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OPENSEQ.org
rpob_1_335_rpoc_1_344
Genes: A B A+B
Length: 335 344 674
Sequences: 431 1677 282
Seq/Len: 1.29 4.88 0.42
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.89
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.04 0.08 0.39
2 0.04 0.08 0.40
5 0.04 0.08 0.41
10 0.04 0.08 0.41
20 0.04 0.08 0.41
100 0.04 0.08 0.42
∞ 0.04 0.09 0.42
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
172_Y 248_D 1.99 0.81 0.10
28_L 331_I 1.98 0.81 0.10
22_L 226_A 1.64 0.61 0.04
70_Y 314_R 1.60 0.58 0.04
149_L 180_M 1.58 0.57 0.04
176_I 248_D 1.54 0.54 0.03
61_S 307_L 1.53 0.54 0.03
98_V 314_R 1.53 0.53 0.03
51_A 84_I 1.53 0.53 0.03
89_G 252_L 1.52 0.52 0.03
176_I 21_K 1.52 0.52 0.03
79_V 307_L 1.51 0.52 0.03
200_R 77_R 1.49 0.51 0.03
206_A 21_K 1.47 0.49 0.03
155_V 48_T 1.44 0.47 0.02
28_L 242_L 1.44 0.46 0.02
189_D 332_K 1.39 0.43 0.02
315_M 24_L 1.34 0.39 0.02
185_D 321_K 1.34 0.39 0.02
141_T 59_A 1.33 0.39 0.02
206_A 305_A 1.33 0.39 0.02
57_F 252_L 1.30 0.37 0.01
23_D 94_Q 1.30 0.37 0.01
226_E 127_L 1.29 0.36 0.01
92_Y 128_L 1.28 0.35 0.01
26_Y 328_A 1.28 0.35 0.01
317_L 240_T 1.27 0.35 0.01
28_L 180_M 1.27 0.35 0.01
269_I 212_T 1.27 0.35 0.01
209_I 65_V 1.27 0.34 0.01
83_Q 331_I 1.26 0.34 0.01
29_S 331_I 1.25 0.34 0.01
257_A 60_R 1.25 0.33 0.01
52_A 242_L 1.25 0.33 0.01
135_T 184_A 1.25 0.33 0.01
300_D 84_I 1.24 0.33 0.01
126_E 123_R 1.24 0.33 0.01
98_V 305_A 1.24 0.33 0.01
33_D 179_K 1.24 0.32 0.01
72_S 68_Y 1.23 0.32 0.01
80_F 135_I 1.23 0.32 0.01
180_R 123_R 1.22 0.32 0.01
35_F 213_K 1.22 0.31 0.01
135_T 314_R 1.22 0.31 0.01
123_Y 92_V 1.22 0.31 0.01
94_A 305_A 1.21 0.30 0.01
182_S 252_L 1.20 0.30 0.01
126_E 245_L 1.19 0.29 0.01
205_P 281_R 1.19 0.29 0.01
245_R 197_E 1.18 0.29 0.01
265_K 21_K 1.18 0.29 0.01
61_S 328_A 1.18 0.29 0.01
138_I 127_L 1.18 0.29 0.01
266_G 163_E 1.18 0.29 0.01
50_E 305_A 1.17 0.28 0.01
266_G 168_A 1.16 0.28 0.01
75_L 217_L 1.16 0.28 0.01
260_K 162_E 1.16 0.28 0.01
102_L 260_F 1.16 0.27 0.01
287_V 192_M 1.15 0.27 0.01
269_I 148_E 1.14 0.27 0.01
215_Y 160_L 1.14 0.27 0.01
32_L 205_L 1.14 0.26 0.01
18_R 135_I 1.14 0.26 0.01
101_R 111_T 1.13 0.26 0.01
167_S 86_E 1.13 0.26 0.01
291_Y 331_I 1.13 0.26 0.01
23_D 248_D 1.13 0.26 0.01
228_V 24_L 1.11 0.25 0.01
182_S 142_E 1.11 0.25 0.01
114_V 226_A 1.11 0.25 0.01
167_S 139_L 1.11 0.25 0.01
33_D 280_K 1.10 0.24 0.01
330_H 157_Q 1.10 0.24 0.01
76_G 331_I 1.09 0.24 0.01
309_L 65_V 1.09 0.24 0.01
72_S 116_F 1.09 0.24 0.01
79_V 328_A 1.08 0.23 0.01
50_E 314_R 1.08 0.23 0.01
309_L 28_D 1.07 0.23 0.01
105_Y 80_H 1.07 0.23 0.01
325_L 239_L 1.06 0.22 0.01
150_H 252_L 1.06 0.22 0.01
325_L 185_I 1.06 0.22 0.01
194_L 87_K 1.06 0.22 0.01
2_V 21_K 1.06 0.22 0.01
103_V 80_H 1.06 0.22 0.01
18_R 328_A 1.06 0.22 0.01
89_G 249_L 1.05 0.22 0.01
61_S 135_I 1.05 0.22 0.01
315_M 172_F 1.05 0.22 0.01
301_Y 289_D 1.04 0.21 0.01
26_Y 135_I 1.04 0.21 0.01
185_D 86_E 1.04 0.21 0.01
16_G 180_M 1.04 0.21 0.01
293_A 127_L 1.04 0.21 0.01
32_L 227_F 1.04 0.21 0.01
98_V 256_D 1.03 0.21 0.01
179_Y 123_R 1.03 0.21 0.01
276_Q 35_F 1.03 0.21 0.01
73_Y 145_V 1.03 0.21 0.01
249_E 133_R 1.03 0.21 0.01
185_D 139_L 1.03 0.20 0.01
28_L 315_A 1.02 0.20 0.01
49_L 265_L 1.02 0.20 0.01
36_Q 238_I 1.02 0.20 0.01
8_K 197_E 1.02 0.20 0.01
288_P 331_I 1.02 0.20 0.01
211_R 38_V 1.02 0.20 0.01
314_N 80_H 1.02 0.20 0.01
208_I 331_I 1.02 0.20 0.01
261_V 65_V 1.01 0.20 0.01
132_D 32_S 1.01 0.20 0.01
135_T 335_Q 1.01 0.20 0.01
335_T 24_L 1.01 0.20 0.01
196_V 314_R 1.01 0.20 0.01
100_L 190_K 1.01 0.20 0.01
62_Y 305_A 1.01 0.20 0.01
209_I 114_I 1.01 0.20 0.01
92_Y 207_E 1.01 0.20 0.01
79_V 242_L 1.00 0.19 0.01
309_L 256_D 1.00 0.19 0.01
63_S 238_I 1.00 0.19 0.01
282_V 81_R 1.00 0.19 0.01
173_N 60_R 1.00 0.19 0.01
272_R 223_L 1.00 0.19 0.01
202_R 321_K 1.00 0.19 0.01
187_E 274_N 0.99 0.19 0.01
170_V 186_Q 0.99 0.19 0.01
265_K 314_R 0.99 0.19 0.01
171_L 112_A 0.99 0.19 0.01
134_G 259_R 0.99 0.19 0.01
53_F 281_R 0.98 0.19 0.01
309_L 194_L 0.98 0.19 0.01
199_D 262_T 0.98 0.19 0.01
88_R 190_K 0.98 0.18 0.01
81_D 49_F 0.98 0.18 0.01
96_L 93_T 0.98 0.18 0.01
30_I 331_I 0.98 0.18 0.01
260_K 184_A 0.98 0.18 0.01
156_F 331_I 0.97 0.18 0.01
176_I 83_V 0.97 0.18 0.01
307_G 146_V 0.97 0.18 0.01
138_I 95_T 0.97 0.18 0.01
143_R 47_R 0.97 0.18 0.01
85_C 293_R 0.97 0.18 0.01
280_D 280_K 0.97 0.18 0.01
92_Y 239_L 0.97 0.18 0.01
333_I 190_K 0.97 0.18 0.01
335_T 245_L 0.96 0.18 0.01
127_I 28_D 0.96 0.18 0.01
185_D 117_L 0.96 0.18 0.01
334_E 164_Q 0.96 0.17 0.01
333_I 185_I 0.96 0.17 0.00
41_Q 217_L 0.96 0.17 0.00
106_E 131_P 0.96 0.17 0.00
202_R 310_G 0.95 0.17 0.00
55_S 312_R 0.95 0.17 0.00
106_E 65_V 0.95 0.17 0.00
257_A 302_A 0.95 0.17 0.00
97_R 307_L 0.95 0.17 0.00
88_R 58_C 0.95 0.17 0.00
162_G 116_F 0.95 0.17 0.00
169_K 112_A 0.95 0.17 0.00
190_P 80_H 0.95 0.17 0.00
73_Y 265_L 0.95 0.17 0.00
16_G 233_K 0.94 0.17 0.00
150_H 178_A 0.94 0.17 0.00
240_E 226_A 0.94 0.17 0.00
52_A 331_I 0.94 0.17 0.00
296_V 245_L 0.94 0.17 0.00
46_Q 21_K 0.94 0.17 0.00
61_S 242_L 0.94 0.17 0.00
175_R 254_P 0.93 0.16 0.00
201_R 215_K 0.93 0.16 0.00
124_M 238_I 0.93 0.16 0.00
106_E 272_V 0.93 0.16 0.00
323_A 248_D 0.93 0.16 0.00
150_H 123_R 0.93 0.16 0.00
54_R 35_F 0.93 0.16 0.00
134_G 277_N 0.93 0.16 0.00
187_E 48_T 0.93 0.16 0.00
135_T 143_S 0.93 0.16 0.00
206_A 186_Q 0.92 0.16 0.00
84_E 67_D 0.92 0.16 0.00
237_L 159_I 0.92 0.16 0.00
251_A 281_R 0.92 0.16 0.00
160_D 117_L 0.92 0.16 0.00
16_G 127_L 0.92 0.16 0.00
312_A 226_A 0.92 0.16 0.00
326_S 19_A 0.92 0.16 0.00
61_S 331_I 0.91 0.16 0.00
107_R 331_I 0.91 0.16 0.00
80_F 307_L 0.91 0.16 0.00
272_R 102_M 0.91 0.16 0.00
313_A 95_T 0.91 0.16 0.00
318_S 185_I 0.91 0.15 0.00
163_K 313_G 0.91 0.15 0.00
194_L 233_K 0.91 0.15 0.00
165_H 77_R 0.91 0.15 0.00
209_I 281_R 0.91 0.15 0.00
311_C 289_D 0.91 0.15 0.00
319_L 133_R 0.91 0.15 0.00
156_F 119_S 0.91 0.15 0.00
184_L 330_M 0.91 0.15 0.00
257_A 20_I 0.91 0.15 0.00
313_A 66_K 0.91 0.15 0.00
57_F 293_R 0.91 0.15 0.00
175_R 329_D 0.90 0.15 0.00
247_R 158_Q 0.90 0.15 0.00
149_L 38_V 0.90 0.15 0.00
104_I 223_L 0.90 0.15 0.00
52_A 135_I 0.90 0.15 0.00
282_V 227_F 0.90 0.15 0.00
318_S 131_P 0.90 0.15 0.00
199_D 259_R 0.90 0.15 0.00
333_I 14_T 0.89 0.15 0.00
55_S 120_L 0.89 0.15 0.00
69_Q 302_A 0.89 0.15 0.00
176_I 184_A 0.89 0.15 0.00
100_L 60_R 0.89 0.15 0.00
327_Q 31_R 0.89 0.15 0.00
89_G 142_E 0.89 0.15 0.00
61_S 224_L 0.89 0.15 0.00
169_K 86_E 0.89 0.15 0.00
309_L 158_Q 0.89 0.15 0.00
257_A 223_L 0.89 0.15 0.00
324_K 147_I 0.89 0.15 0.00
156_F 142_E 0.89 0.15 0.00
204_L 315_A 0.89 0.15 0.00
156_F 252_L 0.89 0.15 0.00
326_S 161_T 0.89 0.15 0.00
152_S 271_R 0.88 0.14 0.00
53_F 238_I 0.88 0.14 0.00
167_S 112_A 0.88 0.14 0.00
143_R 261_A 0.88 0.14 0.00
162_G 120_L 0.88 0.14 0.00
208_I 245_L 0.88 0.14 0.00
193_N 223_L 0.88 0.14 0.00
21_V 92_V 0.88 0.14 0.00
67_E 94_Q 0.88 0.14 0.00
60_Q 23_A 0.88 0.14 0.00
155_V 160_L 0.87 0.14 0.00
30_I 335_Q 0.87 0.14 0.00
323_A 35_F 0.87 0.14 0.00
114_V 86_E 0.87 0.14 0.00
185_D 59_A 0.87 0.14 0.00
119_E 330_M 0.87 0.14 0.00
18_R 24_L 0.87 0.14 0.00
269_I 135_I 0.87 0.14 0.00
57_F 142_E 0.86 0.14 0.00
189_D 273_I 0.86 0.14 0.00
334_E 161_T 0.86 0.14 0.00
39_I 218_T 0.86 0.14 0.00
129_L 310_G 0.86 0.14 0.00
202_R 141_F 0.86 0.14 0.00
197_R 310_G 0.86 0.14 0.00
260_K 302_A 0.86 0.14 0.00
265_K 106_E 0.86 0.14 0.00
265_K 248_D 0.85 0.14 0.00
56_V 233_K 0.85 0.14 0.00
163_K 87_K 0.85 0.14 0.00
13_K 293_R 0.85 0.13 0.00
147_S 331_I 0.85 0.13 0.00
127_I 252_L 0.85 0.13 0.00
184_L 123_R 0.85 0.13 0.00
167_S 321_K 0.85 0.13 0.00
26_Y 307_L 0.85 0.13 0.00
14_D 127_L 0.85 0.13 0.00
200_R 277_N 0.85 0.13 0.00
65_N 133_R 0.85 0.13 0.00
156_F 293_R 0.85 0.13 0.00
333_I 24_L 0.85 0.13 0.00
16_G 195_E 0.85 0.13 0.00
87_I 116_F 0.84 0.13 0.00
333_I 102_M 0.84 0.13 0.00
276_Q 188_L 0.84 0.13 0.00
135_T 259_R 0.84 0.13 0.00
172_Y 143_S 0.84 0.13 0.00
202_R 123_R 0.84 0.13 0.00
238_Q 24_L 0.84 0.13 0.00
30_I 245_L 0.84 0.13 0.00
225_F 59_A 0.84 0.13 0.00
49_L 17_F 0.84 0.13 0.00
16_G 305_A 0.84 0.13 0.00
28_L 252_L 0.84 0.13 0.00
49_L 77_R 0.84 0.13 0.00
81_D 32_S 0.84 0.13 0.00
282_V 16_E 0.84 0.13 0.00
296_V 148_E 0.84 0.13 0.00
22_L 331_I 0.83 0.13 0.00
220_I 32_S 0.83 0.13 0.00
13_K 317_T 0.83 0.13 0.00
55_S 59_A 0.83 0.13 0.00
145_I 18_D 0.83 0.13 0.00
315_M 233_K 0.83 0.13 0.00
155_V 143_S 0.83 0.13 0.00
126_E 137_R 0.83 0.13 0.00
150_H 222_K 0.83 0.13 0.00
176_I 211_E 0.83 0.13 0.00
332_R 166_L 0.83 0.13 0.00
291_Y 135_I 0.83 0.13 0.00
172_Y 305_A 0.83 0.13 0.00
293_A 145_V 0.83 0.13 0.00
173_N 239_L 0.83 0.13 0.00
285_I 289_D 0.83 0.12 0.00
304_E 24_L 0.82 0.12 0.00
61_S 22_I 0.82 0.12 0.00
200_R 17_F 0.82 0.12 0.00
78_P 130_M 0.82 0.12 0.00
50_E 35_F 0.82 0.12 0.00
43_P 217_L 0.82 0.12 0.00
189_D 76_K 0.82 0.12 0.00
244_E 206_N 0.82 0.12 0.00
115_K 71_L 0.82 0.12 0.00
172_Y 28_D 0.82 0.12 0.00
40_E 226_A 0.82 0.12 0.00
80_F 78_L 0.82 0.12 0.00
122_V 147_I 0.82 0.12 0.00
282_V 145_V 0.82 0.12 0.00
221_L 293_R 0.82 0.12 0.00
193_N 160_L 0.82 0.12 0.00
22_L 212_T 0.82 0.12 0.00
130_M 332_K 0.82 0.12 0.00
61_S 283_L 0.82 0.12 0.00
159_S 131_P 0.81 0.12 0.00
199_D 77_R 0.81 0.12 0.00
213_L 35_F 0.81 0.12 0.00
158_D 124_I 0.81 0.12 0.00
63_S 314_R 0.81 0.12 0.00
52_A 18_D 0.81 0.12 0.00
137_V 302_A 0.81 0.12 0.00
210_L 252_L 0.81 0.12 0.00
321_L 148_E 0.81 0.12 0.00
230_F 53_R 0.81 0.12 0.00
77_E 147_I 0.81 0.12 0.00
200_R 236_W 0.81 0.12 0.00
190_P 134_D 0.81 0.12 0.00
70_Y 176_F 0.81 0.12 0.00
197_R 112_A 0.81 0.12 0.00
90_V 143_S 0.81 0.12 0.00
160_D 130_M 0.81 0.12 0.00
174_A 82_G 0.81 0.12 0.00
97_R 331_I 0.81 0.12 0.00
12_R 287_A 0.81 0.12 0.00
5_Y 169_L 0.81 0.12 0.00
299_K 224_L 0.81 0.12 0.00
23_D 206_N 0.81 0.12 0.00
88_R 17_F 0.81 0.12 0.00
61_S 78_L 0.81 0.12 0.00
129_L 54_D 0.81 0.12 0.00
282_V 111_T 0.80 0.12 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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