May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
rpob_rpoc_cter
Genes: A B A+B
Length: 329 629 944
Sequences: 1807 863 391
Seq/Len: 5.49 1.37 0.41
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.89
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.09 0.09 0.00
2 0.09 0.09 0.00
5 0.09 0.09 0.00
10 0.09 0.09 0.01
20 0.09 0.09 0.02
100 0.09 0.09 0.41
∞ 0.09 0.09 0.60
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
80_E 55_M 2.17 0.88 0.40
92_V 374_Y 1.55 0.54 0.09
80_E 377_N 1.53 0.52 0.09
69_S 57_C 1.52 0.52 0.09
171_L 139_A 1.52 0.52 0.08
204_E 166_G 1.51 0.51 0.08
31_L 144_V 1.47 0.48 0.07
205_M 537_S 1.36 0.40 0.05
121_V 16_A 1.34 0.39 0.05
88_L 21_I 1.34 0.39 0.05
227_Q 102_S 1.33 0.38 0.04
303_I 335_K 1.33 0.38 0.04
134_T 60_L 1.33 0.38 0.04
297_K 593_K 1.31 0.37 0.04
156_S 215_V 1.31 0.36 0.04
124_V 158_V 1.30 0.36 0.04
168_I 183_T 1.28 0.35 0.04
108_G 619_S 1.27 0.34 0.04
39_L 36_D 1.24 0.32 0.03
231_F 585_V 1.24 0.32 0.03
205_M 16_A 1.22 0.31 0.03
26_V 159_Y 1.19 0.29 0.03
215_E 219_Q 1.18 0.28 0.03
61_I 8_G 1.18 0.28 0.03
51_M 145_G 1.18 0.28 0.03
197_D 202_D 1.17 0.28 0.03
217_I 11_V 1.16 0.27 0.02
194_Q 336_I 1.15 0.27 0.02
171_L 597_D 1.14 0.26 0.02
205_M 115_F 1.13 0.26 0.02
255_R 134_P 1.13 0.26 0.02
142_M 24_N 1.13 0.25 0.02
273_E 602_M 1.12 0.25 0.02
311_G 183_T 1.12 0.25 0.02
203_I 138_T 1.12 0.25 0.02
70_T 494_S 1.12 0.25 0.02
293_P 349_P 1.12 0.25 0.02
31_L 108_R 1.12 0.25 0.02
188_E 557_F 1.11 0.24 0.02
297_K 523_N 1.11 0.24 0.02
277_Y 102_S 1.11 0.24 0.02
92_V 215_V 1.11 0.24 0.02
220_A 571_A 1.10 0.24 0.02
141_S 341_L 1.10 0.24 0.02
127_Q 110_V 1.10 0.24 0.02
266_S 195_E 1.09 0.24 0.02
307_L 605_G 1.09 0.23 0.02
211_I 321_R 1.09 0.23 0.02
263_T 124_A 1.09 0.23 0.02
181_E 165_T 1.07 0.23 0.02
271_K 48_Q 1.07 0.23 0.02
177_Y 500_Y 1.07 0.23 0.02
144_I 108_R 1.07 0.22 0.02
80_E 406_M 1.07 0.22 0.02
77_D 42_K 1.06 0.22 0.02
144_I 396_I 1.06 0.22 0.02
291_K 112_E 1.06 0.22 0.02
26_V 510_R 1.06 0.22 0.02
36_G 575_Q 1.06 0.22 0.02
193_E 139_A 1.05 0.21 0.02
102_L 108_R 1.05 0.21 0.02
188_E 218_V 1.05 0.21 0.02
68_Y 346_R 1.05 0.21 0.02
156_S 346_R 1.04 0.21 0.02
145_K 160_I 1.04 0.21 0.01
239_Q 69_V 1.04 0.21 0.01
132_H 111_Q 1.04 0.21 0.01
314_L 195_E 1.03 0.20 0.01
293_P 557_F 1.03 0.20 0.01
291_K 606_M 1.03 0.20 0.01
131_C 57_C 1.02 0.20 0.01
87_G 105_V 1.02 0.20 0.01
196_T 224_D 1.02 0.20 0.01
297_K 139_A 1.02 0.20 0.01
39_L 510_R 1.02 0.20 0.01
316_M 187_K 1.02 0.20 0.01
185_Y 504_T 1.01 0.20 0.01
187_V 154_E 1.01 0.20 0.01
191_R 596_V 1.01 0.20 0.01
230_A 541_V 1.01 0.20 0.01
213_P 363_I 1.01 0.20 0.01
211_I 420_K 1.01 0.19 0.01
273_E 219_Q 1.01 0.19 0.01
51_M 155_S 1.01 0.19 0.01
172_L 87_M 1.00 0.19 0.01
154_P 363_I 1.00 0.19 0.01
274_A 599_N 1.00 0.19 0.01
80_E 3_A 1.00 0.19 0.01
171_L 593_K 1.00 0.19 0.01
257_V 494_S 1.00 0.19 0.01
280_D 219_Q 0.99 0.19 0.01
229_E 324_T 0.99 0.19 0.01
303_I 137_I 0.99 0.19 0.01
155_A 590_K 0.99 0.18 0.01
308_A 3_A 0.99 0.18 0.01
81_I 203_S 0.98 0.18 0.01
57_T 366_I 0.98 0.18 0.01
123_I 507_Q 0.98 0.18 0.01
140_I 55_M 0.98 0.18 0.01
212_D 117_T 0.98 0.18 0.01
54_C 219_Q 0.97 0.18 0.01
68_Y 341_L 0.97 0.18 0.01
33_R 580_V 0.97 0.18 0.01
256_P 334_L 0.97 0.18 0.01
311_G 509_E 0.97 0.18 0.01
102_L 557_F 0.97 0.18 0.01
140_I 318_A 0.97 0.18 0.01
70_T 16_A 0.97 0.18 0.01
40_G 609_S 0.97 0.18 0.01
291_K 591_M 0.97 0.18 0.01
303_I 218_V 0.97 0.18 0.01
213_P 518_Y 0.97 0.17 0.01
220_A 76_T 0.96 0.17 0.01
109_P 287_L 0.96 0.17 0.01
171_L 43_Y 0.96 0.17 0.01
146_V 589_T 0.96 0.17 0.01
57_T 99_F 0.96 0.17 0.01
113_A 376_E 0.96 0.17 0.01
221_A 407_A 0.96 0.17 0.01
220_A 266_L 0.95 0.17 0.01
297_K 224_D 0.95 0.17 0.01
200_K 148_A 0.95 0.17 0.01
184_A 618_R 0.95 0.17 0.01
56_V 619_S 0.95 0.17 0.01
211_I 150_S 0.95 0.17 0.01
204_E 295_Q 0.95 0.17 0.01
262_L 143_N 0.95 0.17 0.01
75_Q 99_F 0.94 0.17 0.01
90_V 347_I 0.94 0.17 0.01
290_L 585_V 0.94 0.17 0.01
198_L 222_T 0.94 0.17 0.01
259_D 124_A 0.94 0.17 0.01
60_E 117_T 0.94 0.17 0.01
123_I 286_E 0.94 0.17 0.01
176_C 365_K 0.94 0.16 0.01
24_A 617_I 0.94 0.16 0.01
159_I 75_S 0.93 0.16 0.01
185_Y 491_L 0.93 0.16 0.01
159_I 6_K 0.93 0.16 0.01
196_T 222_T 0.93 0.16 0.01
172_L 518_Y 0.93 0.16 0.01
278_I 528_D 0.93 0.16 0.01
90_V 615_K 0.93 0.16 0.01
134_T 43_Y 0.93 0.16 0.01
297_K 114_R 0.93 0.16 0.01
68_Y 597_D 0.93 0.16 0.01
230_A 363_I 0.93 0.16 0.01
28_L 594_N 0.93 0.16 0.01
254_L 349_P 0.93 0.16 0.01
31_L 602_M 0.92 0.16 0.01
235_R 328_D 0.92 0.16 0.01
132_H 325_Q 0.92 0.16 0.01
19_V 115_F 0.92 0.16 0.01
123_I 293_E 0.92 0.15 0.01
150_R 328_D 0.92 0.15 0.01
46_I 406_M 0.91 0.15 0.01
102_L 573_T 0.91 0.15 0.01
180_V 283_R 0.91 0.15 0.01
229_E 44_T 0.91 0.15 0.01
31_L 382_D 0.91 0.15 0.01
297_K 1_V 0.91 0.15 0.01
66_H 412_G 0.91 0.15 0.01
276_H 323_I 0.91 0.15 0.01
154_P 504_T 0.91 0.15 0.01
153_V 64_V 0.91 0.15 0.01
140_I 500_Y 0.90 0.15 0.01
88_L 409_K 0.90 0.15 0.01
159_I 166_G 0.90 0.15 0.01
61_I 341_L 0.90 0.15 0.01
127_Q 219_Q 0.90 0.15 0.01
199_D 400_L 0.90 0.15 0.01
246_K 500_Y 0.90 0.15 0.01
26_V 174_V 0.90 0.15 0.01
284_R 340_Y 0.90 0.15 0.01
273_E 159_Y 0.89 0.15 0.01
33_R 331_P 0.89 0.14 0.01
90_V 105_V 0.89 0.14 0.01
228_L 514_V 0.89 0.14 0.01
273_E 618_R 0.89 0.14 0.01
196_T 201_K 0.89 0.14 0.01
246_K 300_Q 0.89 0.14 0.01
132_H 208_P 0.89 0.14 0.01
131_C 180_T 0.89 0.14 0.01
143_R 593_K 0.88 0.14 0.01
212_D 11_V 0.88 0.14 0.01
161_S 157_I 0.88 0.14 0.01
104_K 6_K 0.88 0.14 0.01
85_L 340_Y 0.88 0.14 0.01
200_K 341_L 0.88 0.14 0.01
221_A 3_A 0.88 0.14 0.01
274_A 209_N 0.88 0.14 0.01
305_D 114_R 0.88 0.14 0.01
293_P 618_R 0.88 0.14 0.01
85_L 566_E 0.88 0.14 0.01
206_E 577_M 0.88 0.14 0.01
24_A 619_S 0.88 0.14 0.01
288_E 155_S 0.88 0.14 0.01
28_L 70_L 0.88 0.14 0.01
225_A 557_F 0.88 0.14 0.01
70_T 13_Y 0.87 0.14 0.01
192_V 174_V 0.87 0.14 0.01
297_K 70_L 0.87 0.14 0.01
130_I 380_P 0.87 0.14 0.01
131_C 25_E 0.87 0.14 0.01
293_P 510_R 0.87 0.14 0.01
297_K 597_D 0.87 0.14 0.01
200_K 105_V 0.87 0.14 0.01
175_A 174_V 0.86 0.14 0.01
171_L 523_N 0.86 0.14 0.01
279_G 75_S 0.86 0.14 0.01
22_T 121_Q 0.86 0.14 0.01
37_H 617_I 0.86 0.14 0.01
189_A 383_I 0.86 0.14 0.01
223_I 353_M 0.86 0.14 0.01
203_I 614_L 0.86 0.14 0.01
35_F 140_D 0.86 0.14 0.01
143_R 328_D 0.86 0.14 0.01
208_N 30_P 0.86 0.14 0.01
232_V 617_I 0.86 0.14 0.01
228_L 604_P 0.86 0.13 0.01
276_H 123_L 0.86 0.13 0.01
172_L 209_N 0.86 0.13 0.01
263_T 187_K 0.86 0.13 0.01
220_A 396_I 0.86 0.13 0.01
47_L 113_D 0.85 0.13 0.01
225_A 115_F 0.85 0.13 0.01
240_P 590_K 0.85 0.13 0.01
120_D 87_M 0.85 0.13 0.01
192_V 224_D 0.85 0.13 0.01
116_T 376_E 0.85 0.13 0.01
152_Y 223_R 0.85 0.13 0.01
289_L 124_A 0.85 0.13 0.01
156_S 318_A 0.85 0.13 0.01
69_S 535_T 0.85 0.13 0.01
314_L 528_D 0.85 0.13 0.01
56_V 51_C 0.85 0.13 0.01
192_V 222_T 0.85 0.13 0.01
282_V 30_P 0.85 0.13 0.01
138_A 180_T 0.85 0.13 0.01
196_T 174_V 0.85 0.13 0.01
34_G 128_R 0.84 0.13 0.01
60_E 158_V 0.84 0.13 0.01
282_V 75_S 0.84 0.13 0.01
190_A 102_S 0.84 0.13 0.01
134_T 367_N 0.84 0.13 0.01
269_C 190_R 0.84 0.13 0.01
91_R 10_V 0.84 0.13 0.01
183_I 549_K 0.84 0.13 0.01
90_V 164_V 0.84 0.13 0.01
188_E 516_Y 0.84 0.13 0.01
293_P 577_M 0.84 0.13 0.01
255_R 1_V 0.84 0.13 0.01
304_K 195_E 0.84 0.13 0.01
50_S 592_Y 0.84 0.13 0.01
140_I 308_L 0.84 0.13 0.01
16_I 203_S 0.84 0.13 0.01
188_E 565_L 0.84 0.13 0.01
180_V 1_V 0.84 0.13 0.01
263_T 151_K 0.83 0.13 0.01
219_R 375_D 0.83 0.13 0.01
210_T 151_K 0.83 0.13 0.01
211_I 282_D 0.83 0.13 0.01
46_I 187_K 0.83 0.12 0.01
187_V 71_A 0.83 0.12 0.01
211_I 497_I 0.83 0.12 0.01
189_A 328_D 0.83 0.12 0.01
268_N 547_G 0.83 0.12 0.01
120_D 22_K 0.83 0.12 0.01
149_G 342_A 0.83 0.12 0.01
245_E 115_F 0.83 0.12 0.01
100_L 10_V 0.83 0.12 0.01
261_E 18_R 0.83 0.12 0.01
123_I 498_R 0.83 0.12 0.01
267_A 18_R 0.83 0.12 0.01
208_N 617_I 0.82 0.12 0.01
191_R 199_D 0.82 0.12 0.01
290_L 396_I 0.82 0.12 0.01
205_M 30_P 0.82 0.12 0.01
266_S 45_R 0.82 0.12 0.01
274_A 611_N 0.82 0.12 0.01
208_N 111_Q 0.82 0.12 0.01
138_A 105_V 0.82 0.12 0.01
124_V 28_M 0.82 0.12 0.01
154_P 590_K 0.82 0.12 0.01
56_V 379_T 0.82 0.12 0.01
23_H 566_E 0.82 0.12 0.01
310_R 308_L 0.82 0.12 0.01
108_G 572_Y 0.82 0.12 0.01
169_G 183_T 0.82 0.12 0.01
289_L 1_V 0.82 0.12 0.01
257_V 327_D 0.82 0.12 0.01
89_A 349_P 0.82 0.12 0.01
171_L 70_L 0.82 0.12 0.01
293_P 159_Y 0.82 0.12 0.01
103_N 21_I 0.82 0.12 0.01
293_P 95_N 0.82 0.12 0.01
227_Q 485_L 0.82 0.12 0.01
288_E 253_I 0.82 0.12 0.01
226_E 322_K 0.81 0.12 0.01
87_G 374_Y 0.81 0.12 0.01
228_L 54_Q 0.81 0.12 0.01
305_D 139_A 0.81 0.12 0.01
205_M 11_V 0.81 0.12 0.01
150_R 180_T 0.81 0.12 0.01
274_A 219_Q 0.81 0.12 0.01
109_P 10_V 0.81 0.12 0.01
171_L 11_V 0.81 0.12 0.01
217_I 68_D 0.81 0.12 0.01
100_L 106_S 0.81 0.12 0.01
305_D 41_T 0.81 0.12 0.01
22_T 375_D 0.81 0.12 0.01
269_C 177_K 0.81 0.12 0.01
110_V 149_L 0.81 0.12 0.01
297_K 125_C 0.81 0.12 0.01
311_G 610_F 0.81 0.12 0.01
31_L 519_M 0.81 0.12 0.01
223_I 82_A 0.81 0.12 0.01
32_E 197_A 0.81 0.12 0.01
188_E 183_T 0.81 0.12 0.01
51_M 511_P 0.81 0.12 0.01
42_A 7_R 0.81 0.12 0.01
144_I 599_N 0.81 0.12 0.01
303_I 337_V 0.81 0.12 0.01
89_A 617_I 0.81 0.12 0.01
173_V 28_M 0.81 0.12 0.01
124_V 26_D 0.81 0.12 0.01
31_L 551_Q 0.81 0.12 0.01
311_G 8_G 0.81 0.12 0.01
90_V 369_I 0.81 0.12 0.01
273_E 577_M 0.80 0.12 0.01
217_I 222_T 0.80 0.12 0.01
144_I 374_Y 0.80 0.12 0.01
295_L 593_K 0.80 0.12 0.01
52_P 347_I 0.80 0.12 0.01
56_V 144_V 0.80 0.12 0.01
104_K 112_E 0.80 0.12 0.01
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.1636 seconds.