May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
etf_chain
Genes: A B A+B
Length: 255 617 793
Sequences: 2620 1009 254
Seq/Len: 10.27 1.64 0.32
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.82
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.01 0.15
2 0.01 0.01 0.23
5 0.01 0.01 0.27
10 0.01 0.01 0.28
20 0.01 0.01 0.29
100 0.03 0.01 0.35
∞ 0.08 0.02 0.60
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
211_P 278_L 1.58 0.49 0.00
180_V 572_E 1.46 0.40 0.00
238_K 100_V 1.43 0.39 0.00
68_P 278_L 1.43 0.38 0.00
50_V 202_E 1.43 0.38 0.00
62_I 259_K 1.38 0.36 0.00
194_T 604_V 1.32 0.32 0.00
81_M 119_L 1.32 0.32 0.00
176_K 174_V 1.30 0.31 0.00
81_M 368_E 1.29 0.30 0.00
192_Y 65_F 1.25 0.28 0.00
173_L 161_L 1.19 0.25 0.00
171_E 484_W 1.19 0.24 0.00
122_L 378_T 1.14 0.22 0.00
192_Y 610_G 1.14 0.22 0.00
171_E 223_K 1.13 0.22 0.00
71_C 232_E 1.13 0.22 0.00
74_T 85_V 1.13 0.21 0.00
210_K 158_V 1.12 0.21 0.00
129_D 468_M 1.12 0.21 0.00
171_E 474_F 1.11 0.21 0.00
119_L 259_K 1.11 0.21 0.00
75_I 273_I 1.11 0.21 0.00
71_C 203_V 1.08 0.20 0.00
79_L 256_L 1.08 0.20 0.00
247_A 499_A 1.07 0.19 0.00
9_A 340_F 1.07 0.19 0.00
71_C 90_L 1.06 0.19 0.00
16_Y 193_E 1.06 0.19 0.00
166_I 148_G 1.06 0.18 0.00
112_A 205_F 1.05 0.18 0.00
63_A 79_A 1.04 0.18 0.00
14_I 121_P 1.04 0.18 0.00
61_V 571_V 1.04 0.18 0.00
192_Y 530_E 1.04 0.18 0.00
86_G 383_L 1.04 0.18 0.00
208_V 373_S 1.02 0.17 0.00
52_L 319_V 1.02 0.17 0.00
22_V 387_C 1.02 0.17 0.00
10_V 235_L 1.01 0.17 0.00
31_T 526_G 1.01 0.17 0.00
62_I 177_G 1.01 0.17 0.00
237_V 97_D 1.00 0.16 0.00
166_I 348_S 1.00 0.16 0.00
31_T 484_W 1.00 0.16 0.00
30_V 357_K 1.00 0.16 0.00
63_A 514_I 0.99 0.16 0.00
171_E 413_S 0.99 0.16 0.00
192_Y 527_T 0.99 0.16 0.00
213_D 204_L 0.99 0.16 0.00
247_A 295_V 0.99 0.16 0.00
32_D 321_L 0.99 0.16 0.00
65_S 63_E 0.98 0.15 0.00
118_D 486_L 0.98 0.15 0.00
68_P 221_I 0.97 0.15 0.00
50_V 273_I 0.97 0.15 0.00
92_P 587_V 0.97 0.15 0.00
110_K 195_Y 0.97 0.15 0.00
225_I 195_Y 0.97 0.15 0.00
194_T 144_E 0.97 0.15 0.00
227_V 526_G 0.96 0.15 0.00
100_G 474_F 0.96 0.15 0.00
155_L 313_N 0.96 0.15 0.00
216_V 82_S 0.96 0.15 0.00
20_I 167_N 0.96 0.15 0.00
101_P 384_L 0.95 0.14 0.00
247_A 202_E 0.95 0.14 0.00
153_V 579_L 0.95 0.14 0.00
203_K 148_G 0.95 0.14 0.00
180_V 568_F 0.95 0.14 0.00
254_R 444_V 0.94 0.14 0.00
46_V 208_D 0.94 0.14 0.00
131_C 368_E 0.94 0.14 0.00
192_Y 525_S 0.94 0.14 0.00
14_I 239_A 0.94 0.14 0.00
194_T 444_V 0.94 0.14 0.00
228_E 413_S 0.94 0.14 0.00
237_V 519_L 0.93 0.14 0.00
42_C 103_V 0.93 0.14 0.00
87_I 572_E 0.93 0.14 0.00
114_K 90_L 0.93 0.14 0.00
89_V 414_I 0.93 0.14 0.00
224_V 223_K 0.93 0.14 0.00
193_A 119_L 0.93 0.14 0.00
37_S 435_Y 0.93 0.14 0.00
238_K 88_K 0.93 0.14 0.00
57_L 414_I 0.92 0.14 0.00
63_A 179_L 0.92 0.14 0.00
180_V 107_A 0.92 0.14 0.00
68_P 349_I 0.92 0.14 0.00
42_C 368_E 0.92 0.13 0.00
112_A 554_D 0.92 0.13 0.00
171_E 151_T 0.91 0.13 0.00
100_G 257_Y 0.91 0.13 0.00
152_Q 388_S 0.91 0.13 0.00
37_S 88_K 0.90 0.13 0.00
221_K 324_V 0.90 0.13 0.00
73_E 251_H 0.90 0.13 0.00
74_T 391_F 0.90 0.13 0.00
203_K 232_E 0.90 0.13 0.00
247_A 359_I 0.90 0.13 0.00
254_R 447_E 0.90 0.13 0.00
206_I 587_V 0.90 0.13 0.00
62_I 256_L 0.90 0.13 0.00
79_L 462_L 0.90 0.13 0.00
226_S 432_V 0.90 0.13 0.00
111_L 73_I 0.90 0.13 0.00
88_H 400_T 0.90 0.13 0.00
238_K 243_I 0.89 0.13 0.00
159_K 273_I 0.89 0.13 0.00
42_C 326_G 0.89 0.13 0.00
89_V 501_D 0.89 0.13 0.00
100_G 579_L 0.89 0.13 0.00
66_C 180_V 0.89 0.12 0.00
122_L 245_A 0.89 0.12 0.00
254_R 325_V 0.89 0.12 0.00
42_C 463_G 0.89 0.12 0.00
101_P 280_V 0.89 0.12 0.00
38_M 354_E 0.89 0.12 0.00
129_D 326_G 0.88 0.12 0.00
139_A 239_A 0.88 0.12 0.00
126_A 470_Y 0.88 0.12 0.00
37_S 337_F 0.88 0.12 0.00
210_K 85_V 0.88 0.12 0.00
114_K 214_I 0.88 0.12 0.00
92_P 360_A 0.87 0.12 0.00
121_L 214_I 0.87 0.12 0.00
193_A 404_M 0.87 0.12 0.00
126_A 95_E 0.87 0.12 0.00
144_W 280_V 0.86 0.12 0.00
114_K 359_I 0.86 0.12 0.00
110_K 174_V 0.86 0.12 0.00
193_A 602_N 0.86 0.12 0.00
30_V 69_A 0.86 0.12 0.00
28_G 97_D 0.86 0.12 0.00
175_L 143_T 0.86 0.12 0.00
62_I 238_H 0.86 0.12 0.00
90_E 604_V 0.86 0.12 0.00
197_N 373_S 0.86 0.12 0.00
237_V 161_L 0.86 0.12 0.00
116_K 194_V 0.86 0.12 0.00
103_Q 387_C 0.86 0.12 0.00
14_I 307_S 0.85 0.12 0.00
129_D 387_C 0.85 0.12 0.00
42_C 270_T 0.85 0.12 0.00
68_P 444_V 0.85 0.12 0.00
25_D 385_I 0.85 0.12 0.00
244_D 155_R 0.85 0.12 0.00
71_C 94_H 0.85 0.11 0.00
131_C 391_F 0.85 0.11 0.00
31_T 120_D 0.85 0.11 0.00
28_G 304_Y 0.85 0.11 0.00
52_L 309_L 0.85 0.11 0.00
173_L 265_N 0.85 0.11 0.00
243_E 604_V 0.85 0.11 0.00
63_A 330_Q 0.85 0.11 0.00
135_G 320_A 0.84 0.11 0.00
109_A 325_V 0.84 0.11 0.00
111_L 351_P 0.84 0.11 0.00
89_V 554_D 0.84 0.11 0.00
240_E 513_Q 0.84 0.11 0.00
31_T 557_E 0.84 0.11 0.00
174_R 428_I 0.84 0.11 0.00
131_C 324_V 0.84 0.11 0.00
135_G 217_N 0.84 0.11 0.00
194_T 201_A 0.84 0.11 0.00
109_A 195_Y 0.84 0.11 0.00
27_T 348_S 0.84 0.11 0.00
234_T 421_E 0.84 0.11 0.00
31_T 435_Y 0.84 0.11 0.00
126_A 300_D 0.84 0.11 0.00
202_K 145_D 0.83 0.11 0.00
91_V 278_L 0.83 0.11 0.00
203_K 499_A 0.83 0.11 0.00
100_G 284_K 0.83 0.11 0.00
193_A 254_K 0.83 0.11 0.00
109_A 315_G 0.83 0.11 0.00
153_V 166_M 0.83 0.11 0.00
223_S 543_S 0.83 0.11 0.00
86_G 235_L 0.83 0.11 0.00
174_R 179_L 0.83 0.11 0.00
235_A 158_V 0.83 0.11 0.00
42_C 467_G 0.83 0.11 0.00
208_V 281_I 0.83 0.11 0.00
42_C 391_F 0.83 0.11 0.00
145_P 82_S 0.83 0.11 0.00
126_A 152_E 0.83 0.11 0.00
232_Q 325_V 0.83 0.11 0.00
244_D 524_L 0.82 0.11 0.00
142_L 328_D 0.82 0.11 0.00
10_V 583_A 0.82 0.11 0.00
62_I 240_K 0.82 0.11 0.00
207_E 523_A 0.82 0.11 0.00
250_K 318_L 0.82 0.11 0.00
111_L 203_V 0.82 0.10 0.00
244_D 420_S 0.82 0.10 0.00
121_L 519_L 0.82 0.10 0.00
22_V 357_K 0.81 0.10 0.00
121_L 231_F 0.81 0.10 0.00
134_T 267_E 0.81 0.10 0.00
121_L 615_N 0.81 0.10 0.00
226_S 575_D 0.81 0.10 0.00
9_A 308_F 0.81 0.10 0.00
69_A 79_A 0.81 0.10 0.00
100_G 436_E 0.81 0.10 0.00
111_L 321_L 0.81 0.10 0.00
86_G 153_K 0.81 0.10 0.00
77_T 93_A 0.81 0.10 0.00
10_V 433_T 0.81 0.10 0.00
174_R 415_F 0.81 0.10 0.00
142_L 146_R 0.81 0.10 0.00
220_S 436_E 0.81 0.10 0.00
77_T 206_H 0.81 0.10 0.00
206_I 265_N 0.80 0.10 0.00
103_Q 294_T 0.80 0.10 0.00
134_T 605_V 0.80 0.10 0.00
182_T 483_P 0.80 0.10 0.00
135_G 377_L 0.80 0.10 0.00
88_H 474_F 0.80 0.10 0.00
221_K 372_Q 0.80 0.10 0.00
112_A 173_I 0.80 0.10 0.00
17_A 549_N 0.80 0.10 0.00
251_E 184_G 0.80 0.10 0.00
101_P 97_D 0.80 0.10 0.00
166_I 109_I 0.80 0.10 0.00
153_V 125_K 0.80 0.10 0.00
244_D 350_R 0.80 0.10 0.00
10_V 221_I 0.80 0.10 0.00
225_I 258_K 0.80 0.10 0.00
250_K 616_G 0.80 0.10 0.00
240_E 366_L 0.80 0.10 0.00
111_L 227_P 0.80 0.10 0.00
244_D 82_S 0.80 0.10 0.00
77_T 232_E 0.79 0.10 0.00
17_A 526_G 0.79 0.10 0.00
17_A 217_N 0.79 0.10 0.00
20_I 583_A 0.79 0.10 0.00
240_E 490_G 0.79 0.10 0.00
27_T 373_S 0.79 0.10 0.00
111_L 538_T 0.79 0.10 0.00
228_E 98_I 0.79 0.10 0.00
229_D 413_S 0.79 0.10 0.00
147_G 526_G 0.79 0.10 0.00
122_L 90_L 0.79 0.10 0.00
181_V 155_R 0.79 0.10 0.00
194_T 69_A 0.79 0.10 0.00
103_Q 118_C 0.79 0.10 0.00
145_P 244_F 0.79 0.10 0.00
222_L 324_V 0.79 0.10 0.00
48_E 208_D 0.79 0.10 0.00
74_T 368_E 0.78 0.10 0.00
238_K 221_I 0.78 0.10 0.00
103_Q 551_S 0.78 0.10 0.00
61_V 174_V 0.78 0.10 0.00
229_D 366_L 0.78 0.10 0.00
212_G 500_K 0.78 0.10 0.00
175_L 526_G 0.78 0.10 0.00
107_V 473_I 0.78 0.10 0.00
32_D 202_E 0.78 0.10 0.00
6_V 489_K 0.78 0.10 0.00
121_L 102_L 0.78 0.10 0.00
31_T 474_F 0.78 0.10 0.00
229_D 209_G 0.78 0.10 0.00
27_T 413_S 0.78 0.10 0.00
166_I 352_T 0.78 0.10 0.00
104_V 444_V 0.78 0.10 0.00
207_E 540_R 0.78 0.10 0.00
202_K 376_K 0.78 0.10 0.00
53_K 229_A 0.77 0.10 0.00
234_T 202_E 0.77 0.10 0.00
22_V 280_V 0.77 0.10 0.00
253_G 72_V 0.77 0.10 0.00
193_A 69_A 0.77 0.09 0.00
250_K 178_H 0.77 0.09 0.00
221_K 477_I 0.77 0.09 0.00
119_L 374_I 0.77 0.09 0.00
203_K 538_T 0.77 0.09 0.00
246_V 430_L 0.77 0.09 0.00
104_V 587_V 0.77 0.09 0.00
241_T 459_H 0.77 0.09 0.00
194_T 119_L 0.77 0.09 0.00
107_V 195_Y 0.77 0.09 0.00
31_T 396_K 0.77 0.09 0.00
87_I 93_A 0.77 0.09 0.00
149_F 299_L 0.77 0.09 0.00
118_D 575_D 0.77 0.09 0.00
31_T 471_T 0.77 0.09 0.00
143_D 194_V 0.76 0.09 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.0686 seconds.