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OPENSEQ.org
010710
Genes: A B A+B
Length: 445 217 653
Sequences: 808 825 687
Seq/Len: 1.82 3.8 1.05
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.87
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 1.01
2 0.00 0.01 1.02
5 0.00 0.01 1.03
10 0.00 0.02 1.03
20 0.00 0.04 1.04
100 0.02 0.06 1.04
∞ 0.11 0.14 1.04
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
429_P 92_P 1.48 0.77 0.02
381_A 94_Q 1.38 0.70 0.01
99_I 37_R 1.36 0.68 0.01
378_V 108_W 1.27 0.59 0.01
166_P 60_S 1.21 0.55 0.01
351_S 185_W 1.20 0.54 0.01
402_E 47_R 1.18 0.52 0.01
19_F 117_L 1.17 0.50 0.01
16_P 73_E 1.16 0.50 0.01
24_A 123_A 1.15 0.49 0.01
378_V 141_R 1.15 0.48 0.01
236_L 78_R 1.15 0.48 0.01
145_V 187_S 1.14 0.48 0.01
5_R 46_A 1.14 0.48 0.01
381_A 86_R 1.14 0.47 0.01
331_E 47_R 1.13 0.47 0.01
154_M 73_E 1.13 0.47 0.01
261_P 65_Y 1.12 0.46 0.01
349_V 202_L 1.12 0.46 0.01
204_L 43_V 1.12 0.46 0.01
289_A 192_I 1.10 0.45 0.01
375_S 64_L 1.10 0.44 0.01
162_W 149_E 1.09 0.43 0.01
387_I 117_L 1.08 0.42 0.01
61_A 108_W 1.07 0.42 0.01
263_L 192_I 1.07 0.41 0.01
215_L 143_Q 1.07 0.41 0.01
84_P 204_S 1.06 0.41 0.01
427_Y 101_L 1.06 0.41 0.01
72_T 15_P 1.06 0.41 0.01
170_L 127_C 1.06 0.41 0.01
390_V 141_R 1.05 0.39 0.01
58_R 140_Y 1.05 0.39 0.01
57_S 137_T 1.03 0.38 0.01
418_M 127_C 1.03 0.38 0.01
375_S 47_R 1.03 0.38 0.01
99_I 175_P 1.02 0.37 0.01
353_M 203_S 1.02 0.37 0.01
167_V 86_R 1.02 0.37 0.01
381_A 66_A 1.01 0.36 0.01
138_H 23_L 1.01 0.36 0.01
440_F 64_L 1.01 0.36 0.01
243_L 89_Q 1.01 0.36 0.01
218_M 82_D 1.01 0.36 0.01
46_A 33_K 1.01 0.36 0.01
241_N 95_A 1.01 0.36 0.01
358_L 68_C 1.01 0.36 0.01
443_L 106_E 1.01 0.36 0.01
272_A 189_G 1.00 0.35 0.01
339_L 68_C 1.00 0.35 0.01
349_V 125_L 1.00 0.35 0.01
208_L 54_G 1.00 0.35 0.01
350_R 188_W 1.00 0.35 0.01
159_N 75_V 0.99 0.35 0.01
299_F 88_W 0.99 0.34 0.01
185_I 117_L 0.99 0.34 0.01
374_V 47_R 0.99 0.34 0.01
403_N 20_V 0.98 0.34 0.01
380_V 101_L 0.98 0.34 0.01
428_T 113_E 0.98 0.34 0.01
377_V 105_E 0.98 0.33 0.01
271_L 76_L 0.97 0.33 0.01
387_I 114_Q 0.97 0.33 0.01
197_L 113_E 0.97 0.33 0.01
437_L 23_L 0.97 0.33 0.01
415_A 80_K 0.97 0.33 0.01
432_L 47_R 0.97 0.32 0.01
441_A 125_L 0.96 0.32 0.01
147_R 149_E 0.96 0.32 0.01
124_R 39_A 0.96 0.32 0.01
82_L 194_T 0.95 0.31 0.01
425_T 99_G 0.95 0.31 0.01
434_D 55_F 0.95 0.31 0.00
154_M 105_E 0.95 0.31 0.00
245_S 108_W 0.95 0.31 0.00
320_F 158_R 0.95 0.31 0.00
185_I 144_D 0.95 0.31 0.00
212_R 89_Q 0.94 0.30 0.00
149_N 109_E 0.94 0.30 0.00
16_P 94_Q 0.94 0.30 0.00
440_F 65_Y 0.94 0.30 0.00
194_G 35_L 0.94 0.30 0.00
276_L 19_M 0.94 0.30 0.00
308_R 44_K 0.93 0.30 0.00
295_P 151_V 0.93 0.30 0.00
52_S 123_A 0.93 0.29 0.00
278_F 88_W 0.93 0.29 0.00
68_F 194_T 0.93 0.29 0.00
238_W 197_G 0.93 0.29 0.00
244_N 65_Y 0.92 0.29 0.00
147_R 157_A 0.92 0.28 0.00
128_E 194_T 0.92 0.28 0.00
402_E 100_T 0.91 0.28 0.00
397_I 46_A 0.91 0.28 0.00
125_W 136_F 0.91 0.28 0.00
167_V 49_E 0.91 0.28 0.00
44_V 75_V 0.91 0.28 0.00
423_R 155_L 0.91 0.28 0.00
157_Q 24_R 0.91 0.28 0.00
260_H 65_Y 0.90 0.27 0.00
429_P 137_T 0.90 0.27 0.00
420_D 194_T 0.90 0.27 0.00
286_A 123_A 0.90 0.27 0.00
339_L 65_Y 0.90 0.27 0.00
302_L 112_R 0.90 0.27 0.00
155_A 140_Y 0.90 0.27 0.00
145_V 200_C 0.90 0.27 0.00
328_V 64_L 0.90 0.27 0.00
277_T 196_A 0.90 0.27 0.00
204_L 197_G 0.89 0.27 0.00
368_A 87_T 0.89 0.27 0.00
33_V 67_F 0.89 0.26 0.00
354_P 197_G 0.89 0.26 0.00
431_S 200_C 0.89 0.26 0.00
305_L 69_A 0.89 0.26 0.00
56_L 43_V 0.89 0.26 0.00
347_L 93_L 0.88 0.26 0.00
323_L 47_R 0.88 0.26 0.00
239_L 131_T 0.88 0.26 0.00
432_L 159_V 0.88 0.26 0.00
441_A 100_T 0.88 0.26 0.00
417_A 142_S 0.88 0.26 0.00
154_M 140_Y 0.88 0.26 0.00
346_W 94_Q 0.88 0.26 0.00
437_L 33_K 0.88 0.25 0.00
170_L 22_Q 0.88 0.25 0.00
397_I 80_K 0.87 0.25 0.00
76_T 199_W 0.87 0.25 0.00
268_L 116_K 0.87 0.25 0.00
129_R 159_V 0.87 0.25 0.00
10_D 185_W 0.87 0.25 0.00
406_F 35_L 0.87 0.25 0.00
416_R 23_L 0.86 0.25 0.00
121_R 163_T 0.86 0.24 0.00
289_A 190_A 0.86 0.24 0.00
175_Q 42_L 0.86 0.24 0.00
9_E 43_V 0.86 0.24 0.00
437_L 71_L 0.86 0.24 0.00
140_Q 70_L 0.86 0.24 0.00
434_D 116_K 0.86 0.24 0.00
378_V 110_R 0.86 0.24 0.00
242_A 117_L 0.86 0.24 0.00
268_L 73_E 0.86 0.24 0.00
37_G 182_T 0.86 0.24 0.00
299_F 42_L 0.86 0.24 0.00
131_N 71_L 0.85 0.24 0.00
269_A 122_V 0.85 0.24 0.00
152_L 66_A 0.85 0.24 0.00
184_F 169_P 0.85 0.24 0.00
186_P 113_E 0.85 0.24 0.00
217_S 140_Y 0.85 0.24 0.00
47_A 204_S 0.85 0.24 0.00
422_G 124_V 0.85 0.23 0.00
394_P 104_G 0.85 0.23 0.00
423_R 183_M 0.85 0.23 0.00
156_H 132_L 0.85 0.23 0.00
435_V 199_W 0.85 0.23 0.00
398_P 68_C 0.85 0.23 0.00
33_V 74_S 0.85 0.23 0.00
184_F 146_E 0.85 0.23 0.00
421_A 109_E 0.85 0.23 0.00
176_G 99_G 0.85 0.23 0.00
68_F 191_G 0.85 0.23 0.00
295_P 19_M 0.85 0.23 0.00
15_M 111_I 0.84 0.23 0.00
409_D 125_L 0.84 0.23 0.00
239_L 189_G 0.84 0.23 0.00
428_T 54_G 0.84 0.23 0.00
350_R 20_V 0.84 0.23 0.00
399_L 142_S 0.84 0.23 0.00
92_S 84_G 0.84 0.23 0.00
106_L 199_W 0.84 0.23 0.00
411_S 58_K 0.84 0.23 0.00
409_D 163_T 0.84 0.23 0.00
424_C 143_Q 0.83 0.23 0.00
61_A 38_R 0.83 0.23 0.00
285_D 54_G 0.83 0.23 0.00
291_H 38_R 0.83 0.22 0.00
409_D 50_L 0.83 0.22 0.00
441_A 68_C 0.83 0.22 0.00
363_P 141_R 0.83 0.22 0.00
152_L 132_L 0.83 0.22 0.00
155_A 194_T 0.83 0.22 0.00
436_K 20_V 0.83 0.22 0.00
388_R 44_K 0.83 0.22 0.00
347_L 88_W 0.83 0.22 0.00
204_L 204_S 0.83 0.22 0.00
85_V 212_R 0.82 0.22 0.00
161_A 74_S 0.82 0.22 0.00
427_Y 128_L 0.82 0.22 0.00
152_L 187_S 0.82 0.22 0.00
384_G 72_D 0.82 0.22 0.00
276_L 185_W 0.82 0.22 0.00
362_F 149_E 0.82 0.22 0.00
107_N 39_A 0.82 0.22 0.00
83_P 50_L 0.82 0.22 0.00
74_I 118_P 0.82 0.22 0.00
356_H 79_E 0.82 0.22 0.00
207_H 114_Q 0.82 0.22 0.00
7_L 114_Q 0.82 0.22 0.00
64_L 38_R 0.82 0.21 0.00
416_R 160_P 0.82 0.21 0.00
298_V 43_V 0.82 0.21 0.00
182_P 49_E 0.82 0.21 0.00
44_V 15_P 0.82 0.21 0.00
441_A 65_Y 0.82 0.21 0.00
203_E 111_I 0.82 0.21 0.00
391_T 194_T 0.82 0.21 0.00
51_D 164_F 0.82 0.21 0.00
434_D 139_Q 0.82 0.21 0.00
381_A 69_A 0.82 0.21 0.00
237_F 179_A 0.81 0.21 0.00
241_N 130_R 0.81 0.21 0.00
191_L 131_T 0.81 0.21 0.00
257_P 71_L 0.81 0.21 0.00
380_V 94_Q 0.81 0.21 0.00
86_C 55_F 0.81 0.21 0.00
429_P 66_A 0.81 0.21 0.00
184_F 152_I 0.81 0.21 0.00
62_T 21_S 0.81 0.21 0.00
39_A 20_V 0.81 0.21 0.00
156_H 123_A 0.81 0.21 0.00
162_W 184_Y 0.81 0.21 0.00
332_G 124_V 0.81 0.21 0.00
176_G 112_R 0.81 0.21 0.00
14_L 183_M 0.81 0.21 0.00
219_R 66_A 0.81 0.21 0.00
408_L 118_P 0.81 0.21 0.00
34_A 182_T 0.81 0.21 0.00
109_N 147_R 0.81 0.21 0.00
36_M 60_S 0.81 0.21 0.00
402_E 22_Q 0.81 0.21 0.00
68_F 108_W 0.81 0.21 0.00
434_D 71_L 0.81 0.21 0.00
408_L 35_L 0.81 0.21 0.00
348_S 68_C 0.80 0.21 0.00
249_V 96_H 0.80 0.21 0.00
399_L 98_F 0.80 0.20 0.00
13_F 215_G 0.80 0.20 0.00
5_R 95_A 0.80 0.20 0.00
334_L 32_G 0.80 0.20 0.00
103_L 194_T 0.80 0.20 0.00
167_V 164_F 0.80 0.20 0.00
14_L 46_A 0.80 0.20 0.00
381_A 111_I 0.80 0.20 0.00
384_G 135_G 0.80 0.20 0.00
369_G 159_V 0.80 0.20 0.00
273_G 148_R 0.80 0.20 0.00
232_A 113_E 0.80 0.20 0.00
327_G 178_R 0.80 0.20 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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