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OPENSEQ.org
ef
Genes: A B A+B
Length: 171 619 778
Sequences: 243 620 238
Seq/Len: 1.42 1 0.31
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.87
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.29
2 0.00 0.00 0.29
5 0.00 0.00 0.29
10 0.00 0.00 0.29
20 0.00 0.00 0.30
100 0.01 0.01 0.30
∞ 0.04 0.06 0.31
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
24_P 29_K 1.58 0.48 0.00
73_V 46_V 1.47 0.41 0.00
149_L 337_H 1.46 0.40 0.00
21_D 29_K 1.45 0.39 0.00
68_P 65_D 1.44 0.39 0.00
114_L 527_Q 1.41 0.37 0.00
49_L 22_E 1.39 0.35 0.00
49_L 193_Y 1.38 0.34 0.00
151_T 339_V 1.34 0.32 0.00
138_L 570_G 1.33 0.32 0.00
129_A 416_V 1.33 0.32 0.00
132_F 89_S 1.31 0.30 0.00
76_Y 572_G 1.31 0.30 0.00
100_Q 30_I 1.27 0.28 0.00
134_I 414_S 1.24 0.27 0.00
42_K 49_L 1.24 0.27 0.00
76_Y 325_L 1.24 0.26 0.00
39_S 318_I 1.22 0.26 0.00
98_I 471_L 1.21 0.25 0.00
162_V 242_D 1.21 0.25 0.00
62_D 174_L 1.18 0.24 0.00
132_F 524_A 1.18 0.23 0.00
43_A 354_L 1.17 0.23 0.00
47_R 17_R 1.17 0.23 0.00
130_L 11_Q 1.17 0.23 0.00
12_Q 532_G 1.16 0.23 0.00
24_P 301_L 1.16 0.23 0.00
104_T 16_V 1.16 0.22 0.00
130_L 417_S 1.15 0.22 0.00
138_L 532_G 1.14 0.22 0.00
18_R 564_D 1.14 0.22 0.00
83_G 47_E 1.14 0.22 0.00
92_P 233_L 1.14 0.21 0.00
105_F 30_I 1.12 0.21 0.00
149_L 448_M 1.12 0.21 0.00
149_L 264_L 1.12 0.21 0.00
153_M 290_L 1.10 0.20 0.00
94_L 21_A 1.10 0.20 0.00
149_L 238_F 1.09 0.20 0.00
43_A 352_H 1.09 0.20 0.00
105_F 24_A 1.08 0.19 0.00
153_M 545_L 1.08 0.19 0.00
94_L 600_T 1.08 0.19 0.00
29_E 29_K 1.07 0.19 0.00
64_T 278_R 1.07 0.19 0.00
53_L 251_A 1.07 0.19 0.00
55_T 322_P 1.07 0.18 0.00
45_V 15_H 1.06 0.18 0.00
22_D 240_D 1.06 0.18 0.00
99_H 540_A 1.06 0.18 0.00
134_I 118_A 1.06 0.18 0.00
68_P 79_A 1.06 0.18 0.00
103_A 30_I 1.06 0.18 0.00
55_T 611_A 1.06 0.18 0.00
153_M 214_A 1.05 0.18 0.00
113_T 449_N 1.05 0.18 0.00
94_L 27_F 1.05 0.18 0.00
64_T 345_R 1.05 0.18 0.00
135_E 36_L 1.05 0.18 0.00
124_E 576_L 1.04 0.18 0.00
163_V 174_L 1.04 0.18 0.00
114_L 529_Q 1.04 0.17 0.00
151_T 50_L 1.04 0.17 0.00
60_E 328_I 1.04 0.17 0.00
114_L 448_M 1.03 0.17 0.00
92_P 353_S 1.03 0.17 0.00
162_V 513_E 1.03 0.17 0.00
142_P 63_K 1.03 0.17 0.00
78_L 32_S 1.03 0.17 0.00
15_L 595_E 1.03 0.17 0.00
74_V 257_L 1.02 0.17 0.00
117_R 417_S 1.02 0.17 0.00
91_I 74_N 1.01 0.16 0.00
130_L 258_L 1.01 0.16 0.00
23_E 511_L 1.01 0.16 0.00
73_V 440_T 1.01 0.16 0.00
94_L 455_T 1.01 0.16 0.00
17_D 397_S 1.01 0.16 0.00
94_L 15_H 1.00 0.16 0.00
14_S 251_A 1.00 0.16 0.00
151_T 199_E 1.00 0.16 0.00
162_V 241_R 1.00 0.16 0.00
87_S 351_V 0.99 0.16 0.00
54_N 496_L 0.99 0.16 0.00
132_F 558_E 0.98 0.15 0.00
145_L 598_I 0.98 0.15 0.00
98_I 460_A 0.98 0.15 0.00
110_L 518_Y 0.98 0.15 0.00
69_A 313_F 0.98 0.15 0.00
79_P 600_T 0.98 0.15 0.00
40_Q 491_I 0.98 0.15 0.00
87_S 501_L 0.98 0.15 0.00
102_I 10_N 0.98 0.15 0.00
96_A 233_L 0.97 0.15 0.00
79_P 307_T 0.97 0.15 0.00
157_S 552_V 0.97 0.15 0.00
160_V 61_Q 0.97 0.15 0.00
42_K 328_I 0.97 0.15 0.00
154_D 246_P 0.97 0.15 0.00
80_A 264_L 0.97 0.15 0.00
43_A 24_A 0.97 0.15 0.00
158_G 148_Y 0.97 0.15 0.00
76_Y 483_H 0.97 0.15 0.00
147_L 432_Q 0.96 0.15 0.00
149_L 432_Q 0.96 0.15 0.00
121_A 93_V 0.96 0.15 0.00
55_T 78_I 0.96 0.15 0.00
102_I 462_S 0.96 0.15 0.00
113_T 125_Q 0.96 0.15 0.00
106_E 417_S 0.96 0.15 0.00
51_W 493_Q 0.96 0.14 0.00
17_D 29_K 0.96 0.14 0.00
44_S 77_E 0.96 0.14 0.00
21_D 33_R 0.95 0.14 0.00
20_T 595_E 0.95 0.14 0.00
128_N 588_V 0.95 0.14 0.00
155_L 498_Y 0.95 0.14 0.00
136_G 523_D 0.95 0.14 0.00
78_L 15_H 0.95 0.14 0.00
128_N 604_G 0.95 0.14 0.00
69_A 285_G 0.95 0.14 0.00
143_M 54_A 0.94 0.14 0.00
75_N 348_D 0.94 0.14 0.00
128_N 65_D 0.94 0.14 0.00
157_S 618_T 0.94 0.14 0.00
11_L 20_A 0.94 0.14 0.00
98_I 92_V 0.94 0.14 0.00
53_L 146_A 0.94 0.14 0.00
116_V 336_E 0.94 0.14 0.00
55_T 147_E 0.94 0.14 0.00
162_V 39_M 0.94 0.14 0.00
97_L 435_V 0.93 0.14 0.00
87_S 495_S 0.93 0.14 0.00
153_M 103_S 0.93 0.14 0.00
154_D 346_P 0.93 0.14 0.00
160_V 495_S 0.93 0.14 0.00
162_V 583_F 0.93 0.14 0.00
68_P 114_T 0.93 0.14 0.00
69_A 73_H 0.93 0.14 0.00
42_K 197_N 0.93 0.14 0.00
133_E 76_L 0.92 0.13 0.00
69_A 484_D 0.92 0.13 0.00
78_L 143_V 0.92 0.13 0.00
100_Q 499_L 0.92 0.13 0.00
18_R 105_S 0.92 0.13 0.00
11_L 449_N 0.92 0.13 0.00
99_H 7_E 0.92 0.13 0.00
145_L 36_L 0.92 0.13 0.00
132_F 587_Y 0.92 0.13 0.00
136_G 181_P 0.92 0.13 0.00
15_L 606_I 0.91 0.13 0.00
163_V 437_A 0.91 0.13 0.00
123_G 524_A 0.91 0.13 0.00
76_Y 182_F 0.91 0.13 0.00
156_E 138_L 0.91 0.13 0.00
30_S 354_L 0.91 0.13 0.00
33_K 606_I 0.91 0.13 0.00
160_V 332_D 0.91 0.13 0.00
20_T 64_L 0.90 0.13 0.00
132_F 368_F 0.90 0.13 0.00
109_I 47_E 0.90 0.13 0.00
79_P 599_R 0.90 0.13 0.00
98_I 26_E 0.90 0.13 0.00
162_V 184_S 0.90 0.13 0.00
28_K 330_L 0.90 0.13 0.00
104_T 581_E 0.89 0.12 0.00
31_P 195_N 0.89 0.12 0.00
15_L 47_E 0.89 0.12 0.00
116_V 76_L 0.89 0.12 0.00
105_F 275_Q 0.89 0.12 0.00
163_V 241_R 0.89 0.12 0.00
90_D 198_D 0.89 0.12 0.00
64_T 241_R 0.89 0.12 0.00
57_S 530_I 0.89 0.12 0.00
76_Y 303_G 0.89 0.12 0.00
13_P 51_E 0.89 0.12 0.00
39_S 606_I 0.89 0.12 0.00
91_I 387_Y 0.88 0.12 0.00
156_E 66_A 0.88 0.12 0.00
159_H 362_T 0.88 0.12 0.00
94_L 172_L 0.88 0.12 0.00
117_R 581_E 0.88 0.12 0.00
98_I 292_V 0.88 0.12 0.00
134_I 445_P 0.88 0.12 0.00
27_L 194_L 0.88 0.12 0.00
83_G 514_L 0.88 0.12 0.00
98_I 513_E 0.88 0.12 0.00
139_W 52_G 0.88 0.12 0.00
67_T 244_A 0.87 0.12 0.00
56_T 596_T 0.87 0.12 0.00
116_V 415_F 0.87 0.12 0.00
135_E 598_I 0.87 0.12 0.00
105_F 46_V 0.87 0.12 0.00
146_R 318_I 0.87 0.12 0.00
138_L 553_F 0.87 0.12 0.00
82_A 263_A 0.87 0.12 0.00
22_D 598_I 0.87 0.12 0.00
58_L 575_L 0.87 0.12 0.00
132_F 282_R 0.87 0.12 0.00
51_W 583_F 0.87 0.12 0.00
102_I 60_V 0.87 0.12 0.00
46_L 27_F 0.87 0.12 0.00
23_E 384_Q 0.87 0.12 0.00
70_G 310_F 0.86 0.12 0.00
42_K 246_P 0.86 0.12 0.00
53_L 75_L 0.86 0.12 0.00
141_Q 30_I 0.86 0.12 0.00
109_I 371_F 0.86 0.12 0.00
149_L 200_Q 0.86 0.11 0.00
130_L 7_E 0.86 0.11 0.00
109_I 335_N 0.86 0.11 0.00
109_I 91_T 0.86 0.11 0.00
13_P 616_R 0.86 0.11 0.00
85_S 572_G 0.85 0.11 0.00
99_H 423_Q 0.85 0.11 0.00
88_S 192_L 0.85 0.11 0.00
112_S 398_S 0.85 0.11 0.00
129_A 398_S 0.85 0.11 0.00
13_P 540_A 0.85 0.11 0.00
66_H 111_E 0.85 0.11 0.00
95_E 545_L 0.85 0.11 0.00
151_T 495_S 0.85 0.11 0.00
90_D 366_Q 0.85 0.11 0.00
42_K 70_T 0.85 0.11 0.00
105_F 252_F 0.85 0.11 0.00
39_S 239_D 0.85 0.11 0.00
156_E 45_Y 0.85 0.11 0.00
118_A 518_Y 0.85 0.11 0.00
61_A 135_S 0.85 0.11 0.00
146_R 36_L 0.85 0.11 0.00
22_D 314_C 0.85 0.11 0.00
151_T 198_D 0.85 0.11 0.00
70_G 328_I 0.85 0.11 0.00
113_T 217_A 0.85 0.11 0.00
14_S 574_F 0.85 0.11 0.00
150_Q 73_H 0.84 0.11 0.00
136_G 293_L 0.84 0.11 0.00
151_T 554_G 0.84 0.11 0.00
76_Y 363_G 0.84 0.11 0.00
128_N 386_Y 0.84 0.11 0.00
53_L 93_V 0.84 0.11 0.00
70_G 533_L 0.84 0.11 0.00
134_I 256_R 0.84 0.11 0.00
148_L 39_M 0.84 0.11 0.00
24_P 411_G 0.84 0.11 0.00
90_D 480_S 0.84 0.11 0.00
98_I 155_V 0.84 0.11 0.00
56_T 475_S 0.84 0.11 0.00
47_R 46_V 0.84 0.11 0.00
49_L 5_L 0.84 0.11 0.00
95_E 409_Y 0.84 0.11 0.00
98_I 310_F 0.84 0.11 0.00
78_L 617_P 0.84 0.11 0.00
76_Y 467_A 0.84 0.11 0.00
104_T 518_Y 0.83 0.11 0.00
25_G 436_S 0.83 0.11 0.00
35_V 41_C 0.83 0.11 0.00
155_L 18_E 0.83 0.11 0.00
12_Q 107_G 0.83 0.11 0.00
100_Q 242_D 0.83 0.11 0.00
103_A 532_G 0.83 0.11 0.00
113_T 143_V 0.83 0.11 0.00
94_L 105_S 0.83 0.11 0.00
75_N 433_L 0.83 0.11 0.00
97_L 239_D 0.83 0.11 0.00
51_W 532_G 0.83 0.11 0.00
118_A 328_I 0.83 0.11 0.00
46_L 595_E 0.83 0.11 0.00
97_L 412_S 0.83 0.11 0.00
155_L 406_R 0.83 0.11 0.00
87_S 292_V 0.83 0.11 0.00
55_T 130_Y 0.82 0.11 0.00
145_L 330_L 0.82 0.11 0.00
19_L 445_P 0.82 0.11 0.00
78_L 49_L 0.82 0.10 0.00
145_L 439_C 0.82 0.10 0.00
23_E 141_L 0.82 0.10 0.00
69_A 569_R 0.82 0.10 0.00
143_M 182_F 0.82 0.10 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
0985 0.45 ef Δgene:(1, 1) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: Jackhmmer (2014_03) 0.00 Done
0982 0.29 ef Δgene:(1, 1) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2014_03) 0.00 Done
0979 0.31 ef Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2014_03) 0.00 Done - Shared
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