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OPENSEQ.org
NK
Genes: A B A+B
Length: 359 491 781
Sequences: 81 170 68
Seq/Len: 0.23 0.35 0.09
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.93
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.00
2 0.00 0.00 0.01
5 0.00 0.01 0.08
10 0.00 0.01 0.08
20 0.00 0.01 0.08
100 0.00 0.01 0.08
∞ 0.00 0.01 0.08
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
238_T 94_A 1.61 0.22 0.00
217_I 35_L 1.59 0.22 0.00
242_F 407_S 1.58 0.21 0.00
215_E 54_V 1.47 0.18 0.00
38_R 230_N 1.43 0.17 0.00
92_P 187_Y 1.33 0.14 0.00
72_V 178_M 1.31 0.14 0.00
214_Y 262_V 1.30 0.14 0.00
283_E 425_L 1.29 0.14 0.00
114_V 197_L 1.28 0.13 0.00
76_V 135_T 1.28 0.13 0.00
148_N 12_G 1.27 0.13 0.00
112_L 79_I 1.27 0.13 0.00
222_A 430_I 1.26 0.13 0.00
154_F 234_E 1.26 0.13 0.00
269_T 133_P 1.25 0.13 0.00
289_D 17_G 1.25 0.13 0.00
265_E 328_A 1.24 0.12 0.00
228_L 137_H 1.24 0.12 0.00
126_D 137_H 1.22 0.12 0.00
101_S 75_E 1.21 0.12 0.00
242_F 185_Y 1.21 0.12 0.00
48_L 116_A 1.20 0.12 0.00
194_I 178_M 1.19 0.11 0.00
227_M 241_S 1.19 0.11 0.00
284_L 101_Y 1.18 0.11 0.00
289_D 211_D 1.18 0.11 0.00
174_E 380_S 1.17 0.11 0.00
268_P 68_S 1.16 0.11 0.00
103_I 88_R 1.16 0.11 0.00
155_K 101_Y 1.15 0.11 0.00
245_L 254_I 1.15 0.11 0.00
199_D 230_N 1.15 0.11 0.00
171_V 382_F 1.15 0.11 0.00
4_F 134_V 1.15 0.10 0.00
216_N 155_I 1.14 0.10 0.00
228_L 339_S 1.14 0.10 0.00
53_Q 390_Y 1.14 0.10 0.00
113_D 378_R 1.14 0.10 0.00
136_L 407_S 1.14 0.10 0.00
224_E 165_N 1.14 0.10 0.00
242_F 198_K 1.13 0.10 0.00
167_K 192_L 1.13 0.10 0.00
155_K 55_P 1.12 0.10 0.00
291_L 161_V 1.12 0.10 0.00
77_D 225_V 1.12 0.10 0.00
29_R 384_P 1.12 0.10 0.00
239_I 213_N 1.11 0.10 0.00
71_V 83_A 1.11 0.10 0.00
55_F 52_I 1.11 0.10 0.00
77_D 401_S 1.10 0.10 0.00
216_N 159_N 1.10 0.10 0.00
161_I 412_M 1.10 0.10 0.00
270_P 373_H 1.09 0.10 0.00
284_L 175_P 1.09 0.10 0.00
269_T 447_F 1.09 0.10 0.00
51_R 167_V 1.09 0.10 0.00
259_H 23_S 1.09 0.10 0.00
176_Y 241_S 1.08 0.09 0.00
66_A 97_R 1.08 0.09 0.00
138_R 144_I 1.08 0.09 0.00
84_A 42_S 1.08 0.09 0.00
249_K 129_K 1.08 0.09 0.00
139_F 460_V 1.08 0.09 0.00
220_Y 97_R 1.07 0.09 0.00
248_Y 59_I 1.07 0.09 0.00
222_A 22_S 1.07 0.09 0.00
76_V 213_N 1.07 0.09 0.00
138_R 108_I 1.07 0.09 0.00
95_D 370_A 1.07 0.09 0.00
58_R 94_A 1.07 0.09 0.00
200_E 159_N 1.07 0.09 0.00
223_R 149_R 1.07 0.09 0.00
114_V 102_Y 1.06 0.09 0.00
217_I 178_M 1.06 0.09 0.00
60_T 339_S 1.06 0.09 0.00
75_R 274_T 1.06 0.09 0.00
10_A 120_N 1.06 0.09 0.00
138_R 237_T 1.05 0.09 0.00
194_I 254_I 1.05 0.09 0.00
251_D 43_W 1.05 0.09 0.00
116_E 198_K 1.05 0.09 0.00
116_E 378_R 1.05 0.09 0.00
44_Q 407_S 1.05 0.09 0.00
236_N 138_L 1.05 0.09 0.00
76_V 418_E 1.04 0.09 0.00
140_G 231_I 1.04 0.09 0.00
253_V 313_L 1.04 0.09 0.00
286_G 79_I 1.03 0.09 0.00
97_K 433_Q 1.03 0.09 0.00
277_S 234_E 1.03 0.09 0.00
224_E 328_A 1.03 0.09 0.00
235_R 94_A 1.03 0.09 0.00
291_L 233_S 1.03 0.09 0.00
165_E 127_E 1.03 0.09 0.00
238_T 306_F 1.03 0.09 0.00
135_F 268_A 1.03 0.09 0.00
248_Y 301_A 1.02 0.09 0.00
156_V 195_H 1.02 0.09 0.00
239_I 233_S 1.02 0.09 0.00
270_P 320_D 1.02 0.09 0.00
136_L 195_H 1.02 0.08 0.00
277_S 184_V 1.02 0.08 0.00
275_M 77_R 1.02 0.08 0.00
267_C 260_C 1.02 0.08 0.00
181_N 208_I 1.01 0.08 0.00
25_N 384_P 1.01 0.08 0.00
66_A 244_Y 1.01 0.08 0.00
118_L 231_I 1.01 0.08 0.00
113_D 130_F 1.01 0.08 0.00
24_E 241_S 1.00 0.08 0.00
43_E 260_C 1.00 0.08 0.00
4_F 181_R 1.00 0.08 0.00
148_N 28_K 1.00 0.08 0.00
63_T 55_P 1.00 0.08 0.00
213_P 472_T 1.00 0.08 0.00
272_S 284_D 1.00 0.08 0.00
167_K 419_L 0.99 0.08 0.00
277_S 210_V 0.99 0.08 0.00
156_V 110_E 0.99 0.08 0.00
168_A 110_E 0.99 0.08 0.00
275_M 21_I 0.99 0.08 0.00
113_D 20_T 0.99 0.08 0.00
77_D 127_E 0.99 0.08 0.00
49_S 161_V 0.99 0.08 0.00
164_A 268_A 0.99 0.08 0.00
277_S 224_F 0.99 0.08 0.00
255_T 151_T 0.99 0.08 0.00
92_P 212_P 0.99 0.08 0.00
171_V 135_T 0.99 0.08 0.00
48_L 95_Q 0.98 0.08 0.00
246_N 305_E 0.98 0.08 0.00
241_D 263_N 0.98 0.08 0.00
246_N 309_K 0.98 0.08 0.00
9_G 208_I 0.98 0.08 0.00
126_D 357_F 0.98 0.08 0.00
18_I 143_P 0.98 0.08 0.00
138_R 161_V 0.98 0.08 0.00
176_Y 187_Y 0.97 0.08 0.00
130_I 352_T 0.97 0.08 0.00
213_P 305_E 0.97 0.08 0.00
172_K 369_T 0.97 0.08 0.00
256_E 138_L 0.97 0.08 0.00
273_M 130_F 0.97 0.08 0.00
112_L 227_E 0.97 0.08 0.00
177_F 418_E 0.97 0.08 0.00
103_I 181_R 0.96 0.08 0.00
284_L 138_L 0.96 0.08 0.00
172_K 186_D 0.96 0.08 0.00
212_I 217_M 0.96 0.08 0.00
182_S 149_R 0.96 0.08 0.00
81_E 407_S 0.96 0.08 0.00
249_K 161_V 0.96 0.07 0.00
44_Q 228_S 0.96 0.07 0.00
251_D 110_E 0.95 0.07 0.00
260_N 292_S 0.95 0.07 0.00
260_N 280_H 0.95 0.07 0.00
126_D 134_V 0.95 0.07 0.00
75_R 36_T 0.95 0.07 0.00
103_I 17_G 0.95 0.07 0.00
238_T 407_S 0.95 0.07 0.00
283_E 426_T 0.95 0.07 0.00
223_R 94_A 0.95 0.07 0.00
240_D 367_D 0.95 0.07 0.00
12_L 239_P 0.94 0.07 0.00
58_R 132_E 0.94 0.07 0.00
177_F 52_I 0.94 0.07 0.00
209_L 129_K 0.94 0.07 0.00
207_Q 358_L 0.94 0.07 0.00
20_S 254_I 0.94 0.07 0.00
52_A 383_S 0.94 0.07 0.00
197_G 179_V 0.94 0.07 0.00
203_E 354_R 0.94 0.07 0.00
272_S 262_V 0.94 0.07 0.00
56_N 322_F 0.94 0.07 0.00
291_L 58_S 0.94 0.07 0.00
270_P 343_Y 0.94 0.07 0.00
202_G 285_D 0.94 0.07 0.00
103_I 18_V 0.93 0.07 0.00
196_T 58_S 0.93 0.07 0.00
220_Y 58_S 0.93 0.07 0.00
95_D 403_A 0.93 0.07 0.00
239_I 390_Y 0.93 0.07 0.00
267_C 187_Y 0.93 0.07 0.00
217_I 165_N 0.93 0.07 0.00
245_L 382_F 0.93 0.07 0.00
220_Y 101_Y 0.93 0.07 0.00
182_S 144_I 0.93 0.07 0.00
112_L 132_E 0.93 0.07 0.00
114_V 215_V 0.93 0.07 0.00
202_G 234_E 0.93 0.07 0.00
57_R 320_D 0.93 0.07 0.00
249_K 354_R 0.93 0.07 0.00
283_E 155_I 0.92 0.07 0.00
165_E 415_I 0.92 0.07 0.00
191_I 275_R 0.92 0.07 0.00
245_L 370_A 0.92 0.07 0.00
278_K 64_K 0.92 0.07 0.00
111_S 161_V 0.92 0.07 0.00
48_L 178_M 0.92 0.07 0.00
238_T 149_R 0.92 0.07 0.00
170_Y 338_D 0.92 0.07 0.00
273_M 212_P 0.92 0.07 0.00
67_P 35_L 0.92 0.07 0.00
38_R 138_L 0.92 0.07 0.00
126_D 130_F 0.92 0.07 0.00
251_D 124_K 0.92 0.07 0.00
61_Q 268_A 0.91 0.07 0.00
197_G 258_E 0.91 0.07 0.00
267_C 68_S 0.91 0.07 0.00
155_K 407_S 0.91 0.07 0.00
55_F 386_D 0.91 0.07 0.00
155_K 53_Q 0.91 0.07 0.00
72_V 26_S 0.91 0.07 0.00
167_K 126_T 0.91 0.07 0.00
32_Q 155_I 0.91 0.07 0.00
271_D 373_H 0.91 0.07 0.00
1_M 383_S 0.91 0.07 0.00
177_F 407_S 0.91 0.07 0.00
118_L 340_N 0.91 0.07 0.00
228_L 159_N 0.90 0.07 0.00
54_E 194_E 0.90 0.07 0.00
43_E 447_F 0.90 0.07 0.00
203_E 110_E 0.90 0.07 0.00
246_N 254_I 0.90 0.07 0.00
217_I 319_M 0.90 0.07 0.00
93_I 341_N 0.90 0.07 0.00
183_D 410_K 0.90 0.07 0.00
4_F 151_T 0.90 0.07 0.00
72_V 143_P 0.90 0.07 0.00
270_P 387_F 0.90 0.07 0.00
262_A 354_R 0.90 0.07 0.00
203_E 129_K 0.90 0.07 0.00
222_A 150_A 0.90 0.07 0.00
18_I 141_S 0.89 0.07 0.00
156_V 181_R 0.89 0.07 0.00
294_T 349_D 0.89 0.07 0.00
111_S 418_E 0.89 0.07 0.00
77_D 381_S 0.89 0.07 0.00
292_F 156_A 0.89 0.07 0.00
167_K 189_S 0.89 0.07 0.00
183_D 268_A 0.89 0.07 0.00
269_T 407_S 0.89 0.07 0.00
216_N 132_E 0.89 0.07 0.00
79_M 94_A 0.89 0.07 0.00
185_D 258_E 0.89 0.07 0.00
179_P 304_S 0.89 0.07 0.00
189_Q 151_T 0.89 0.07 0.00
103_I 78_P 0.89 0.07 0.00
212_I 364_G 0.89 0.07 0.00
4_F 197_L 0.89 0.07 0.00
71_V 444_V 0.89 0.07 0.00
156_V 159_N 0.89 0.07 0.00
261_R 240_L 0.89 0.07 0.00
81_E 228_S 0.88 0.07 0.00
139_F 150_A 0.88 0.07 0.00
119_D 116_A 0.88 0.07 0.00
274_K 79_I 0.88 0.07 0.00
50_N 244_Y 0.88 0.07 0.00
126_D 88_R 0.88 0.07 0.00
94_G 194_E 0.88 0.07 0.00
221_I 79_I 0.88 0.07 0.00
175_W 472_T 0.88 0.07 0.00
274_K 27_S 0.88 0.07 0.00
206_N 384_P 0.88 0.07 0.00
152_E 254_I 0.88 0.07 0.00
305_T 68_S 0.88 0.07 0.00
253_V 258_E 0.88 0.07 0.00
240_D 133_P 0.88 0.07 0.00
58_R 200_A 0.88 0.07 0.00
133_Q 52_I 0.88 0.07 0.00
288_R 185_Y 0.88 0.07 0.00
196_T 189_S 0.88 0.07 0.00
20_S 73_P 0.88 0.07 0.00
270_P 364_G 0.88 0.07 0.00
97_K 77_R 0.88 0.07 0.00
57_R 387_F 0.87 0.07 0.00
134_E 141_S 0.87 0.07 0.00
131_K 297_Q 0.87 0.07 0.00
131_K 447_F 0.87 0.07 0.00
10_A 82_D 0.87 0.07 0.00
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26_T 77_R 0.87 0.06 0.00
188_I 233_S 0.87 0.06 0.00
60_T 132_E 0.87 0.06 0.00
267_C 210_V 0.87 0.06 0.00
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239_I 454_S 0.87 0.06 0.00
20_S 232_I 0.86 0.06 0.00
72_V 82_D 0.86 0.06 0.00
84_A 134_V 0.86 0.06 0.00
104_F 186_D 0.86 0.06 0.00
50_N 77_R 0.86 0.06 0.00
188_I 342_K 0.86 0.06 0.00
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236_N 12_G 0.86 0.06 0.00
177_F 343_Y 0.86 0.06 0.00
90_P 187_Y 0.86 0.06 0.00
207_Q 322_F 0.86 0.06 0.00
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34_G 348_E 0.86 0.06 0.00
112_L 197_L 0.86 0.06 0.00
48_L 309_K 0.86 0.06 0.00
94_G 23_S 0.86 0.06 0.00
67_P 155_I 0.86 0.06 0.00
202_G 156_A 0.86 0.06 0.00
242_F 134_V 0.86 0.06 0.00
121_F 351_R 0.86 0.06 0.00
11_I 211_D 0.86 0.06 0.00
46_T 383_S 0.86 0.06 0.00
76_V 20_T 0.86 0.06 0.00
161_I 381_S 0.86 0.06 0.00
10_A 208_I 0.86 0.06 0.00
13_A 47_S 0.86 0.06 0.00
113_D 232_I 0.86 0.06 0.00
146_S 129_K 0.85 0.06 0.00
75_R 110_E 0.85 0.06 0.00
125_T 38_A 0.85 0.06 0.00
263_L 226_D 0.85 0.06 0.00
113_D 121_E 0.85 0.06 0.00
84_A 240_L 0.85 0.06 0.00
134_E 353_G 0.85 0.06 0.00
267_C 369_T 0.85 0.06 0.00
231_L 204_L 0.85 0.06 0.00
260_N 342_K 0.85 0.06 0.00
154_F 237_T 0.85 0.06 0.00
194_I 42_S 0.85 0.06 0.00
168_A 176_D 0.85 0.06 0.00
282_K 200_A 0.85 0.06 0.00
167_K 397_A 0.85 0.06 0.00
200_E 116_A 0.85 0.06 0.00
171_V 41_S 0.85 0.06 0.00
212_I 407_S 0.85 0.06 0.00
132_F 435_V 0.85 0.06 0.00
182_S 184_V 0.85 0.06 0.00
71_V 342_K 0.85 0.06 0.00
249_K 167_V 0.85 0.06 0.00
88_Y 428_P 0.85 0.06 0.00
116_E 173_L 0.84 0.06 0.00
69_R 451_A 0.84 0.06 0.00
82_S 60_V 0.84 0.06 0.00
30_S 384_P 0.84 0.06 0.00
249_K 23_S 0.84 0.06 0.00
266_Y 260_C 0.84 0.06 0.00
299_W 347_T 0.84 0.06 0.00
283_E 224_F 0.84 0.06 0.00
56_N 307_F 0.84 0.06 0.00
233_N 34_E 0.84 0.06 0.00
251_D 216_V 0.84 0.06 0.00
107_I 194_E 0.84 0.06 0.00
156_V 173_L 0.84 0.06 0.00
51_R 168_T 0.84 0.06 0.00
295_Q 349_D 0.84 0.06 0.00
24_E 210_V 0.84 0.06 0.00
35_R 405_S 0.84 0.06 0.00
140_G 472_T 0.84 0.06 0.00
215_E 370_A 0.84 0.06 0.00
284_L 475_A 0.84 0.06 0.00
270_P 316_G 0.84 0.06 0.00
266_Y 369_T 0.84 0.06 0.00
200_E 127_E 0.84 0.06 0.00
24_E 155_I 0.84 0.06 0.00
116_E 234_E 0.84 0.06 0.00
60_T 143_P 0.84 0.06 0.00
49_S 390_Y 0.84 0.06 0.00
220_Y 175_P 0.84 0.06 0.00
288_R 244_Y 0.84 0.06 0.00
283_E 424_A 0.83 0.06 0.00
283_E 427_D 0.83 0.06 0.00
65_N 322_F 0.83 0.06 0.00
310_G 76_S 0.83 0.06 0.00
90_P 401_S 0.83 0.06 0.00
158_D 380_S 0.83 0.06 0.00
203_E 132_E 0.83 0.06 0.00
170_Y 425_L 0.83 0.06 0.00
133_Q 354_R 0.83 0.06 0.00
12_L 19_F 0.83 0.06 0.00
10_A 122_E 0.83 0.06 0.00
191_I 369_T 0.83 0.06 0.00
209_L 146_S 0.83 0.06 0.00
191_I 292_S 0.83 0.06 0.00
104_F 143_P 0.83 0.06 0.00
51_R 154_E 0.83 0.06 0.00
156_V 36_T 0.83 0.06 0.00
10_A 349_D 0.83 0.06 0.00
42_V 378_R 0.83 0.06 0.00
93_I 208_I 0.83 0.06 0.00
93_I 42_S 0.82 0.06 0.00
226_V 195_H 0.82 0.06 0.00
188_I 472_T 0.82 0.06 0.00
288_R 275_R 0.82 0.06 0.00
253_V 307_F 0.82 0.06 0.00
93_I 226_D 0.82 0.06 0.00
154_F 36_T 0.82 0.06 0.00
132_F 167_V 0.82 0.06 0.00
253_V 373_H 0.82 0.06 0.00
188_I 164_T 0.82 0.06 0.00
205_R 178_M 0.82 0.06 0.00
141_I 240_L 0.82 0.06 0.00
277_S 154_E 0.82 0.06 0.00
216_N 359_G 0.82 0.06 0.00
111_S 189_S 0.82 0.06 0.00
110_N 168_T 0.82 0.06 0.00
60_T 95_Q 0.82 0.06 0.00
125_T 65_E 0.82 0.06 0.00
162_P 278_F 0.82 0.06 0.00
162_P 375_I 0.82 0.06 0.00
247_L 54_V 0.82 0.06 0.00
76_V 254_I 0.82 0.06 0.00
168_A 119_G 0.82 0.06 0.00
168_A 42_S 0.82 0.06 0.00
251_D 343_Y 0.82 0.06 0.00
189_Q 282_G 0.82 0.06 0.00
127_Q 233_S 0.82 0.06 0.00
285_Q 224_F 0.82 0.06 0.00
21_V 17_G 0.81 0.06 0.00
63_T 39_K 0.81 0.06 0.00
127_Q 102_Y 0.81 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
9973 0.09 NK Δgene:(1, 20) A:(1E-10, 8) B:(1E-10, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
9971 0.09 NK Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
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