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OPENSEQ.org
010810
Genes: A B A+B
Length: 801 217 963
Sequences: 812 825 682
Seq/Len: 1.01 3.8 0.71
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.87
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.40
2 0.00 0.01 0.41
5 0.00 0.01 0.51
10 0.00 0.02 0.59
20 0.02 0.04 0.67
100 0.04 0.06 0.68
∞ 0.13 0.14 0.70
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
385_I 198_L 1.88 0.88 0.23
512_G 73_E 1.77 0.84 0.18
607_L 73_E 1.67 0.78 0.14
73_L 127_C 1.58 0.73 0.11
660_W 65_Y 1.44 0.62 0.07
378_G 202_L 1.41 0.59 0.07
531_H 155_L 1.38 0.58 0.06
271_M 50_L 1.38 0.57 0.06
467_Y 68_C 1.37 0.57 0.06
633_Q 125_L 1.36 0.56 0.06
498_L 58_K 1.34 0.54 0.05
633_Q 148_R 1.33 0.54 0.05
644_F 92_P 1.32 0.52 0.05
389_H 202_L 1.32 0.52 0.05
509_D 73_E 1.31 0.52 0.05
616_T 20_V 1.27 0.48 0.04
511_S 73_E 1.26 0.47 0.04
362_W 75_V 1.25 0.47 0.04
716_L 111_I 1.24 0.46 0.04
635_L 194_T 1.24 0.46 0.04
238_F 169_P 1.23 0.45 0.04
339_Y 184_Y 1.23 0.45 0.04
44_Q 188_W 1.18 0.41 0.03
145_N 107_L 1.18 0.41 0.03
733_L 75_V 1.18 0.41 0.03
467_Y 125_L 1.18 0.41 0.03
690_Y 139_Q 1.18 0.40 0.03
652_V 202_L 1.17 0.40 0.03
458_R 207_A 1.16 0.39 0.03
215_A 166_Q 1.15 0.38 0.03
150_T 22_Q 1.14 0.37 0.03
483_L 57_Q 1.13 0.36 0.03
187_P 88_W 1.12 0.36 0.03
787_M 33_K 1.12 0.36 0.03
685_Q 117_L 1.11 0.35 0.03
56_L 115_L 1.11 0.35 0.02
632_P 187_S 1.10 0.34 0.02
678_I 112_R 1.10 0.34 0.02
143_P 136_F 1.10 0.34 0.02
46_H 52_E 1.10 0.34 0.02
266_S 123_A 1.09 0.34 0.02
187_P 104_G 1.09 0.33 0.02
662_L 68_C 1.08 0.33 0.02
191_V 93_L 1.08 0.33 0.02
378_G 191_G 1.08 0.33 0.02
68_G 65_Y 1.08 0.33 0.02
143_P 65_Y 1.08 0.33 0.02
797_L 124_V 1.08 0.33 0.02
377_G 190_A 1.07 0.32 0.02
510_K 71_L 1.07 0.32 0.02
475_Y 168_A 1.07 0.32 0.02
471_L 94_Q 1.06 0.32 0.02
458_R 210_V 1.06 0.31 0.02
111_D 47_R 1.06 0.31 0.02
297_G 104_G 1.06 0.31 0.02
634_F 35_L 1.06 0.31 0.02
63_G 134_L 1.05 0.31 0.02
267_F 130_R 1.05 0.31 0.02
685_Q 75_V 1.05 0.31 0.02
632_P 136_F 1.05 0.30 0.02
660_W 68_C 1.05 0.30 0.02
323_L 179_A 1.04 0.30 0.02
200_G 65_Y 1.04 0.30 0.02
392_Y 189_G 1.04 0.30 0.02
189_Y 76_L 1.04 0.30 0.02
188_V 129_C 1.03 0.29 0.02
126_R 155_L 1.03 0.29 0.02
575_V 175_P 1.03 0.29 0.02
587_V 184_Y 1.03 0.29 0.02
690_Y 103_A 1.03 0.29 0.02
175_L 149_E 1.02 0.28 0.02
686_Y 136_F 1.02 0.28 0.02
607_L 94_Q 1.01 0.28 0.02
512_G 94_Q 1.01 0.28 0.02
142_Q 110_R 1.01 0.28 0.02
359_S 94_Q 1.01 0.28 0.02
798_H 15_P 1.01 0.28 0.02
694_W 72_D 1.01 0.28 0.02
191_V 194_T 1.00 0.27 0.02
705_N 24_R 1.00 0.27 0.02
478_S 66_A 1.00 0.27 0.02
137_E 196_A 1.00 0.27 0.02
634_F 43_V 1.00 0.27 0.02
93_Q 185_W 0.99 0.27 0.02
303_S 108_W 0.99 0.27 0.02
177_D 185_W 0.99 0.26 0.01
216_I 170_V 0.99 0.26 0.01
245_R 108_W 0.99 0.26 0.01
168_L 125_L 0.98 0.26 0.01
689_D 71_L 0.97 0.25 0.01
510_K 73_E 0.97 0.25 0.01
258_T 149_E 0.97 0.25 0.01
175_L 139_Q 0.97 0.25 0.01
373_F 198_L 0.97 0.25 0.01
189_Y 104_G 0.97 0.25 0.01
516_Q 119_A 0.96 0.25 0.01
426_L 206_L 0.96 0.25 0.01
582_L 73_E 0.96 0.25 0.01
391_Y 63_M 0.96 0.25 0.01
726_L 128_L 0.95 0.24 0.01
439_Y 193_V 0.95 0.24 0.01
800_Y 94_Q 0.95 0.24 0.01
614_G 68_C 0.95 0.24 0.01
148_I 48_E 0.95 0.24 0.01
662_L 46_A 0.95 0.24 0.01
776_T 140_Y 0.95 0.24 0.01
346_P 194_T 0.95 0.24 0.01
143_P 88_W 0.95 0.24 0.01
176_Q 60_S 0.95 0.24 0.01
486_A 19_M 0.95 0.24 0.01
494_S 155_L 0.95 0.24 0.01
238_F 148_R 0.94 0.24 0.01
242_W 167_D 0.94 0.24 0.01
426_L 23_L 0.94 0.23 0.01
477_P 94_Q 0.94 0.23 0.01
644_F 105_E 0.94 0.23 0.01
400_I 209_Q 0.94 0.23 0.01
451_M 23_L 0.94 0.23 0.01
388_W 195_L 0.94 0.23 0.01
716_L 76_L 0.94 0.23 0.01
46_H 136_F 0.94 0.23 0.01
794_L 178_R 0.93 0.23 0.01
36_L 22_Q 0.93 0.23 0.01
548_L 131_T 0.93 0.23 0.01
188_V 136_F 0.93 0.23 0.01
392_Y 205_V 0.93 0.22 0.01
788_Q 117_L 0.93 0.22 0.01
105_A 124_V 0.93 0.22 0.01
44_Q 196_A 0.92 0.22 0.01
271_M 158_R 0.92 0.22 0.01
85_P 19_M 0.92 0.22 0.01
447_R 20_V 0.92 0.22 0.01
429_L 88_W 0.92 0.22 0.01
481_N 197_G 0.92 0.22 0.01
300_L 136_F 0.92 0.22 0.01
727_Q 151_V 0.92 0.22 0.01
467_Y 65_Y 0.92 0.22 0.01
374_S 54_G 0.92 0.22 0.01
575_V 157_A 0.91 0.22 0.01
107_I 193_V 0.91 0.21 0.01
730_L 182_T 0.91 0.21 0.01
88_A 45_Q 0.91 0.21 0.01
765_R 199_W 0.90 0.21 0.01
137_E 178_R 0.90 0.21 0.01
609_L 73_E 0.90 0.21 0.01
609_L 75_V 0.90 0.21 0.01
639_G 185_W 0.89 0.21 0.01
635_L 186_L 0.89 0.21 0.01
730_L 66_A 0.89 0.20 0.01
301_T 50_L 0.89 0.20 0.01
590_R 127_C 0.89 0.20 0.01
540_L 124_V 0.89 0.20 0.01
66_G 170_V 0.89 0.20 0.01
377_G 37_R 0.89 0.20 0.01
640_L 92_P 0.89 0.20 0.01
701_L 97_F 0.89 0.20 0.01
690_Y 126_T 0.89 0.20 0.01
373_F 37_R 0.89 0.20 0.01
694_W 138_G 0.89 0.20 0.01
138_K 186_L 0.89 0.20 0.01
124_H 141_R 0.88 0.20 0.01
640_L 94_Q 0.88 0.20 0.01
590_R 125_L 0.88 0.20 0.01
215_A 98_F 0.88 0.20 0.01
241_T 169_P 0.88 0.20 0.01
514_N 33_K 0.88 0.20 0.01
644_F 102_N 0.88 0.20 0.01
787_M 155_L 0.88 0.20 0.01
608_N 69_A 0.88 0.20 0.01
102_G 77_N 0.88 0.20 0.01
143_P 47_R 0.88 0.20 0.01
504_M 132_L 0.88 0.20 0.01
289_E 71_L 0.88 0.20 0.01
262_A 202_L 0.88 0.20 0.01
36_L 39_A 0.88 0.20 0.01
368_R 201_V 0.88 0.20 0.01
698_M 75_V 0.88 0.20 0.01
175_L 74_S 0.88 0.20 0.01
599_A 90_Q 0.88 0.20 0.01
230_D 23_L 0.88 0.20 0.01
292_N 192_I 0.88 0.20 0.01
297_G 88_W 0.87 0.20 0.01
49_N 76_L 0.87 0.20 0.01
44_Q 197_G 0.87 0.20 0.01
388_W 102_N 0.87 0.19 0.01
800_Y 73_E 0.87 0.19 0.01
547_A 73_E 0.87 0.19 0.01
606_D 167_D 0.87 0.19 0.01
800_Y 97_F 0.87 0.19 0.01
60_M 108_W 0.87 0.19 0.01
547_A 110_R 0.87 0.19 0.01
660_W 206_L 0.87 0.19 0.01
694_W 135_G 0.87 0.19 0.01
622_T 31_D 0.87 0.19 0.01
506_M 94_Q 0.87 0.19 0.01
686_Y 72_D 0.87 0.19 0.01
70_T 8_R 0.86 0.19 0.01
140_A 117_L 0.86 0.19 0.01
159_A 71_L 0.86 0.19 0.01
446_S 188_W 0.86 0.19 0.01
632_P 182_T 0.86 0.19 0.01
690_Y 135_G 0.86 0.19 0.01
455_Q 68_C 0.86 0.19 0.01
380_A 184_Y 0.86 0.19 0.01
184_C 50_L 0.86 0.19 0.01
479_L 68_C 0.85 0.19 0.01
299_Y 110_R 0.85 0.19 0.01
632_P 204_S 0.85 0.18 0.01
716_L 115_L 0.85 0.18 0.01
655_T 110_R 0.85 0.18 0.01
299_Y 46_A 0.85 0.18 0.01
495_E 100_T 0.85 0.18 0.01
454_Y 61_D 0.85 0.18 0.01
632_P 176_G 0.85 0.18 0.01
656_A 99_G 0.85 0.18 0.01
334_V 19_M 0.85 0.18 0.01
450_D 193_V 0.85 0.18 0.01
592_Y 88_W 0.85 0.18 0.01
246_M 67_F 0.85 0.18 0.01
594_S 70_L 0.85 0.18 0.01
712_L 202_L 0.85 0.18 0.01
171_L 165_A 0.85 0.18 0.01
636_T 72_D 0.85 0.18 0.01
798_H 69_A 0.85 0.18 0.01
193_T 108_W 0.84 0.18 0.01
349_L 124_V 0.84 0.18 0.01
397_Q 197_G 0.84 0.18 0.01
459_I 113_E 0.84 0.18 0.01
300_L 112_R 0.84 0.18 0.01
717_E 139_Q 0.84 0.18 0.01
729_A 140_Y 0.84 0.18 0.01
478_S 73_E 0.84 0.18 0.01
705_N 35_L 0.84 0.18 0.01
580_K 74_S 0.84 0.18 0.01
477_P 65_Y 0.84 0.18 0.01
62_I 112_R 0.84 0.18 0.01
711_Q 198_L 0.84 0.18 0.01
352_E 82_D 0.84 0.18 0.01
231_W 70_L 0.84 0.18 0.01
356_A 114_Q 0.84 0.18 0.01
160_D 182_T 0.84 0.18 0.01
296_R 104_G 0.84 0.18 0.01
502_R 136_F 0.84 0.18 0.01
571_Y 111_I 0.84 0.18 0.01
686_Y 88_W 0.84 0.18 0.01
336_T 79_E 0.84 0.18 0.01
135_L 108_W 0.84 0.18 0.01
609_L 194_T 0.84 0.18 0.01
281_L 171_V 0.84 0.18 0.01
575_V 183_M 0.83 0.17 0.01
254_M 17_W 0.83 0.17 0.01
198_L 43_V 0.83 0.17 0.01
698_M 171_V 0.83 0.17 0.01
151_L 85_W 0.83 0.17 0.01
99_P 185_W 0.83 0.17 0.01
162_R 155_L 0.83 0.17 0.01
175_L 151_V 0.83 0.17 0.01
265_F 143_Q 0.83 0.17 0.01
717_E 75_V 0.83 0.17 0.01
63_G 138_G 0.83 0.17 0.01
518_V 190_A 0.83 0.17 0.01
801_L 35_L 0.83 0.17 0.01
642_S 15_P 0.83 0.17 0.01
175_L 27_Q 0.83 0.17 0.01
477_P 103_A 0.83 0.17 0.01
430_N 99_G 0.82 0.17 0.01
630_V 82_D 0.82 0.17 0.01
330_S 107_L 0.82 0.17 0.01
573_K 178_R 0.82 0.17 0.01
472_E 158_R 0.82 0.17 0.01
584_K 19_M 0.82 0.17 0.01
103_K 125_L 0.82 0.17 0.01
444_D 33_K 0.82 0.17 0.01
716_L 32_G 0.82 0.17 0.01
113_T 115_L 0.82 0.17 0.01
303_S 79_E 0.82 0.17 0.01
49_N 107_L 0.82 0.17 0.01
235_L 23_L 0.82 0.17 0.01
135_L 183_M 0.82 0.17 0.01
208_L 185_W 0.82 0.17 0.01
446_S 24_R 0.82 0.17 0.01
210_R 182_T 0.82 0.17 0.01
574_P 53_A 0.81 0.17 0.01
148_I 71_L 0.81 0.17 0.01
250_L 16_G 0.81 0.17 0.01
591_V 125_L 0.81 0.17 0.01
70_T 78_R 0.81 0.17 0.01
498_L 153_R 0.81 0.16 0.01
634_F 192_I 0.81 0.16 0.01
724_Q 71_L 0.81 0.16 0.01
214_D 125_L 0.81 0.16 0.01
383_L 165_A 0.81 0.16 0.01
501_L 124_V 0.81 0.16 0.01
435_A 108_W 0.81 0.16 0.01
571_Y 180_G 0.81 0.16 0.01
456_G 73_E 0.81 0.16 0.01
447_R 151_V 0.81 0.16 0.01
421_F 155_L 0.81 0.16 0.01
647_Q 15_P 0.81 0.16 0.01
278_L 213_L 0.80 0.16 0.01
502_R 98_F 0.80 0.16 0.01
609_L 86_R 0.80 0.16 0.01
143_P 111_I 0.80 0.16 0.01
436_T 96_H 0.80 0.16 0.01
498_L 66_A 0.80 0.16 0.01
485_K 114_Q 0.80 0.16 0.01
301_T 124_V 0.80 0.16 0.01
511_S 94_Q 0.80 0.16 0.01
472_E 108_W 0.80 0.16 0.01
250_L 158_R 0.80 0.16 0.01
340_F 126_T 0.80 0.16 0.01
379_V 208_D 0.80 0.16 0.01
127_L 98_F 0.80 0.16 0.01
52_F 115_L 0.80 0.16 0.01
375_A 151_V 0.80 0.16 0.01
508_E 19_M 0.80 0.16 0.01
63_G 206_L 0.80 0.16 0.01
174_R 47_R 0.80 0.16 0.01
49_N 143_Q 0.80 0.16 0.01
446_S 124_V 0.80 0.16 0.01
127_L 92_P 0.80 0.16 0.01
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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