May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
VC-TssK-TssG
Genes: A B A+B
Length: 444 338 751
Sequences: 804 858 683
Seq/Len: 1.81 2.54 0.91
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.69
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.00
2 0.00 0.00 0.03
5 0.00 0.00 0.24
10 0.00 0.00 0.65
20 0.00 0.00 0.87
100 0.02 0.02 0.90
∞ 0.11 0.11 0.91
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
15_I 241_T 2.00 0.94 0.70
397_L 192_R 1.46 0.71 0.28
68_V 78_E 1.34 0.61 0.19
305_L 160_A 1.32 0.60 0.19
435_L 154_F 1.30 0.59 0.17
152_Q 222_I 1.30 0.58 0.17
102_A 269_F 1.26 0.55 0.15
289_Y 137_W 1.17 0.47 0.11
73_T 251_S 1.14 0.43 0.10
235_F 270_L 1.13 0.43 0.10
203_I 158_L 1.12 0.42 0.09
146_V 135_R 1.11 0.41 0.09
236_M 39_L 1.10 0.41 0.09
246_P 176_N 1.10 0.40 0.09
290_N 77_L 1.10 0.40 0.09
312_V 63_A 1.08 0.39 0.08
43_Y 255_I 1.08 0.38 0.08
318_V 40_L 1.08 0.38 0.08
252_A 202_A 1.07 0.38 0.08
397_L 36_L 1.07 0.38 0.07
289_Y 70_S 1.07 0.37 0.07
271_G 305_P 1.06 0.37 0.07
434_D 299_M 1.06 0.37 0.07
320_I 34_Y 1.06 0.37 0.07
291_H 70_S 1.05 0.36 0.07
288_S 258_I 1.05 0.36 0.07
210_M 107_E 1.03 0.34 0.07
6_R 282_L 1.03 0.34 0.07
291_H 137_W 1.03 0.34 0.07
168_I 229_A 1.02 0.34 0.06
263_F 33_F 1.02 0.34 0.06
241_L 77_L 1.02 0.34 0.06
309_L 255_I 1.02 0.34 0.06
50_L 295_L 1.01 0.33 0.06
59_R 254_F 1.01 0.33 0.06
62_I 225_S 1.01 0.32 0.06
176_P 199_G 1.00 0.32 0.06
308_S 73_D 1.00 0.32 0.06
442_I 324_G 1.00 0.32 0.06
14_F 266_F 0.99 0.31 0.06
406_Y 256_I 0.99 0.31 0.06
337_P 134_Y 0.99 0.31 0.06
244_L 243_I 0.99 0.31 0.05
15_I 272_S 0.98 0.31 0.05
51_N 255_I 0.98 0.30 0.05
158_E 211_S 0.98 0.30 0.05
144_I 176_N 0.97 0.30 0.05
426_F 143_Y 0.97 0.30 0.05
60_I 43_L 0.97 0.29 0.05
103_V 26_G 0.96 0.29 0.05
47_E 59_L 0.96 0.29 0.05
6_R 218_R 0.96 0.29 0.05
206_M 268_D 0.96 0.29 0.05
266_L 33_F 0.96 0.29 0.05
154_M 201_I 0.95 0.28 0.05
2_F 184_A 0.95 0.28 0.05
99_V 200_I 0.95 0.28 0.05
276_F 127_N 0.94 0.28 0.04
49_S 74_V 0.94 0.28 0.04
189_C 99_S 0.94 0.28 0.04
191_L 256_I 0.94 0.28 0.04
148_P 77_L 0.94 0.28 0.04
437_L 300_D 0.94 0.27 0.04
261_R 87_M 0.94 0.27 0.04
206_M 308_C 0.94 0.27 0.04
258_H 270_L 0.94 0.27 0.04
76_R 233_Q 0.94 0.27 0.04
279_E 34_Y 0.93 0.27 0.04
397_L 294_D 0.93 0.27 0.04
75_F 322_F 0.93 0.26 0.04
294_P 265_R 0.92 0.26 0.04
301_L 78_E 0.92 0.26 0.04
68_V 72_S 0.92 0.26 0.04
113_I 75_M 0.92 0.26 0.04
19_H 238_G 0.92 0.26 0.04
342_S 269_F 0.92 0.26 0.04
171_I 127_N 0.92 0.26 0.04
114_N 125_F 0.91 0.26 0.04
47_E 184_A 0.91 0.26 0.04
263_F 269_F 0.91 0.26 0.04
169_G 211_S 0.91 0.25 0.04
133_D 295_L 0.91 0.25 0.04
369_A 85_W 0.91 0.25 0.04
290_N 87_M 0.91 0.25 0.04
189_C 260_R 0.91 0.25 0.04
246_P 186_T 0.91 0.25 0.04
49_S 258_I 0.91 0.25 0.04
59_R 39_L 0.90 0.25 0.04
292_D 46_I 0.90 0.25 0.04
435_L 107_E 0.90 0.25 0.04
401_A 126_N 0.90 0.25 0.04
166_I 294_D 0.90 0.25 0.04
307_Q 68_G 0.90 0.25 0.04
271_G 217_R 0.90 0.25 0.04
86_A 268_D 0.90 0.25 0.04
370_S 276_Y 0.90 0.25 0.04
229_V 201_I 0.90 0.25 0.04
28_E 258_I 0.90 0.25 0.04
163_Y 147_Q 0.90 0.25 0.04
263_F 92_F 0.90 0.24 0.04
289_Y 67_L 0.90 0.24 0.04
78_P 106_L 0.89 0.24 0.04
216_N 287_L 0.89 0.24 0.04
60_I 269_F 0.89 0.24 0.04
78_P 33_F 0.89 0.24 0.04
151_L 272_S 0.89 0.24 0.04
347_I 313_Q 0.89 0.24 0.04
102_A 273_G 0.89 0.24 0.04
15_I 105_I 0.89 0.24 0.04
385_I 254_F 0.89 0.24 0.04
259_P 101_L 0.89 0.24 0.04
197_S 209_D 0.89 0.24 0.04
135_H 73_D 0.88 0.23 0.03
17_P 116_G 0.88 0.23 0.03
424_F 37_V 0.88 0.23 0.03
146_V 188_A 0.88 0.23 0.03
197_S 221_S 0.88 0.23 0.03
203_I 87_M 0.87 0.23 0.03
113_I 129_L 0.87 0.23 0.03
203_I 202_A 0.87 0.23 0.03
162_A 228_L 0.87 0.23 0.03
426_F 217_R 0.87 0.23 0.03
397_L 215_W 0.87 0.23 0.03
43_Y 322_F 0.87 0.23 0.03
125_V 57_C 0.87 0.22 0.03
295_S 222_I 0.86 0.22 0.03
384_G 244_G 0.86 0.22 0.03
45_I 138_R 0.86 0.22 0.03
444_S 200_I 0.86 0.22 0.03
298_F 318_G 0.86 0.22 0.03
398_P 93_G 0.86 0.22 0.03
62_I 30_E 0.85 0.22 0.03
24_Q 201_I 0.85 0.22 0.03
94_L 242_V 0.85 0.22 0.03
13_L 158_L 0.85 0.21 0.03
271_G 163_G 0.85 0.21 0.03
44_G 244_G 0.85 0.21 0.03
169_G 260_R 0.85 0.21 0.03
246_P 182_A 0.85 0.21 0.03
375_R 61_F 0.85 0.21 0.03
23_Q 182_A 0.85 0.21 0.03
322_L 140_Y 0.85 0.21 0.03
402_G 113_E 0.85 0.21 0.03
50_L 202_A 0.84 0.21 0.03
162_A 100_P 0.84 0.21 0.03
318_V 248_I 0.84 0.21 0.03
212_E 92_F 0.84 0.21 0.03
349_V 186_T 0.84 0.21 0.03
237_L 137_W 0.84 0.21 0.03
269_V 190_R 0.84 0.21 0.03
99_V 265_R 0.84 0.21 0.03
403_Y 141_R 0.84 0.21 0.03
418_L 295_L 0.84 0.21 0.03
63_E 256_I 0.83 0.20 0.03
270_C 288_R 0.83 0.20 0.03
47_E 26_G 0.83 0.20 0.03
185_D 320_T 0.83 0.20 0.03
323_D 201_I 0.83 0.20 0.03
294_P 94_L 0.83 0.20 0.03
75_F 263_R 0.83 0.20 0.03
211_R 77_L 0.83 0.20 0.03
89_V 216_V 0.83 0.20 0.03
245_Q 99_S 0.83 0.20 0.03
65_A 143_Y 0.83 0.20 0.03
333_P 40_L 0.83 0.20 0.03
305_L 114_P 0.83 0.20 0.03
228_G 201_I 0.83 0.20 0.03
142_T 245_E 0.83 0.20 0.03
417_M 165_G 0.82 0.20 0.03
240_A 111_T 0.82 0.20 0.03
144_I 295_L 0.82 0.20 0.03
332_A 287_L 0.82 0.20 0.03
301_L 304_A 0.82 0.20 0.03
400_H 253_K 0.82 0.20 0.03
99_V 72_S 0.82 0.20 0.03
170_R 76_A 0.82 0.20 0.03
246_P 92_F 0.82 0.20 0.03
380_L 100_P 0.82 0.20 0.03
31_L 299_M 0.82 0.20 0.03
79_Q 276_Y 0.82 0.20 0.03
65_A 269_F 0.82 0.19 0.03
99_V 97_A 0.82 0.19 0.03
131_V 256_I 0.82 0.19 0.03
75_F 36_L 0.82 0.19 0.03
321_Q 310_D 0.82 0.19 0.03
13_L 245_E 0.81 0.19 0.03
32_D 156_A 0.81 0.19 0.03
10_N 219_R 0.81 0.19 0.03
100_Y 115_G 0.81 0.19 0.03
277_T 270_L 0.81 0.19 0.03
384_G 128_R 0.81 0.19 0.03
89_V 70_S 0.81 0.19 0.03
411_T 326_D 0.81 0.19 0.03
62_I 262_S 0.81 0.19 0.03
400_H 139_K 0.81 0.19 0.02
426_F 138_R 0.81 0.19 0.02
123_R 128_R 0.81 0.19 0.02
15_I 112_E 0.81 0.19 0.02
172_L 119_Q 0.81 0.19 0.02
290_N 308_C 0.81 0.19 0.02
323_D 327_A 0.81 0.19 0.02
23_Q 176_N 0.81 0.19 0.02
398_P 137_W 0.81 0.19 0.02
206_M 71_P 0.81 0.19 0.02
257_L 27_N 0.81 0.19 0.02
252_A 223_D 0.81 0.19 0.02
259_P 271_P 0.81 0.19 0.02
388_T 320_T 0.81 0.19 0.02
400_H 140_Y 0.80 0.19 0.02
171_I 327_A 0.80 0.19 0.02
210_M 101_L 0.80 0.19 0.02
428_V 57_C 0.80 0.19 0.02
380_L 205_F 0.80 0.19 0.02
432_F 261_L 0.80 0.19 0.02
384_G 123_D 0.80 0.19 0.02
262_L 246_S 0.80 0.19 0.02
58_G 241_T 0.80 0.19 0.02
294_P 186_T 0.80 0.19 0.02
391_P 124_F 0.80 0.19 0.02
412_S 127_N 0.80 0.19 0.02
131_V 228_L 0.80 0.19 0.02
241_L 273_G 0.80 0.18 0.02
334_I 261_L 0.80 0.18 0.02
158_E 218_R 0.80 0.18 0.02
234_D 214_Q 0.80 0.18 0.02
74_T 107_E 0.80 0.18 0.02
403_Y 62_S 0.80 0.18 0.02
390_L 145_R 0.80 0.18 0.02
264_E 100_P 0.80 0.18 0.02
214_A 36_L 0.80 0.18 0.02
179_S 147_Q 0.80 0.18 0.02
15_I 248_I 0.80 0.18 0.02
186_F 239_M 0.79 0.18 0.02
152_Q 316_A 0.79 0.18 0.02
345_F 293_Y 0.79 0.18 0.02
357_E 256_I 0.79 0.18 0.02
384_G 102_P 0.79 0.18 0.02
44_G 102_P 0.79 0.18 0.02
47_E 212_I 0.79 0.18 0.02
268_C 222_I 0.79 0.18 0.02
6_R 319_W 0.79 0.18 0.02
185_D 256_I 0.79 0.18 0.02
412_S 178_C 0.79 0.18 0.02
115_W 26_G 0.79 0.18 0.02
356_D 294_D 0.78 0.18 0.02
62_I 86_V 0.78 0.18 0.02
362_F 194_P 0.78 0.18 0.02
77_I 227_Q 0.78 0.18 0.02
102_A 118_K 0.78 0.18 0.02
363_T 109_L 0.78 0.17 0.02
269_V 127_N 0.78 0.17 0.02
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.261 seconds.