May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
FX_EC
Genes: A B A+B
Length: 352 385 666
Sequences: 1962 2169 665
Seq/Len: 5.57 5.63 1
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.77
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.01 0.83
2 0.00 0.01 0.85
5 0.01 0.01 0.88
10 0.01 0.01 0.89
20 0.01 0.01 0.90
100 0.01 0.01 0.99
∞ 0.01 0.02 1.51
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
171_P 91_F 2.28 0.98 0.94
167_E 84_A 1.84 0.92 0.79
148_A 91_F 1.65 0.85 0.66
117_K 88_D 1.59 0.82 0.61
114_Y 112_Q 1.43 0.72 0.45
202_D 92_R 1.33 0.64 0.36
228_I 153_Q 1.25 0.56 0.28
131_L 141_M 1.25 0.56 0.28
242_N 62_I 1.23 0.54 0.27
196_T 182_E 1.11 0.44 0.18
203_E 92_R 1.08 0.41 0.16
142_Y 260_P 1.08 0.41 0.16
67_L 129_I 1.05 0.39 0.14
170_L 377_V 1.04 0.38 0.14
118_T 378_N 1.03 0.37 0.13
273_L 202_L 1.03 0.37 0.13
244_V 191_Q 1.03 0.37 0.13
264_T 147_E 1.03 0.36 0.13
295_V 125_R 1.02 0.36 0.13
258_Q 367_Y 1.01 0.35 0.12
143_L 91_F 1.01 0.35 0.12
327_L 383_L 1.01 0.35 0.12
111_I 276_Y 1.01 0.35 0.12
228_I 353_A 1.00 0.34 0.12
171_P 92_R 1.00 0.34 0.12
328_L 70_A 1.00 0.34 0.12
285_L 70_A 1.00 0.34 0.12
284_A 108_S 1.00 0.34 0.12
147_D 134_Q 1.00 0.34 0.12
60_F 18_R 0.98 0.33 0.11
142_Y 372_R 0.98 0.33 0.11
235_A 89_A 0.98 0.32 0.11
163_D 352_I 0.97 0.32 0.10
234_A 75_Q 0.96 0.31 0.10
280_G 86_Q 0.95 0.30 0.10
274_Y 203_R 0.95 0.30 0.10
281_F 200_S 0.95 0.30 0.10
221_V 121_L 0.95 0.30 0.09
237_F 336_Q 0.95 0.30 0.09
62_G 302_I 0.94 0.29 0.09
77_T 101_L 0.94 0.29 0.09
258_Q 290_V 0.94 0.29 0.09
170_L 289_M 0.93 0.29 0.09
111_I 364_P 0.93 0.29 0.09
257_V 290_V 0.93 0.29 0.09
73_A 367_Y 0.93 0.28 0.08
127_V 301_A 0.92 0.28 0.08
272_F 334_Y 0.92 0.28 0.08
267_F 368_F 0.92 0.28 0.08
114_Y 321_V 0.92 0.28 0.08
295_V 367_Y 0.92 0.28 0.08
127_V 329_M 0.92 0.28 0.08
95_Y 23_K 0.92 0.28 0.08
289_I 130_A 0.92 0.28 0.08
282_S 92_R 0.92 0.27 0.08
214_L 83_L 0.91 0.27 0.08
89_S 91_F 0.90 0.26 0.08
253_D 261_R 0.90 0.26 0.08
280_G 125_R 0.90 0.26 0.07
130_Q 103_L 0.90 0.26 0.07
90_V 65_M 0.89 0.26 0.07
97_N 125_R 0.89 0.26 0.07
334_G 125_R 0.89 0.26 0.07
147_D 64_E 0.89 0.26 0.07
75_F 41_I 0.89 0.26 0.07
347_R 156_L 0.89 0.26 0.07
78_V 225_Q 0.89 0.26 0.07
94_V 352_I 0.89 0.25 0.07
323_C 175_K 0.89 0.25 0.07
60_F 152_E 0.89 0.25 0.07
267_F 324_H 0.89 0.25 0.07
74_T 299_V 0.88 0.25 0.07
337_A 331_L 0.88 0.25 0.07
267_F 331_L 0.88 0.25 0.07
170_L 125_R 0.88 0.25 0.07
298_L 78_A 0.88 0.25 0.07
120_D 378_N 0.88 0.24 0.07
347_R 103_L 0.87 0.24 0.07
284_A 171_L 0.87 0.24 0.06
121_D 180_G 0.87 0.24 0.06
173_V 91_F 0.86 0.23 0.06
111_I 156_L 0.86 0.23 0.06
165_L 84_A 0.86 0.23 0.06
171_P 383_L 0.86 0.23 0.06
78_V 71_K 0.86 0.23 0.06
303_A 8_S 0.86 0.23 0.06
146_E 165_A 0.86 0.23 0.06
319_S 335_N 0.86 0.23 0.06
236_V 27_R 0.85 0.23 0.06
170_L 72_L 0.85 0.23 0.06
146_E 33_Q 0.85 0.23 0.06
289_I 333_G 0.85 0.23 0.06
333_I 88_D 0.85 0.23 0.06
103_T 376_A 0.85 0.23 0.06
151_E 276_Y 0.84 0.22 0.06
84_S 319_V 0.84 0.22 0.06
87_L 59_N 0.84 0.22 0.06
100_Q 370_I 0.84 0.22 0.06
172_A 23_K 0.84 0.22 0.06
227_M 272_T 0.84 0.22 0.06
297_R 378_N 0.84 0.22 0.06
156_S 127_E 0.83 0.22 0.06
258_Q 334_Y 0.83 0.22 0.06
290_L 21_R 0.83 0.22 0.05
143_L 65_M 0.83 0.22 0.05
214_L 268_V 0.83 0.21 0.05
281_F 378_N 0.83 0.21 0.05
113_V 68_S 0.83 0.21 0.05
232_M 87_L 0.82 0.21 0.05
277_A 135_T 0.82 0.21 0.05
191_L 82_S 0.82 0.21 0.05
176_V 304_D 0.82 0.21 0.05
269_L 86_Q 0.82 0.21 0.05
228_I 355_V 0.82 0.21 0.05
66_D 270_G 0.82 0.21 0.05
88_P 335_N 0.82 0.21 0.05
74_T 270_G 0.82 0.21 0.05
333_I 333_G 0.82 0.21 0.05
140_V 157_L 0.82 0.21 0.05
277_A 353_A 0.82 0.21 0.05
344_Q 170_A 0.82 0.21 0.05
144_S 63_D 0.82 0.21 0.05
113_V 101_L 0.81 0.21 0.05
301_A 378_N 0.81 0.20 0.05
294_L 113_R 0.81 0.20 0.05
344_Q 105_G 0.81 0.20 0.05
225_S 135_T 0.81 0.20 0.05
283_G 279_Q 0.81 0.20 0.05
56_V 165_A 0.81 0.20 0.05
131_L 350_Q 0.81 0.20 0.05
289_I 195_L 0.81 0.20 0.05
143_L 118_F 0.81 0.20 0.05
126_G 347_R 0.81 0.20 0.05
278_L 80_E 0.81 0.20 0.05
230_V 67_A 0.81 0.20 0.05
176_V 130_A 0.81 0.20 0.05
65_Q 160_Q 0.81 0.20 0.05
333_I 318_L 0.81 0.20 0.05
312_K 336_Q 0.81 0.20 0.05
111_I 204_N 0.81 0.20 0.05
76_L 330_S 0.81 0.20 0.05
171_P 371_R 0.80 0.20 0.05
282_S 141_M 0.80 0.20 0.05
268_I 121_L 0.80 0.20 0.05
270_R 302_I 0.80 0.20 0.05
328_L 77_A 0.80 0.20 0.05
295_V 365_S 0.80 0.20 0.05
341_A 79_Q 0.80 0.20 0.05
264_T 125_R 0.80 0.20 0.04
334_G 86_Q 0.80 0.20 0.04
144_S 78_A 0.80 0.19 0.04
152_F 333_G 0.80 0.19 0.04
149_L 181_L 0.79 0.19 0.04
219_G 61_Q 0.79 0.19 0.04
98_V 171_L 0.79 0.19 0.04
274_Y 159_E 0.79 0.19 0.04
333_I 353_A 0.79 0.19 0.04
83_I 273_L 0.79 0.19 0.04
258_Q 359_G 0.79 0.19 0.04
224_V 217_A 0.79 0.19 0.04
274_Y 344_S 0.79 0.19 0.04
275_G 363_R 0.79 0.19 0.04
187_S 45_T 0.79 0.19 0.04
272_F 290_V 0.79 0.19 0.04
295_V 382_W 0.79 0.19 0.04
81_I 174_R 0.79 0.19 0.04
226_A 110_R 0.79 0.19 0.04
195_I 133_K 0.78 0.19 0.04
60_F 183_S 0.78 0.19 0.04
135_Q 106_E 0.78 0.19 0.04
258_Q 365_S 0.78 0.19 0.04
61_H 145_E 0.78 0.18 0.04
84_S 336_Q 0.78 0.18 0.04
227_M 378_N 0.78 0.18 0.04
176_V 322_V 0.78 0.18 0.04
72_F 20_V 0.78 0.18 0.04
330_C 86_Q 0.77 0.18 0.04
64_L 77_A 0.77 0.18 0.04
135_Q 271_P 0.77 0.18 0.04
122_D 158_Y 0.77 0.18 0.04
281_F 322_V 0.77 0.18 0.04
140_V 289_M 0.77 0.18 0.04
241_G 370_I 0.77 0.18 0.04
253_D 330_S 0.77 0.18 0.04
312_K 78_A 0.77 0.18 0.04
122_D 28_A 0.77 0.18 0.04
137_V 196_R 0.77 0.18 0.04
320_F 67_A 0.77 0.18 0.04
291_S 130_A 0.77 0.18 0.04
244_V 276_Y 0.76 0.18 0.04
91_C 120_Y 0.76 0.18 0.04
201_I 59_N 0.76 0.18 0.04
88_P 333_G 0.76 0.17 0.04
75_F 135_T 0.76 0.17 0.04
224_V 173_E 0.76 0.17 0.04
284_A 15_A 0.76 0.17 0.04
172_A 88_D 0.76 0.17 0.04
333_I 329_M 0.76 0.17 0.04
345_H 122_N 0.76 0.17 0.04
268_I 279_Q 0.76 0.17 0.04
128_V 143_R 0.76 0.17 0.04
147_D 71_K 0.76 0.17 0.04
281_F 75_Q 0.76 0.17 0.04
277_A 140_A 0.76 0.17 0.04
235_A 367_Y 0.76 0.17 0.04
121_D 258_G 0.75 0.17 0.04
189_N 301_A 0.75 0.17 0.04
267_F 307_V 0.75 0.17 0.04
337_A 125_R 0.75 0.17 0.04
67_L 44_A 0.75 0.17 0.04
190_T 104_S 0.75 0.17 0.04
231_L 70_A 0.75 0.17 0.04
63_A 111_G 0.75 0.17 0.04
152_F 90_A 0.75 0.17 0.04
104_Q 107_E 0.75 0.17 0.04
87_L 91_F 0.75 0.17 0.04
275_G 286_W 0.75 0.17 0.04
150_G 26_Q 0.75 0.17 0.04
236_V 325_G 0.75 0.17 0.04
170_L 324_H 0.75 0.17 0.04
176_V 214_K 0.75 0.17 0.04
209_S 348_A 0.75 0.17 0.04
67_L 49_R 0.75 0.17 0.04
112_T 330_S 0.74 0.17 0.04
268_I 191_Q 0.74 0.17 0.04
73_A 290_V 0.74 0.17 0.04
298_L 313_L 0.74 0.17 0.03
88_P 76_K 0.74 0.17 0.03
266_G 194_E 0.74 0.17 0.03
98_V 263_Q 0.74 0.17 0.03
144_S 110_R 0.74 0.17 0.03
344_Q 23_K 0.74 0.16 0.03
170_L 120_Y 0.74 0.16 0.03
165_L 87_L 0.74 0.16 0.03
235_A 355_V 0.74 0.16 0.03
274_Y 14_A 0.74 0.16 0.03
194_R 15_A 0.74 0.16 0.03
148_A 117_Y 0.74 0.16 0.03
203_E 17_E 0.74 0.16 0.03
78_V 26_Q 0.73 0.16 0.03
287_S 172_N 0.73 0.16 0.03
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
10142 1 FX_EC Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.94 Done - Shared
9504 1.63 ftsx_and_envc_infdeltagene Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.98 Done
Page generated in 1.0305 seconds.