 137_L 0.98 0.13 0.02
148_I 60_Y 0.98 0.13 0.02
359_L 139_L 0.98 0.13 0.02
231_E 158_I 0.98 0.13 0.02
111_I 65_P 0.98 0.13 0.02
424_L 60_Y 0.98 0.13 0.02
318_K 173_G 0.97 0.13 0.02
434_D 60_Y 0.96 0.13 0.02
221_S 172_D 0.96 0.13 0.02
317_N 70_M 0.96 0.12 0.02
25_K 70_M 0.95 0.12 0.02
207_V 78_I 0.95 0.12 0.02
27_R 75_L 0.95 0.12 0.02
221_S 229_L 0.95 0.12 0.02
370_L 250_L 0.95 0.12 0.02
58_I 8_E 0.95 0.12 0.02
423_N 122_D 0.95 0.12 0.02
74_L 173_G 0.94 0.12 0.01
159_S 116_L 0.94 0.12 0.01
27_R 222_S 0.94 0.12 0.01
346_L 135_S 0.93 0.12 0.01
109_T 243_S 0.93 0.12 0.01
354_T 234_P 0.93 0.12 0.01
151_I 33_D 0.93 0.12 0.01
298_I 60_Y 0.93 0.12 0.01
335_T 48_V 0.93 0.12 0.01
130_L 124_D 0.93 0.12 0.01
226_N 103_F 0.93 0.12 0.01
355_N 12_F 0.92 0.12 0.01
221_S 75_L 0.92 0.12 0.01
225_P 80_R 0.92 0.12 0.01
379_S 90_L 0.92 0.12 0.01
350_I 55_E 0.92 0.12 0.01
130_L 162_I 0.92 0.12 0.01
375_N 88_L 0.92 0.12 0.01
204_G 139_L 0.92 0.11 0.01
278_A 255_N 0.92 0.11 0.01
301_L 129_E 0.92 0.11 0.01
334_D 19_F 0.92 0.11 0.01
221_S 79_L 0.91 0.11 0.01
320_V 245_F 0.91 0.11 0.01
228_E 165_E 0.91 0.11 0.01
145_L 46_L 0.91 0.11 0.01
109_T 123_A 0.91 0.11 0.01
74_L 148_V 0.91 0.11 0.01
206_R 173_G 0.91 0.11 0.01
112_E 169_F 0.91 0.11 0.01
320_V 142_S 0.91 0.11 0.01
357_L 203_V 0.91 0.11 0.01
205_V 237_F 0.90 0.11 0.01
380_L 86_D 0.90 0.11 0.01
346_L 237_F 0.90 0.11 0.01
15_L 132_Q 0.90 0.11 0.01
357_L 163_T 0.90 0.11 0.01
424_L 165_E 0.89 0.11 0.01
146_G 116_L 0.89 0.11 0.01
67_A 176_G 0.89 0.11 0.01
370_L 225_V 0.89 0.11 0.01
26_A 113_E 0.89 0.11 0.01
424_L 241_L 0.89 0.11 0.01
369_L 48_V 0.89 0.11 0.01
408_E 203_V 0.89 0.11 0.01
144_V 17_D 0.89 0.11 0.01
315_N 39_A 0.88 0.11 0.01
352_D 2_L 0.88 0.10 0.01
317_N 246_L 0.88 0.10 0.01
277_R 139_L 0.88 0.10 0.01
40_Q 60_Y 0.88 0.10 0.01
115_F 70_M 0.88 0.10 0.01
215_L 113_E 0.88 0.10 0.01
105_L 185_F 0.88 0.10 0.01
108_D 209_A 0.88 0.10 0.01
305_N 19_F 0.88 0.10 0.01
95_T 232_E 0.88 0.10 0.01
129_K 152_S 0.88 0.10 0.01
12_I 73_T 0.87 0.10 0.01
151_I 144_F 0.87 0.10 0.01
255_P 120_D 0.87 0.10 0.01
320_V 14_R 0.87 0.10 0.01
217_M 155_S 0.87 0.10 0.01
202_I 157_S 0.87 0.10 0.01
413_D 175_I 0.87 0.10 0.01
335_T 73_T 0.87 0.10 0.01
35_K 19_F 0.87 0.10 0.01
107_R 257_E 0.87 0.10 0.01
370_L 122_D 0.87 0.10 0.01
100_P 99_I 0.87 0.10 0.01
340_P 80_R 0.87 0.10 0.01
16_S 70_M 0.87 0.10 0.01
296_A 12_F 0.87 0.10 0.01
26_A 196_K 0.87 0.10 0.01
276_A 116_L 0.87 0.10 0.01
80_Y 196_K 0.87 0.10 0.01
405_R 210_K 0.86 0.10 0.01
376_T 201_Q 0.86 0.10 0.01
366_A 176_G 0.86 0.10 0.01
173_V 88_L 0.86 0.10 0.01
352_D 57_F 0.86 0.10 0.01
378_M 79_L 0.86 0.10 0.01
87_L 32_E 0.86 0.10 0.01
438_D 248_F 0.86 0.10 0.01
130_L 203_V 0.86 0.10 0.01
432_E 202_P 0.85 0.10 0.01
154_H 176_G 0.85 0.10 0.01
58_I 224_R 0.85 0.10 0.01
327_T 12_F 0.85 0.10 0.01
180_I 161_M 0.85 0.10 0.01
298_I 248_F 0.85 0.10 0.01
213_K 72_L 0.85 0.10 0.01
142_V 242_K 0.85 0.10 0.01
350_I 122_D 0.84 0.10 0.01
401_D 88_L 0.84 0.10 0.01
163_K 88_L 0.84 0.10 0.01
139_N 237_F 0.84 0.10 0.01
95_T 163_T 0.84 0.10 0.01
139_N 126_L 0.84 0.10 0.01
109_T 55_E 0.84 0.10 0.01
187_Q 20_K 0.84 0.10 0.01
221_S 88_L 0.84 0.10 0.01
131_D 24_Q 0.84 0.10 0.01
173_V 144_F 0.84 0.10 0.01
55_S 246_L 0.84 0.10 0.01
67_A 137_L 0.84 0.10 0.01
109_T 68_L 0.84 0.10 0.01
11_A 35_I 0.83 0.10 0.01
27_R 101_L 0.83 0.10 0.01
296_A 156_D 0.83 0.10 0.01
409_D 182_I 0.83 0.10 0.01
202_I 62_C 0.83 0.09 0.01
200_A 86_D 0.83 0.09 0.01
41_R 199_M 0.83 0.09 0.01
51_F 29_Q 0.83 0.09 0.01
369_L 56_A 0.83 0.09 0.01
94_F 174_D 0.83 0.09 0.01
154_H 139_L 0.83 0.09 0.01
143_D 158_I 0.83 0.09 0.01
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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