May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
010605
Genes: A B A+B
Length: 366 587 881
Sequences: 856 887 782
Seq/Len: 2.34 1.51 0.89
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.91
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.81
2 0.00 0.00 0.81
5 0.00 0.00 0.82
10 0.00 0.00 0.82
20 0.00 0.01 0.82
100 0.02 0.03 0.83
∞ 0.11 0.13 0.82
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
125_F 53_F 3.79 1.00 1.00
129_L 57_M 2.94 1.00 0.99
136_I 60_L 2.09 0.96 0.92
120_D 27_H 1.87 0.91 0.85
57_R 22_A 1.69 0.84 0.74
111_Q 29_D 1.58 0.79 0.66
212_V 558_M 1.53 0.76 0.61
223_K 158_I 1.45 0.69 0.53
125_F 298_C 1.43 0.68 0.51
100_L 250_R 1.40 0.66 0.47
139_K 66_D 1.34 0.61 0.42
199_S 178_L 1.30 0.57 0.38
126_S 73_E 1.28 0.55 0.35
229_R 171_V 1.26 0.54 0.34
323_A 337_S 1.24 0.52 0.32
120_D 498_H 1.23 0.52 0.31
215_H 58_G 1.22 0.51 0.30
124_I 103_K 1.22 0.50 0.30
202_T 218_F 1.22 0.50 0.30
289_R 584_R 1.19 0.48 0.28
316_S 92_V 1.19 0.48 0.27
242_M 179_Y 1.19 0.47 0.27
103_H 352_Y 1.18 0.47 0.26
146_F 373_Y 1.17 0.46 0.26
261_T 338_V 1.17 0.46 0.25
298_V 420_P 1.17 0.45 0.25
64_M 22_A 1.16 0.45 0.25
140_Y 66_D 1.15 0.44 0.23
231_H 504_I 1.15 0.44 0.23
325_M 298_C 1.14 0.44 0.23
126_S 552_L 1.14 0.43 0.23
139_K 70_E 1.13 0.42 0.22
278_L 305_F 1.13 0.42 0.22
296_L 522_R 1.11 0.41 0.21
294_L 109_P 1.11 0.41 0.20
127_H 537_G 1.11 0.40 0.20
40_P 335_I 1.10 0.40 0.20
282_L 92_V 1.09 0.39 0.19
328_Q 275_L 1.07 0.38 0.18
163_R 561_F 1.07 0.37 0.17
169_C 466_S 1.07 0.37 0.17
126_S 218_F 1.06 0.37 0.17
263_S 203_L 1.06 0.36 0.17
255_L 317_L 1.06 0.36 0.17
98_S 45_C 1.06 0.36 0.17
66_F 555_Y 1.05 0.36 0.17
223_K 219_S 1.05 0.36 0.17
322_T 229_L 1.05 0.36 0.16
107_D 52_G 1.05 0.35 0.16
104_Y 45_C 1.04 0.35 0.16
264_E 507_V 1.03 0.34 0.15
257_L 281_Q 1.03 0.34 0.15
201_V 501_L 1.02 0.33 0.15
21_K 56_S 1.02 0.33 0.14
29_Y 140_A 1.02 0.33 0.14
252_Q 333_T 1.01 0.32 0.14
100_L 515_F 1.01 0.32 0.14
56_V 108_V 1.01 0.32 0.14
294_L 292_D 1.01 0.32 0.14
21_K 290_T 1.00 0.32 0.14
184_L 335_I 1.00 0.32 0.14
158_L 499_R 1.00 0.32 0.13
32_C 71_L 1.00 0.32 0.13
185_P 466_S 1.00 0.31 0.13
73_D 253_F 1.00 0.31 0.13
100_L 507_V 1.00 0.31 0.13
195_E 238_S 0.99 0.31 0.13
30_R 240_Y 0.99 0.31 0.13
57_R 537_G 0.99 0.31 0.13
130_I 63_K 0.98 0.30 0.12
213_W 180_L 0.98 0.30 0.12
125_F 249_F 0.98 0.30 0.12
104_Y 39_A 0.98 0.30 0.12
140_Y 71_L 0.98 0.30 0.12
58_F 490_N 0.98 0.30 0.12
212_V 507_V 0.98 0.30 0.12
75_V 506_A 0.97 0.29 0.12
93_L 180_L 0.97 0.29 0.12
245_H 191_H 0.97 0.29 0.12
197_L 558_M 0.97 0.29 0.12
93_L 52_G 0.97 0.29 0.12
323_A 173_L 0.96 0.29 0.11
156_Q 323_L 0.96 0.29 0.11
129_L 187_S 0.96 0.29 0.11
124_I 456_T 0.96 0.28 0.11
193_T 555_Y 0.96 0.28 0.11
309_S 133_A 0.95 0.28 0.11
140_Y 70_E 0.95 0.28 0.11
122_L 158_I 0.95 0.28 0.11
248_D 146_M 0.94 0.27 0.10
34_L 520_L 0.94 0.27 0.10
108_I 317_L 0.94 0.27 0.10
123_D 218_F 0.93 0.27 0.10
325_M 56_S 0.93 0.27 0.10
99_P 453_Y 0.93 0.27 0.10
255_L 439_P 0.92 0.26 0.10
275_Y 294_L 0.92 0.26 0.09
242_M 543_L 0.92 0.26 0.09
136_I 114_V 0.92 0.26 0.09
316_S 201_L 0.92 0.25 0.09
86_V 98_R 0.92 0.25 0.09
107_D 29_D 0.91 0.25 0.09
316_S 531_D 0.91 0.25 0.09
216_D 374_Y 0.91 0.25 0.09
230_V 241_Q 0.91 0.25 0.09
22_Q 552_L 0.91 0.25 0.09
189_L 526_V 0.91 0.25 0.09
51_A 20_G 0.91 0.25 0.09
194_A 256_V 0.91 0.25 0.09
30_R 474_N 0.91 0.25 0.09
194_A 558_M 0.91 0.25 0.09
93_L 194_M 0.91 0.25 0.09
275_Y 64_I 0.90 0.25 0.09
265_V 490_N 0.90 0.25 0.09
56_V 218_F 0.90 0.24 0.09
223_K 474_N 0.90 0.24 0.09
55_A 160_F 0.90 0.24 0.09
228_M 258_L 0.90 0.24 0.09
179_R 504_I 0.90 0.24 0.09
224_T 317_L 0.90 0.24 0.08
59_C 566_L 0.89 0.24 0.08
287_G 89_S 0.89 0.24 0.08
270_P 535_F 0.89 0.24 0.08
35_L 224_A 0.89 0.24 0.08
139_K 551_F 0.89 0.24 0.08
155_S 92_V 0.89 0.24 0.08
183_L 243_L 0.89 0.24 0.08
104_Y 75_L 0.89 0.23 0.08
90_F 540_D 0.89 0.23 0.08
212_V 299_V 0.89 0.23 0.08
52_R 160_F 0.89 0.23 0.08
83_P 109_P 0.89 0.23 0.08
81_H 248_T 0.89 0.23 0.08
263_S 161_A 0.88 0.23 0.08
264_E 87_I 0.88 0.23 0.08
290_L 182_A 0.88 0.23 0.08
125_F 448_P 0.88 0.23 0.08
182_A 235_S 0.88 0.23 0.08
28_F 144_V 0.88 0.23 0.08
222_L 171_V 0.88 0.23 0.08
75_V 139_L 0.88 0.23 0.08
165_G 67_D 0.88 0.23 0.08
164_L 475_M 0.88 0.23 0.08
189_L 289_V 0.88 0.23 0.08
164_L 335_I 0.88 0.23 0.08
249_V 515_F 0.87 0.23 0.07
91_M 214_I 0.87 0.23 0.07
108_I 125_V 0.87 0.23 0.07
130_I 64_I 0.87 0.23 0.07
287_G 243_L 0.87 0.22 0.07
239_R 224_A 0.87 0.22 0.07
141_S 67_D 0.87 0.22 0.07
235_S 141_V 0.87 0.22 0.07
273_H 294_L 0.86 0.22 0.07
291_D 511_R 0.86 0.22 0.07
99_P 577_W 0.86 0.22 0.07
99_P 42_P 0.86 0.22 0.07
106_S 46_V 0.86 0.22 0.07
158_L 224_A 0.86 0.22 0.07
276_S 506_A 0.86 0.22 0.07
263_S 465_M 0.86 0.22 0.07
121_F 377_R 0.86 0.22 0.07
63_G 60_L 0.86 0.22 0.07
160_G 58_G 0.86 0.22 0.07
35_L 460_F 0.86 0.22 0.07
250_N 67_D 0.86 0.22 0.07
172_N 540_D 0.86 0.22 0.07
117_A 281_Q 0.86 0.22 0.07
122_L 410_L 0.86 0.22 0.07
125_F 504_I 0.86 0.22 0.07
185_P 60_L 0.86 0.22 0.07
132_Q 57_M 0.85 0.21 0.07
124_I 439_P 0.85 0.21 0.07
157_Y 249_F 0.85 0.21 0.07
308_L 111_G 0.85 0.21 0.07
67_P 420_P 0.85 0.21 0.07
133_Y 431_R 0.85 0.21 0.07
326_R 557_D 0.85 0.21 0.07
56_V 258_L 0.85 0.21 0.07
322_T 336_Y 0.85 0.21 0.07
252_Q 472_F 0.85 0.21 0.07
293_R 63_K 0.85 0.21 0.07
327_T 526_V 0.85 0.21 0.07
67_P 94_A 0.84 0.21 0.07
139_K 490_N 0.84 0.21 0.07
111_Q 552_L 0.84 0.21 0.07
278_L 127_R 0.84 0.21 0.06
26_I 103_K 0.84 0.21 0.06
133_Y 531_D 0.84 0.21 0.06
57_R 334_E 0.84 0.20 0.06
287_G 562_N 0.84 0.20 0.06
229_R 512_I 0.84 0.20 0.06
65_G 37_D 0.84 0.20 0.06
27_N 528_V 0.84 0.20 0.06
177_V 102_M 0.84 0.20 0.06
191_G 355_F 0.84 0.20 0.06
165_G 68_L 0.84 0.20 0.06
57_R 250_R 0.84 0.20 0.06
217_R 427_T 0.84 0.20 0.06
19_Y 320_E 0.84 0.20 0.06
291_D 87_I 0.84 0.20 0.06
187_M 457_E 0.84 0.20 0.06
201_V 301_V 0.84 0.20 0.06
219_R 298_C 0.84 0.20 0.06
131_T 273_F 0.84 0.20 0.06
65_G 19_A 0.83 0.20 0.06
222_L 382_V 0.83 0.20 0.06
251_G 504_I 0.83 0.20 0.06
175_T 529_T 0.83 0.20 0.06
190_P 584_R 0.83 0.20 0.06
224_T 544_F 0.83 0.20 0.06
18_R 107_T 0.83 0.20 0.06
28_F 188_S 0.83 0.20 0.06
290_L 77_S 0.83 0.20 0.06
159_L 466_S 0.83 0.20 0.06
87_H 257_H 0.83 0.20 0.06
90_F 541_I 0.83 0.20 0.06
36_E 112_L 0.83 0.20 0.06
245_H 56_S 0.83 0.20 0.06
286_L 573_K 0.83 0.20 0.06
228_M 530_L 0.83 0.20 0.06
212_V 95_L 0.83 0.20 0.06
155_S 83_Y 0.83 0.20 0.06
28_F 390_L 0.83 0.20 0.06
245_H 105_A 0.83 0.20 0.06
230_V 56_S 0.83 0.20 0.06
286_L 63_K 0.83 0.20 0.06
147_E 387_D 0.82 0.20 0.06
67_P 466_S 0.82 0.20 0.06
55_A 449_T 0.82 0.20 0.06
201_V 139_L 0.82 0.20 0.06
74_A 471_G 0.82 0.20 0.06
290_L 79_L 0.82 0.20 0.06
70_E 231_P 0.82 0.20 0.06
144_A 207_G 0.82 0.20 0.06
158_L 31_A 0.82 0.19 0.06
139_K 85_R 0.82 0.19 0.06
98_S 192_L 0.82 0.19 0.06
97_T 556_A 0.82 0.19 0.06
294_L 469_G 0.82 0.19 0.06
294_L 465_M 0.82 0.19 0.06
119_A 68_L 0.82 0.19 0.06
182_A 32_A 0.82 0.19 0.06
321_R 273_F 0.82 0.19 0.06
328_Q 401_R 0.82 0.19 0.06
265_V 141_V 0.82 0.19 0.06
264_E 337_S 0.82 0.19 0.06
35_L 36_L 0.81 0.19 0.06
70_E 311_P 0.81 0.19 0.06
246_A 535_F 0.81 0.19 0.06
99_P 415_T 0.81 0.19 0.06
90_F 341_V 0.81 0.19 0.06
123_D 198_L 0.81 0.19 0.06
38_S 64_I 0.81 0.19 0.06
307_R 226_E 0.81 0.19 0.06
160_G 98_R 0.81 0.19 0.06
200_L 180_L 0.81 0.19 0.06
106_S 177_S 0.81 0.19 0.06
196_G 392_L 0.81 0.19 0.06
278_L 314_I 0.81 0.19 0.06
159_L 275_L 0.81 0.19 0.06
122_L 416_N 0.81 0.19 0.06
202_T 302_I 0.81 0.19 0.05
19_Y 489_Y 0.81 0.19 0.05
281_L 387_D 0.81 0.19 0.05
114_G 545_G 0.80 0.18 0.05
180_F 480_E 0.80 0.18 0.05
28_F 72_T 0.80 0.18 0.05
287_G 529_T 0.80 0.18 0.05
162_A 524_L 0.80 0.18 0.05
257_L 117_R 0.80 0.18 0.05
150_G 530_L 0.80 0.18 0.05
24_P 566_L 0.80 0.18 0.05
80_S 528_V 0.80 0.18 0.05
275_Y 179_Y 0.80 0.18 0.05
310_C 515_F 0.80 0.18 0.05
139_K 554_L 0.80 0.18 0.05
129_L 477_S 0.80 0.18 0.05
58_F 298_C 0.79 0.18 0.05
289_R 557_D 0.79 0.18 0.05
171_Q 139_L 0.79 0.18 0.05
159_L 252_K 0.79 0.18 0.05
93_L 53_F 0.79 0.18 0.05
254_L 63_K 0.79 0.18 0.05
32_C 62_Q 0.79 0.18 0.05
99_P 52_G 0.79 0.18 0.05
175_T 298_C 0.79 0.18 0.05
255_L 498_H 0.79 0.18 0.05
268_W 562_N 0.79 0.18 0.05
182_A 454_P 0.79 0.18 0.05
175_T 552_L 0.79 0.18 0.05
24_P 550_R 0.79 0.18 0.05
183_L 297_H 0.79 0.18 0.05
56_V 547_M 0.79 0.18 0.05
163_R 222_G 0.79 0.18 0.05
243_G 303_N 0.79 0.18 0.05
30_R 16_L 0.79 0.18 0.05
227_T 433_E 0.79 0.18 0.05
133_Y 63_K 0.79 0.17 0.05
218_R 513_Q 0.79 0.17 0.05
80_S 108_V 0.79 0.17 0.05
183_L 298_C 0.79 0.17 0.05
217_R 257_H 0.78 0.17 0.05
276_S 552_L 0.78 0.17 0.05
74_A 517_K 0.78 0.17 0.05
90_F 551_F 0.78 0.17 0.05
65_G 355_F 0.78 0.17 0.05
137_W 410_L 0.78 0.17 0.05
308_L 280_S 0.78 0.17 0.05
96_V 439_P 0.78 0.17 0.05
296_L 72_T 0.78 0.17 0.05
209_Q 371_E 0.78 0.17 0.05
104_Y 48_R 0.78 0.17 0.05
87_H 493_D 0.78 0.17 0.05
289_R 78_M 0.78 0.17 0.05
19_Y 159_G 0.78 0.17 0.05
99_P 50_F 0.78 0.17 0.05
26_I 314_I 0.78 0.17 0.05
146_F 70_E 0.78 0.17 0.05
221_P 338_V 0.78 0.17 0.05
255_L 368_D 0.78 0.17 0.05
281_L 162_C 0.78 0.17 0.05
286_L 477_S 0.78 0.17 0.05
317_P 108_V 0.78 0.17 0.05
219_R 263_N 0.78 0.17 0.05
241_V 38_K 0.78 0.17 0.05
318_Q 248_T 0.78 0.17 0.05
241_V 530_L 0.77 0.17 0.04
211_R 167_D 0.77 0.17 0.04
328_Q 315_N 0.77 0.17 0.04
108_I 61_R 0.77 0.17 0.04
183_L 452_V 0.77 0.17 0.04
60_P 45_C 0.77 0.17 0.04
197_L 578_K 0.77 0.17 0.04
31_F 179_Y 0.77 0.17 0.04
86_V 208_N 0.77 0.17 0.04
276_S 275_L 0.77 0.17 0.04
98_S 444_N 0.77 0.17 0.04
121_F 79_L 0.77 0.17 0.04
212_V 109_P 0.77 0.17 0.04
108_I 193_M 0.77 0.17 0.04
92_G 451_P 0.77 0.17 0.04
86_V 545_G 0.77 0.17 0.04
69_S 106_E 0.77 0.17 0.04
228_M 317_L 0.77 0.17 0.04
135_R 483_R 0.77 0.17 0.04
325_M 179_Y 0.77 0.17 0.04
194_A 113_E 0.76 0.16 0.04
295_Q 315_N 0.76 0.16 0.04
140_Y 64_I 0.76 0.16 0.04
180_F 75_L 0.76 0.16 0.04
71_I 109_P 0.76 0.16 0.04
51_A 19_A 0.76 0.16 0.04
310_C 219_S 0.76 0.16 0.04
278_L 174_H 0.76 0.16 0.04
176_P 239_G 0.76 0.16 0.04
255_L 354_P 0.76 0.16 0.04
74_A 306_T 0.76 0.16 0.04
290_L 559_N 0.76 0.16 0.04
110_Q 312_L 0.76 0.16 0.04
185_P 321_Y 0.76 0.16 0.04
40_P 275_L 0.76 0.16 0.04
198_T 170_Q 0.76 0.16 0.04
272_G 277_V 0.76 0.16 0.04
145_T 430_D 0.76 0.16 0.04
91_M 228_R 0.76 0.16 0.04
106_S 257_H 0.76 0.16 0.04
214_H 108_V 0.75 0.16 0.04
217_R 519_F 0.75 0.16 0.04
217_R 513_Q 0.75 0.16 0.04
174_A 57_M 0.75 0.16 0.04
242_M 51_E 0.75 0.16 0.04
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.1858 seconds.