May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
M-N
Genes: A B A+B
Length: 484 303 743
Sequences: 250 209 196
Seq/Len: 0.52 0.69 0.26
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.90
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.03 0.25
2 0.00 0.03 0.25
5 0.00 0.03 0.25
10 0.00 0.03 0.25
20 0.00 0.03 0.25
100 0.00 0.03 0.25
∞ 0.00 0.04 0.25
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
335_S 220_I 1.66 0.48 0.00
440_N 234_A 1.46 0.35 0.00
453_G 78_I 1.39 0.32 0.00
360_T 177_I 1.33 0.28 0.00
240_T 45_D 1.32 0.28 0.00
447_L 34_I 1.30 0.27 0.00
67_L 178_K 1.30 0.27 0.00
104_Y 234_A 1.29 0.26 0.00
404_I 74_L 1.27 0.25 0.00
388_E 200_V 1.27 0.25 0.00
431_T 71_Y 1.26 0.25 0.00
269_G 247_D 1.25 0.24 0.00
102_D 227_E 1.25 0.24 0.00
110_E 97_S 1.25 0.24 0.00
269_G 70_L 1.24 0.24 0.00
464_K 220_I 1.23 0.23 0.00
360_T 282_Q 1.23 0.23 0.00
375_I 20_N 1.23 0.23 0.00
328_V 220_I 1.20 0.22 0.00
286_G 25_A 1.19 0.22 0.00
234_D 57_P 1.18 0.21 0.00
460_E 172_V 1.18 0.21 0.00
139_V 77_A 1.15 0.20 0.00
207_Y 50_I 1.15 0.20 0.00
323_D 177_I 1.14 0.19 0.00
234_D 247_D 1.13 0.19 0.00
50_A 224_N 1.12 0.19 0.00
265_Q 245_S 1.12 0.18 0.00
329_A 230_H 1.12 0.18 0.00
329_A 100_D 1.11 0.18 0.00
390_G 62_N 1.11 0.18 0.00
374_R 226_R 1.10 0.18 0.00
234_D 70_L 1.10 0.18 0.00
373_F 301_W 1.09 0.18 0.00
158_Y 302_N 1.09 0.18 0.00
234_D 54_M 1.09 0.17 0.00
252_Q 31_D 1.09 0.17 0.00
64_I 220_I 1.08 0.17 0.00
456_V 196_G 1.08 0.17 0.00
342_K 178_K 1.08 0.17 0.00
146_S 234_A 1.08 0.17 0.00
283_K 74_L 1.08 0.17 0.00
182_V 169_S 1.08 0.17 0.00
173_A 303_Y 1.08 0.17 0.00
34_Q 245_S 1.07 0.17 0.00
189_V 34_I 1.06 0.17 0.00
183_K 38_K 1.06 0.17 0.00
244_G 46_L 1.06 0.17 0.00
356_S 212_K 1.06 0.16 0.00
342_K 279_A 1.06 0.16 0.00
182_V 196_G 1.06 0.16 0.00
325_N 222_F 1.05 0.16 0.00
172_A 286_S 1.05 0.16 0.00
447_L 59_D 1.05 0.16 0.00
194_L 232_A 1.04 0.16 0.00
87_E 83_I 1.04 0.16 0.00
57_S 36_M 1.04 0.16 0.00
344_N 277_D 1.04 0.16 0.00
183_K 303_Y 1.04 0.16 0.00
182_V 231_E 1.04 0.15 0.00
397_S 25_A 1.03 0.15 0.00
404_I 223_P 1.03 0.15 0.00
311_V 48_E 1.02 0.15 0.00
2_E 195_L 1.02 0.15 0.00
381_P 288_R 1.02 0.15 0.00
93_D 287_E 1.02 0.15 0.00
292_P 300_M 1.02 0.15 0.00
383_G 223_P 1.02 0.15 0.00
111_I 90_S 1.02 0.15 0.00
298_T 188_S 1.02 0.15 0.00
87_E 78_I 1.01 0.15 0.00
305_N 199_P 1.01 0.15 0.00
332_P 48_E 1.01 0.15 0.00
306_V 219_W 1.01 0.15 0.00
291_V 36_M 1.01 0.15 0.00
298_T 296_F 1.01 0.15 0.00
331_A 249_I 1.00 0.14 0.00
466_V 71_Y 1.00 0.14 0.00
104_Y 257_A 1.00 0.14 0.00
442_Q 162_I 1.00 0.14 0.00
182_V 241_A 1.00 0.14 0.00
372_T 272_S 1.00 0.14 0.00
305_N 219_W 0.99 0.14 0.00
318_S 191_K 0.99 0.14 0.00
327_I 197_L 0.99 0.14 0.00
259_A 173_T 0.99 0.14 0.00
471_Y 157_V 0.99 0.14 0.00
172_A 238_N 0.98 0.14 0.00
103_G 62_N 0.98 0.14 0.00
70_Q 44_I 0.97 0.14 0.00
105_T 161_Y 0.97 0.14 0.00
274_L 234_A 0.97 0.14 0.00
396_K 56_F 0.97 0.14 0.00
202_A 188_S 0.97 0.14 0.00
278_K 22_K 0.97 0.13 0.00
354_T 170_A 0.97 0.13 0.00
265_Q 267_G 0.96 0.13 0.00
414_E 220_I 0.96 0.13 0.00
458_I 221_F 0.96 0.13 0.00
85_P 292_K 0.96 0.13 0.00
188_D 69_S 0.95 0.13 0.00
31_S 276_K 0.95 0.13 0.00
135_I 175_Y 0.95 0.13 0.00
22_V 177_I 0.95 0.13 0.00
106_K 50_I 0.95 0.13 0.00
436_G 218_F 0.95 0.13 0.00
404_I 177_I 0.95 0.13 0.00
432_V 279_A 0.95 0.13 0.00
162_H 249_I 0.95 0.13 0.00
251_G 283_L 0.95 0.13 0.00
72_V 197_L 0.95 0.13 0.00
193_A 302_N 0.95 0.13 0.00
374_R 100_D 0.94 0.13 0.00
158_Y 289_V 0.94 0.13 0.00
322_V 94_T 0.94 0.13 0.00
468_A 216_E 0.94 0.13 0.00
461_I 222_F 0.94 0.12 0.00
163_F 17_I 0.94 0.12 0.00
139_V 216_E 0.94 0.12 0.00
284_F 196_G 0.93 0.12 0.00
178_W 58_V 0.93 0.12 0.00
209_A 296_F 0.93 0.12 0.00
347_P 172_V 0.93 0.12 0.00
472_L 157_V 0.93 0.12 0.00
27_S 177_I 0.93 0.12 0.00
328_V 224_N 0.93 0.12 0.00
6_A 199_P 0.93 0.12 0.00
143_F 44_I 0.93 0.12 0.00
411_F 35_L 0.93 0.12 0.00
471_Y 16_L 0.93 0.12 0.00
210_I 67_R 0.92 0.12 0.00
336_S 272_S 0.92 0.12 0.00
359_G 220_I 0.92 0.12 0.00
321_G 70_L 0.92 0.12 0.00
249_V 99_K 0.92 0.12 0.00
403_T 160_E 0.92 0.12 0.00
457_T 206_T 0.92 0.12 0.00
266_D 53_P 0.91 0.12 0.00
89_M 195_L 0.91 0.12 0.00
473_L 279_A 0.91 0.12 0.00
61_Y 241_A 0.91 0.12 0.00
325_N 245_S 0.91 0.12 0.00
118_Y 178_K 0.91 0.12 0.00
269_G 57_P 0.91 0.12 0.00
458_I 214_Y 0.91 0.12 0.00
383_G 202_P 0.91 0.12 0.00
460_E 81_G 0.91 0.12 0.00
98_W 44_I 0.91 0.12 0.00
419_V 239_N 0.90 0.12 0.00
317_V 80_K 0.90 0.12 0.00
421_G 71_Y 0.90 0.12 0.00
380_G 77_A 0.90 0.12 0.00
409_L 257_A 0.90 0.12 0.00
298_T 222_F 0.90 0.11 0.00
358_T 287_E 0.90 0.11 0.00
448_A 257_A 0.90 0.11 0.00
180_N 242_L 0.90 0.11 0.00
91_R 285_E 0.89 0.11 0.00
374_R 181_W 0.89 0.11 0.00
432_V 12_T 0.89 0.11 0.00
348_G 246_F 0.89 0.11 0.00
354_T 50_I 0.89 0.11 0.00
440_N 159_A 0.89 0.11 0.00
209_A 17_I 0.89 0.11 0.00
400_E 98_M 0.89 0.11 0.00
313_N 51_N 0.89 0.11 0.00
379_P 51_N 0.89 0.11 0.00
40_K 257_A 0.89 0.11 0.00
15_E 44_I 0.89 0.11 0.00
126_L 231_E 0.89 0.11 0.00
400_E 279_A 0.89 0.11 0.00
480_I 172_V 0.89 0.11 0.00
300_S 33_D 0.89 0.11 0.00
319_F 267_G 0.89 0.11 0.00
225_T 282_Q 0.89 0.11 0.00
443_C 198_C 0.89 0.11 0.00
445_S 78_I 0.88 0.11 0.00
57_S 25_A 0.88 0.11 0.00
131_K 136_T 0.88 0.11 0.00
41_G 224_N 0.88 0.11 0.00
481_Y 289_V 0.88 0.11 0.00
455_Q 99_K 0.88 0.11 0.00
71_A 286_S 0.88 0.11 0.00
346_S 165_Q 0.88 0.11 0.00
64_I 245_S 0.88 0.11 0.00
436_G 247_D 0.88 0.11 0.00
435_T 291_E 0.88 0.11 0.00
402_A 291_E 0.87 0.11 0.00
382_T 188_S 0.87 0.11 0.00
182_V 256_N 0.87 0.11 0.00
230_L 181_W 0.87 0.11 0.00
324_A 177_I 0.87 0.11 0.00
92_G 250_L 0.87 0.11 0.00
118_Y 74_L 0.87 0.11 0.00
149_K 62_N 0.87 0.11 0.00
408_L 38_K 0.87 0.11 0.00
431_T 105_L 0.87 0.11 0.00
89_M 193_R 0.87 0.11 0.00
131_K 112_D 0.87 0.11 0.00
388_E 226_R 0.87 0.11 0.00
197_A 74_L 0.87 0.11 0.00
251_G 255_F 0.87 0.11 0.00
310_G 219_W 0.87 0.11 0.00
38_E 291_E 0.86 0.10 0.00
329_A 267_G 0.86 0.10 0.00
335_S 74_L 0.86 0.10 0.00
332_P 193_R 0.86 0.10 0.00
260_G 19_D 0.86 0.10 0.00
366_K 159_A 0.86 0.10 0.00
189_V 37_G 0.86 0.10 0.00
48_E 263_E 0.86 0.10 0.00
416_G 273_D 0.86 0.10 0.00
262_V 169_S 0.86 0.10 0.00
124_A 43_I 0.85 0.10 0.00
251_G 26_Y 0.85 0.10 0.00
144_D 75_T 0.85 0.10 0.00
230_L 226_R 0.85 0.10 0.00
155_K 220_I 0.85 0.10 0.00
9_L 182_Y 0.85 0.10 0.00
23_T 293_I 0.85 0.10 0.00
103_G 61_A 0.85 0.10 0.00
113_A 177_I 0.85 0.10 0.00
304_M 218_F 0.85 0.10 0.00
242_F 67_R 0.85 0.10 0.00
251_G 301_W 0.85 0.10 0.00
348_G 197_L 0.85 0.10 0.00
167_P 264_N 0.85 0.10 0.00
363_N 78_I 0.85 0.10 0.00
87_E 222_F 0.85 0.10 0.00
378_I 88_A 0.85 0.10 0.00
457_T 178_K 0.85 0.10 0.00
55_A 97_S 0.85 0.10 0.00
457_T 94_T 0.85 0.10 0.00
464_K 178_K 0.85 0.10 0.00
108_G 257_A 0.84 0.10 0.00
193_A 237_D 0.84 0.10 0.00
354_T 231_E 0.84 0.10 0.00
441_A 16_L 0.84 0.10 0.00
44_A 96_K 0.84 0.10 0.00
243_Q 91_Y 0.84 0.10 0.00
135_I 198_C 0.84 0.10 0.00
238_K 273_D 0.84 0.10 0.00
319_F 221_F 0.84 0.10 0.00
425_K 55_Y 0.84 0.10 0.00
474_P 17_I 0.84 0.10 0.00
269_G 55_Y 0.84 0.10 0.00
239_P 264_N 0.84 0.10 0.00
214_D 224_N 0.84 0.10 0.00
182_V 76_K 0.84 0.10 0.00
93_D 224_N 0.84 0.10 0.00
286_G 44_I 0.84 0.10 0.00
10_M 14_A 0.84 0.10 0.00
359_G 44_I 0.84 0.10 0.00
193_A 71_Y 0.84 0.10 0.00
292_P 161_Y 0.84 0.10 0.00
376_K 41_W 0.84 0.10 0.00
41_G 298_Q 0.84 0.10 0.00
311_V 226_R 0.84 0.10 0.00
422_F 70_L 0.84 0.10 0.00
175_L 238_N 0.84 0.10 0.00
250_N 271_I 0.84 0.10 0.00
453_G 300_M 0.84 0.10 0.00
244_G 289_V 0.83 0.10 0.00
179_Q 218_F 0.83 0.10 0.00
319_F 273_D 0.83 0.10 0.00
301_A 260_Y 0.83 0.10 0.00
303_K 252_S 0.83 0.10 0.00
483_I 14_A 0.83 0.10 0.00
427_A 37_G 0.83 0.10 0.00
157_K 178_K 0.83 0.10 0.00
396_K 57_P 0.83 0.10 0.00
347_P 198_C 0.83 0.10 0.00
115_I 255_F 0.83 0.10 0.00
323_D 98_M 0.83 0.10 0.00
12_E 94_T 0.83 0.10 0.00
116_E 34_I 0.83 0.10 0.00
309_R 42_E 0.83 0.10 0.00
332_P 252_S 0.83 0.10 0.00
320_A 234_A 0.83 0.10 0.00
411_F 41_W 0.83 0.10 0.00
322_V 58_V 0.83 0.10 0.00
272_T 300_M 0.83 0.10 0.00
455_Q 271_I 0.83 0.10 0.00
437_N 44_I 0.83 0.10 0.00
182_V 54_M 0.83 0.10 0.00
397_S 225_A 0.83 0.10 0.00
194_L 32_R 0.83 0.10 0.00
427_A 7_Q 0.82 0.10 0.00
82_G 221_F 0.82 0.10 0.00
105_T 273_D 0.82 0.10 0.00
164_K 36_M 0.82 0.10 0.00
300_S 173_T 0.82 0.10 0.00
386_R 71_Y 0.82 0.10 0.00
391_V 18_S 0.82 0.10 0.00
408_L 279_A 0.82 0.10 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.306 seconds.