May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
JM
Genes: A B A+B
Length: 145 1024 1160
Sequences: 640 855 550
Seq/Len: 4.41 0.83 0.47
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.86
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.01
2 0.00 0.00 0.03
5 0.00 0.00 0.38
10 0.00 0.00 0.45
20 0.00 0.02 0.47
100 0.02 0.04 0.48
∞ 0.10 0.13 0.48
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
90_G 177_I 1.58 0.61 0.00
96_V 73_M 1.55 0.58 0.00
109_R 601_V 1.51 0.55 0.00
33_P 839_E 1.46 0.51 0.00
37_R 867_L 1.41 0.48 0.00
95_G 432_L 1.36 0.43 0.00
108_W 937_P 1.35 0.43 0.00
33_P 832_F 1.35 0.43 0.00
90_G 770_L 1.33 0.41 0.00
52_F 928_P 1.32 0.41 0.00
38_L 86_E 1.29 0.39 0.00
33_P 926_H 1.29 0.38 0.00
34_V 815_F 1.29 0.38 0.00
33_P 965_P 1.27 0.37 0.00
59_P 917_F 1.27 0.37 0.00
108_W 565_W 1.26 0.37 0.00
33_P 966_W 1.26 0.37 0.00
94_V 819_S 1.26 0.36 0.00
100_Y 715_T 1.25 0.36 0.00
95_G 228_T 1.24 0.35 0.00
15_L 840_R 1.24 0.35 0.00
114_V 629_I 1.22 0.34 0.00
101_R 490_R 1.22 0.34 0.00
96_V 87_M 1.22 0.34 0.00
23_V 173_V 1.20 0.33 0.00
46_A 484_T 1.19 0.32 0.00
95_G 773_W 1.19 0.32 0.00
35_V 925_R 1.17 0.30 0.00
17_L 65_R 1.17 0.30 0.00
72_E 925_R 1.16 0.30 0.00
23_V 93_A 1.15 0.29 0.00
54_S 400_L 1.14 0.29 0.00
75_L 694_Q 1.13 0.28 0.00
38_L 303_L 1.13 0.28 0.00
25_P 274_I 1.13 0.28 0.00
124_L 978_E 1.12 0.28 0.00
89_E 801_L 1.12 0.27 0.00
36_V 495_S 1.12 0.27 0.00
94_V 816_N 1.11 0.27 0.00
39_F 931_P 1.10 0.26 0.00
37_R 502_V 1.10 0.26 0.00
32_S 717_L 1.10 0.26 0.00
18_S 608_P 1.10 0.26 0.00
131_I 486_V 1.09 0.26 0.00
19_A 384_V 1.09 0.26 0.00
124_L 728_L 1.09 0.26 0.00
66_D 375_R 1.08 0.25 0.00
19_A 823_V 1.08 0.25 0.00
90_G 822_D 1.08 0.25 0.00
75_L 307_L 1.07 0.25 0.00
47_F 114_Y 1.07 0.25 0.00
47_F 495_S 1.07 0.24 0.00
33_P 284_D 1.07 0.24 0.00
62_T 311_L 1.07 0.24 0.00
100_Y 854_P 1.06 0.24 0.00
13_L 901_L 1.06 0.24 0.00
108_W 320_N 1.06 0.24 0.00
15_L 890_E 1.06 0.24 0.00
106_A 168_R 1.06 0.24 0.00
36_V 992_L 1.06 0.24 0.00
68_V 972_F 1.05 0.23 0.00
26_D 115_L 1.05 0.23 0.00
36_V 636_V 1.05 0.23 0.00
66_D 67_R 1.04 0.23 0.00
47_F 915_F 1.04 0.23 0.00
108_W 430_L 1.04 0.23 0.00
55_L 72_V 1.04 0.23 0.00
32_S 926_H 1.04 0.23 0.00
98_A 477_F 1.04 0.23 0.00
103_L 324_L 1.04 0.23 0.00
31_P 705_D 1.04 0.23 0.00
23_V 274_I 1.04 0.23 0.00
109_R 907_D 1.03 0.23 0.00
25_P 199_I 1.03 0.22 0.00
50_A 594_A 1.03 0.22 0.00
19_A 600_A 1.03 0.22 0.00
126_L 216_Y 1.03 0.22 0.00
19_A 910_V 1.03 0.22 0.00
20_G 854_P 1.02 0.22 0.00
91_S 233_L 1.02 0.22 0.00
93_Y 985_V 1.02 0.22 0.00
95_G 269_L 1.02 0.22 0.00
114_V 819_S 1.02 0.22 0.00
31_P 304_A 1.02 0.22 0.00
33_P 951_K 1.02 0.22 0.00
50_A 91_T 1.02 0.22 0.00
36_V 307_L 1.02 0.22 0.00
62_T 822_D 1.02 0.22 0.00
37_R 73_M 1.01 0.21 0.00
54_S 606_L 1.01 0.21 0.00
39_F 869_M 1.01 0.21 0.00
43_H 972_F 1.01 0.21 0.00
95_G 724_L 1.01 0.21 0.00
111_V 518_F 1.01 0.21 0.00
111_V 156_T 1.01 0.21 0.00
96_V 537_P 1.01 0.21 0.00
13_L 1015_L 1.00 0.21 0.00
96_V 135_R 1.00 0.21 0.00
62_T 106_T 1.00 0.21 0.00
41_L 169_L 1.00 0.21 0.00
19_A 73_M 1.00 0.21 0.00
126_L 580_R 1.00 0.20 0.00
96_V 70_N 1.00 0.20 0.00
55_L 1009_P 1.00 0.20 0.00
38_L 904_Y 0.99 0.20 0.00
71_E 801_L 0.99 0.20 0.00
100_Y 176_R 0.99 0.20 0.00
94_V 216_Y 0.98 0.20 0.00
131_I 634_L 0.98 0.20 0.00
65_P 536_I 0.98 0.20 0.00
97_L 169_L 0.98 0.20 0.00
77_P 797_Y 0.98 0.20 0.00
22_R 819_S 0.98 0.20 0.00
131_I 693_L 0.98 0.20 0.00
19_A 904_Y 0.98 0.20 0.00
45_V 69_L 0.98 0.20 0.00
94_V 266_I 0.98 0.20 0.00
114_V 129_F 0.98 0.20 0.00
57_E 153_T 0.97 0.20 0.00
93_Y 915_F 0.97 0.20 0.00
38_L 717_L 0.97 0.20 0.00
114_V 486_V 0.97 0.20 0.00
89_E 312_L 0.97 0.19 0.00
18_S 592_D 0.97 0.19 0.00
88_E 223_R 0.97 0.19 0.00
35_V 899_F 0.97 0.19 0.00
101_R 911_S 0.97 0.19 0.00
17_L 723_E 0.97 0.19 0.00
75_L 935_K 0.97 0.19 0.00
47_F 614_E 0.96 0.19 0.00
27_L 994_G 0.96 0.19 0.00
94_V 571_S 0.96 0.19 0.00
94_V 738_E 0.96 0.19 0.00
15_L 473_L 0.96 0.19 0.00
100_Y 318_S 0.96 0.19 0.00
60_K 409_E 0.96 0.19 0.00
60_K 856_S 0.95 0.19 0.00
64_D 819_S 0.95 0.18 0.00
42_K 350_A 0.95 0.18 0.00
66_D 538_G 0.95 0.18 0.00
79_E 658_K 0.95 0.18 0.00
124_L 611_D 0.95 0.18 0.00
96_V 623_L 0.94 0.18 0.00
47_F 516_Y 0.94 0.18 0.00
56_Y 876_Q 0.94 0.18 0.00
83_L 686_P 0.94 0.18 0.00
72_E 451_W 0.94 0.18 0.00
100_Y 132_Q 0.94 0.18 0.00
98_A 734_A 0.94 0.18 0.00
101_R 430_L 0.93 0.18 0.00
51_D 920_Q 0.93 0.17 0.00
40_E 430_L 0.93 0.17 0.00
9_R 1003_A 0.93 0.17 0.00
36_V 609_F 0.93 0.17 0.00
55_L 874_L 0.93 0.17 0.00
96_V 823_V 0.93 0.17 0.00
72_E 490_R 0.93 0.17 0.00
58_R 74_V 0.93 0.17 0.00
60_K 96_V 0.93 0.17 0.00
108_W 566_V 0.93 0.17 0.00
30_R 486_V 0.93 0.17 0.00
39_F 924_Y 0.92 0.17 0.00
94_V 853_D 0.92 0.17 0.00
57_E 520_Q 0.92 0.17 0.00
26_D 490_R 0.92 0.17 0.00
109_R 864_G 0.92 0.17 0.00
55_L 608_P 0.92 0.17 0.00
33_P 350_A 0.92 0.17 0.00
96_V 971_L 0.91 0.17 0.00
64_D 421_R 0.91 0.17 0.00
79_E 291_I 0.91 0.17 0.00
25_P 906_L 0.91 0.17 0.00
124_L 914_E 0.91 0.17 0.00
97_L 950_E 0.91 0.17 0.00
100_Y 390_A 0.91 0.17 0.00
19_A 594_A 0.91 0.17 0.00
54_S 69_L 0.91 0.17 0.00
73_L 826_S 0.91 0.17 0.00
51_D 966_W 0.91 0.16 0.00
36_V 67_R 0.91 0.16 0.00
129_K 623_L 0.90 0.16 0.00
23_V 174_I 0.90 0.16 0.00
33_P 928_P 0.90 0.16 0.00
42_K 538_G 0.90 0.16 0.00
114_V 400_L 0.90 0.16 0.00
53_F 928_P 0.90 0.16 0.00
97_L 988_L 0.90 0.16 0.00
32_S 832_F 0.90 0.16 0.00
36_V 305_L 0.90 0.16 0.00
104_G 760_R 0.90 0.16 0.00
82_E 162_F 0.90 0.16 0.00
122_V 239_E 0.90 0.16 0.00
15_L 303_L 0.90 0.16 0.00
25_P 69_L 0.90 0.16 0.00
89_E 76_I 0.90 0.16 0.00
83_L 822_D 0.90 0.16 0.00
112_V 173_V 0.90 0.16 0.00
131_I 556_L 0.90 0.16 0.00
34_V 945_T 0.89 0.16 0.00
95_G 470_A 0.89 0.16 0.00
86_S 833_K 0.89 0.16 0.00
101_R 929_I 0.89 0.16 0.00
24_N 597_W 0.89 0.16 0.00
131_I 536_I 0.89 0.16 0.00
95_G 741_A 0.89 0.16 0.00
119_L 227_L 0.89 0.16 0.00
24_N 924_Y 0.89 0.16 0.00
55_L 970_R 0.88 0.15 0.00
50_A 220_S 0.88 0.15 0.00
67_L 933_S 0.88 0.15 0.00
68_V 759_L 0.88 0.15 0.00
68_V 14_T 0.88 0.15 0.00
33_P 906_L 0.88 0.15 0.00
34_V 579_R 0.88 0.15 0.00
29_G 970_R 0.88 0.15 0.00
15_L 798_Q 0.88 0.15 0.00
85_L 593_Y 0.88 0.15 0.00
98_A 76_I 0.88 0.15 0.00
124_L 439_E 0.88 0.15 0.00
39_F 170_N 0.87 0.15 0.00
26_D 205_L 0.87 0.15 0.00
52_F 193_P 0.87 0.15 0.00
38_L 354_L 0.87 0.15 0.00
41_L 924_Y 0.87 0.15 0.00
95_G 303_L 0.87 0.15 0.00
41_L 841_F 0.87 0.15 0.00
23_V 917_F 0.87 0.15 0.00
47_F 540_Y 0.87 0.15 0.00
92_R 213_G 0.87 0.15 0.00
91_S 902_E 0.87 0.15 0.00
83_L 587_Q 0.87 0.15 0.00
74_E 274_I 0.87 0.15 0.00
11_T 830_E 0.87 0.15 0.00
25_P 933_S 0.86 0.15 0.00
111_V 329_E 0.86 0.15 0.00
130_G 429_Y 0.86 0.15 0.00
103_L 797_Y 0.86 0.15 0.00
113_P 897_V 0.86 0.15 0.00
62_T 83_S 0.86 0.15 0.00
21_E 509_Q 0.86 0.15 0.00
38_L 573_I 0.86 0.15 0.00
34_V 144_T 0.86 0.15 0.00
17_L 308_L 0.86 0.15 0.00
57_E 930_V 0.86 0.15 0.00
51_D 360_A 0.86 0.15 0.00
89_E 201_E 0.86 0.15 0.00
26_D 93_A 0.86 0.15 0.00
48_E 785_V 0.86 0.15 0.00
55_L 994_G 0.86 0.15 0.00
26_D 489_A 0.86 0.15 0.00
33_P 714_L 0.86 0.15 0.00
94_V 774_F 0.86 0.14 0.00
82_E 922_M 0.86 0.14 0.00
103_L 928_P 0.86 0.14 0.00
32_S 144_T 0.85 0.14 0.00
52_F 181_R 0.85 0.14 0.00
94_V 138_S 0.85 0.14 0.00
113_P 362_T 0.85 0.14 0.00
36_V 73_M 0.85 0.14 0.00
23_V 26_Y 0.85 0.14 0.00
54_S 696_R 0.85 0.14 0.00
127_G 349_A 0.85 0.14 0.00
63_L 814_P 0.85 0.14 0.00
26_D 686_P 0.85 0.14 0.00
93_Y 142_L 0.85 0.14 0.00
94_V 979_Y 0.85 0.14 0.00
118_E 567_L 0.85 0.14 0.00
19_A 330_L 0.85 0.14 0.00
14_D 326_R 0.85 0.14 0.00
108_W 68_P 0.85 0.14 0.00
114_V 276_P 0.85 0.14 0.00
131_I 169_L 0.84 0.14 0.00
76_R 907_D 0.84 0.14 0.00
95_G 393_R 0.84 0.14 0.00
25_P 622_L 0.84 0.14 0.00
96_V 629_I 0.84 0.14 0.00
79_E 599_E 0.84 0.14 0.00
56_Y 918_D 0.84 0.14 0.00
115_T 834_A 0.84 0.14 0.00
96_V 302_S 0.84 0.14 0.00
108_W 380_Q 0.84 0.14 0.00
57_E 607_L 0.84 0.14 0.00
13_L 162_F 0.84 0.14 0.00
96_V 815_F 0.84 0.14 0.00
17_L 216_Y 0.84 0.14 0.00
94_V 777_L 0.84 0.14 0.00
75_L 313_W 0.84 0.14 0.00
108_W 288_R 0.83 0.14 0.00
28_N 779_E 0.83 0.14 0.00
59_P 1014_V 0.83 0.14 0.00
47_F 924_Y 0.83 0.14 0.00
32_S 114_Y 0.83 0.14 0.00
24_N 814_P 0.83 0.14 0.00
38_L 57_L 0.83 0.14 0.00
46_A 298_L 0.83 0.14 0.00
113_P 437_R 0.83 0.14 0.00
3_T 967_S 0.83 0.14 0.00
31_P 968_L 0.83 0.14 0.00
52_F 768_R 0.83 0.14 0.00
55_L 486_V 0.83 0.14 0.00
42_K 486_V 0.83 0.14 0.00
104_G 308_L 0.83 0.14 0.00
134_A 595_N 0.83 0.14 0.00
101_R 968_L 0.83 0.13 0.00
83_L 1003_A 0.83 0.13 0.00
61_E 179_Q 0.83 0.13 0.00
92_R 660_A 0.83 0.13 0.00
98_A 1019_R 0.83 0.13 0.00
1_C 928_P 0.83 0.13 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
9879 0.39 JM Δgene:(1, 20) A:(1E-06, 8) B:(1E-06, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
9856 0.47 JM Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
Page generated in 0.0761 seconds.