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OPENSEQ.org
dltb-dltd_bs
Genes: A B A+B
Length: 395 392 702
Sequences: 2068 295 247
Seq/Len: 5.24 0.75 0.35
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.92
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.00 0.03
2 0.02 0.00 0.30
5 0.03 0.01 0.31
10 0.03 0.01 0.31
20 0.04 0.01 0.31
100 0.06 0.02 0.31
∞ 0.11 0.05 0.32
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
116_I 133_K 1.75 0.63 0.00
116_I 292_Y 1.70 0.59 0.00
46_F 295_F 1.63 0.55 0.00
156_F 121_K 1.62 0.54 0.00
374_I 285_S 1.53 0.48 0.00
205_G 99_G 1.46 0.43 0.00
127_K 121_K 1.42 0.40 0.00
176_K 169_K 1.38 0.38 0.00
385_I 310_M 1.30 0.33 0.00
321_F 36_V 1.29 0.32 0.00
132_I 251_G 1.27 0.31 0.00
160_S 149_Q 1.26 0.30 0.00
230_Y 125_I 1.24 0.29 0.00
385_I 121_K 1.23 0.28 0.00
374_I 262_I 1.22 0.28 0.00
250_V 251_G 1.21 0.27 0.00
190_G 334_Y 1.20 0.27 0.00
179_T 245_K 1.19 0.26 0.00
204_I 141_F 1.18 0.26 0.00
205_G 308_E 1.18 0.26 0.00
258_I 303_K 1.17 0.25 0.00
384_Y 168_M 1.17 0.25 0.00
85_G 292_Y 1.17 0.25 0.00
343_V 119_G 1.16 0.25 0.00
51_H 352_F 1.16 0.25 0.00
210_T 380_I 1.16 0.24 0.00
142_E 115_D 1.15 0.24 0.00
183_Y 102_Q 1.14 0.24 0.00
187_L 90_G 1.14 0.24 0.00
76_K 332_T 1.14 0.24 0.00
59_F 83_Y 1.14 0.23 0.00
151_Y 48_F 1.14 0.23 0.00
374_I 156_N 1.14 0.23 0.00
117_S 239_S 1.13 0.23 0.00
91_I 352_F 1.13 0.23 0.00
79_S 158_Q 1.12 0.23 0.00
342_A 307_A 1.12 0.23 0.00
140_L 58_L 1.11 0.22 0.00
315_I 197_K 1.11 0.22 0.00
320_L 295_F 1.10 0.21 0.00
66_L 282_K 1.10 0.21 0.00
335_I 260_F 1.09 0.21 0.00
283_S 119_G 1.09 0.21 0.00
132_I 322_D 1.08 0.21 0.00
380_C 73_S 1.08 0.21 0.00
255_I 306_G 1.08 0.20 0.00
313_S 122_I 1.07 0.20 0.00
343_V 202_K 1.07 0.20 0.00
342_A 36_V 1.06 0.20 0.00
203_I 355_H 1.06 0.20 0.00
227_N 165_K 1.05 0.20 0.00
340_Y 356_E 1.05 0.19 0.00
231_M 149_Q 1.05 0.19 0.00
319_L 62_T 1.05 0.19 0.00
79_S 201_L 1.05 0.19 0.00
313_S 331_R 1.05 0.19 0.00
374_I 374_V 1.05 0.19 0.00
59_F 49_Q 1.04 0.19 0.00
180_K 94_Y 1.04 0.19 0.00
322_M 264_N 1.04 0.19 0.00
380_C 224_S 1.04 0.19 0.00
296_F 310_M 1.03 0.18 0.00
313_S 165_K 1.03 0.18 0.00
292_V 208_Y 1.03 0.18 0.00
270_S 308_E 1.02 0.18 0.00
303_K 177_V 1.02 0.18 0.00
116_I 280_K 1.02 0.18 0.00
88_I 312_V 1.02 0.18 0.00
339_L 360_Y 1.02 0.18 0.00
168_R 123_V 1.01 0.18 0.00
339_L 133_K 1.01 0.18 0.00
292_V 119_G 1.01 0.17 0.00
266_K 217_L 1.01 0.17 0.00
58_L 252_K 1.01 0.17 0.00
373_V 119_G 1.00 0.17 0.00
308_N 48_F 1.00 0.17 0.00
330_L 336_K 1.00 0.17 0.00
195_F 216_D 1.00 0.17 0.00
348_Y 307_A 1.00 0.17 0.00
347_C 261_H 0.99 0.17 0.00
347_C 119_G 0.99 0.17 0.00
186_L 307_A 0.99 0.17 0.00
346_T 157_D 0.99 0.17 0.00
195_F 183_L 0.99 0.17 0.00
293_F 79_H 0.99 0.17 0.00
211_Y 125_I 0.99 0.17 0.00
141_K 133_K 0.99 0.17 0.00
251_G 334_Y 0.99 0.17 0.00
151_Y 331_R 0.99 0.17 0.00
297_V 98_K 0.98 0.17 0.00
312_V 353_S 0.98 0.17 0.00
363_S 174_F 0.98 0.17 0.00
127_K 295_F 0.98 0.16 0.00
365_R 64_L 0.98 0.16 0.00
92_L 316_V 0.98 0.16 0.00
78_N 100_G 0.97 0.16 0.00
336_I 303_K 0.97 0.16 0.00
347_C 252_K 0.97 0.16 0.00
190_G 102_Q 0.97 0.16 0.00
269_I 352_F 0.97 0.16 0.00
61_I 359_P 0.97 0.16 0.00
251_G 295_F 0.97 0.16 0.00
306_I 267_Y 0.97 0.16 0.00
144_L 109_N 0.96 0.16 0.00
172_K 101_S 0.96 0.16 0.00
374_I 268_K 0.96 0.16 0.00
318_F 157_D 0.96 0.16 0.00
89_A 117_L 0.96 0.16 0.00
358_Y 153_L 0.96 0.16 0.00
54_I 241_S 0.96 0.16 0.00
203_I 120_K 0.96 0.16 0.00
283_S 186_L 0.96 0.16 0.00
314_N 334_Y 0.95 0.15 0.00
173_D 279_G 0.95 0.15 0.00
128_G 268_K 0.95 0.15 0.00
308_N 228_K 0.95 0.15 0.00
317_Y 347_F 0.95 0.15 0.00
160_S 126_V 0.95 0.15 0.00
251_G 368_I 0.95 0.15 0.00
306_I 254_H 0.95 0.15 0.00
342_A 43_L 0.94 0.15 0.00
250_V 165_K 0.94 0.15 0.00
385_I 249_Q 0.94 0.15 0.00
272_N 148_L 0.94 0.15 0.00
357_K 32_T 0.94 0.15 0.00
291_Y 154_A 0.94 0.15 0.00
383_F 202_K 0.94 0.15 0.00
275_D 285_S 0.94 0.15 0.00
347_C 64_L 0.94 0.15 0.00
256_M 124_F 0.94 0.15 0.00
55_A 124_F 0.94 0.15 0.00
79_S 279_G 0.94 0.15 0.00
373_V 327_P 0.94 0.15 0.00
314_N 295_F 0.93 0.15 0.00
99_I 282_K 0.93 0.15 0.00
191_I 138_E 0.93 0.15 0.00
260_S 297_M 0.93 0.15 0.00
210_T 147_A 0.93 0.15 0.00
99_I 232_S 0.93 0.14 0.00
269_I 217_L 0.93 0.14 0.00
311_A 310_M 0.93 0.14 0.00
69_G 249_Q 0.93 0.14 0.00
83_F 365_T 0.93 0.14 0.00
316_G 331_R 0.93 0.14 0.00
84_C 292_Y 0.93 0.14 0.00
154_L 277_L 0.93 0.14 0.00
250_V 136_S 0.93 0.14 0.00
183_Y 53_L 0.93 0.14 0.00
252_V 133_K 0.92 0.14 0.00
207_A 64_L 0.92 0.14 0.00
370_L 158_Q 0.92 0.14 0.00
58_L 332_T 0.92 0.14 0.00
127_K 318_G 0.92 0.14 0.00
233_G 336_K 0.92 0.14 0.00
254_Y 94_Y 0.92 0.14 0.00
193_K 134_R 0.92 0.14 0.00
46_F 47_M 0.92 0.14 0.00
222_N 357_Y 0.92 0.14 0.00
49_D 241_S 0.91 0.14 0.00
378_F 138_E 0.91 0.14 0.00
75_Q 118_K 0.91 0.14 0.00
235_S 73_S 0.91 0.14 0.00
256_M 365_T 0.91 0.14 0.00
367_T 216_D 0.91 0.14 0.00
316_G 309_P 0.91 0.14 0.00
194_I 206_K 0.91 0.14 0.00
172_K 386_T 0.91 0.14 0.00
210_T 237_D 0.91 0.14 0.00
89_A 312_V 0.91 0.14 0.00
283_S 379_A 0.90 0.14 0.00
255_I 221_T 0.90 0.14 0.00
275_D 326_F 0.90 0.14 0.00
361_L 349_V 0.90 0.14 0.00
385_I 136_S 0.90 0.14 0.00
161_S 80_P 0.90 0.14 0.00
319_L 53_L 0.90 0.14 0.00
61_I 228_K 0.90 0.14 0.00
250_V 280_K 0.90 0.14 0.00
384_Y 154_A 0.90 0.13 0.00
199_L 178_Q 0.89 0.13 0.00
302_K 146_S 0.89 0.13 0.00
364_N 141_F 0.89 0.13 0.00
182_E 249_Q 0.89 0.13 0.00
133_M 47_M 0.89 0.13 0.00
196_I 309_P 0.89 0.13 0.00
142_E 308_E 0.89 0.13 0.00
345_M 43_L 0.89 0.13 0.00
61_I 325_G 0.89 0.13 0.00
168_R 106_H 0.89 0.13 0.00
238_L 373_W 0.89 0.13 0.00
217_P 272_P 0.89 0.13 0.00
348_Y 138_E 0.89 0.13 0.00
142_E 249_Q 0.89 0.13 0.00
177_A 239_S 0.89 0.13 0.00
54_I 278_K 0.89 0.13 0.00
88_I 133_K 0.89 0.13 0.00
55_A 218_Y 0.89 0.13 0.00
45_I 112_A 0.88 0.13 0.00
394_H 268_K 0.88 0.13 0.00
321_F 174_F 0.88 0.13 0.00
114_N 334_Y 0.88 0.13 0.00
99_I 253_R 0.88 0.13 0.00
130_Q 112_A 0.88 0.13 0.00
297_V 136_S 0.88 0.13 0.00
316_G 41_T 0.88 0.13 0.00
96_L 191_V 0.88 0.13 0.00
140_L 43_L 0.88 0.13 0.00
151_Y 334_Y 0.88 0.13 0.00
180_K 180_D 0.88 0.13 0.00
332_P 234_S 0.87 0.13 0.00
228_L 329_K 0.87 0.13 0.00
254_Y 263_D 0.87 0.13 0.00
72_A 249_Q 0.87 0.13 0.00
275_D 195_T 0.87 0.13 0.00
353_K 168_M 0.87 0.13 0.00
339_L 213_E 0.87 0.13 0.00
313_S 160_D 0.87 0.13 0.00
63_Q 149_Q 0.87 0.13 0.00
296_F 107_S 0.87 0.13 0.00
247_M 133_K 0.87 0.13 0.00
129_V 81_S 0.87 0.12 0.00
65_L 270_L 0.87 0.12 0.00
139_L 380_I 0.87 0.12 0.00
321_F 307_A 0.87 0.12 0.00
170_F 130_W 0.87 0.12 0.00
278_N 370_W 0.86 0.12 0.00
248_F 94_Y 0.86 0.12 0.00
127_K 101_S 0.86 0.12 0.00
316_G 251_G 0.86 0.12 0.00
75_Q 119_G 0.86 0.12 0.00
70_Y 100_G 0.86 0.12 0.00
46_F 95_L 0.86 0.12 0.00
131_L 301_I 0.86 0.12 0.00
150_L 136_S 0.86 0.12 0.00
308_N 241_S 0.86 0.12 0.00
316_G 107_S 0.86 0.12 0.00
223_K 283_G 0.86 0.12 0.00
226_G 201_L 0.86 0.12 0.00
367_T 141_F 0.86 0.12 0.00
305_W 187_Y 0.86 0.12 0.00
221_H 318_G 0.86 0.12 0.00
348_Y 302_L 0.86 0.12 0.00
308_N 109_N 0.86 0.12 0.00
293_F 140_H 0.86 0.12 0.00
256_M 348_Q 0.86 0.12 0.00
363_S 147_A 0.85 0.12 0.00
96_L 152_D 0.85 0.12 0.00
330_L 253_R 0.85 0.12 0.00
66_L 223_E 0.85 0.12 0.00
342_A 67_Y 0.85 0.12 0.00
205_G 381_D 0.85 0.12 0.00
283_S 195_T 0.85 0.12 0.00
311_A 267_Y 0.85 0.12 0.00
191_I 133_K 0.85 0.12 0.00
383_F 141_F 0.85 0.12 0.00
145_P 256_G 0.85 0.12 0.00
87_V 103_S 0.85 0.12 0.00
116_I 213_E 0.85 0.12 0.00
342_A 251_G 0.85 0.12 0.00
332_P 235_V 0.85 0.12 0.00
313_S 316_V 0.85 0.12 0.00
201_K 135_G 0.85 0.12 0.00
283_S 182_I 0.85 0.12 0.00
283_S 192_N 0.84 0.12 0.00
355_N 54_Q 0.84 0.12 0.00
234_Y 146_S 0.84 0.12 0.00
168_R 212_L 0.84 0.12 0.00
194_I 251_G 0.84 0.12 0.00
296_F 303_K 0.84 0.12 0.00
344_L 112_A 0.84 0.12 0.00
275_D 61_P 0.84 0.12 0.00
309_R 361_F 0.84 0.12 0.00
392_H 186_L 0.84 0.12 0.00
323_L 155_F 0.84 0.12 0.00
179_T 300_D 0.84 0.12 0.00
237_Y 72_L 0.84 0.12 0.00
331_A 324_T 0.84 0.12 0.00
312_V 374_V 0.83 0.12 0.00
175_Q 279_G 0.83 0.12 0.00
172_K 279_G 0.83 0.12 0.00
272_N 295_F 0.83 0.12 0.00
134_E 129_Q 0.83 0.11 0.00
283_S 176_A 0.83 0.11 0.00
211_Y 374_V 0.83 0.11 0.00
298_F 63_Y 0.83 0.11 0.00
293_F 324_T 0.83 0.11 0.00
362_P 330_G 0.83 0.11 0.00
275_D 163_I 0.83 0.11 0.00
345_M 78_F 0.83 0.11 0.00
370_L 34_K 0.83 0.11 0.00
65_L 352_F 0.82 0.11 0.00
204_I 167_M 0.82 0.11 0.00
180_K 313_T 0.82 0.11 0.00
117_S 236_K 0.82 0.11 0.00
288_F 216_D 0.82 0.11 0.00
129_V 117_L 0.82 0.11 0.00
81_F 197_K 0.82 0.11 0.00
269_I 270_L 0.82 0.11 0.00
66_L 271_K 0.82 0.11 0.00
67_I 113_H 0.82 0.11 0.00
168_R 102_Q 0.82 0.11 0.00
181_E 62_T 0.82 0.11 0.00
273_I 121_K 0.82 0.11 0.00
153_I 196_W 0.82 0.11 0.00
154_L 141_F 0.82 0.11 0.00
127_K 55_D 0.82 0.11 0.00
320_L 309_P 0.82 0.11 0.00
391_F 308_E 0.82 0.11 0.00
138_G 123_V 0.82 0.11 0.00
65_L 292_Y 0.82 0.11 0.00
95_F 241_S 0.82 0.11 0.00
142_E 173_R 0.82 0.11 0.00
204_I 270_L 0.81 0.11 0.00
236_M 182_I 0.81 0.11 0.00
62_W 259_D 0.81 0.11 0.00
194_I 359_P 0.81 0.11 0.00
293_F 94_Y 0.81 0.11 0.00
339_L 275_P 0.81 0.11 0.00
59_F 261_H 0.81 0.11 0.00
283_S 118_K 0.81 0.11 0.00
365_R 38_E 0.81 0.11 0.00
65_L 279_G 0.81 0.11 0.00
213_I 380_I 0.81 0.11 0.00
315_I 115_D 0.81 0.11 0.00
250_V 354_G 0.81 0.11 0.00
58_L 248_D 0.81 0.11 0.00
212_F 312_V 0.81 0.11 0.00
228_L 113_H 0.81 0.11 0.00
377_H 350_A 0.81 0.11 0.00
313_S 335_Y 0.81 0.11 0.00
116_I 98_K 0.80 0.11 0.00
330_L 232_S 0.80 0.11 0.00
199_L 177_V 0.80 0.11 0.00
204_I 265_P 0.80 0.11 0.00
85_G 257_S 0.80 0.11 0.00
228_L 308_E 0.80 0.11 0.00
151_Y 316_V 0.80 0.11 0.00
258_I 335_Y 0.80 0.11 0.00
278_N 311_F 0.80 0.11 0.00
236_M 63_Y 0.80 0.11 0.00
349_N 234_S 0.80 0.11 0.00
97_S 309_P 0.80 0.11 0.00
236_M 201_L 0.80 0.10 0.00
340_Y 380_I 0.80 0.10 0.00
195_F 153_L 0.80 0.10 0.00
184_A 64_L 0.80 0.10 0.00
61_I 245_K 0.80 0.10 0.00
354_W 153_L 0.80 0.10 0.00
91_I 360_Y 0.79 0.10 0.00
340_Y 146_S 0.79 0.10 0.00
270_S 316_V 0.79 0.10 0.00
139_L 251_G 0.79 0.10 0.00
67_I 376_V 0.79 0.10 0.00
283_S 98_K 0.79 0.10 0.00
376_F 216_D 0.79 0.10 0.00
278_N 129_Q 0.79 0.10 0.00
323_L 288_V 0.79 0.10 0.00
117_S 271_K 0.79 0.10 0.00
90_S 126_V 0.79 0.10 0.00
157_P 323_Y 0.79 0.10 0.00
248_F 65_P 0.79 0.10 0.00
63_Q 229_R 0.79 0.10 0.00
190_G 109_N 0.79 0.10 0.00
291_Y 295_F 0.79 0.10 0.00
321_F 43_L 0.79 0.10 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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