May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
m-l
Genes: A B A+B
Length: 513 215 706
Sequences: 252 206 216
Seq/Len: 0.49 0.96 0.31
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.72
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.30
2 0.00 0.00 0.30
5 0.00 0.00 0.30
10 0.00 0.00 0.30
20 0.00 0.00 0.30
100 0.00 0.00 0.30
∞ 0.00 0.00 0.30
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
16_M 24_A 1.58 0.48 0.00
120_R 18_A 1.51 0.43 0.00
382_A 147_E 1.46 0.40 0.00
93_I 141_Q 1.40 0.36 0.00
24_L 52_I 1.32 0.31 0.00
92_Y 28_I 1.31 0.31 0.00
205_S 194_T 1.27 0.28 0.00
126_D 32_E 1.26 0.28 0.00
20_F 33_I 1.21 0.25 0.00
233_Y 52_I 1.21 0.25 0.00
82_V 148_M 1.21 0.25 0.00
482_G 159_N 1.20 0.24 0.00
24_L 55_L 1.17 0.23 0.00
351_V 170_S 1.17 0.23 0.00
120_R 190_M 1.16 0.22 0.00
328_I 147_E 1.13 0.21 0.00
359_S 44_I 1.11 0.21 0.00
132_G 46_L 1.09 0.20 0.00
328_I 69_L 1.09 0.19 0.00
482_G 24_A 1.08 0.19 0.00
24_L 46_L 1.08 0.19 0.00
59_T 119_N 1.08 0.19 0.00
243_D 189_Q 1.07 0.19 0.00
62_D 18_A 1.07 0.19 0.00
211_V 136_D 1.07 0.19 0.00
226_A 22_V 1.07 0.19 0.00
448_V 18_A 1.06 0.18 0.00
234_S 148_M 1.06 0.18 0.00
23_M 34_G 1.06 0.18 0.00
492_T 172_N 1.06 0.18 0.00
385_S 188_E 1.05 0.18 0.00
46_A 19_V 1.05 0.18 0.00
359_S 77_G 1.05 0.18 0.00
205_S 29_T 1.05 0.18 0.00
501_L 55_L 1.05 0.18 0.00
259_L 144_Y 1.04 0.18 0.00
501_L 3_L 1.03 0.17 0.00
138_N 18_A 1.03 0.17 0.00
39_M 137_S 1.03 0.17 0.00
171_K 111_G 1.02 0.17 0.00
358_A 168_S 1.02 0.17 0.00
86_S 18_A 1.01 0.16 0.00
210_D 212_S 1.01 0.16 0.00
386_V 129_K 1.01 0.16 0.00
219_Y 48_T 1.00 0.16 0.00
164_I 41_M 1.00 0.16 0.00
329_S 148_M 1.00 0.16 0.00
436_K 29_T 1.00 0.16 0.00
98_T 19_V 1.00 0.16 0.00
39_M 103_M 0.99 0.16 0.00
239_I 209_S 0.99 0.15 0.00
21_I 47_L 0.98 0.15 0.00
480_G 198_A 0.98 0.15 0.00
485_V 153_A 0.98 0.15 0.00
487_I 18_A 0.98 0.15 0.00
395_K 18_A 0.98 0.15 0.00
237_Q 55_L 0.98 0.15 0.00
478_R 179_I 0.98 0.15 0.00
370_G 33_I 0.97 0.15 0.00
345_S 59_E 0.97 0.15 0.00
201_A 166_L 0.97 0.15 0.00
130_G 5_S 0.97 0.15 0.00
482_G 74_L 0.97 0.15 0.00
69_K 19_V 0.97 0.15 0.00
427_N 32_E 0.96 0.15 0.00
375_S 46_L 0.96 0.15 0.00
26_M 41_M 0.96 0.15 0.00
401_T 44_I 0.96 0.14 0.00
207_W 48_T 0.96 0.14 0.00
198_I 42_L 0.96 0.14 0.00
263_D 12_A 0.96 0.14 0.00
306_G 170_S 0.96 0.14 0.00
279_N 141_Q 0.95 0.14 0.00
314_S 209_S 0.95 0.14 0.00
380_T 64_E 0.95 0.14 0.00
126_D 29_T 0.95 0.14 0.00
480_G 68_T 0.95 0.14 0.00
57_L 33_I 0.95 0.14 0.00
21_I 33_I 0.95 0.14 0.00
82_V 197_I 0.94 0.14 0.00
49_S 175_A 0.94 0.14 0.00
192_F 139_A 0.94 0.14 0.00
466_N 131_I 0.94 0.14 0.00
95_T 140_G 0.93 0.14 0.00
347_S 207_M 0.93 0.14 0.00
371_K 191_A 0.93 0.14 0.00
79_A 41_M 0.92 0.13 0.00
489_E 193_M 0.92 0.13 0.00
164_I 48_T 0.92 0.13 0.00
459_P 183_A 0.92 0.13 0.00
423_G 194_T 0.92 0.13 0.00
205_S 203_V 0.92 0.13 0.00
258_V 165_Q 0.92 0.13 0.00
78_T 155_M 0.92 0.13 0.00
187_Y 148_M 0.92 0.13 0.00
144_I 48_T 0.92 0.13 0.00
482_G 203_V 0.91 0.13 0.00
103_G 19_V 0.91 0.13 0.00
302_F 83_E 0.91 0.13 0.00
258_V 127_A 0.91 0.13 0.00
501_L 209_S 0.91 0.13 0.00
170_K 189_Q 0.91 0.13 0.00
501_L 213_N 0.91 0.13 0.00
181_E 51_L 0.91 0.13 0.00
290_G 48_T 0.91 0.13 0.00
401_T 153_A 0.90 0.13 0.00
39_M 136_D 0.90 0.13 0.00
202_A 175_A 0.90 0.13 0.00
330_A 57_A 0.90 0.13 0.00
288_A 34_G 0.90 0.13 0.00
398_D 153_A 0.90 0.12 0.00
470_A 18_A 0.90 0.12 0.00
270_S 12_A 0.90 0.12 0.00
470_A 79_A 0.90 0.12 0.00
24_L 45_G 0.89 0.12 0.00
480_G 193_M 0.89 0.12 0.00
349_A 137_S 0.89 0.12 0.00
445_G 188_E 0.89 0.12 0.00
58_L 59_E 0.89 0.12 0.00
295_D 102_A 0.89 0.12 0.00
134_T 134_T 0.89 0.12 0.00
244_K 19_V 0.89 0.12 0.00
233_Y 48_T 0.89 0.12 0.00
280_G 196_N 0.89 0.12 0.00
24_L 12_A 0.89 0.12 0.00
205_S 44_I 0.88 0.12 0.00
185_E 18_A 0.88 0.12 0.00
126_D 35_P 0.88 0.12 0.00
156_G 18_A 0.88 0.12 0.00
501_L 18_A 0.88 0.12 0.00
197_A 148_M 0.88 0.12 0.00
411_T 51_L 0.88 0.12 0.00
54_N 18_A 0.88 0.12 0.00
501_L 8_V 0.88 0.12 0.00
277_I 19_V 0.87 0.12 0.00
22_A 24_A 0.87 0.12 0.00
74_K 112_E 0.87 0.12 0.00
42_K 186_L 0.87 0.12 0.00
46_A 170_S 0.87 0.12 0.00
494_L 163_K 0.87 0.12 0.00
443_E 188_E 0.87 0.12 0.00
21_I 52_I 0.87 0.12 0.00
358_A 120_S 0.87 0.12 0.00
32_V 25_L 0.87 0.12 0.00
21_I 24_A 0.87 0.12 0.00
386_V 137_S 0.86 0.12 0.00
83_Q 191_A 0.86 0.12 0.00
443_E 199_S 0.86 0.12 0.00
137_G 44_I 0.86 0.12 0.00
212_K 187_K 0.86 0.12 0.00
70_G 18_A 0.86 0.11 0.00
489_E 50_A 0.86 0.11 0.00
383_T 209_S 0.85 0.11 0.00
26_M 60_P 0.85 0.11 0.00
231_A 140_G 0.85 0.11 0.00
65_A 71_Y 0.85 0.11 0.00
77_E 44_I 0.85 0.11 0.00
446_L 163_K 0.85 0.11 0.00
222_A 136_D 0.85 0.11 0.00
241_V 193_M 0.85 0.11 0.00
389_T 214_K 0.85 0.11 0.00
68_A 54_A 0.85 0.11 0.00
483_D 71_Y 0.85 0.11 0.00
84_A 129_K 0.85 0.11 0.00
406_G 197_I 0.85 0.11 0.00
20_F 207_M 0.85 0.11 0.00
287_T 41_M 0.85 0.11 0.00
471_Q 169_A 0.85 0.11 0.00
259_L 67_W 0.85 0.11 0.00
95_T 195_A 0.84 0.11 0.00
56_S 44_I 0.84 0.11 0.00
283_V 29_T 0.84 0.11 0.00
144_I 124_F 0.84 0.11 0.00
410_P 163_K 0.84 0.11 0.00
386_V 24_A 0.84 0.11 0.00
302_F 196_N 0.84 0.11 0.00
44_E 64_E 0.84 0.11 0.00
398_D 207_M 0.84 0.11 0.00
487_I 206_G 0.84 0.11 0.00
492_T 2_A 0.84 0.11 0.00
416_G 51_L 0.84 0.11 0.00
422_K 211_M 0.84 0.11 0.00
181_E 33_I 0.84 0.11 0.00
438_L 174_Q 0.84 0.11 0.00
219_Y 39_T 0.83 0.11 0.00
62_D 41_M 0.83 0.11 0.00
243_D 213_N 0.83 0.11 0.00
190_Y 147_E 0.83 0.11 0.00
304_E 127_A 0.83 0.11 0.00
253_V 22_V 0.83 0.11 0.00
400_K 158_L 0.83 0.11 0.00
33_I 158_L 0.83 0.11 0.00
509_I 214_K 0.83 0.11 0.00
50_S 184_A 0.83 0.11 0.00
61_L 186_L 0.83 0.11 0.00
226_A 64_E 0.83 0.11 0.00
444_V 150_M 0.83 0.11 0.00
358_A 127_A 0.83 0.11 0.00
195_F 176_N 0.83 0.11 0.00
155_L 109_V 0.82 0.11 0.00
135_K 18_A 0.82 0.10 0.00
327_T 148_M 0.82 0.10 0.00
513_Q 172_N 0.82 0.10 0.00
388_G 159_N 0.82 0.10 0.00
448_V 57_A 0.82 0.10 0.00
252_K 214_K 0.82 0.10 0.00
94_G 51_L 0.82 0.10 0.00
119_D 127_A 0.82 0.10 0.00
426_S 65_L 0.82 0.10 0.00
24_L 7_K 0.82 0.10 0.00
201_A 19_V 0.82 0.10 0.00
144_I 191_A 0.82 0.10 0.00
24_L 48_T 0.82 0.10 0.00
331_D 124_F 0.81 0.10 0.00
141_I 189_Q 0.81 0.10 0.00
447_D 141_Q 0.81 0.10 0.00
23_M 183_A 0.81 0.10 0.00
293_E 181_E 0.81 0.10 0.00
178_K 4_L 0.81 0.10 0.00
312_K 40_V 0.81 0.10 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.0768 seconds.