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OPENSEQ.org
D3vsB3
Genes: A B A+B
Length: 475 518 929
Sequences: 472 387 316
Seq/Len: 0.99 0.75 0.34
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.78
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.01 0.10
2 0.02 0.01 0.17
5 0.02 0.01 0.19
10 0.04 0.01 0.29
20 0.05 0.01 0.32
100 0.07 0.05 0.32
∞ 0.20 0.19 0.34
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
344_A 449_V 1.73 0.60 0.00
276_V 146_I 1.54 0.48 0.00
289_L 112_Y 1.50 0.45 0.00
172_L 103_L 1.47 0.43 0.00
67_L 63_P 1.47 0.43 0.00
88_V 329_T 1.45 0.42 0.00
340_L 318_I 1.44 0.41 0.00
463_A 78_L 1.44 0.41 0.00
362_I 479_V 1.44 0.41 0.00
458_L 144_S 1.43 0.40 0.00
372_L 488_A 1.41 0.39 0.00
468_L 501_A 1.39 0.38 0.00
346_S 318_I 1.36 0.36 0.00
152_V 506_S 1.36 0.36 0.00
165_F 449_V 1.34 0.34 0.00
363_V 449_V 1.34 0.34 0.00
327_S 431_V 1.34 0.34 0.00
245_T 291_P 1.34 0.34 0.00
88_V 344_E 1.33 0.34 0.00
38_I 223_W 1.33 0.34 0.00
208_V 102_I 1.32 0.33 0.00
220_A 151_R 1.32 0.33 0.00
181_V 277_D 1.31 0.33 0.00
128_G 225_L 1.30 0.32 0.00
286_A 132_S 1.28 0.31 0.00
272_G 326_L 1.28 0.31 0.00
468_L 82_L 1.27 0.30 0.00
298_L 486_Q 1.27 0.30 0.00
146_V 367_V 1.27 0.30 0.00
345_G 460_T 1.26 0.30 0.00
215_P 477_L 1.26 0.29 0.00
110_E 364_V 1.25 0.29 0.00
73_G 56_D 1.25 0.29 0.00
258_A 318_I 1.25 0.29 0.00
189_A 458_I 1.24 0.28 0.00
459_I 219_N 1.24 0.28 0.00
185_S 35_R 1.23 0.28 0.00
388_G 449_V 1.22 0.27 0.00
469_F 54_L 1.22 0.27 0.00
370_A 419_N 1.22 0.27 0.00
373_R 41_W 1.21 0.27 0.00
392_L 396_A 1.21 0.27 0.00
96_L 158_P 1.21 0.27 0.00
204_F 183_A 1.21 0.27 0.00
82_T 282_P 1.20 0.26 0.00
416_A 337_P 1.20 0.26 0.00
230_I 230_R 1.20 0.26 0.00
251_G 292_V 1.20 0.26 0.00
338_G 461_A 1.19 0.26 0.00
156_V 275_I 1.19 0.26 0.00
99_V 463_D 1.19 0.26 0.00
226_A 296_V 1.19 0.26 0.00
273_C 167_N 1.18 0.25 0.00
276_V 233_I 1.18 0.25 0.00
117_V 225_L 1.17 0.25 0.00
176_I 443_A 1.17 0.25 0.00
243_V 364_V 1.17 0.25 0.00
400_A 451_D 1.17 0.25 0.00
205_A 322_L 1.16 0.24 0.00
299_P 63_P 1.16 0.24 0.00
175_V 112_Y 1.15 0.24 0.00
290_S 103_L 1.15 0.24 0.00
423_V 182_G 1.15 0.24 0.00
169_G 83_V 1.15 0.24 0.00
337_A 440_S 1.15 0.23 0.00
47_Q 40_G 1.15 0.23 0.00
208_V 278_A 1.15 0.23 0.00
340_L 175_T 1.14 0.23 0.00
203_A 270_L 1.14 0.23 0.00
220_A 398_L 1.14 0.23 0.00
31_S 113_V 1.13 0.23 0.00
370_A 109_S 1.13 0.23 0.00
369_G 74_G 1.13 0.23 0.00
99_V 122_V 1.13 0.23 0.00
254_V 212_V 1.12 0.22 0.00
393_L 146_I 1.12 0.22 0.00
239_R 319_S 1.12 0.22 0.00
295_R 487_F 1.12 0.22 0.00
145_L 446_M 1.12 0.22 0.00
333_G 198_G 1.11 0.22 0.00
459_I 492_A 1.11 0.22 0.00
362_I 329_T 1.11 0.22 0.00
151_S 496_G 1.11 0.22 0.00
149_G 35_R 1.11 0.21 0.00
454_L 112_Y 1.10 0.21 0.00
290_S 479_V 1.10 0.21 0.00
168_S 275_I 1.10 0.21 0.00
445_R 308_Y 1.10 0.21 0.00
26_E 109_S 1.09 0.21 0.00
444_R 34_T 1.09 0.21 0.00
263_L 107_S 1.09 0.21 0.00
177_A 71_V 1.09 0.21 0.00
219_L 295_V 1.09 0.21 0.00
72_I 458_I 1.09 0.21 0.00
190_T 225_L 1.09 0.21 0.00
294_A 273_P 1.09 0.21 0.00
246_A 432_Q 1.09 0.21 0.00
115_A 119_L 1.09 0.21 0.00
13_A 223_W 1.09 0.21 0.00
222_A 125_L 1.09 0.21 0.00
217_V 458_I 1.09 0.20 0.00
298_L 265_P 1.09 0.20 0.00
227_W 223_W 1.08 0.20 0.00
256_L 126_T 1.08 0.20 0.00
177_A 243_A 1.08 0.20 0.00
324_V 292_V 1.08 0.20 0.00
337_A 236_A 1.08 0.20 0.00
418_A 347_R 1.07 0.20 0.00
369_G 38_V 1.07 0.20 0.00
473_L 152_G 1.07 0.20 0.00
251_G 117_E 1.07 0.20 0.00
195_T 297_V 1.07 0.20 0.00
35_L 297_V 1.07 0.20 0.00
469_F 64_L 1.07 0.20 0.00
252_V 191_A 1.07 0.20 0.00
153_A 421_V 1.06 0.20 0.00
240_G 444_G 1.06 0.20 0.00
220_A 329_T 1.06 0.20 0.00
469_F 175_T 1.06 0.19 0.00
388_G 75_A 1.06 0.19 0.00
79_L 112_Y 1.06 0.19 0.00
111_D 428_G 1.06 0.19 0.00
395_V 271_T 1.06 0.19 0.00
123_R 225_L 1.06 0.19 0.00
120_S 55_H 1.06 0.19 0.00
474_D 95_G 1.05 0.19 0.00
288_Q 52_V 1.05 0.19 0.00
151_S 137_N 1.05 0.19 0.00
247_T 164_M 1.05 0.19 0.00
439_Y 321_V 1.05 0.19 0.00
332_T 52_V 1.05 0.19 0.00
296_F 123_L 1.05 0.19 0.00
458_L 225_L 1.05 0.19 0.00
67_L 56_D 1.05 0.19 0.00
302_P 63_P 1.05 0.19 0.00
462_M 122_V 1.04 0.19 0.00
337_A 145_E 1.04 0.19 0.00
349_L 430_F 1.04 0.19 0.00
280_L 92_R 1.04 0.19 0.00
283_T 295_V 1.04 0.18 0.00
470_S 281_A 1.04 0.18 0.00
188_L 91_F 1.04 0.18 0.00
423_V 255_P 1.04 0.18 0.00
172_L 243_A 1.04 0.18 0.00
458_L 240_V 1.03 0.18 0.00
323_R 428_G 1.03 0.18 0.00
418_A 274_V 1.03 0.18 0.00
98_A 146_I 1.03 0.18 0.00
244_F 340_L 1.03 0.18 0.00
366_A 307_Y 1.03 0.18 0.00
459_I 78_L 1.03 0.18 0.00
440_S 219_N 1.03 0.18 0.00
393_L 318_I 1.03 0.18 0.00
175_V 439_G 1.02 0.18 0.00
83_L 480_P 1.02 0.18 0.00
141_I 249_Q 1.02 0.18 0.00
208_V 106_R 1.02 0.18 0.00
468_L 269_A 1.02 0.18 0.00
444_R 31_G 1.02 0.18 0.00
80_D 81_G 1.02 0.18 0.00
27_M 146_I 1.02 0.18 0.00
146_V 83_V 1.02 0.18 0.00
67_L 54_L 1.02 0.18 0.00
112_I 33_V 1.02 0.17 0.00
379_S 430_F 1.02 0.17 0.00
275_L 393_L 1.01 0.17 0.00
373_R 51_G 1.01 0.17 0.00
248_A 53_A 1.01 0.17 0.00
263_L 242_D 1.01 0.17 0.00
244_F 85_C 1.01 0.17 0.00
290_S 451_D 1.01 0.17 0.00
396_A 223_W 1.01 0.17 0.00
149_G 380_T 1.01 0.17 0.00
204_F 242_D 1.01 0.17 0.00
39_L 88_F 1.01 0.17 0.00
390_S 212_V 1.01 0.17 0.00
364_V 439_G 1.00 0.17 0.00
65_V 75_A 1.00 0.17 0.00
468_L 450_S 1.00 0.17 0.00
420_L 225_L 1.00 0.17 0.00
302_P 56_D 1.00 0.17 0.00
377_W 309_A 1.00 0.17 0.00
365_A 118_Q 1.00 0.17 0.00
415_A 38_V 1.00 0.17 0.00
109_V 399_P 1.00 0.17 0.00
178_A 450_S 1.00 0.17 0.00
347_V 307_Y 1.00 0.17 0.00
425_I 390_L 0.99 0.17 0.00
375_R 224_L 0.99 0.17 0.00
127_W 451_D 0.99 0.17 0.00
289_L 318_I 0.99 0.17 0.00
72_I 155_L 0.99 0.17 0.00
431_P 331_S 0.99 0.17 0.00
121_E 126_T 0.99 0.17 0.00
302_P 230_R 0.99 0.17 0.00
163_G 35_R 0.99 0.17 0.00
193_A 446_M 0.99 0.17 0.00
103_P 46_R 0.99 0.17 0.00
339_V 307_Y 0.99 0.17 0.00
47_Q 122_V 0.99 0.17 0.00
196_A 91_F 0.99 0.17 0.00
191_S 77_I 0.99 0.17 0.00
87_G 212_V 0.99 0.17 0.00
281_I 126_T 0.99 0.17 0.00
143_L 275_I 0.99 0.16 0.00
113_A 275_I 0.99 0.16 0.00
362_I 415_G 0.98 0.16 0.00
458_L 326_L 0.98 0.16 0.00
401_F 289_P 0.98 0.16 0.00
168_S 391_S 0.98 0.16 0.00
284_V 452_T 0.98 0.16 0.00
39_L 119_L 0.98 0.16 0.00
84_D 270_L 0.98 0.16 0.00
373_R 67_Q 0.98 0.16 0.00
175_V 313_D 0.98 0.16 0.00
252_V 407_V 0.98 0.16 0.00
409_A 212_V 0.98 0.16 0.00
340_L 150_P 0.98 0.16 0.00
107_R 273_P 0.98 0.16 0.00
35_L 34_T 0.98 0.16 0.00
368_A 168_A 0.98 0.16 0.00
114_D 428_G 0.97 0.16 0.00
149_G 107_S 0.97 0.16 0.00
448_G 324_A 0.97 0.16 0.00
277_L 77_I 0.97 0.16 0.00
67_L 487_F 0.97 0.16 0.00
276_V 499_L 0.97 0.16 0.00
129_P 91_F 0.97 0.16 0.00
220_A 309_A 0.97 0.16 0.00
127_W 428_G 0.97 0.16 0.00
457_S 478_P 0.97 0.16 0.00
229_L 91_F 0.97 0.16 0.00
332_T 224_L 0.97 0.16 0.00
344_A 486_Q 0.97 0.16 0.00
282_V 140_M 0.97 0.16 0.00
151_S 155_L 0.97 0.16 0.00
359_A 37_Q 0.97 0.16 0.00
459_I 261_F 0.96 0.16 0.00
36_R 40_G 0.96 0.15 0.00
391_Y 112_Y 0.96 0.15 0.00
247_T 106_R 0.96 0.15 0.00
333_G 46_R 0.96 0.15 0.00
468_L 209_A 0.96 0.15 0.00
374_A 497_D 0.96 0.15 0.00
208_V 446_M 0.96 0.15 0.00
458_L 122_V 0.96 0.15 0.00
341_L 83_V 0.96 0.15 0.00
163_G 342_P 0.96 0.15 0.00
474_D 220_P 0.96 0.15 0.00
229_L 307_Y 0.96 0.15 0.00
201_A 104_A 0.96 0.15 0.00
306_D 225_L 0.96 0.15 0.00
185_S 425_P 0.96 0.15 0.00
250_T 380_T 0.96 0.15 0.00
106_P 74_G 0.96 0.15 0.00
282_V 432_Q 0.96 0.15 0.00
334_V 342_P 0.96 0.15 0.00
347_V 375_T 0.95 0.15 0.00
40_P 261_F 0.95 0.15 0.00
454_L 289_P 0.95 0.15 0.00
145_L 244_L 0.95 0.15 0.00
193_A 309_A 0.95 0.15 0.00
83_L 316_Q 0.95 0.15 0.00
170_I 118_Q 0.95 0.15 0.00
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290_S 90_L 0.84 0.12 0.00
374_A 148_K 0.84 0.12 0.00
301_I 61_V 0.84 0.12 0.00
390_S 223_W 0.84 0.12 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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