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OPENSEQ.org
010708
Genes: A B A+B
Length: 445 400 759
Sequences: 808 617 497
Seq/Len: 1.82 1.54 0.65
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.66
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.02
2 0.00 0.02 0.42
5 0.00 0.03 0.47
10 0.00 0.03 0.55
20 0.00 0.05 0.59
100 0.02 0.07 0.59
∞ 0.11 0.13 0.60
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
14_L 151_V 1.58 0.70 0.01
402_E 355_Q 1.51 0.65 0.00
17_Q 325_R 1.39 0.56 0.00
259_R 332_L 1.39 0.56 0.00
213_Q 110_M 1.39 0.55 0.00
378_V 349_Y 1.34 0.51 0.00
100_V 96_H 1.32 0.50 0.00
14_L 318_S 1.31 0.49 0.00
415_A 150_H 1.29 0.48 0.00
368_A 208_T 1.29 0.48 0.00
129_R 332_L 1.29 0.47 0.00
310_L 218_L 1.26 0.45 0.00
132_V 350_L 1.24 0.43 0.00
265_Y 106_L 1.23 0.43 0.00
280_L 110_M 1.23 0.42 0.00
259_R 135_P 1.21 0.41 0.00
145_V 198_I 1.19 0.39 0.00
308_R 199_L 1.17 0.38 0.00
277_T 346_R 1.17 0.38 0.00
165_C 308_T 1.16 0.37 0.00
76_T 353_S 1.14 0.35 0.00
387_I 309_H 1.12 0.34 0.00
302_L 179_E 1.11 0.33 0.00
165_C 154_Q 1.11 0.33 0.00
127_S 197_I 1.10 0.33 0.00
68_F 212_R 1.10 0.33 0.00
76_T 369_R 1.09 0.32 0.00
42_W 163_T 1.08 0.31 0.00
385_V 100_R 1.08 0.31 0.00
274_S 387_A 1.08 0.31 0.00
267_E 117_S 1.08 0.31 0.00
398_P 118_G 1.07 0.30 0.00
264_L 169_D 1.07 0.30 0.00
370_S 295_R 1.07 0.30 0.00
46_A 296_M 1.06 0.30 0.00
127_S 198_I 1.06 0.30 0.00
219_R 348_V 1.06 0.29 0.00
409_D 334_G 1.06 0.29 0.00
183_R 241_V 1.05 0.29 0.00
233_D 310_T 1.05 0.29 0.00
385_V 210_D 1.05 0.29 0.00
380_V 86_L 1.05 0.29 0.00
70_D 346_R 1.04 0.28 0.00
71_G 349_Y 1.04 0.28 0.00
188_L 198_I 1.03 0.27 0.00
302_L 264_D 1.03 0.27 0.00
265_Y 171_D 1.03 0.27 0.00
426_F 122_L 1.02 0.27 0.00
426_F 179_E 1.02 0.27 0.00
12_A 123_L 1.02 0.27 0.00
5_R 106_L 1.02 0.27 0.00
385_V 117_S 1.01 0.27 0.00
394_P 268_G 1.01 0.27 0.00
259_R 199_L 1.01 0.26 0.00
72_T 304_M 1.01 0.26 0.00
60_N 328_L 1.01 0.26 0.00
170_L 261_Q 1.00 0.26 0.00
7_L 122_L 1.00 0.26 0.00
76_T 103_L 1.00 0.26 0.00
21_Q 352_S 0.99 0.25 0.00
369_G 182_L 0.99 0.25 0.00
27_V 350_L 0.99 0.25 0.00
157_Q 201_L 0.99 0.25 0.00
335_H 158_F 0.99 0.25 0.00
172_R 243_T 0.98 0.25 0.00
402_E 104_W 0.98 0.24 0.00
368_A 317_F 0.98 0.24 0.00
277_T 399_L 0.98 0.24 0.00
129_R 141_A 0.98 0.24 0.00
343_A 271_F 0.98 0.24 0.00
132_V 296_M 0.98 0.24 0.00
286_A 201_L 0.97 0.24 0.00
160_A 348_V 0.97 0.24 0.00
362_F 337_D 0.97 0.24 0.00
306_L 364_T 0.96 0.23 0.00
158_E 242_L 0.96 0.23 0.00
10_D 255_F 0.96 0.23 0.00
430_A 120_T 0.96 0.23 0.00
390_V 399_L 0.96 0.23 0.00
319_V 117_S 0.96 0.23 0.00
393_V 226_Q 0.95 0.23 0.00
145_V 274_R 0.95 0.23 0.00
417_A 198_I 0.95 0.23 0.00
352_S 219_Q 0.95 0.23 0.00
398_P 352_S 0.95 0.22 0.00
391_T 232_L 0.94 0.22 0.00
316_S 194_L 0.94 0.22 0.00
381_A 391_T 0.94 0.22 0.00
420_D 366_S 0.94 0.22 0.00
439_L 274_R 0.94 0.22 0.00
346_W 185_L 0.93 0.22 0.00
399_L 300_L 0.93 0.22 0.00
193_A 225_L 0.93 0.22 0.00
304_S 95_R 0.93 0.21 0.00
424_C 242_L 0.93 0.21 0.00
53_L 202_D 0.92 0.21 0.00
338_R 324_S 0.92 0.21 0.00
250_L 395_F 0.92 0.21 0.00
215_L 170_A 0.92 0.21 0.00
298_V 126_G 0.92 0.21 0.00
7_L 197_I 0.92 0.21 0.00
306_L 181_A 0.92 0.21 0.00
38_L 213_R 0.92 0.21 0.00
424_C 192_Q 0.92 0.21 0.00
265_Y 280_D 0.92 0.21 0.00
34_A 188_K 0.92 0.21 0.00
52_S 269_V 0.92 0.21 0.00
336_D 320_Q 0.92 0.21 0.00
155_A 228_I 0.92 0.21 0.00
378_V 386_T 0.92 0.21 0.00
441_A 349_Y 0.92 0.21 0.00
442_V 208_T 0.92 0.21 0.00
68_F 160_I 0.92 0.21 0.00
331_E 389_Y 0.92 0.21 0.00
211_R 150_H 0.92 0.21 0.00
430_A 225_L 0.91 0.20 0.00
381_A 341_M 0.91 0.20 0.00
81_N 399_L 0.91 0.20 0.00
199_T 256_Q 0.91 0.20 0.00
197_L 187_E 0.91 0.20 0.00
269_A 258_L 0.91 0.20 0.00
374_V 150_H 0.91 0.20 0.00
148_H 132_I 0.91 0.20 0.00
165_C 376_N 0.91 0.20 0.00
369_G 123_L 0.90 0.20 0.00
150_L 345_L 0.90 0.20 0.00
265_Y 351_T 0.90 0.20 0.00
167_V 227_D 0.90 0.20 0.00
85_V 351_T 0.90 0.20 0.00
306_L 204_P 0.90 0.20 0.00
50_D 202_D 0.90 0.20 0.00
418_M 156_V 0.90 0.20 0.00
27_V 391_T 0.90 0.20 0.00
440_F 132_I 0.90 0.20 0.00
165_C 132_I 0.89 0.20 0.00
397_I 248_L 0.89 0.19 0.00
238_W 272_T 0.89 0.19 0.00
325_Q 111_V 0.89 0.19 0.00
19_F 245_L 0.89 0.19 0.00
40_H 245_L 0.89 0.19 0.00
184_F 146_Y 0.89 0.19 0.00
48_E 275_A 0.89 0.19 0.00
77_E 368_A 0.89 0.19 0.00
45_V 264_D 0.89 0.19 0.00
414_A 122_L 0.89 0.19 0.00
48_E 112_I 0.89 0.19 0.00
265_Y 397_Q 0.89 0.19 0.00
126_K 157_I 0.89 0.19 0.00
385_V 211_K 0.89 0.19 0.00
104_P 191_R 0.88 0.19 0.00
347_L 222_R 0.88 0.19 0.00
145_V 259_N 0.88 0.19 0.00
289_A 238_V 0.88 0.19 0.00
378_V 109_Y 0.88 0.19 0.00
13_F 328_L 0.88 0.19 0.00
387_I 282_R 0.88 0.19 0.00
84_P 172_I 0.88 0.19 0.00
385_V 90_L 0.88 0.19 0.00
438_E 281_W 0.88 0.19 0.00
284_V 278_N 0.88 0.18 0.00
318_V 167_P 0.88 0.18 0.00
217_S 186_K 0.87 0.18 0.00
345_F 200_T 0.87 0.18 0.00
50_D 349_Y 0.87 0.18 0.00
369_G 180_H 0.87 0.18 0.00
401_L 233_H 0.87 0.18 0.00
36_M 391_T 0.87 0.18 0.00
46_A 309_H 0.87 0.18 0.00
76_T 242_L 0.87 0.18 0.00
300_P 141_A 0.87 0.18 0.00
65_I 351_T 0.86 0.18 0.00
372_D 254_L 0.86 0.18 0.00
372_D 121_T 0.86 0.18 0.00
111_G 187_E 0.86 0.18 0.00
239_L 182_L 0.86 0.18 0.00
239_L 95_R 0.86 0.18 0.00
76_T 201_L 0.86 0.18 0.00
96_L 312_A 0.86 0.18 0.00
416_R 84_R 0.86 0.18 0.00
74_I 339_E 0.86 0.18 0.00
242_A 296_M 0.86 0.18 0.00
167_V 172_I 0.85 0.18 0.00
5_R 255_F 0.85 0.17 0.00
157_Q 391_T 0.85 0.17 0.00
422_G 139_R 0.85 0.17 0.00
424_C 279_D 0.85 0.17 0.00
145_V 238_V 0.85 0.17 0.00
408_L 266_I 0.85 0.17 0.00
103_L 84_R 0.85 0.17 0.00
132_V 285_L 0.85 0.17 0.00
386_I 221_L 0.85 0.17 0.00
243_L 304_M 0.85 0.17 0.00
232_A 315_F 0.85 0.17 0.00
25_W 106_L 0.84 0.17 0.00
250_L 397_Q 0.84 0.17 0.00
351_S 233_H 0.84 0.17 0.00
96_L 238_V 0.84 0.17 0.00
283_N 288_F 0.84 0.17 0.00
64_L 194_L 0.84 0.17 0.00
254_L 238_V 0.84 0.17 0.00
182_P 179_E 0.84 0.17 0.00
167_V 206_L 0.84 0.17 0.00
195_P 259_N 0.84 0.17 0.00
61_A 291_T 0.84 0.17 0.00
404_Q 343_V 0.84 0.17 0.00
167_V 135_P 0.84 0.17 0.00
123_R 86_L 0.84 0.17 0.00
163_L 248_L 0.84 0.17 0.00
216_M 320_Q 0.84 0.17 0.00
133_Q 240_V 0.84 0.17 0.00
302_L 375_N 0.84 0.17 0.00
431_S 339_E 0.84 0.17 0.00
174_A 235_Q 0.83 0.17 0.00
340_R 154_Q 0.83 0.17 0.00
96_L 282_R 0.83 0.17 0.00
176_G 395_F 0.83 0.17 0.00
380_V 271_F 0.83 0.17 0.00
268_L 258_L 0.83 0.17 0.00
366_C 368_A 0.83 0.17 0.00
410_L 91_L 0.83 0.17 0.00
240_L 195_N 0.83 0.17 0.00
320_F 285_L 0.83 0.17 0.00
67_R 254_L 0.83 0.16 0.00
124_R 307_Q 0.83 0.16 0.00
411_S 154_Q 0.83 0.16 0.00
370_S 123_L 0.83 0.16 0.00
276_L 288_F 0.83 0.16 0.00
239_L 228_I 0.83 0.16 0.00
419_L 120_T 0.83 0.16 0.00
133_Q 201_L 0.83 0.16 0.00
361_K 328_L 0.83 0.16 0.00
412_T 90_L 0.83 0.16 0.00
268_L 198_I 0.83 0.16 0.00
356_H 368_A 0.83 0.16 0.00
269_A 120_T 0.83 0.16 0.00
207_H 120_T 0.83 0.16 0.00
442_V 294_D 0.83 0.16 0.00
196_S 198_I 0.82 0.16 0.00
332_G 97_L 0.82 0.16 0.00
374_V 122_L 0.82 0.16 0.00
12_A 222_R 0.82 0.16 0.00
287_V 202_D 0.82 0.16 0.00
191_L 317_F 0.82 0.16 0.00
62_T 240_V 0.82 0.16 0.00
350_R 397_Q 0.82 0.16 0.00
353_M 199_L 0.82 0.16 0.00
184_F 284_E 0.82 0.16 0.00
271_L 274_R 0.82 0.16 0.00
53_L 395_F 0.82 0.16 0.00
408_L 311_R 0.82 0.16 0.00
183_R 240_V 0.82 0.16 0.00
437_L 242_L 0.82 0.16 0.00
72_T 116_G 0.82 0.16 0.00
201_L 172_I 0.82 0.16 0.00
29_L 399_L 0.82 0.16 0.00
127_S 210_D 0.82 0.16 0.00
215_L 182_L 0.82 0.16 0.00
315_P 238_V 0.82 0.16 0.00
398_P 206_L 0.81 0.16 0.00
64_L 129_S 0.81 0.16 0.00
351_S 227_D 0.81 0.16 0.00
42_W 147_L 0.81 0.16 0.00
444_R 197_I 0.81 0.16 0.00
159_N 94_Q 0.81 0.16 0.00
375_S 166_A 0.81 0.16 0.00
376_E 243_T 0.81 0.16 0.00
215_L 399_L 0.81 0.16 0.00
53_L 328_L 0.81 0.16 0.00
274_S 167_P 0.81 0.15 0.00
301_P 328_L 0.81 0.15 0.00
151_T 230_Q 0.81 0.15 0.00
61_A 198_I 0.81 0.15 0.00
149_N 317_F 0.81 0.15 0.00
174_A 353_S 0.81 0.15 0.00
265_Y 309_H 0.81 0.15 0.00
65_I 84_R 0.81 0.15 0.00
298_V 210_D 0.81 0.15 0.00
347_L 94_Q 0.81 0.15 0.00
338_R 298_L 0.81 0.15 0.00
417_A 339_E 0.81 0.15 0.00
288_P 321_M 0.81 0.15 0.00
105_L 271_F 0.81 0.15 0.00
131_N 111_V 0.81 0.15 0.00
115_N 339_E 0.81 0.15 0.00
356_H 167_P 0.81 0.15 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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