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OPENSEQ.org
1
Genes: A B A+B
Length: 332 256 584
Sequences: 56 4844 55
Seq/Len: 0.17 18.92 0.09
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.95
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.05 0.09
2 0.00 0.05 0.09
5 0.01 0.07 0.09
10 0.01 0.07 0.09
20 0.01 0.09 0.09
100 0.01 0.11 0.09
∞ 0.02 0.16 0.09
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
206_L 223_L 1.40 0.16 0.00
221_F 72_T 1.39 0.16 0.00
188_L 47_E 1.35 0.15 0.00
68_A 43_A 1.30 0.14 0.00
128_V 142_D 1.27 0.13 0.00
95_W 43_A 1.26 0.13 0.00
154_F 85_Q 1.23 0.12 0.00
319_Q 61_T 1.20 0.12 0.00
74_L 43_A 1.19 0.11 0.00
26_A 153_T 1.18 0.11 0.00
223_A 221_R 1.18 0.11 0.00
247_A 133_N 1.17 0.11 0.00
128_V 156_A 1.17 0.11 0.00
292_G 72_T 1.15 0.11 0.00
104_A 90_R 1.14 0.10 0.00
122_P 46_I 1.14 0.10 0.00
332_A 69_E 1.13 0.10 0.00
153_E 89_E 1.12 0.10 0.00
198_A 45_A 1.11 0.10 0.00
62_L 49_G 1.11 0.10 0.00
212_I 85_Q 1.11 0.10 0.00
321_K 169_G 1.10 0.10 0.00
78_V 231_D 1.10 0.10 0.00
209_A 198_L 1.09 0.10 0.00
108_Y 129_K 1.08 0.09 0.00
191_S 230_S 1.08 0.09 0.00
250_V 135_G 1.08 0.09 0.00
226_L 202_G 1.07 0.09 0.00
129_Y 77_A 1.07 0.09 0.00
310_I 128_I 1.07 0.09 0.00
58_A 63_L 1.07 0.09 0.00
144_I 42_L 1.07 0.09 0.00
210_T 25_Q 1.07 0.09 0.00
59_A 212_G 1.06 0.09 0.00
50_S 181_T 1.06 0.09 0.00
73_K 116_A 1.06 0.09 0.00
154_F 15_C 1.06 0.09 0.00
291_A 201_R 1.06 0.09 0.00
78_V 119_V 1.06 0.09 0.00
58_A 46_I 1.06 0.09 0.00
287_M 168_K 1.06 0.09 0.00
332_A 16_L 1.05 0.09 0.00
99_S 43_A 1.05 0.09 0.00
62_L 64_N 1.05 0.09 0.00
183_R 180_N 1.04 0.09 0.00
249_R 97_L 1.04 0.09 0.00
305_L 173_N 1.04 0.09 0.00
72_A 138_P 1.04 0.09 0.00
185_G 136_L 1.04 0.09 0.00
324_D 64_N 1.04 0.09 0.00
181_A 151_F 1.04 0.09 0.00
167_G 119_V 1.03 0.09 0.00
223_A 133_N 1.03 0.09 0.00
211_S 141_V 1.03 0.09 0.00
192_V 18_L 1.03 0.09 0.00
278_I 68_K 1.02 0.09 0.00
129_Y 97_L 1.02 0.09 0.00
252_G 135_G 1.02 0.09 0.00
50_S 31_P 1.02 0.08 0.00
36_R 169_G 1.02 0.08 0.00
58_A 148_P 1.02 0.08 0.00
58_A 138_P 1.02 0.08 0.00
56_Q 243_L 1.01 0.08 0.00
126_A 102_A 1.01 0.08 0.00
290_A 46_I 1.01 0.08 0.00
312_Q 46_I 1.01 0.08 0.00
35_E 246_H 1.00 0.08 0.00
92_P 64_N 1.00 0.08 0.00
288_P 46_I 1.00 0.08 0.00
332_A 146_G 1.00 0.08 0.00
208_S 198_L 1.00 0.08 0.00
144_I 90_R 1.00 0.08 0.00
172_G 107_P 1.00 0.08 0.00
78_V 185_D 0.99 0.08 0.00
33_K 97_L 0.99 0.08 0.00
72_A 170_A 0.99 0.08 0.00
227_H 249_K 0.98 0.08 0.00
75_A 127_W 0.98 0.08 0.00
235_G 63_L 0.98 0.08 0.00
99_S 130_A 0.98 0.08 0.00
214_S 181_T 0.98 0.08 0.00
112_K 7_F 0.98 0.08 0.00
13_D 11_W 0.97 0.08 0.00
208_S 151_F 0.97 0.08 0.00
289_N 18_L 0.97 0.08 0.00
27_Q 13_M 0.96 0.08 0.00
146_F 183_L 0.96 0.08 0.00
27_Q 86_K 0.96 0.08 0.00
10_Q 89_E 0.96 0.08 0.00
62_L 63_L 0.96 0.08 0.00
16_T 29_L 0.96 0.07 0.00
35_E 210_D 0.96 0.07 0.00
146_F 40_L 0.96 0.07 0.00
262_N 14_L 0.95 0.07 0.00
155_F 146_G 0.95 0.07 0.00
310_I 219_L 0.95 0.07 0.00
323_E 228_V 0.95 0.07 0.00
236_G 99_K 0.95 0.07 0.00
332_A 11_W 0.95 0.07 0.00
13_D 12_I 0.95 0.07 0.00
224_A 203_A 0.95 0.07 0.00
6_S 16_L 0.95 0.07 0.00
95_W 97_L 0.95 0.07 0.00
19_K 11_W 0.95 0.07 0.00
309_G 103_D 0.95 0.07 0.00
126_A 85_Q 0.94 0.07 0.00
107_K 111_G 0.94 0.07 0.00
56_Q 60_G 0.94 0.07 0.00
180_R 149_I 0.94 0.07 0.00
327_I 223_L 0.94 0.07 0.00
185_G 235_K 0.94 0.07 0.00
198_A 43_A 0.94 0.07 0.00
330_S 223_L 0.93 0.07 0.00
328_I 95_T 0.93 0.07 0.00
236_G 66_P 0.93 0.07 0.00
12_P 9_S 0.93 0.07 0.00
109_G 67_G 0.93 0.07 0.00
162_D 101_G 0.93 0.07 0.00
169_Q 101_G 0.93 0.07 0.00
178_Y 101_G 0.93 0.07 0.00
204_G 101_G 0.93 0.07 0.00
205_G 101_G 0.93 0.07 0.00
222_N 101_G 0.93 0.07 0.00
225_G 101_G 0.93 0.07 0.00
230_T 101_G 0.93 0.07 0.00
255_L 101_G 0.93 0.07 0.00
259_Q 101_G 0.93 0.07 0.00
156_P 62_D 0.93 0.07 0.00
314_I 111_G 0.93 0.07 0.00
22_K 146_G 0.93 0.07 0.00
214_S 186_A 0.92 0.07 0.00
25_A 16_L 0.92 0.07 0.00
14_E 11_W 0.92 0.07 0.00
22_K 85_Q 0.92 0.07 0.00
171_L 6_S 0.92 0.07 0.00
324_D 103_D 0.92 0.07 0.00
29_E 17_I 0.92 0.07 0.00
72_A 135_G 0.92 0.07 0.00
258_I 195_V 0.92 0.07 0.00
326_S 57_L 0.92 0.07 0.00
155_F 67_G 0.92 0.07 0.00
315_D 216_G 0.92 0.07 0.00
70_E 169_G 0.92 0.07 0.00
198_A 204_D 0.92 0.07 0.00
43_L 64_N 0.92 0.07 0.00
21_G 11_W 0.91 0.07 0.00
328_I 161_T 0.91 0.07 0.00
198_A 54_V 0.91 0.07 0.00
106_K 78_V 0.91 0.07 0.00
92_P 186_A 0.91 0.07 0.00
48_S 146_G 0.91 0.07 0.00
72_A 72_T 0.91 0.07 0.00
155_F 11_W 0.90 0.07 0.00
59_A 186_A 0.90 0.07 0.00
92_P 148_P 0.90 0.07 0.00
8_A 8_L 0.90 0.07 0.00
23_T 11_W 0.90 0.07 0.00
63_A 114_S 0.90 0.07 0.00
11_M 11_W 0.89 0.07 0.00
90_G 167_D 0.89 0.07 0.00
235_G 135_G 0.89 0.07 0.00
297_L 133_N 0.89 0.07 0.00
28_L 9_S 0.89 0.07 0.00
64_A 116_A 0.89 0.07 0.00
128_V 115_P 0.89 0.07 0.00
5_K 86_K 0.88 0.07 0.00
185_G 162_L 0.88 0.07 0.00
144_I 240_K 0.88 0.07 0.00
239_L 86_K 0.88 0.07 0.00
131_P 43_A 0.88 0.07 0.00
167_G 78_V 0.88 0.07 0.00
72_A 171_D 0.88 0.07 0.00
21_G 10_G 0.88 0.07 0.00
30_N 17_I 0.88 0.07 0.00
172_G 138_P 0.88 0.07 0.00
185_G 37_G 0.88 0.07 0.00
330_S 168_K 0.88 0.07 0.00
16_T 28_D 0.87 0.07 0.00
61_R 50_E 0.87 0.07 0.00
35_E 34_Y 0.87 0.07 0.00
206_L 139_N 0.87 0.07 0.00
24_Y 11_W 0.87 0.07 0.00
12_P 11_W 0.87 0.06 0.00
188_L 45_A 0.87 0.06 0.00
4_V 11_W 0.87 0.06 0.00
175_S 171_D 0.87 0.06 0.00
43_L 103_D 0.87 0.06 0.00
99_S 76_W 0.87 0.06 0.00
332_A 26_N 0.87 0.06 0.00
3_V 113_N 0.87 0.06 0.00
235_G 148_P 0.87 0.06 0.00
20_D 11_W 0.86 0.06 0.00
216_Q 91_L 0.86 0.06 0.00
20_D 16_L 0.86 0.06 0.00
332_A 12_I 0.86 0.06 0.00
332_A 20_V 0.86 0.06 0.00
31_M 42_L 0.86 0.06 0.00
332_A 89_E 0.86 0.06 0.00
30_N 11_W 0.86 0.06 0.00
140_M 186_A 0.86 0.06 0.00
179_K 131_M 0.86 0.06 0.00
2_Q 11_W 0.86 0.06 0.00
171_L 14_L 0.86 0.06 0.00
103_G 204_D 0.86 0.06 0.00
162_D 203_A 0.86 0.06 0.00
169_Q 203_A 0.86 0.06 0.00
178_Y 203_A 0.86 0.06 0.00
204_G 203_A 0.86 0.06 0.00
205_G 203_A 0.86 0.06 0.00
222_N 203_A 0.86 0.06 0.00
225_G 203_A 0.86 0.06 0.00
230_T 203_A 0.86 0.06 0.00
255_L 203_A 0.86 0.06 0.00
259_Q 203_A 0.86 0.06 0.00
185_G 97_L 0.86 0.06 0.00
242_A 18_L 0.86 0.06 0.00
44_I 115_P 0.86 0.06 0.00
119_A 10_G 0.86 0.06 0.00
70_E 97_L 0.86 0.06 0.00
308_H 132_L 0.86 0.06 0.00
61_R 169_G 0.86 0.06 0.00
182_V 40_L 0.86 0.06 0.00
149_S 165_M 0.85 0.06 0.00
290_A 72_T 0.85 0.06 0.00
8_A 9_S 0.85 0.06 0.00
248_Y 43_A 0.85 0.06 0.00
177_Y 40_L 0.85 0.06 0.00
40_R 169_G 0.85 0.06 0.00
32_T 162_L 0.85 0.06 0.00
107_K 10_G 0.85 0.06 0.00
19_K 16_L 0.85 0.06 0.00
13_D 10_G 0.85 0.06 0.00
210_T 113_N 0.85 0.06 0.00
1_K 11_W 0.85 0.06 0.00
231_V 103_D 0.85 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
10047 0.09 1 Δgene:(1, ∞) A:(1E-10, 8) B:(1E-10, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
10046 0.09 1 Δgene:(1, 20) A:(1E-04, 8) B:(1E-10, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
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