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OPENSEQ.org
NM
Genes: A B A+B
Length: 359 516 809
Sequences: 83 251 74
Seq/Len: 0.23 0.49 0.09
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.91
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.08
2 0.00 0.00 0.08
5 0.00 0.00 0.08
10 0.00 0.00 0.08
20 0.00 0.00 0.08
100 0.01 0.00 0.08
∞ 0.01 0.00 0.08
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
269_T 239_V 1.72 0.26 0.00
77_D 261_D 1.70 0.26 0.00
107_I 488_G 1.69 0.25 0.00
273_M 382_Q 1.67 0.25 0.00
277_S 193_I 1.67 0.25 0.00
242_F 352_I 1.56 0.21 0.00
287_F 41_V 1.50 0.19 0.00
215_E 405_P 1.47 0.18 0.00
284_L 76_V 1.46 0.18 0.00
195_M 94_F 1.45 0.17 0.00
182_S 223_Y 1.42 0.17 0.00
77_D 263_F 1.40 0.16 0.00
168_A 476_E 1.38 0.16 0.00
242_F 513_V 1.37 0.15 0.00
226_V 133_I 1.36 0.15 0.00
171_V 344_A 1.35 0.15 0.00
269_T 365_I 1.33 0.14 0.00
142_Y 115_D 1.31 0.14 0.00
227_M 324_M 1.30 0.14 0.00
205_R 128_V 1.25 0.13 0.00
110_N 476_E 1.25 0.13 0.00
63_T 120_D 1.25 0.13 0.00
268_P 350_A 1.24 0.12 0.00
288_R 116_I 1.24 0.12 0.00
103_I 218_V 1.24 0.12 0.00
269_T 386_R 1.23 0.12 0.00
161_I 515_V 1.23 0.12 0.00
258_L 30_V 1.23 0.12 0.00
177_F 166_Q 1.23 0.12 0.00
273_M 120_D 1.23 0.12 0.00
267_C 254_V 1.22 0.12 0.00
91_R 482_I 1.21 0.12 0.00
76_V 436_K 1.21 0.12 0.00
81_E 50_D 1.21 0.12 0.00
91_R 103_A 1.20 0.12 0.00
284_L 356_T 1.20 0.12 0.00
273_M 246_K 1.20 0.12 0.00
110_N 145_D 1.19 0.11 0.00
291_L 315_E 1.19 0.11 0.00
96_R 231_Q 1.18 0.11 0.00
214_Y 397_V 1.18 0.11 0.00
138_R 467_E 1.17 0.11 0.00
266_Y 254_V 1.17 0.11 0.00
4_F 181_S 1.16 0.11 0.00
119_D 478_Q 1.16 0.11 0.00
202_G 25_M 1.15 0.11 0.00
215_E 435_I 1.14 0.10 0.00
10_A 218_V 1.14 0.10 0.00
18_I 409_Y 1.14 0.10 0.00
288_R 189_T 1.14 0.10 0.00
125_T 407_I 1.13 0.10 0.00
247_L 369_T 1.13 0.10 0.00
148_N 162_K 1.11 0.10 0.00
76_V 381_A 1.11 0.10 0.00
187_K 119_K 1.11 0.10 0.00
60_T 111_A 1.11 0.10 0.00
79_M 263_F 1.10 0.10 0.00
206_N 493_V 1.10 0.10 0.00
269_T 357_L 1.10 0.10 0.00
222_A 275_G 1.10 0.10 0.00
204_V 111_A 1.10 0.10 0.00
72_V 264_V 1.10 0.10 0.00
265_E 259_R 1.09 0.10 0.00
194_I 458_Y 1.08 0.10 0.00
12_L 62_E 1.08 0.09 0.00
209_L 176_G 1.08 0.09 0.00
265_E 103_A 1.08 0.09 0.00
119_D 466_P 1.08 0.09 0.00
276_E 254_V 1.08 0.09 0.00
205_R 344_A 1.08 0.09 0.00
291_L 141_R 1.07 0.09 0.00
126_D 43_K 1.07 0.09 0.00
285_Q 101_A 1.06 0.09 0.00
76_V 136_K 1.06 0.09 0.00
77_D 92_C 1.06 0.09 0.00
195_M 493_V 1.06 0.09 0.00
291_L 405_P 1.06 0.09 0.00
90_P 332_I 1.06 0.09 0.00
171_V 499_R 1.06 0.09 0.00
199_D 348_V 1.04 0.09 0.00
134_E 396_R 1.04 0.09 0.00
2_K 341_P 1.04 0.09 0.00
204_V 420_K 1.04 0.09 0.00
77_D 141_R 1.04 0.09 0.00
199_D 299_D 1.04 0.09 0.00
290_G 338_I 1.04 0.09 0.00
258_L 275_G 1.04 0.09 0.00
107_I 117_R 1.04 0.09 0.00
253_V 26_M 1.04 0.09 0.00
222_A 338_I 1.04 0.09 0.00
259_H 380_T 1.04 0.09 0.00
226_V 493_V 1.04 0.09 0.00
299_W 488_G 1.04 0.09 0.00
155_K 315_E 1.04 0.09 0.00
103_I 407_I 1.03 0.09 0.00
20_S 155_M 1.03 0.09 0.00
222_A 350_A 1.03 0.09 0.00
191_I 114_N 1.03 0.09 0.00
217_I 451_V 1.03 0.09 0.00
268_P 126_S 1.03 0.09 0.00
195_M 65_T 1.03 0.09 0.00
85_V 484_N 1.03 0.09 0.00
268_P 218_V 1.03 0.09 0.00
132_F 236_S 1.03 0.09 0.00
58_R 141_R 1.03 0.09 0.00
256_E 79_E 1.03 0.09 0.00
273_M 64_N 1.03 0.09 0.00
214_Y 41_V 1.02 0.09 0.00
178_T 98_L 1.02 0.09 0.00
273_M 369_T 1.02 0.08 0.00
242_F 497_I 1.02 0.08 0.00
273_M 390_M 1.02 0.08 0.00
19_P 369_T 1.01 0.08 0.00
278_K 484_N 1.01 0.08 0.00
85_V 467_E 1.01 0.08 0.00
123_A 265_N 1.01 0.08 0.00
247_L 265_N 1.01 0.08 0.00
245_L 324_M 1.01 0.08 0.00
220_Y 287_Y 1.01 0.08 0.00
167_K 382_Q 1.01 0.08 0.00
140_G 228_I 1.00 0.08 0.00
209_L 445_E 1.00 0.08 0.00
138_R 197_T 1.00 0.08 0.00
19_P 447_N 1.00 0.08 0.00
230_S 435_I 1.00 0.08 0.00
187_K 258_Q 1.00 0.08 0.00
291_L 488_G 0.99 0.08 0.00
11_I 218_V 0.99 0.08 0.00
80_E 353_N 0.99 0.08 0.00
111_S 239_V 0.99 0.08 0.00
242_F 371_V 0.99 0.08 0.00
259_H 247_A 0.99 0.08 0.00
206_N 382_Q 0.99 0.08 0.00
4_F 470_D 0.99 0.08 0.00
260_N 516_N 0.99 0.08 0.00
308_S 488_G 0.99 0.08 0.00
91_R 189_T 0.98 0.08 0.00
224_E 287_Y 0.98 0.08 0.00
135_F 451_V 0.98 0.08 0.00
90_P 465_I 0.98 0.08 0.00
233_N 202_D 0.98 0.08 0.00
72_V 475_S 0.98 0.08 0.00
51_R 247_A 0.98 0.08 0.00
51_R 381_A 0.98 0.08 0.00
197_G 339_A 0.98 0.08 0.00
247_L 203_V 0.98 0.08 0.00
111_S 510_A 0.98 0.08 0.00
258_L 411_D 0.98 0.08 0.00
194_I 250_V 0.98 0.08 0.00
125_T 306_D 0.98 0.08 0.00
267_C 515_V 0.97 0.08 0.00
230_S 85_Q 0.97 0.08 0.00
79_M 186_N 0.97 0.08 0.00
180_T 33_E 0.97 0.08 0.00
5_K 161_L 0.97 0.08 0.00
80_E 218_V 0.97 0.08 0.00
274_K 216_K 0.97 0.08 0.00
201_F 322_P 0.97 0.08 0.00
19_P 350_A 0.97 0.08 0.00
206_N 356_T 0.97 0.08 0.00
136_L 381_A 0.96 0.08 0.00
20_S 452_K 0.96 0.08 0.00
269_T 377_I 0.96 0.08 0.00
67_P 113_V 0.96 0.08 0.00
206_N 308_E 0.96 0.08 0.00
107_I 443_L 0.96 0.08 0.00
114_V 154_L 0.95 0.07 0.00
112_L 425_G 0.95 0.07 0.00
116_E 484_N 0.95 0.07 0.00
239_I 338_I 0.95 0.07 0.00
253_V 439_L 0.95 0.07 0.00
136_L 247_A 0.95 0.07 0.00
273_M 424_L 0.95 0.07 0.00
179_P 496_V 0.95 0.07 0.00
308_S 43_K 0.95 0.07 0.00
201_F 422_G 0.95 0.07 0.00
49_S 236_S 0.95 0.07 0.00
187_K 111_A 0.95 0.07 0.00
150_N 279_A 0.95 0.07 0.00
97_K 96_D 0.95 0.07 0.00
116_E 299_D 0.95 0.07 0.00
139_F 251_L 0.95 0.07 0.00
230_S 94_F 0.95 0.07 0.00
113_D 369_T 0.94 0.07 0.00
227_M 352_I 0.94 0.07 0.00
275_M 420_K 0.94 0.07 0.00
266_Y 476_E 0.94 0.07 0.00
256_E 427_R 0.94 0.07 0.00
110_N 428_E 0.94 0.07 0.00
45_M 248_N 0.94 0.07 0.00
32_Q 473_S 0.94 0.07 0.00
48_L 113_V 0.94 0.07 0.00
130_I 320_V 0.94 0.07 0.00
3_V 472_A 0.94 0.07 0.00
97_K 138_S 0.94 0.07 0.00
283_E 128_V 0.93 0.07 0.00
275_M 75_K 0.93 0.07 0.00
186_I 405_P 0.93 0.07 0.00
130_I 72_E 0.93 0.07 0.00
18_I 264_V 0.93 0.07 0.00
169_Y 512_E 0.93 0.07 0.00
284_L 434_G 0.93 0.07 0.00
126_D 274_M 0.93 0.07 0.00
284_L 72_E 0.93 0.07 0.00
294_T 488_G 0.93 0.07 0.00
267_C 514_I 0.93 0.07 0.00
157_A 407_I 0.93 0.07 0.00
289_D 218_V 0.93 0.07 0.00
148_N 158_K 0.93 0.07 0.00
253_V 448_Y 0.93 0.07 0.00
196_T 233_I 0.92 0.07 0.00
171_V 504_I 0.92 0.07 0.00
282_K 142_K 0.92 0.07 0.00
134_E 294_E 0.92 0.07 0.00
126_D 110_D 0.92 0.07 0.00
217_I 425_G 0.92 0.07 0.00
183_D 161_L 0.92 0.07 0.00
244_R 22_F 0.92 0.07 0.00
157_A 445_E 0.92 0.07 0.00
164_A 507_K 0.92 0.07 0.00
58_R 468_V 0.92 0.07 0.00
47_T 348_V 0.92 0.07 0.00
168_A 121_N 0.91 0.07 0.00
286_G 105_E 0.91 0.07 0.00
112_L 149_E 0.91 0.07 0.00
203_E 294_E 0.91 0.07 0.00
103_I 338_I 0.91 0.07 0.00
104_F 74_V 0.91 0.07 0.00
72_V 505_E 0.91 0.07 0.00
77_D 387_T 0.91 0.07 0.00
107_I 435_I 0.91 0.07 0.00
167_K 321_A 0.91 0.07 0.00
259_H 388_I 0.91 0.07 0.00
248_Y 136_K 0.91 0.07 0.00
290_G 488_G 0.91 0.07 0.00
239_I 281_A 0.91 0.07 0.00
265_E 40_K 0.91 0.07 0.00
45_M 488_G 0.90 0.07 0.00
118_L 122_L 0.90 0.07 0.00
148_N 141_R 0.90 0.07 0.00
227_M 44_S 0.90 0.07 0.00
103_I 435_I 0.90 0.07 0.00
229_S 170_T 0.90 0.07 0.00
119_D 514_I 0.90 0.07 0.00
255_T 41_V 0.90 0.07 0.00
23_Q 320_V 0.90 0.07 0.00
216_N 228_I 0.90 0.07 0.00
277_S 218_V 0.90 0.07 0.00
186_I 431_A 0.90 0.07 0.00
242_F 366_A 0.90 0.07 0.00
261_R 61_S 0.89 0.07 0.00
156_V 498_A 0.89 0.07 0.00
283_E 136_K 0.89 0.07 0.00
126_D 382_Q 0.89 0.07 0.00
37_P 139_T 0.89 0.07 0.00
220_Y 417_K 0.89 0.07 0.00
146_S 380_T 0.89 0.07 0.00
10_A 494_T 0.89 0.07 0.00
58_R 186_N 0.89 0.07 0.00
2_K 149_E 0.89 0.07 0.00
171_V 302_K 0.89 0.07 0.00
195_M 306_D 0.89 0.07 0.00
289_D 76_V 0.89 0.07 0.00
207_Q 26_M 0.89 0.07 0.00
276_E 295_M 0.89 0.07 0.00
269_T 236_S 0.89 0.07 0.00
158_D 141_R 0.89 0.07 0.00
4_F 382_Q 0.88 0.07 0.00
123_A 409_Y 0.88 0.07 0.00
158_D 282_G 0.88 0.07 0.00
94_G 105_E 0.88 0.07 0.00
206_N 133_I 0.88 0.07 0.00
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271_D 217_S 0.88 0.07 0.00
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71_V 442_D 0.88 0.07 0.00
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200_E 189_T 0.88 0.07 0.00
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90_P 134_N 0.87 0.06 0.00
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172_K 89_D 0.86 0.06 0.00
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159_S 189_T 0.86 0.06 0.00
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133_Q 269_L 0.86 0.06 0.00
49_S 294_E 0.86 0.06 0.00
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194_I 436_K 0.86 0.06 0.00
3_V 306_D 0.86 0.06 0.00
218_R 410_K 0.86 0.06 0.00
176_Y 210_V 0.86 0.06 0.00
200_E 84_L 0.86 0.06 0.00
17_S 83_V 0.85 0.06 0.00
261_R 394_T 0.85 0.06 0.00
229_S 144_V 0.85 0.06 0.00
253_V 508_I 0.85 0.06 0.00
209_L 259_R 0.85 0.06 0.00
233_N 198_K 0.85 0.06 0.00
18_I 380_T 0.85 0.06 0.00
282_K 336_I 0.85 0.06 0.00
138_R 484_N 0.85 0.06 0.00
261_R 356_T 0.85 0.06 0.00
194_I 25_M 0.85 0.06 0.00
75_R 516_N 0.85 0.06 0.00
32_Q 264_V 0.85 0.06 0.00
133_Q 320_V 0.85 0.06 0.00
153_L 343_V 0.85 0.06 0.00
181_N 366_A 0.85 0.06 0.00
59_L 64_N 0.85 0.06 0.00
189_Q 151_V 0.85 0.06 0.00
168_A 241_S 0.85 0.06 0.00
59_L 281_A 0.85 0.06 0.00
85_V 387_T 0.85 0.06 0.00
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209_L 296_M 0.85 0.06 0.00
284_L 479_K 0.85 0.06 0.00
194_I 411_D 0.85 0.06 0.00
257_N 202_D 0.85 0.06 0.00
309_K 488_G 0.85 0.06 0.00
209_L 451_V 0.85 0.06 0.00
180_T 32_S 0.85 0.06 0.00
78_L 130_L 0.85 0.06 0.00
128_Y 423_R 0.85 0.06 0.00
184_V 395_L 0.85 0.06 0.00
171_V 263_F 0.85 0.06 0.00
137_D 292_Y 0.85 0.06 0.00
298_T 286_T 0.85 0.06 0.00
234_T 216_K 0.84 0.06 0.00
247_L 350_A 0.84 0.06 0.00
226_V 362_N 0.84 0.06 0.00
106_L 99_K 0.84 0.06 0.00
53_Q 18_M 0.84 0.06 0.00
137_D 282_G 0.84 0.06 0.00
167_K 405_P 0.84 0.06 0.00
259_H 516_N 0.84 0.06 0.00
247_L 324_M 0.84 0.06 0.00
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129_K 110_D 0.84 0.06 0.00
53_Q 299_D 0.84 0.06 0.00
182_S 410_K 0.84 0.06 0.00
176_Y 305_R 0.84 0.06 0.00
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110_N 479_K 0.84 0.06 0.00
126_D 264_V 0.84 0.06 0.00
297_T 488_G 0.84 0.06 0.00
5_K 152_A 0.84 0.06 0.00
14_A 349_S 0.84 0.06 0.00
161_I 116_I 0.84 0.06 0.00
103_I 147_F 0.84 0.06 0.00
194_I 475_S 0.84 0.06 0.00
170_Y 478_Q 0.84 0.06 0.00
91_R 228_I 0.84 0.06 0.00
215_E 455_L 0.83 0.06 0.00
94_G 59_V 0.83 0.06 0.00
52_A 411_D 0.83 0.06 0.00
156_V 429_I 0.83 0.06 0.00
49_S 169_N 0.83 0.06 0.00
195_M 215_V 0.83 0.06 0.00
268_P 338_I 0.83 0.06 0.00
158_D 349_S 0.83 0.06 0.00
113_D 86_K 0.83 0.06 0.00
268_P 160_K 0.83 0.06 0.00
45_M 425_G 0.83 0.06 0.00
136_L 341_P 0.83 0.06 0.00
174_E 88_A 0.83 0.06 0.00
217_I 480_R 0.83 0.06 0.00
92_P 129_M 0.83 0.06 0.00
171_V 343_V 0.83 0.06 0.00
146_S 160_K 0.83 0.06 0.00
96_R 123_D 0.83 0.06 0.00
194_I 119_K 0.83 0.06 0.00
130_I 104_R 0.83 0.06 0.00
111_S 377_I 0.82 0.06 0.00
129_K 306_D 0.82 0.06 0.00
65_N 482_I 0.82 0.06 0.00
167_K 126_S 0.82 0.06 0.00
126_D 480_R 0.82 0.06 0.00
269_T 316_P 0.82 0.06 0.00
191_I 369_T 0.82 0.06 0.00
114_V 302_K 0.82 0.06 0.00
48_L 290_K 0.82 0.06 0.00
27_N 81_S 0.82 0.06 0.00
269_T 248_N 0.82 0.06 0.00
17_S 376_I 0.82 0.06 0.00
113_D 239_V 0.82 0.06 0.00
30_S 373_S 0.82 0.06 0.00
85_V 303_I 0.82 0.06 0.00
64_D 119_K 0.82 0.06 0.00
269_T 343_V 0.82 0.06 0.00
234_T 397_V 0.82 0.06 0.00
101_S 173_G 0.82 0.06 0.00
263_L 70_N 0.82 0.06 0.00
111_S 350_A 0.82 0.06 0.00
144_Q 81_S 0.82 0.06 0.00
194_I 233_I 0.82 0.06 0.00
31_P 231_Q 0.82 0.06 0.00
204_V 112_K 0.82 0.06 0.00
239_I 72_E 0.82 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
9972 0.09 NM Δgene:(1, 20) A:(1E-10, 8) B:(1E-10, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
9970 0.09 NM Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
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