May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
dlta-dltb_bs
Genes: A B A+B
Length: 503 395 850
Sequences: 38038 2068 473
Seq/Len: 75.62 5.24 0.56
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.78
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.08 0.01 0.27
2 0.10 0.02 0.39
5 0.14 0.03 0.46
10 0.17 0.03 0.48
20 0.19 0.04 0.53
100 0.24 0.06 0.77
∞ 0.30 0.11 1.26
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
481_Q 256_M 1.61 0.68 0.00
494_R 316_G 1.26 0.41 0.00
17_T 292_V 1.26 0.41 0.00
212_L 160_S 1.26 0.41 0.00
16_Q 369_I 1.25 0.40 0.00
469_L 205_G 1.22 0.38 0.00
187_F 275_D 1.21 0.37 0.00
352_P 321_F 1.18 0.35 0.00
278_K 283_S 1.18 0.35 0.00
411_E 160_S 1.15 0.33 0.00
325_P 283_S 1.14 0.32 0.00
57_V 129_V 1.13 0.31 0.00
355_S 380_C 1.12 0.31 0.00
440_L 270_S 1.11 0.30 0.00
43_I 154_L 1.11 0.30 0.00
428_V 130_Q 1.10 0.30 0.00
226_L 334_Y 1.10 0.29 0.00
8_Q 301_T 1.10 0.29 0.00
472_Y 278_N 1.09 0.29 0.00
43_I 347_C 1.09 0.28 0.00
392_F 321_F 1.08 0.28 0.00
478_F 132_I 1.08 0.28 0.00
82_V 89_A 1.08 0.28 0.00
237_V 130_Q 1.06 0.27 0.00
192_P 302_K 1.03 0.25 0.00
168_L 132_I 1.03 0.25 0.00
484_I 94_L 1.03 0.25 0.00
384_G 251_G 1.02 0.25 0.00
99_G 115_L 1.02 0.24 0.00
145_T 75_Q 1.02 0.24 0.00
424_R 132_I 1.01 0.24 0.00
393_C 337_Y 1.01 0.24 0.00
171_F 187_L 1.00 0.23 0.00
91_I 58_L 1.00 0.23 0.00
34_E 99_I 0.99 0.23 0.00
102_L 204_I 0.99 0.23 0.00
259_L 301_T 0.99 0.23 0.00
307_I 116_I 0.99 0.23 0.00
234_G 315_I 0.99 0.23 0.00
441_I 177_A 0.99 0.22 0.00
374_G 283_S 0.98 0.22 0.00
12_E 318_F 0.98 0.22 0.00
292_T 298_F 0.98 0.22 0.00
312_I 131_L 0.98 0.22 0.00
288_K 91_I 0.97 0.22 0.00
28_T 354_W 0.97 0.21 0.00
380_T 224_I 0.97 0.21 0.00
379_R 356_K 0.96 0.21 0.00
119_Q 391_F 0.96 0.21 0.00
335_E 233_G 0.96 0.21 0.00
195_F 337_Y 0.95 0.21 0.00
335_E 185_D 0.95 0.21 0.00
263_D 336_I 0.95 0.20 0.00
75_A 346_T 0.95 0.20 0.00
71_G 87_V 0.95 0.20 0.00
284_F 243_A 0.94 0.20 0.00
367_K 381_F 0.94 0.20 0.00
55_I 265_N 0.94 0.20 0.00
387_Q 203_I 0.93 0.19 0.00
52_K 323_L 0.92 0.19 0.00
478_F 275_D 0.92 0.19 0.00
278_K 79_S 0.92 0.19 0.00
401_I 146_L 0.92 0.19 0.00
348_V 181_E 0.92 0.19 0.00
104_I 319_L 0.91 0.18 0.00
242_P 249_A 0.91 0.18 0.00
440_L 79_S 0.91 0.18 0.00
232_K 88_I 0.91 0.18 0.00
454_E 179_T 0.90 0.18 0.00
354_V 270_S 0.90 0.18 0.00
69_F 129_V 0.90 0.18 0.00
81_P 249_A 0.90 0.18 0.00
355_S 274_K 0.89 0.18 0.00
384_G 252_V 0.89 0.17 0.00
176_C 292_V 0.89 0.17 0.00
302_V 383_F 0.89 0.17 0.00
301_A 383_F 0.89 0.17 0.00
71_G 148_R 0.88 0.17 0.00
423_V 335_I 0.88 0.17 0.00
212_L 340_Y 0.88 0.17 0.00
483_H 373_V 0.88 0.17 0.00
185_K 334_Y 0.88 0.17 0.00
401_I 316_G 0.88 0.17 0.00
199_V 340_Y 0.88 0.17 0.00
55_I 68_S 0.87 0.17 0.00
455_F 251_G 0.87 0.17 0.00
266_M 270_S 0.87 0.17 0.00
238_W 240_F 0.87 0.17 0.00
454_E 47_S 0.87 0.17 0.00
122_S 255_I 0.87 0.17 0.00
472_Y 234_Y 0.87 0.17 0.00
28_T 339_L 0.87 0.17 0.00
211_T 270_S 0.86 0.16 0.00
420_S 345_M 0.86 0.16 0.00
187_F 204_I 0.86 0.16 0.00
30_Q 76_K 0.86 0.16 0.00
171_F 313_S 0.86 0.16 0.00
474_I 141_K 0.85 0.16 0.00
22_S 305_W 0.85 0.16 0.00
339_L 135_A 0.85 0.16 0.00
284_F 313_S 0.85 0.16 0.00
310_D 270_S 0.85 0.16 0.00
242_P 386_F 0.85 0.16 0.00
222_K 128_G 0.85 0.16 0.00
62_E 127_K 0.84 0.16 0.00
391_I 86_A 0.84 0.15 0.00
469_L 149_L 0.84 0.15 0.00
104_I 344_L 0.84 0.15 0.00
52_K 233_G 0.84 0.15 0.00
289_I 169_R 0.84 0.15 0.00
337_Q 65_L 0.84 0.15 0.00
303_T 276_F 0.84 0.15 0.00
235_L 227_N 0.84 0.15 0.00
453_K 293_F 0.84 0.15 0.00
489_N 152_F 0.84 0.15 0.00
331_I 80_G 0.84 0.15 0.00
401_I 323_L 0.84 0.15 0.00
322_F 283_S 0.83 0.15 0.00
463_K 88_I 0.83 0.15 0.00
30_Q 99_I 0.83 0.15 0.00
497_I 64_V 0.83 0.15 0.00
79_Y 244_G 0.83 0.15 0.00
331_I 205_G 0.83 0.15 0.00
88_S 204_I 0.83 0.15 0.00
278_K 176_K 0.83 0.15 0.00
338_P 61_I 0.83 0.15 0.00
469_L 331_A 0.83 0.15 0.00
352_P 378_F 0.82 0.15 0.00
367_K 262_E 0.82 0.15 0.00
172_T 323_L 0.82 0.15 0.00
28_T 343_V 0.82 0.15 0.00
268_C 383_F 0.82 0.15 0.00
374_G 275_D 0.82 0.15 0.00
29_Y 290_D 0.82 0.14 0.00
56_L 153_I 0.82 0.14 0.00
91_I 348_Y 0.82 0.14 0.00
141_K 236_M 0.82 0.14 0.00
91_I 340_Y 0.82 0.14 0.00
55_I 208_I 0.82 0.14 0.00
343_E 132_I 0.82 0.14 0.00
28_T 239_F 0.81 0.14 0.00
3_L 258_I 0.81 0.14 0.00
385_F 77_A 0.81 0.14 0.00
40_A 289_R 0.81 0.14 0.00
198_S 337_Y 0.81 0.14 0.00
482_D 255_I 0.81 0.14 0.00
112_D 129_V 0.81 0.14 0.00
36_S 304_K 0.81 0.14 0.00
82_V 146_L 0.81 0.14 0.00
1_M 49_D 0.81 0.14 0.00
95_I 128_G 0.81 0.14 0.00
318_L 337_Y 0.81 0.14 0.00
461_I 75_Q 0.80 0.14 0.00
395_G 386_F 0.80 0.14 0.00
273_P 235_S 0.80 0.14 0.00
322_F 138_G 0.80 0.14 0.00
197_L 387_S 0.80 0.14 0.00
80_I 212_F 0.80 0.14 0.00
213_H 251_G 0.80 0.14 0.00
50_E 185_D 0.80 0.14 0.00
486_M 146_L 0.80 0.14 0.00
34_E 381_F 0.80 0.14 0.00
476_R 302_K 0.80 0.14 0.00
455_F 394_H 0.80 0.14 0.00
167_N 154_L 0.80 0.14 0.00
181_V 385_I 0.80 0.14 0.00
235_L 370_L 0.80 0.14 0.00
184_G 251_G 0.80 0.14 0.00
193_F 332_P 0.79 0.14 0.00
368_A 89_A 0.79 0.14 0.00
366_E 184_A 0.79 0.14 0.00
273_P 45_I 0.79 0.13 0.00
69_F 341_H 0.79 0.13 0.00
476_R 344_L 0.79 0.13 0.00
52_K 292_V 0.79 0.13 0.00
224_K 253_S 0.79 0.13 0.00
243_S 240_F 0.79 0.13 0.00
206_L 356_K 0.79 0.13 0.00
242_P 383_F 0.78 0.13 0.00
4_L 196_I 0.78 0.13 0.00
228_E 255_I 0.78 0.13 0.00
366_E 385_I 0.78 0.13 0.00
467_A 72_A 0.78 0.13 0.00
85_S 288_F 0.78 0.13 0.00
55_I 203_I 0.78 0.13 0.00
30_Q 391_F 0.78 0.13 0.00
29_Y 317_Y 0.78 0.13 0.00
45_K 95_F 0.78 0.13 0.00
296_T 63_Q 0.78 0.13 0.00
424_R 116_I 0.78 0.13 0.00
363_E 258_I 0.78 0.13 0.00
57_V 65_L 0.78 0.13 0.00
435_G 47_S 0.78 0.13 0.00
261_H 132_I 0.78 0.13 0.00
392_F 342_A 0.78 0.13 0.00
447_E 85_G 0.78 0.13 0.00
262_A 271_K 0.77 0.13 0.00
71_G 248_F 0.77 0.13 0.00
454_E 147_H 0.77 0.13 0.00
461_I 132_I 0.77 0.13 0.00
331_I 196_I 0.77 0.13 0.00
392_F 237_Y 0.77 0.13 0.00
163_I 326_V 0.77 0.13 0.00
35_Q 132_I 0.77 0.13 0.00
215_V 326_V 0.77 0.13 0.00
312_I 49_D 0.77 0.13 0.00
316_E 146_L 0.77 0.13 0.00
329_I 128_G 0.77 0.13 0.00
186_I 258_I 0.77 0.13 0.00
467_A 282_M 0.77 0.13 0.00
447_E 323_L 0.77 0.13 0.00
367_K 252_V 0.77 0.13 0.00
452_E 394_H 0.77 0.13 0.00
149_I 387_S 0.77 0.13 0.00
336_G 296_F 0.77 0.13 0.00
1_M 306_I 0.77 0.13 0.00
412_E 65_L 0.77 0.13 0.00
29_Y 276_F 0.77 0.13 0.00
312_I 130_Q 0.77 0.12 0.00
478_F 194_I 0.77 0.12 0.00
412_E 67_I 0.77 0.12 0.00
444_I 99_I 0.76 0.12 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.1986 seconds.