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OPENSEQ.org
010809
Genes: A B A+B
Length: 801 178 922
Sequences: 812 453 372
Seq/Len: 1.01 2.54 0.4
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.86
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.01
2 0.00 0.00 0.02
5 0.00 0.00 0.32
10 0.00 0.01 0.37
20 0.02 0.01 0.38
100 0.04 0.02 0.38
∞ 0.13 0.11 0.39
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
383_L 111_L 1.81 0.70 0.01
219_V 70_V 1.50 0.49 0.01
797_L 131_G 1.46 0.46 0.00
634_F 51_L 1.45 0.46 0.00
425_Q 69_S 1.45 0.46 0.00
301_T 131_G 1.39 0.42 0.00
189_Y 83_F 1.37 0.40 0.00
178_I 69_S 1.35 0.39 0.00
697_G 55_A 1.34 0.38 0.00
379_V 74_I 1.34 0.38 0.00
65_A 147_R 1.32 0.37 0.00
245_R 87_D 1.31 0.36 0.00
334_V 85_S 1.30 0.35 0.00
398_S 136_F 1.29 0.35 0.00
607_L 83_F 1.29 0.35 0.00
565_I 59_I 1.28 0.34 0.00
635_L 62_S 1.27 0.34 0.00
221_F 95_D 1.27 0.33 0.00
575_V 165_V 1.27 0.33 0.00
56_L 177_D 1.25 0.32 0.00
88_A 104_I 1.24 0.31 0.00
461_P 124_D 1.23 0.31 0.00
108_F 147_R 1.23 0.31 0.00
584_K 87_D 1.22 0.30 0.00
137_E 83_F 1.22 0.30 0.00
61_V 101_G 1.21 0.30 0.00
451_M 132_V 1.21 0.30 0.00
190_V 62_S 1.21 0.29 0.00
414_P 51_L 1.20 0.29 0.00
239_W 49_L 1.20 0.29 0.00
296_R 110_W 1.20 0.29 0.00
483_L 78_K 1.20 0.29 0.00
497_K 147_R 1.19 0.29 0.00
632_P 134_A 1.19 0.28 0.00
575_V 85_S 1.17 0.27 0.00
152_D 39_K 1.17 0.27 0.00
571_Y 147_R 1.17 0.27 0.00
429_L 74_I 1.16 0.27 0.00
242_W 147_R 1.16 0.27 0.00
259_H 74_I 1.15 0.26 0.00
109_D 70_V 1.14 0.26 0.00
729_A 161_R 1.13 0.25 0.00
752_E 17_F 1.12 0.25 0.00
510_K 25_G 1.12 0.24 0.00
100_H 69_S 1.12 0.24 0.00
631_V 127_A 1.12 0.24 0.00
475_Y 90_A 1.11 0.24 0.00
708_S 163_I 1.11 0.24 0.00
106_V 150_L 1.11 0.24 0.00
134_W 80_N 1.11 0.24 0.00
63_G 146_W 1.10 0.24 0.00
777_L 131_G 1.10 0.24 0.00
726_L 69_S 1.10 0.23 0.00
295_L 87_D 1.10 0.23 0.00
515_N 165_V 1.10 0.23 0.00
271_M 131_G 1.10 0.23 0.00
483_L 131_G 1.09 0.23 0.00
507_L 90_A 1.09 0.23 0.00
743_S 78_K 1.09 0.23 0.00
349_L 147_R 1.08 0.23 0.00
660_W 146_W 1.08 0.23 0.00
148_I 72_V 1.08 0.23 0.00
681_Q 131_G 1.08 0.22 0.00
388_W 111_L 1.08 0.22 0.00
580_K 110_W 1.07 0.22 0.00
139_R 83_F 1.07 0.22 0.00
274_S 36_S 1.07 0.22 0.00
753_E 33_G 1.06 0.22 0.00
514_N 116_S 1.06 0.21 0.00
606_D 88_Y 1.06 0.21 0.00
270_Q 76_Q 1.06 0.21 0.00
719_V 73_R 1.06 0.21 0.00
106_V 125_D 1.05 0.21 0.00
742_F 134_A 1.05 0.21 0.00
368_R 129_F 1.05 0.21 0.00
633_Q 88_Y 1.05 0.21 0.00
357_T 69_S 1.04 0.21 0.00
501_L 146_W 1.04 0.21 0.00
491_P 177_D 1.04 0.20 0.00
171_L 125_D 1.04 0.20 0.00
565_I 134_A 1.03 0.20 0.00
634_F 176_K 1.03 0.20 0.00
780_Q 69_S 1.03 0.20 0.00
640_L 92_F 1.03 0.20 0.00
575_V 44_R 1.03 0.20 0.00
639_G 139_P 1.03 0.20 0.00
659_S 136_F 1.03 0.20 0.00
694_W 60_N 1.03 0.20 0.00
796_E 132_V 1.03 0.20 0.00
148_I 132_V 1.02 0.20 0.00
688_S 86_A 1.02 0.20 0.00
109_D 38_T 1.02 0.20 0.00
355_L 55_A 1.02 0.20 0.00
120_A 127_A 1.02 0.20 0.00
631_V 101_G 1.02 0.19 0.00
689_D 79_D 1.01 0.19 0.00
522_M 98_I 1.01 0.19 0.00
540_L 37_A 1.01 0.19 0.00
219_V 136_F 1.01 0.19 0.00
541_M 163_I 1.01 0.19 0.00
380_A 130_T 1.00 0.19 0.00
382_L 125_D 1.00 0.19 0.00
424_L 72_V 1.00 0.19 0.00
549_A 70_V 1.00 0.19 0.00
363_L 146_W 1.00 0.19 0.00
296_R 68_L 1.00 0.19 0.00
300_L 73_R 1.00 0.19 0.00
720_I 70_V 0.99 0.18 0.00
584_K 110_W 0.99 0.18 0.00
697_G 75_Y 0.99 0.18 0.00
144_L 171_T 0.99 0.18 0.00
219_V 68_L 0.99 0.18 0.00
712_L 110_W 0.99 0.18 0.00
511_S 62_S 0.99 0.18 0.00
381_A 23_G 0.99 0.18 0.00
592_Y 113_P 0.99 0.18 0.00
439_Y 92_F 0.99 0.18 0.00
380_A 57_E 0.99 0.18 0.00
189_Y 98_I 0.99 0.18 0.00
215_A 87_D 0.99 0.18 0.00
494_S 127_A 0.98 0.18 0.00
544_L 51_L 0.98 0.18 0.00
680_R 149_V 0.98 0.18 0.00
567_R 127_A 0.98 0.18 0.00
444_D 86_A 0.98 0.18 0.00
779_V 67_P 0.98 0.18 0.00
171_L 111_L 0.98 0.18 0.00
144_L 81_R 0.98 0.18 0.00
266_S 104_I 0.97 0.18 0.00
480_F 70_V 0.97 0.18 0.00
586_P 152_R 0.97 0.17 0.00
409_F 37_A 0.97 0.17 0.00
379_V 53_I 0.97 0.17 0.00
59_Y 132_V 0.97 0.17 0.00
233_T 149_V 0.97 0.17 0.00
319_R 67_P 0.97 0.17 0.00
684_E 39_K 0.97 0.17 0.00
485_K 22_S 0.97 0.17 0.00
694_W 113_P 0.97 0.17 0.00
657_M 157_P 0.97 0.17 0.00
733_L 112_Q 0.97 0.17 0.00
579_Q 109_V 0.96 0.17 0.00
135_L 144_N 0.96 0.17 0.00
631_V 26_L 0.96 0.17 0.00
132_L 74_I 0.96 0.17 0.00
641_Q 25_G 0.96 0.17 0.00
578_A 22_S 0.96 0.17 0.00
295_L 102_D 0.96 0.17 0.00
254_M 126_A 0.95 0.17 0.00
393_N 136_F 0.95 0.17 0.00
353_P 69_S 0.95 0.17 0.00
346_P 62_S 0.95 0.17 0.00
470_L 103_I 0.95 0.17 0.00
281_L 39_K 0.95 0.17 0.00
486_A 124_D 0.95 0.17 0.00
44_Q 17_F 0.95 0.17 0.00
357_T 126_A 0.95 0.16 0.00
522_M 92_F 0.95 0.16 0.00
631_V 76_Q 0.94 0.16 0.00
143_P 83_F 0.94 0.16 0.00
277_P 53_I 0.94 0.16 0.00
392_Y 128_K 0.94 0.16 0.00
319_R 56_R 0.94 0.16 0.00
541_M 22_S 0.94 0.16 0.00
756_A 130_T 0.94 0.16 0.00
755_L 104_I 0.94 0.16 0.00
109_D 62_S 0.94 0.16 0.00
246_M 170_L 0.94 0.16 0.00
108_F 62_S 0.93 0.16 0.00
508_E 151_G 0.93 0.16 0.00
798_H 139_P 0.93 0.16 0.00
73_L 132_V 0.93 0.16 0.00
788_Q 136_F 0.93 0.16 0.00
470_L 110_W 0.93 0.16 0.00
502_R 76_Q 0.93 0.16 0.00
766_L 75_Y 0.93 0.16 0.00
543_H 33_G 0.93 0.16 0.00
363_L 88_Y 0.93 0.16 0.00
611_D 91_L 0.93 0.16 0.00
270_Q 121_M 0.93 0.16 0.00
776_T 132_V 0.93 0.16 0.00
495_E 51_L 0.92 0.16 0.00
36_L 51_L 0.92 0.15 0.00
636_T 113_P 0.92 0.15 0.00
762_L 74_I 0.92 0.15 0.00
339_Y 45_Q 0.92 0.15 0.00
662_L 88_Y 0.92 0.15 0.00
166_H 98_I 0.92 0.15 0.00
50_R 88_Y 0.92 0.15 0.00
779_V 55_A 0.92 0.15 0.00
147_I 128_K 0.92 0.15 0.00
230_D 74_I 0.92 0.15 0.00
775_S 86_A 0.92 0.15 0.00
339_Y 65_G 0.92 0.15 0.00
699_D 25_G 0.92 0.15 0.00
188_V 32_D 0.92 0.15 0.00
41_L 15_A 0.92 0.15 0.00
771_A 147_R 0.92 0.15 0.00
224_R 100_A 0.92 0.15 0.00
348_A 111_L 0.92 0.15 0.00
532_G 86_A 0.91 0.15 0.00
221_F 93_T 0.91 0.15 0.00
248_L 23_G 0.91 0.15 0.00
168_L 97_E 0.91 0.15 0.00
577_S 86_A 0.91 0.15 0.00
707_E 21_L 0.91 0.15 0.00
254_M 136_F 0.91 0.15 0.00
147_I 72_V 0.91 0.15 0.00
767_G 111_L 0.91 0.15 0.00
531_H 136_F 0.91 0.15 0.00
392_Y 86_A 0.91 0.15 0.00
216_I 74_I 0.91 0.15 0.00
686_Y 60_N 0.91 0.15 0.00
679_Q 133_A 0.91 0.15 0.00
762_L 75_Y 0.91 0.15 0.00
509_D 163_I 0.91 0.15 0.00
701_L 61_T 0.90 0.15 0.00
156_L 99_L 0.90 0.15 0.00
678_I 135_M 0.90 0.15 0.00
293_V 108_D 0.90 0.15 0.00
61_V 81_R 0.90 0.15 0.00
433_R 70_V 0.90 0.15 0.00
145_N 88_Y 0.90 0.15 0.00
286_L 143_K 0.90 0.15 0.00
187_P 60_N 0.90 0.15 0.00
55_Q 31_A 0.90 0.15 0.00
505_R 137_L 0.90 0.15 0.00
579_Q 82_S 0.90 0.15 0.00
235_L 123_L 0.90 0.15 0.00
155_D 111_L 0.90 0.15 0.00
506_M 146_W 0.90 0.15 0.00
546_Y 135_M 0.90 0.14 0.00
498_L 137_L 0.90 0.14 0.00
45_R 81_R 0.90 0.14 0.00
397_Q 23_G 0.90 0.14 0.00
402_V 160_P 0.89 0.14 0.00
571_Y 134_A 0.89 0.14 0.00
289_E 159_T 0.89 0.14 0.00
193_T 88_Y 0.89 0.14 0.00
142_Q 49_L 0.89 0.14 0.00
230_D 16_L 0.89 0.14 0.00
567_R 35_V 0.89 0.14 0.00
148_I 52_D 0.89 0.14 0.00
257_Q 34_T 0.89 0.14 0.00
320_Q 51_L 0.89 0.14 0.00
573_K 82_S 0.89 0.14 0.00
392_Y 98_I 0.89 0.14 0.00
155_D 132_V 0.89 0.14 0.00
490_A 87_D 0.89 0.14 0.00
296_R 124_D 0.89 0.14 0.00
237_A 126_A 0.89 0.14 0.00
70_T 87_D 0.89 0.14 0.00
526_W 65_G 0.89 0.14 0.00
662_L 150_L 0.89 0.14 0.00
507_L 91_L 0.89 0.14 0.00
685_Q 158_D 0.89 0.14 0.00
772_P 130_T 0.89 0.14 0.00
187_P 134_A 0.89 0.14 0.00
142_Q 127_A 0.89 0.14 0.00
189_Y 55_A 0.89 0.14 0.00
521_Y 111_L 0.89 0.14 0.00
74_R 129_F 0.89 0.14 0.00
144_L 72_V 0.88 0.14 0.00
483_L 151_G 0.88 0.14 0.00
637_R 79_D 0.88 0.14 0.00
579_Q 75_Y 0.88 0.14 0.00
552_D 95_D 0.88 0.14 0.00
264_L 53_I 0.88 0.14 0.00
315_Q 147_R 0.88 0.14 0.00
640_L 139_P 0.88 0.14 0.00
648_R 146_W 0.88 0.14 0.00
147_I 69_S 0.88 0.14 0.00
683_T 109_V 0.88 0.14 0.00
689_D 158_D 0.88 0.14 0.00
768_H 138_E 0.88 0.14 0.00
546_Y 139_P 0.88 0.14 0.00
105_A 86_A 0.88 0.14 0.00
300_L 23_G 0.87 0.14 0.00
65_A 100_A 0.87 0.14 0.00
790_V 46_I 0.87 0.14 0.00
756_A 163_I 0.87 0.14 0.00
108_F 96_N 0.87 0.14 0.00
526_W 108_D 0.87 0.14 0.00
787_M 46_I 0.87 0.14 0.00
459_I 55_A 0.87 0.14 0.00
45_R 125_D 0.87 0.14 0.00
574_P 82_S 0.87 0.14 0.00
582_L 113_P 0.87 0.14 0.00
54_W 103_I 0.87 0.14 0.00
207_S 17_F 0.87 0.14 0.00
631_V 132_V 0.86 0.13 0.00
150_T 74_I 0.86 0.13 0.00
590_R 176_K 0.86 0.13 0.00
447_R 140_D 0.86 0.13 0.00
552_D 163_I 0.86 0.13 0.00
257_Q 147_R 0.86 0.13 0.00
690_Y 177_D 0.86 0.13 0.00
718_Q 25_G 0.86 0.13 0.00
725_P 77_L 0.86 0.13 0.00
694_W 24_C 0.86 0.13 0.00
396_Y 74_I 0.86 0.13 0.00
731_T 122_P 0.86 0.13 0.00
595_L 121_M 0.86 0.13 0.00
423_N 95_D 0.86 0.13 0.00
504_M 65_G 0.85 0.13 0.00
791_Y 19_L 0.85 0.13 0.00
142_Q 72_V 0.85 0.13 0.00
148_I 79_D 0.85 0.13 0.00
446_S 76_Q 0.85 0.13 0.00
89_R 28_Q 0.85 0.13 0.00
297_G 60_N 0.85 0.13 0.00
249_A 149_V 0.85 0.13 0.00
300_L 111_L 0.85 0.13 0.00
131_A 21_L 0.85 0.13 0.00
297_G 99_L 0.85 0.13 0.00
511_S 20_S 0.85 0.13 0.00
296_R 62_S 0.85 0.13 0.00
510_K 131_G 0.85 0.13 0.00
505_R 102_D 0.85 0.13 0.00
647_Q 170_L 0.84 0.13 0.00
150_T 134_A 0.84 0.13 0.00
631_V 167_G 0.84 0.13 0.00
353_P 98_I 0.84 0.13 0.00
631_V 158_D 0.84 0.13 0.00
178_I 37_A 0.84 0.13 0.00
344_L 83_F 0.84 0.13 0.00
177_D 129_F 0.84 0.13 0.00
686_Y 113_P 0.84 0.13 0.00
733_L 72_V 0.84 0.13 0.00
728_R 17_F 0.84 0.13 0.00
340_F 142_K 0.84 0.13 0.00
120_A 132_V 0.84 0.13 0.00
172_R 134_A 0.84 0.13 0.00
146_G 35_V 0.84 0.13 0.00
801_L 25_G 0.84 0.13 0.00
162_R 132_V 0.84 0.13 0.00
326_N 136_F 0.84 0.13 0.00
340_F 37_A 0.84 0.13 0.00
175_L 64_A 0.84 0.13 0.00
377_G 125_D 0.84 0.13 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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