May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
TolC Eco vs YibH Eco
Genes: A B A+B
Length: 493 378 729
Sequences: 12959 4555 1810
Seq/Len: 26.29 12.05 2.48
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.69
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 1.08
2 0.00 0.00 1.71
5 0.02 0.01 1.92
10 0.04 0.02 2.00
20 0.06 0.03 2.08
100 0.14 0.08 2.45
∞ 0.20 0.17 3.20
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
382_A 156_V 2.40 1.00 0.99
164_Q 156_V 1.89 0.99 0.97
168_V 152_S 1.70 0.97 0.93
171_V 160_S 1.21 0.80 0.67
370_V 230_V 1.21 0.80 0.67
334_A 157_N 1.19 0.78 0.64
382_A 66_I 1.14 0.74 0.59
161_Q 158_P 1.01 0.60 0.44
379_A 158_P 0.98 0.57 0.41
314_I 200_Q 0.97 0.56 0.40
27_Q 94_L 0.92 0.49 0.33
405_K 230_V 0.92 0.49 0.33
219_N 329_E 0.90 0.47 0.31
175_D 159_F 0.89 0.45 0.29
187_L 230_V 0.88 0.44 0.28
190_E 94_L 0.87 0.44 0.28
110_E 224_A 0.87 0.44 0.28
204_L 155_A 0.87 0.43 0.28
127_L 76_E 0.84 0.40 0.24
391_I 158_P 0.83 0.39 0.24
53_I 278_A 0.83 0.39 0.23
56_A 94_L 0.81 0.37 0.22
372_S 247_R 0.81 0.37 0.22
386_V 152_S 0.81 0.37 0.22
72_Y 218_E 0.81 0.36 0.22
382_A 158_P 0.81 0.36 0.22
232_N 45_L 0.79 0.35 0.20
263_Q 278_A 0.79 0.35 0.20
34_L 224_A 0.78 0.34 0.20
162_T 144_N 0.78 0.33 0.19
164_Q 158_P 0.77 0.32 0.18
231_V 66_I 0.77 0.32 0.18
329_Y 297_I 0.76 0.31 0.17
61_L 298_L 0.75 0.30 0.17
263_Q 178_V 0.75 0.30 0.17
29_Y 75_T 0.75 0.30 0.17
368_Q 154_A 0.75 0.30 0.17
231_V 224_A 0.74 0.29 0.16
338_L 77_V 0.74 0.29 0.16
190_E 139_D 0.73 0.29 0.15
403_N 71_T 0.73 0.29 0.15
117_D 88_G 0.73 0.28 0.15
331_F 87_K 0.73 0.28 0.15
167_N 221_V 0.73 0.28 0.15
252_Q 126_E 0.72 0.28 0.15
395_L 122_A 0.72 0.28 0.15
25_L 241_A 0.72 0.27 0.14
379_A 229_Y 0.72 0.27 0.14
156_Y 155_A 0.71 0.27 0.14
384_Y 279_E 0.71 0.27 0.14
124_Q 59_K 0.71 0.27 0.14
262_A 90_V 0.71 0.27 0.14
390_T 157_N 0.71 0.27 0.14
114_G 328_I 0.71 0.27 0.14
148_T 94_L 0.71 0.26 0.14
368_Q 93_K 0.71 0.26 0.14
22_A 38_F 0.71 0.26 0.14
67_G 139_D 0.70 0.26 0.14
215_L 39_L 0.70 0.26 0.14
261_Q 40_V 0.70 0.26 0.13
46_R 224_A 0.70 0.26 0.13
92_Q 139_D 0.70 0.26 0.13
138_V 224_A 0.70 0.26 0.13
107_T 86_Q 0.70 0.26 0.13
48_A 89_E 0.70 0.26 0.13
41_K 249_V 0.70 0.26 0.13
163_T 139_D 0.70 0.26 0.13
179_A 234_L 0.70 0.25 0.13
110_E 64_I 0.70 0.25 0.13
246_L 95_D 0.69 0.25 0.13
187_L 76_E 0.69 0.25 0.13
390_T 51_H 0.69 0.25 0.13
374_Q 139_D 0.69 0.25 0.12
271_D 245_P 0.69 0.24 0.12
190_E 295_T 0.69 0.24 0.12
372_S 224_A 0.68 0.24 0.12
426_L 262_A 0.68 0.24 0.12
172_A 160_S 0.68 0.24 0.12
44_A 214_K 0.68 0.24 0.12
359_S 160_S 0.68 0.24 0.12
383_G 158_P 0.68 0.24 0.12
89_A 108_A 0.68 0.24 0.12
147_Y 252_F 0.68 0.23 0.12
192_T 249_V 0.68 0.23 0.12
67_G 328_I 0.67 0.23 0.12
124_Q 211_T 0.67 0.23 0.11
321_N 249_V 0.67 0.23 0.11
314_I 211_T 0.67 0.23 0.11
166_F 157_N 0.67 0.23 0.11
241_R 210_L 0.67 0.23 0.11
56_A 91_L 0.67 0.23 0.11
240_K 139_D 0.67 0.23 0.11
389_R 348_A 0.67 0.23 0.11
304_N 94_L 0.67 0.23 0.11
72_Y 74_V 0.66 0.22 0.11
192_T 74_V 0.66 0.22 0.11
412_R 346_Q 0.66 0.22 0.11
324_V 183_A 0.66 0.22 0.11
43_A 227_N 0.66 0.22 0.10
146_S 230_V 0.66 0.22 0.10
20_S 86_Q 0.66 0.22 0.10
324_V 79_D 0.66 0.22 0.10
351_S 164_I 0.66 0.22 0.10
172_A 351_S 0.65 0.22 0.10
338_L 303_G 0.65 0.22 0.10
401_L 200_Q 0.65 0.22 0.10
61_L 66_I 0.65 0.21 0.10
206_Q 94_L 0.65 0.21 0.10
163_T 76_E 0.65 0.21 0.10
414_N 274_P 0.65 0.21 0.10
36_N 214_K 0.65 0.21 0.10
97_I 173_A 0.65 0.21 0.10
398_T 299_P 0.64 0.21 0.10
160_D 86_Q 0.64 0.21 0.10
335_S 197_N 0.64 0.21 0.10
173_I 157_N 0.64 0.21 0.10
91_L 86_Q 0.64 0.21 0.10
170_L 159_F 0.64 0.21 0.10
153_E 75_T 0.64 0.21 0.10
37_P 300_V 0.64 0.20 0.10
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.1116 seconds.