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OPENSEQ.org
gx1
Genes: A B A+B
Length: 307 331 591
Sequences: 1815 20470 86
Seq/Len: 5.91 61.84 0.15
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.59
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.03 0.00 0.00
2 0.03 0.01 0.03
5 0.03 0.02 0.05
10 0.03 0.04 0.09
20 0.03 0.07 0.13
100 0.03 0.16 0.44
∞ 0.08 0.22 1.05
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
12_G 129_H 1.36 0.21 0.00
12_G 237_N 1.36 0.21 0.00
12_G 297_G 1.36 0.21 0.00
237_V 7_V 1.33 0.20 0.00
68_A 87_A 1.29 0.18 0.00
210_A 124_I 1.28 0.18 0.00
237_V 8_A 1.27 0.18 0.00
144_V 324_V 1.25 0.17 0.00
12_G 134_P 1.24 0.17 0.00
109_V 241_Y 1.23 0.17 0.00
12_G 295_G 1.21 0.16 0.00
109_V 74_K 1.20 0.16 0.00
28_L 247_I 1.19 0.15 0.00
103_I 143_D 1.19 0.15 0.00
146_V 79_E 1.18 0.15 0.00
228_S 20_W 1.18 0.15 0.00
182_G 191_M 1.13 0.14 0.00
51_D 140_L 1.13 0.14 0.00
200_I 30_G 1.12 0.13 0.00
268_I 258_V 1.12 0.13 0.00
6_L 262_I 1.12 0.13 0.00
237_V 43_L 1.12 0.13 0.00
10_G 319_G 1.11 0.13 0.00
28_L 126_E 1.11 0.13 0.00
159_T 300_L 1.10 0.13 0.00
216_E 20_W 1.10 0.13 0.00
237_V 9_Y 1.10 0.13 0.00
15_G 129_H 1.10 0.13 0.00
15_G 237_N 1.10 0.13 0.00
15_G 297_G 1.10 0.13 0.00
7_L 299_Y 1.09 0.13 0.00
113_P 43_L 1.07 0.12 0.00
12_G 266_G 1.07 0.12 0.00
9_G 129_H 1.06 0.12 0.00
9_G 237_N 1.06 0.12 0.00
9_G 297_G 1.06 0.12 0.00
5_V 143_D 1.06 0.12 0.00
28_L 191_M 1.06 0.12 0.00
12_G 264_D 1.05 0.12 0.00
218_A 13_S 1.05 0.12 0.00
268_I 28_M 1.04 0.12 0.00
237_V 41_D 1.04 0.11 0.00
64_Q 179_K 1.04 0.11 0.00
183_Y 15_M 1.04 0.11 0.00
113_P 296_M 1.04 0.11 0.00
14_I 269_I 1.03 0.11 0.00
137_L 271_K 1.03 0.11 0.00
41_D 249_I 1.02 0.11 0.00
237_V 238_A 1.02 0.11 0.00
253_V 234_I 1.02 0.11 0.00
139_F 40_I 1.01 0.11 0.00
36_D 326_L 1.01 0.11 0.00
228_S 23_F 1.01 0.11 0.00
237_V 47_V 1.01 0.11 0.00
16_K 166_D 1.01 0.11 0.00
10_G 296_M 1.01 0.11 0.00
48_I 59_L 1.01 0.11 0.00
106_V 95_T 1.00 0.11 0.00
6_L 169_L 1.00 0.11 0.00
56_E 260_L 1.00 0.10 0.00
9_G 298_L 1.00 0.10 0.00
28_L 190_R 0.99 0.10 0.00
87_R 138_M 0.99 0.10 0.00
259_D 301_V 0.99 0.10 0.00
182_G 296_M 0.98 0.10 0.00
20_E 9_Y 0.98 0.10 0.00
4_K 111_V 0.98 0.10 0.00
161_K 296_M 0.98 0.10 0.00
237_V 30_G 0.97 0.10 0.00
70_F 9_Y 0.97 0.10 0.00
31_I 212_V 0.97 0.10 0.00
48_I 305_K 0.97 0.10 0.00
16_K 301_V 0.97 0.10 0.00
173_V 249_I 0.96 0.10 0.00
70_F 198_L 0.96 0.10 0.00
68_A 222_T 0.96 0.10 0.00
12_G 298_L 0.96 0.10 0.00
30_A 174_L 0.96 0.10 0.00
44_E 235_L 0.96 0.10 0.00
70_F 54_T 0.96 0.10 0.00
14_I 241_Y 0.96 0.10 0.00
215_E 12_K 0.95 0.10 0.00
265_F 41_D 0.95 0.10 0.00
181_M 63_F 0.95 0.10 0.00
225_I 27_L 0.95 0.10 0.00
62_M 328_F 0.95 0.10 0.00
216_E 296_M 0.94 0.09 0.00
242_L 155_L 0.94 0.09 0.00
107_K 271_K 0.93 0.09 0.00
212_F 191_M 0.93 0.09 0.00
239_Q 161_I 0.93 0.09 0.00
153_Y 99_L 0.93 0.09 0.00
198_F 265_Y 0.92 0.09 0.00
136_N 19_F 0.92 0.09 0.00
92_I 206_K 0.92 0.09 0.00
220_G 40_I 0.92 0.09 0.00
15_G 233_Q 0.92 0.09 0.00
216_E 44_F 0.92 0.09 0.00
15_G 134_P 0.92 0.09 0.00
19_S 34_I 0.91 0.09 0.00
237_V 20_W 0.91 0.09 0.00
15_G 295_G 0.91 0.09 0.00
22_I 197_Q 0.91 0.09 0.00
265_F 109_K 0.91 0.09 0.00
96_N 158_W 0.91 0.09 0.00
256_H 72_F 0.91 0.09 0.00
12_G 268_G 0.91 0.09 0.00
236_T 43_L 0.91 0.09 0.00
105_Q 119_M 0.91 0.09 0.00
9_G 134_P 0.90 0.09 0.00
11_T 56_I 0.90 0.09 0.00
251_A 63_F 0.90 0.09 0.00
189_V 67_K 0.90 0.09 0.00
106_V 138_M 0.90 0.09 0.00
81_I 33_L 0.90 0.09 0.00
134_T 24_L 0.89 0.09 0.00
31_I 235_L 0.89 0.09 0.00
31_I 106_H 0.89 0.08 0.00
175_N 146_K 0.89 0.08 0.00
252_V 144_Q 0.89 0.08 0.00
20_E 8_A 0.89 0.08 0.00
199_K 9_Y 0.89 0.08 0.00
146_V 241_Y 0.89 0.08 0.00
9_G 295_G 0.89 0.08 0.00
237_V 44_F 0.88 0.08 0.00
7_L 322_T 0.88 0.08 0.00
11_T 247_I 0.88 0.08 0.00
268_I 39_P 0.88 0.08 0.00
181_M 192_V 0.88 0.08 0.00
231_L 149_E 0.88 0.08 0.00
5_V 101_R 0.88 0.08 0.00
51_D 321_G 0.88 0.08 0.00
202_I 11_L 0.88 0.08 0.00
177_F 12_K 0.88 0.08 0.00
163_V 188_L 0.88 0.08 0.00
4_K 63_F 0.88 0.08 0.00
14_I 280_R 0.87 0.08 0.00
105_Q 58_L 0.87 0.08 0.00
28_L 244_N 0.87 0.08 0.00
231_L 140_L 0.87 0.08 0.00
203_K 31_I 0.87 0.08 0.00
101_A 328_F 0.87 0.08 0.00
265_F 296_M 0.87 0.08 0.00
133_E 192_V 0.87 0.08 0.00
145_N 192_V 0.87 0.08 0.00
197_Q 317_T 0.87 0.08 0.00
254_Y 261_Y 0.87 0.08 0.00
179_A 247_I 0.86 0.08 0.00
112_I 279_E 0.86 0.08 0.00
210_A 72_F 0.86 0.08 0.00
163_V 32_S 0.86 0.08 0.00
207_R 79_E 0.86 0.08 0.00
147_E 132_K 0.86 0.08 0.00
137_L 28_M 0.86 0.08 0.00
254_Y 324_V 0.86 0.08 0.00
136_N 34_I 0.86 0.08 0.00
87_R 326_L 0.86 0.08 0.00
144_V 312_L 0.86 0.08 0.00
210_A 106_H 0.86 0.08 0.00
68_A 325_R 0.86 0.08 0.00
63_N 191_M 0.86 0.08 0.00
106_V 12_K 0.85 0.08 0.00
252_V 102_Q 0.85 0.08 0.00
179_A 327_I 0.85 0.08 0.00
239_Q 125_T 0.85 0.08 0.00
129_G 249_I 0.85 0.08 0.00
216_E 19_F 0.85 0.08 0.00
24_N 325_R 0.85 0.08 0.00
265_F 15_M 0.85 0.08 0.00
216_E 24_L 0.85 0.08 0.00
14_I 312_L 0.85 0.08 0.00
147_E 165_L 0.85 0.08 0.00
35_P 301_V 0.85 0.08 0.00
15_G 235_L 0.85 0.08 0.00
265_F 32_S 0.85 0.08 0.00
28_L 72_F 0.85 0.08 0.00
255_I 156_Y 0.84 0.08 0.00
218_A 217_D 0.84 0.08 0.00
91_L 37_D 0.84 0.08 0.00
214_I 20_W 0.84 0.08 0.00
268_I 296_M 0.84 0.08 0.00
237_V 16_N 0.84 0.08 0.00
217_T 20_W 0.84 0.08 0.00
237_V 163_S 0.84 0.08 0.00
170_L 136_T 0.84 0.07 0.00
129_G 278_F 0.83 0.07 0.00
185_K 109_K 0.83 0.07 0.00
51_D 223_D 0.83 0.07 0.00
217_T 43_L 0.83 0.07 0.00
250_S 329_P 0.83 0.07 0.00
5_V 323_T 0.83 0.07 0.00
12_G 321_G 0.83 0.07 0.00
94_A 323_T 0.83 0.07 0.00
197_Q 293_S 0.83 0.07 0.00
109_V 191_M 0.83 0.07 0.00
242_L 284_S 0.83 0.07 0.00
252_V 15_M 0.83 0.07 0.00
146_V 187_S 0.82 0.07 0.00
30_A 34_I 0.82 0.07 0.00
79_A 277_I 0.82 0.07 0.00
18_L 306_D 0.82 0.07 0.00
18_L 75_D 0.82 0.07 0.00
198_F 30_G 0.82 0.07 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
10229 0.15 gx1 Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
10228 0.14 gx Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 4) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
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