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OPENSEQ.org
gremlin BC
Genes: A B A+B
Length: 393 149 524
Sequences: 156 111 108
Seq/Len: 0.4 0.74 0.21
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.88
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.01 0.19
2 0.01 0.01 0.20
5 0.01 0.01 0.20
10 0.01 0.01 0.20
20 0.01 0.01 0.20
100 0.01 0.01 0.20
∞ 0.03 0.03 0.20
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
210_F 77_F 1.96 0.60 0.01
68_A 61_V 1.56 0.37 0.00
290_I 26_I 1.46 0.31 0.00
360_R 65_L 1.39 0.27 0.00
109_V 35_G 1.39 0.27 0.00
153_I 116_I 1.38 0.27 0.00
188_K 116_I 1.33 0.25 0.00
35_I 53_V 1.32 0.24 0.00
379_L 14_V 1.31 0.24 0.00
153_I 84_G 1.31 0.24 0.00
294_C 18_L 1.31 0.24 0.00
108_I 32_V 1.31 0.24 0.00
197_I 49_L 1.30 0.23 0.00
260_V 33_V 1.29 0.23 0.00
246_R 43_Q 1.29 0.23 0.00
90_I 36_Y 1.29 0.23 0.00
150_L 77_F 1.29 0.23 0.00
240_P 44_P 1.28 0.23 0.00
184_E 126_T 1.27 0.22 0.00
43_T 110_I 1.27 0.22 0.00
148_P 18_L 1.27 0.22 0.00
33_V 37_L 1.26 0.22 0.00
319_I 136_S 1.24 0.21 0.00
97_M 32_V 1.23 0.20 0.00
384_H 32_V 1.22 0.20 0.00
59_T 116_I 1.22 0.20 0.00
204_K 32_V 1.21 0.19 0.00
35_I 46_F 1.21 0.19 0.00
28_A 24_T 1.20 0.19 0.00
314_E 48_L 1.19 0.19 0.00
51_I 119_T 1.19 0.19 0.00
260_V 22_E 1.19 0.19 0.00
277_R 136_S 1.18 0.18 0.00
101_V 48_L 1.18 0.18 0.00
205_F 18_L 1.14 0.17 0.00
115_V 28_P 1.14 0.17 0.00
24_K 50_V 1.14 0.17 0.00
353_I 81_L 1.13 0.17 0.00
153_I 91_F 1.13 0.17 0.00
88_P 134_L 1.13 0.17 0.00
224_L 65_L 1.13 0.17 0.00
124_Q 112_V 1.13 0.17 0.00
75_T 58_Y 1.13 0.17 0.00
179_K 94_L 1.12 0.17 0.00
183_K 90_A 1.12 0.16 0.00
168_V 50_V 1.11 0.16 0.00
10_V 103_A 1.11 0.16 0.00
7_A 10_L 1.11 0.16 0.00
264_A 111_I 1.11 0.16 0.00
107_A 58_Y 1.11 0.16 0.00
71_I 12_L 1.10 0.16 0.00
299_V 77_F 1.10 0.16 0.00
33_V 86_V 1.10 0.16 0.00
302_T 119_T 1.10 0.16 0.00
232_F 130_G 1.10 0.16 0.00
108_I 136_S 1.10 0.16 0.00
77_E 29_A 1.10 0.16 0.00
133_G 83_T 1.10 0.16 0.00
357_L 55_L 1.10 0.16 0.00
22_H 116_I 1.09 0.15 0.00
267_D 114_G 1.09 0.15 0.00
354_M 125_L 1.09 0.15 0.00
15_G 84_G 1.09 0.15 0.00
51_I 85_I 1.09 0.15 0.00
238_A 18_L 1.08 0.15 0.00
113_M 75_R 1.08 0.15 0.00
202_L 57_T 1.08 0.15 0.00
152_E 14_V 1.07 0.15 0.00
161_I 54_S 1.07 0.15 0.00
177_F 54_S 1.07 0.15 0.00
222_Q 37_L 1.07 0.15 0.00
150_L 28_P 1.07 0.15 0.00
209_V 119_T 1.07 0.15 0.00
309_V 49_L 1.07 0.15 0.00
119_Y 27_V 1.06 0.14 0.00
305_F 88_K 1.06 0.14 0.00
62_K 75_R 1.06 0.14 0.00
217_A 26_I 1.06 0.14 0.00
212_D 144_F 1.06 0.14 0.00
66_T 20_F 1.05 0.14 0.00
90_I 31_L 1.05 0.14 0.00
50_G 132_T 1.05 0.14 0.00
93_Q 75_R 1.05 0.14 0.00
112_C 36_Y 1.04 0.14 0.00
106_N 12_L 1.04 0.14 0.00
71_I 19_I 1.04 0.14 0.00
337_I 69_M 1.04 0.14 0.00
229_E 142_I 1.04 0.14 0.00
52_L 122_K 1.04 0.14 0.00
124_Q 79_A 1.04 0.14 0.00
77_E 64_G 1.04 0.14 0.00
130_A 78_A 1.03 0.14 0.00
58_K 12_L 1.03 0.14 0.00
338_P 91_F 1.03 0.14 0.00
376_A 75_R 1.03 0.14 0.00
11_I 115_L 1.03 0.14 0.00
160_T 54_S 1.03 0.14 0.00
368_G 115_L 1.03 0.13 0.00
126_E 131_S 1.02 0.13 0.00
264_A 54_S 1.02 0.13 0.00
51_I 27_V 1.02 0.13 0.00
119_Y 31_L 1.02 0.13 0.00
112_C 75_R 1.02 0.13 0.00
108_I 70_I 1.02 0.13 0.00
66_T 18_L 1.01 0.13 0.00
210_F 79_A 1.01 0.13 0.00
263_F 115_L 1.00 0.13 0.00
293_N 57_T 1.00 0.13 0.00
197_I 138_A 1.00 0.13 0.00
59_T 129_F 0.99 0.12 0.00
304_Q 111_I 0.99 0.12 0.00
48_T 21_A 0.99 0.12 0.00
192_A 10_L 0.99 0.12 0.00
34_N 132_T 0.99 0.12 0.00
140_E 26_I 0.98 0.12 0.00
261_N 17_S 0.98 0.12 0.00
168_V 94_L 0.98 0.12 0.00
224_L 19_I 0.98 0.12 0.00
90_I 108_I 0.97 0.12 0.00
128_L 125_L 0.97 0.12 0.00
243_G 111_I 0.97 0.12 0.00
342_L 127_I 0.97 0.12 0.00
14_I 19_I 0.97 0.12 0.00
222_Q 49_L 0.96 0.12 0.00
12_L 78_A 0.96 0.12 0.00
59_T 94_L 0.96 0.12 0.00
267_D 24_T 0.96 0.12 0.00
22_H 6_L 0.96 0.12 0.00
150_L 17_S 0.96 0.12 0.00
35_I 54_S 0.96 0.12 0.00
265_A 128_T 0.96 0.12 0.00
106_N 94_L 0.96 0.12 0.00
200_E 50_V 0.95 0.12 0.00
342_L 111_I 0.95 0.12 0.00
59_T 49_L 0.95 0.11 0.00
177_F 83_T 0.95 0.11 0.00
212_D 69_M 0.95 0.11 0.00
113_M 36_Y 0.95 0.11 0.00
262_G 25_G 0.95 0.11 0.00
82_K 142_I 0.95 0.11 0.00
35_I 52_L 0.95 0.11 0.00
162_P 35_G 0.95 0.11 0.00
81_I 131_S 0.95 0.11 0.00
203_R 84_G 0.95 0.11 0.00
53_I 8_I 0.94 0.11 0.00
245_M 133_L 0.94 0.11 0.00
385_E 15_L 0.94 0.11 0.00
321_I 81_L 0.94 0.11 0.00
186_N 94_L 0.94 0.11 0.00
214_A 122_K 0.94 0.11 0.00
226_I 105_F 0.94 0.11 0.00
44_V 140_F 0.94 0.11 0.00
176_E 19_I 0.94 0.11 0.00
133_G 89_I 0.93 0.11 0.00
74_D 94_L 0.93 0.11 0.00
11_I 15_L 0.93 0.11 0.00
88_P 27_V 0.93 0.11 0.00
257_G 112_V 0.93 0.11 0.00
180_Q 91_F 0.92 0.11 0.00
49_T 115_L 0.92 0.11 0.00
84_K 129_F 0.92 0.11 0.00
221_A 139_T 0.92 0.11 0.00
149_T 71_L 0.92 0.11 0.00
267_D 136_S 0.92 0.11 0.00
377_E 77_F 0.92 0.11 0.00
377_E 115_L 0.92 0.11 0.00
89_N 27_V 0.92 0.11 0.00
276_K 94_L 0.92 0.11 0.00
34_N 119_T 0.91 0.10 0.00
129_Q 94_L 0.91 0.10 0.00
194_N 131_S 0.91 0.10 0.00
277_R 74_R 0.91 0.10 0.00
172_S 69_M 0.91 0.10 0.00
143_M 29_A 0.91 0.10 0.00
221_A 85_I 0.91 0.10 0.00
112_C 70_I 0.91 0.10 0.00
379_L 130_G 0.91 0.10 0.00
263_F 57_T 0.90 0.10 0.00
118_D 76_K 0.90 0.10 0.00
244_A 33_V 0.90 0.10 0.00
61_G 115_L 0.90 0.10 0.00
93_Q 36_Y 0.90 0.10 0.00
58_K 90_A 0.90 0.10 0.00
146_M 14_V 0.90 0.10 0.00
98_R 32_V 0.90 0.10 0.00
89_N 39_L 0.90 0.10 0.00
218_L 14_V 0.90 0.10 0.00
187_T 36_Y 0.90 0.10 0.00
90_I 33_V 0.89 0.10 0.00
78_E 75_R 0.89 0.10 0.00
59_T 131_S 0.89 0.10 0.00
58_K 125_L 0.89 0.10 0.00
30_P 57_T 0.88 0.10 0.00
28_A 53_V 0.88 0.10 0.00
12_L 72_Y 0.88 0.10 0.00
207_Y 139_T 0.88 0.10 0.00
182_A 77_F 0.88 0.10 0.00
148_P 111_I 0.88 0.10 0.00
11_I 82_I 0.88 0.10 0.00
153_I 65_L 0.88 0.10 0.00
146_M 75_R 0.88 0.10 0.00
160_T 22_E 0.88 0.10 0.00
381_E 59_V 0.88 0.10 0.00
363_N 82_I 0.88 0.10 0.00
210_F 32_V 0.88 0.10 0.00
210_F 72_Y 0.88 0.10 0.00
145_V 6_L 0.88 0.10 0.00
22_H 123_Q 0.88 0.10 0.00
325_T 18_L 0.88 0.10 0.00
100_T 146_Y 0.87 0.10 0.00
320_L 60_I 0.87 0.10 0.00
121_I 64_G 0.87 0.10 0.00
32_R 115_L 0.87 0.10 0.00
135_I 36_Y 0.87 0.10 0.00
71_I 98_V 0.87 0.10 0.00
157_F 31_L 0.87 0.10 0.00
207_Y 25_G 0.87 0.10 0.00
262_G 14_V 0.87 0.10 0.00
89_N 70_I 0.87 0.10 0.00
252_S 82_I 0.87 0.10 0.00
264_A 81_L 0.87 0.10 0.00
353_I 65_L 0.87 0.10 0.00
376_A 143_M 0.87 0.10 0.00
38_I 79_A 0.87 0.10 0.00
385_E 137_G 0.87 0.10 0.00
48_T 124_G 0.86 0.10 0.00
215_S 72_Y 0.86 0.09 0.00
237_N 91_F 0.86 0.09 0.00
192_A 12_L 0.86 0.09 0.00
140_E 17_S 0.86 0.09 0.00
135_I 33_V 0.86 0.09 0.00
338_P 138_A 0.86 0.09 0.00
295_R 74_R 0.86 0.09 0.00
297_D 74_R 0.86 0.09 0.00
197_I 89_I 0.86 0.09 0.00
344_D 71_L 0.86 0.09 0.00
24_K 126_T 0.86 0.09 0.00
106_N 50_V 0.86 0.09 0.00
132_I 27_V 0.86 0.09 0.00
232_F 10_L 0.86 0.09 0.00
366_I 26_I 0.85 0.09 0.00
169_I 20_F 0.85 0.09 0.00
23_Q 136_S 0.85 0.09 0.00
203_R 59_V 0.85 0.09 0.00
92_E 30_G 0.85 0.09 0.00
111_E 30_G 0.85 0.09 0.00
141_D 30_G 0.85 0.09 0.00
142_H 30_G 0.85 0.09 0.00
213_N 30_G 0.85 0.09 0.00
266_N 30_G 0.85 0.09 0.00
298_R 30_G 0.85 0.09 0.00
301_R 30_G 0.85 0.09 0.00
45_T 115_L 0.85 0.09 0.00
187_T 137_G 0.85 0.09 0.00
226_I 41_F 0.85 0.09 0.00
220_V 28_P 0.85 0.09 0.00
160_T 33_V 0.85 0.09 0.00
122_I 64_G 0.85 0.09 0.00
383_I 52_L 0.85 0.09 0.00
353_I 35_G 0.85 0.09 0.00
211_P 53_V 0.84 0.09 0.00
132_I 77_F 0.84 0.09 0.00
380_I 66_S 0.84 0.09 0.00
172_S 136_S 0.84 0.09 0.00
245_M 130_G 0.84 0.09 0.00
168_V 82_I 0.84 0.09 0.00
30_P 116_I 0.84 0.09 0.00
30_P 35_G 0.84 0.09 0.00
281_I 59_V 0.84 0.09 0.00
164_N 26_I 0.84 0.09 0.00
294_C 115_L 0.84 0.09 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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