May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
AaSiaPQM
Genes: A B A+B
Length: 616 328 922
Sequences: 330 6466 262
Seq/Len: 0.54 19.71 0.28
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.94
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.02 0.03 0.27
2 0.02 0.03 0.28
5 0.02 0.06 0.27
10 0.02 0.08 0.28
20 0.03 0.10 0.28
100 0.03 0.16 0.29
∞ 0.10 0.23 0.31
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
300_S 165_G 1.58 0.45 0.00
168_G 285_Q 1.44 0.36 0.00
449_L 198_A 1.40 0.34 0.00
599_L 288_T 1.34 0.30 0.00
377_G 164_K 1.33 0.30 0.00
595_I 113_E 1.33 0.30 0.00
140_F 184_G 1.30 0.28 0.00
228_N 82_A 1.29 0.28 0.00
606_I 114_V 1.28 0.27 0.00
75_M 105_L 1.28 0.27 0.00
610_V 274_G 1.27 0.26 0.00
140_F 251_D 1.26 0.26 0.00
88_Q 253_Q 1.26 0.26 0.00
169_I 161_A 1.25 0.26 0.00
14_V 164_K 1.24 0.25 0.00
193_V 123_A 1.24 0.25 0.00
98_F 128_L 1.23 0.24 0.00
130_I 55_N 1.23 0.24 0.00
16_F 62_L 1.23 0.24 0.00
16_F 206_G 1.23 0.24 0.00
140_F 242_S 1.22 0.24 0.00
452_K 52_E 1.22 0.24 0.00
245_P 85_F 1.21 0.24 0.00
83_V 137_G 1.20 0.23 0.00
452_K 310_K 1.20 0.23 0.00
11_I 137_G 1.19 0.23 0.00
308_L 206_G 1.19 0.23 0.00
598_V 250_E 1.19 0.23 0.00
521_D 268_T 1.19 0.23 0.00
18_V 105_L 1.19 0.22 0.00
595_I 287_V 1.18 0.22 0.00
525_L 69_G 1.18 0.22 0.00
527_F 268_T 1.17 0.22 0.00
337_G 106_P 1.17 0.22 0.00
27_I 66_S 1.17 0.22 0.00
80_K 198_A 1.16 0.21 0.00
232_A 174_A 1.16 0.21 0.00
71_L 256_V 1.16 0.21 0.00
199_F 299_D 1.16 0.21 0.00
290_A 200_Q 1.14 0.20 0.00
440_I 44_E 1.14 0.20 0.00
25_L 105_L 1.13 0.20 0.00
608_T 96_F 1.12 0.20 0.00
74_L 198_A 1.12 0.20 0.00
175_E 206_G 1.12 0.19 0.00
228_N 185_A 1.12 0.19 0.00
414_L 172_N 1.12 0.19 0.00
298_S 169_R 1.11 0.19 0.00
538_M 153_S 1.10 0.19 0.00
328_G 173_A 1.10 0.19 0.00
597_L 263_A 1.10 0.18 0.00
384_K 245_F 1.08 0.18 0.00
542_I 198_A 1.08 0.18 0.00
610_V 161_A 1.08 0.18 0.00
449_L 54_S 1.08 0.18 0.00
469_A 54_S 1.08 0.18 0.00
301_A 297_F 1.07 0.18 0.00
54_L 62_L 1.07 0.17 0.00
133_V 299_D 1.07 0.17 0.00
17_L 22_A 1.07 0.17 0.00
491_I 191_A 1.06 0.17 0.00
180_L 284_K 1.06 0.17 0.00
30_R 81_G 1.06 0.17 0.00
131_I 115_A 1.06 0.17 0.00
594_F 153_S 1.05 0.17 0.00
340_V 78_L 1.05 0.17 0.00
12_G 105_L 1.05 0.17 0.00
557_I 300_A 1.05 0.17 0.00
137_I 250_E 1.05 0.17 0.00
86_F 254_K 1.05 0.17 0.00
410_I 225_Y 1.04 0.17 0.00
112_P 206_G 1.04 0.17 0.00
298_S 149_R 1.04 0.16 0.00
350_G 167_K 1.04 0.16 0.00
426_S 81_G 1.04 0.16 0.00
440_I 137_G 1.04 0.16 0.00
591_V 126_K 1.04 0.16 0.00
54_L 179_Y 1.03 0.16 0.00
32_V 253_Q 1.03 0.16 0.00
98_F 284_K 1.03 0.16 0.00
161_I 113_E 1.03 0.16 0.00
540_F 206_G 1.03 0.16 0.00
368_G 39_E 1.02 0.16 0.00
498_V 186_S 1.02 0.16 0.00
104_K 218_K 1.02 0.16 0.00
370_L 318_E 1.02 0.16 0.00
510_N 300_A 1.02 0.16 0.00
598_V 242_S 1.02 0.16 0.00
129_P 54_S 1.01 0.15 0.00
133_V 84_D 1.01 0.15 0.00
452_K 113_E 1.01 0.15 0.00
552_T 198_A 1.01 0.15 0.00
508_M 225_Y 1.01 0.15 0.00
24_V 205_D 1.01 0.15 0.00
201_L 110_T 1.00 0.15 0.00
358_A 196_Y 1.00 0.15 0.00
608_T 294_L 1.00 0.15 0.00
186_V 52_E 1.00 0.15 0.00
570_V 106_P 1.00 0.15 0.00
167_L 272_V 1.00 0.15 0.00
599_L 181_K 1.00 0.15 0.00
21_C 57_K 1.00 0.15 0.00
506_L 272_V 1.00 0.15 0.00
507_V 294_L 1.00 0.15 0.00
431_A 63_Y 1.00 0.15 0.00
606_I 157_I 0.99 0.15 0.00
262_G 63_Y 0.99 0.15 0.00
594_F 52_E 0.99 0.15 0.00
452_K 288_T 0.99 0.15 0.00
149_D 253_Q 0.99 0.15 0.00
39_W 169_R 0.99 0.15 0.00
166_L 269_K 0.99 0.15 0.00
75_M 184_G 0.98 0.14 0.00
450_T 202_N 0.98 0.14 0.00
600_I 99_E 0.98 0.14 0.00
575_G 181_K 0.98 0.14 0.00
133_V 293_D 0.98 0.14 0.00
519_F 153_S 0.97 0.14 0.00
506_L 253_Q 0.97 0.14 0.00
111_F 243_E 0.97 0.14 0.00
230_V 283_E 0.97 0.14 0.00
86_F 48_K 0.97 0.14 0.00
233_A 245_F 0.97 0.14 0.00
232_A 213_T 0.97 0.14 0.00
373_I 155_R 0.97 0.14 0.00
582_V 27_L 0.97 0.14 0.00
140_F 283_E 0.97 0.14 0.00
71_L 141_L 0.97 0.14 0.00
153_Y 296_P 0.96 0.14 0.00
17_L 83_L 0.96 0.14 0.00
77_P 241_S 0.96 0.14 0.00
150_N 245_F 0.96 0.14 0.00
308_L 166_L 0.96 0.14 0.00
608_T 30_G 0.96 0.14 0.00
599_L 295_T 0.96 0.14 0.00
323_D 54_S 0.96 0.14 0.00
470_L 114_V 0.96 0.14 0.00
75_M 253_Q 0.96 0.14 0.00
519_F 160_I 0.96 0.14 0.00
29_F 280_T 0.96 0.14 0.00
35_S 55_N 0.95 0.14 0.00
54_L 182_Y 0.95 0.14 0.00
220_L 55_N 0.95 0.14 0.00
469_A 193_S 0.95 0.14 0.00
151_K 62_L 0.95 0.13 0.00
161_I 159_G 0.95 0.13 0.00
128_L 225_Y 0.95 0.13 0.00
56_I 36_S 0.95 0.13 0.00
489_M 159_G 0.95 0.13 0.00
552_T 197_L 0.95 0.13 0.00
213_S 26_D 0.94 0.13 0.00
404_K 181_K 0.94 0.13 0.00
526_Q 245_F 0.94 0.13 0.00
169_I 254_K 0.94 0.13 0.00
373_I 310_K 0.94 0.13 0.00
79_I 257_K 0.94 0.13 0.00
295_S 67_Q 0.94 0.13 0.00
218_T 307_E 0.94 0.13 0.00
577_M 173_A 0.94 0.13 0.00
39_W 194_E 0.93 0.13 0.00
358_A 205_D 0.93 0.13 0.00
595_I 182_Y 0.93 0.13 0.00
75_M 131_K 0.93 0.13 0.00
39_W 121_D 0.93 0.13 0.00
356_S 221_E 0.93 0.13 0.00
27_I 205_D 0.93 0.13 0.00
130_I 157_I 0.93 0.13 0.00
414_L 318_E 0.93 0.13 0.00
96_I 262_K 0.93 0.13 0.00
223_S 253_Q 0.93 0.13 0.00
424_L 202_N 0.93 0.13 0.00
28_L 269_K 0.93 0.13 0.00
181_R 158_N 0.93 0.13 0.00
583_T 55_N 0.93 0.13 0.00
43_L 275_E 0.93 0.13 0.00
21_C 284_K 0.92 0.13 0.00
436_F 283_E 0.92 0.13 0.00
308_L 262_K 0.92 0.13 0.00
331_A 232_I 0.92 0.13 0.00
526_Q 73_A 0.92 0.12 0.00
368_G 245_F 0.92 0.12 0.00
138_R 61_S 0.92 0.12 0.00
584_K 48_K 0.92 0.12 0.00
133_V 25_Y 0.92 0.12 0.00
472_I 213_T 0.92 0.12 0.00
316_M 209_N 0.92 0.12 0.00
451_L 48_K 0.92 0.12 0.00
173_T 296_P 0.92 0.12 0.00
5_N 253_Q 0.92 0.12 0.00
501_S 249_P 0.92 0.12 0.00
372_T 51_K 0.92 0.12 0.00
542_I 177_L 0.91 0.12 0.00
37_L 61_S 0.91 0.12 0.00
452_K 158_N 0.91 0.12 0.00
552_T 245_F 0.91 0.12 0.00
219_L 161_A 0.91 0.12 0.00
247_L 194_E 0.91 0.12 0.00
28_L 78_L 0.91 0.12 0.00
126_A 299_D 0.91 0.12 0.00
52_G 160_I 0.91 0.12 0.00
130_I 280_T 0.91 0.12 0.00
153_Y 262_K 0.91 0.12 0.00
210_V 282_F 0.91 0.12 0.00
515_F 273_D 0.90 0.12 0.00
298_S 194_E 0.90 0.12 0.00
364_G 81_G 0.90 0.12 0.00
337_G 66_S 0.90 0.12 0.00
98_F 55_N 0.90 0.12 0.00
599_L 293_D 0.90 0.12 0.00
304_D 208_E 0.90 0.12 0.00
448_E 133_N 0.90 0.12 0.00
373_I 158_N 0.90 0.12 0.00
105_T 24_E 0.90 0.12 0.00
402_S 131_K 0.90 0.12 0.00
611_P 84_D 0.90 0.12 0.00
118_G 279_V 0.90 0.12 0.00
325_V 213_T 0.89 0.12 0.00
258_L 26_D 0.89 0.12 0.00
241_L 275_E 0.89 0.12 0.00
418_G 245_F 0.89 0.12 0.00
253_I 92_R 0.89 0.12 0.00
601_T 28_K 0.89 0.12 0.00
397_E 184_G 0.89 0.12 0.00
247_L 169_R 0.89 0.12 0.00
34_Q 238_Y 0.89 0.12 0.00
155_P 184_G 0.89 0.12 0.00
555_M 121_D 0.89 0.12 0.00
410_I 110_T 0.89 0.12 0.00
461_A 289_V 0.89 0.12 0.00
215_F 119_L 0.89 0.12 0.00
429_E 81_G 0.89 0.12 0.00
180_L 59_E 0.89 0.12 0.00
293_L 293_D 0.89 0.12 0.00
119_I 62_L 0.89 0.12 0.00
100_H 252_L 0.89 0.12 0.00
340_V 185_A 0.89 0.12 0.00
52_G 206_G 0.88 0.12 0.00
86_F 59_E 0.88 0.12 0.00
200_W 188_T 0.88 0.12 0.00
210_V 156_A 0.88 0.12 0.00
33_F 136_L 0.88 0.11 0.00
451_L 130_Q 0.88 0.11 0.00
556_M 208_E 0.88 0.11 0.00
494_V 52_E 0.88 0.11 0.00
553_L 202_N 0.88 0.11 0.00
108_G 51_K 0.88 0.11 0.00
474_T 179_Y 0.88 0.11 0.00
433_V 205_D 0.88 0.11 0.00
42_E 196_Y 0.88 0.11 0.00
12_G 47_A 0.88 0.11 0.00
53_M 192_F 0.88 0.11 0.00
38_I 63_Y 0.88 0.11 0.00
503_L 281_F 0.88 0.11 0.00
312_E 69_G 0.88 0.11 0.00
414_L 205_D 0.88 0.11 0.00
440_I 300_A 0.88 0.11 0.00
594_F 288_T 0.87 0.11 0.00
368_G 240_V 0.87 0.11 0.00
133_V 280_T 0.87 0.11 0.00
497_A 280_T 0.87 0.11 0.00
180_L 277_E 0.87 0.11 0.00
485_E 107_Y 0.87 0.11 0.00
86_F 181_K 0.87 0.11 0.00
208_V 205_D 0.87 0.11 0.00
462_M 206_G 0.87 0.11 0.00
576_N 238_Y 0.87 0.11 0.00
130_I 49_E 0.87 0.11 0.00
383_A 103_F 0.87 0.11 0.00
295_S 77_Q 0.87 0.11 0.00
368_G 51_K 0.86 0.11 0.00
28_L 164_K 0.86 0.11 0.00
375_L 69_G 0.86 0.11 0.00
25_L 36_S 0.86 0.11 0.00
608_T 74_M 0.86 0.11 0.00
404_K 164_K 0.86 0.11 0.00
247_L 229_T 0.86 0.11 0.00
356_S 196_Y 0.86 0.11 0.00
198_V 225_Y 0.86 0.11 0.00
25_L 246_A 0.86 0.11 0.00
301_A 208_E 0.86 0.11 0.00
533_L 149_R 0.86 0.11 0.00
455_F 242_S 0.86 0.11 0.00
248_A 66_S 0.85 0.11 0.00
440_I 93_F 0.85 0.11 0.00
502_P 164_K 0.85 0.11 0.00
577_M 250_E 0.85 0.11 0.00
365_F 175_T 0.85 0.11 0.00
130_I 246_A 0.85 0.11 0.00
18_V 257_K 0.85 0.11 0.00
599_L 310_K 0.85 0.11 0.00
222_F 48_K 0.85 0.11 0.00
249_V 31_M 0.85 0.11 0.00
591_V 130_Q 0.85 0.11 0.00
519_F 83_L 0.85 0.11 0.00
90_V 66_S 0.85 0.11 0.00
368_G 126_K 0.85 0.10 0.00
441_I 184_G 0.85 0.10 0.00
65_H 249_P 0.85 0.10 0.00
253_I 212_A 0.85 0.10 0.00
557_I 64_P 0.84 0.10 0.00
80_K 250_E 0.84 0.10 0.00
598_V 247_D 0.84 0.10 0.00
546_F 69_G 0.84 0.10 0.00
78_T 280_T 0.84 0.10 0.00
54_L 29_F 0.84 0.10 0.00
155_P 188_T 0.84 0.10 0.00
111_F 83_L 0.84 0.10 0.00
205_F 247_D 0.84 0.10 0.00
205_F 26_D 0.84 0.10 0.00
569_F 293_D 0.84 0.10 0.00
317_R 190_M 0.84 0.10 0.00
468_V 141_L 0.84 0.10 0.00
109_A 243_E 0.84 0.10 0.00
297_M 162_D 0.84 0.10 0.00
86_F 113_E 0.84 0.10 0.00
363_A 217_Q 0.84 0.10 0.00
302_L 92_R 0.84 0.10 0.00
387_G 54_S 0.84 0.10 0.00
161_I 276_K 0.84 0.10 0.00
198_V 205_D 0.84 0.10 0.00
470_L 259_A 0.84 0.10 0.00
128_L 164_K 0.84 0.10 0.00
296_G 77_Q 0.84 0.10 0.00
98_F 52_E 0.84 0.10 0.00
408_W 201_T 0.84 0.10 0.00
403_F 55_N 0.84 0.10 0.00
494_V 206_G 0.83 0.10 0.00
548_G 70_D 0.83 0.10 0.00
344_I 92_R 0.83 0.10 0.00
103_I 253_Q 0.83 0.10 0.00
567_A 208_E 0.83 0.10 0.00
205_F 49_E 0.83 0.10 0.00
167_L 300_A 0.83 0.10 0.00
25_L 161_A 0.83 0.10 0.00
595_I 155_R 0.83 0.10 0.00
187_K 203_S 0.83 0.10 0.00
290_A 85_F 0.83 0.10 0.00
424_L 26_D 0.83 0.10 0.00
190_S 153_S 0.83 0.10 0.00
303_A 169_R 0.83 0.10 0.00
161_I 123_A 0.83 0.10 0.00
514_L 52_E 0.83 0.10 0.00
433_V 41_K 0.83 0.10 0.00
136_L 55_N 0.83 0.10 0.00
353_A 36_S 0.83 0.10 0.00
452_K 140_L 0.83 0.10 0.00
75_M 76_K 0.83 0.10 0.00
53_M 32_N 0.83 0.10 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.202 seconds.