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OPENSEQ.org
ACS-CFeSP small
Genes: A B A+B
Length: 729 323 945
Sequences: 97 141 81
Seq/Len: 0.13 0.44 0.09
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.90
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.03 0.04 0.03
2 0.03 0.04 0.04
5 0.04 0.04 0.08
10 0.04 0.04 0.08
20 0.04 0.04 0.08
100 0.04 0.04 0.08
∞ 0.06 0.06 0.08
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
361_I 99_Y 1.84 0.32 0.00
248_I 183_I 1.70 0.26 0.00
232_V 83_G 1.60 0.22 0.00
253_L 60_V 1.54 0.20 0.00
726_D 175_A 1.53 0.20 0.00
717_E 113_S 1.52 0.20 0.00
519_I 253_V 1.50 0.19 0.00
600_A 166_Q 1.46 0.18 0.00
718_K 305_E 1.40 0.16 0.00
707_T 77_D 1.38 0.15 0.00
227_M 231_M 1.36 0.15 0.00
310_G 56_I 1.35 0.15 0.00
385_G 102_L 1.32 0.14 0.00
444_Y 231_M 1.32 0.14 0.00
326_P 209_D 1.31 0.14 0.00
335_K 219_G 1.29 0.14 0.00
455_E 34_V 1.28 0.13 0.00
712_L 116_Q 1.25 0.13 0.00
418_W 283_W 1.25 0.13 0.00
399_F 158_N 1.25 0.13 0.00
704_I 18_V 1.24 0.12 0.00
164_K 44_H 1.24 0.12 0.00
649_R 117_C 1.24 0.12 0.00
173_V 161_L 1.22 0.12 0.00
179_M 169_Y 1.21 0.12 0.00
468_F 310_V 1.21 0.12 0.00
685_S 249_V 1.20 0.12 0.00
146_I 300_L 1.20 0.12 0.00
553_K 245_L 1.19 0.11 0.00
686_S 231_M 1.19 0.11 0.00
355_T 7_R 1.18 0.11 0.00
234_P 161_L 1.18 0.11 0.00
728_I 16_K 1.17 0.11 0.00
498_E 193_I 1.17 0.11 0.00
313_L 202_N 1.17 0.11 0.00
345_N 77_D 1.17 0.11 0.00
614_T 193_I 1.16 0.11 0.00
395_M 197_L 1.16 0.11 0.00
353_V 170_K 1.16 0.11 0.00
113_I 168_N 1.16 0.11 0.00
168_A 60_V 1.15 0.11 0.00
205_I 193_I 1.15 0.10 0.00
176_L 283_W 1.15 0.10 0.00
709_D 6_L 1.14 0.10 0.00
614_T 180_K 1.14 0.10 0.00
173_V 308_A 1.14 0.10 0.00
676_D 32_T 1.13 0.10 0.00
472_A 180_K 1.13 0.10 0.00
477_Y 297_H 1.13 0.10 0.00
231_G 213_I 1.13 0.10 0.00
571_L 206_L 1.13 0.10 0.00
459_I 98_I 1.12 0.10 0.00
357_S 175_A 1.12 0.10 0.00
534_L 287_T 1.12 0.10 0.00
615_T 193_I 1.12 0.10 0.00
169_L 294_A 1.11 0.10 0.00
342_M 183_I 1.11 0.10 0.00
600_A 217_I 1.11 0.10 0.00
450_A 132_L 1.11 0.10 0.00
175_E 32_T 1.11 0.10 0.00
311_I 191_I 1.11 0.10 0.00
372_D 258_W 1.11 0.10 0.00
690_G 232_E 1.10 0.10 0.00
106_T 219_G 1.10 0.10 0.00
725_M 315_D 1.10 0.10 0.00
402_V 164_A 1.10 0.10 0.00
305_A 3_V 1.10 0.10 0.00
227_M 213_I 1.10 0.10 0.00
648_G 273_W 1.10 0.10 0.00
490_D 18_V 1.10 0.10 0.00
248_I 13_A 1.10 0.10 0.00
567_V 317_L 1.10 0.10 0.00
140_V 289_T 1.10 0.10 0.00
345_N 176_C 1.09 0.10 0.00
226_G 237_G 1.08 0.09 0.00
431_S 134_V 1.08 0.09 0.00
333_I 270_Y 1.08 0.09 0.00
428_L 197_L 1.07 0.09 0.00
714_Y 84_R 1.07 0.09 0.00
627_T 164_A 1.07 0.09 0.00
160_L 213_I 1.07 0.09 0.00
445_G 250_I 1.07 0.09 0.00
225_A 105_A 1.07 0.09 0.00
575_S 128_V 1.07 0.09 0.00
311_I 117_C 1.07 0.09 0.00
257_E 60_V 1.07 0.09 0.00
503_F 82_P 1.07 0.09 0.00
397_A 134_V 1.07 0.09 0.00
547_P 98_I 1.06 0.09 0.00
293_F 306_A 1.06 0.09 0.00
614_T 104_G 1.06 0.09 0.00
338_M 191_I 1.06 0.09 0.00
573_T 104_G 1.06 0.09 0.00
556_E 56_I 1.06 0.09 0.00
385_G 99_Y 1.06 0.09 0.00
323_N 179_H 1.06 0.09 0.00
343_G 85_W 1.05 0.09 0.00
268_G 46_F 1.05 0.09 0.00
314_T 218_G 1.05 0.09 0.00
551_I 87_Q 1.05 0.09 0.00
473_K 126_Q 1.05 0.09 0.00
255_L 61_Q 1.05 0.09 0.00
170_A 281_I 1.05 0.09 0.00
661_D 53_R 1.05 0.09 0.00
551_I 120_T 1.05 0.09 0.00
586_T 237_G 1.05 0.09 0.00
343_G 78_V 1.04 0.09 0.00
586_T 201_I 1.04 0.09 0.00
464_Q 308_A 1.04 0.09 0.00
553_K 194_C 1.04 0.09 0.00
479_E 269_E 1.04 0.09 0.00
664_I 180_K 1.04 0.09 0.00
388_V 276_E 1.04 0.09 0.00
270_I 111_N 1.03 0.09 0.00
435_V 257_A 1.03 0.09 0.00
436_A 150_V 1.03 0.09 0.00
462_R 108_E 1.03 0.09 0.00
706_T 112_H 1.03 0.09 0.00
607_E 41_L 1.03 0.09 0.00
682_F 299_L 1.02 0.09 0.00
163_A 170_K 1.02 0.09 0.00
647_I 44_H 1.02 0.08 0.00
459_I 310_V 1.02 0.08 0.00
490_D 13_A 1.02 0.08 0.00
569_D 305_E 1.02 0.08 0.00
367_E 301_M 1.01 0.08 0.00
390_I 49_E 1.01 0.08 0.00
365_K 87_Q 1.01 0.08 0.00
614_T 259_R 1.01 0.08 0.00
704_I 212_V 1.01 0.08 0.00
397_A 120_T 1.01 0.08 0.00
268_G 307_V 1.01 0.08 0.00
135_F 199_I 1.01 0.08 0.00
458_A 38_D 1.01 0.08 0.00
190_V 117_C 1.01 0.08 0.00
352_L 91_A 1.00 0.08 0.00
360_E 17_V 1.00 0.08 0.00
503_F 306_A 1.00 0.08 0.00
629_S 244_M 1.00 0.08 0.00
503_F 117_C 1.00 0.08 0.00
676_D 228_F 1.00 0.08 0.00
397_A 177_M 0.99 0.08 0.00
232_V 7_R 0.99 0.08 0.00
640_Q 287_T 0.99 0.08 0.00
682_F 276_E 0.99 0.08 0.00
473_K 93_Y 0.99 0.08 0.00
383_P 85_W 0.99 0.08 0.00
519_I 197_L 0.99 0.08 0.00
464_Q 128_V 0.99 0.08 0.00
565_K 282_L 0.99 0.08 0.00
395_M 234_I 0.99 0.08 0.00
427_W 78_V 0.99 0.08 0.00
294_S 306_A 0.98 0.08 0.00
428_L 103_D 0.98 0.08 0.00
614_T 194_C 0.98 0.08 0.00
695_F 105_A 0.98 0.08 0.00
368_V 60_V 0.98 0.08 0.00
225_A 170_K 0.98 0.08 0.00
726_D 56_I 0.98 0.08 0.00
718_K 177_M 0.98 0.08 0.00
324_F 150_V 0.98 0.08 0.00
476_E 118_V 0.98 0.08 0.00
140_V 177_M 0.98 0.08 0.00
615_T 29_R 0.98 0.08 0.00
415_E 164_A 0.98 0.08 0.00
503_F 133_V 0.98 0.08 0.00
268_G 76_T 0.98 0.08 0.00
631_L 12_A 0.98 0.08 0.00
467_I 53_R 0.98 0.08 0.00
594_S 273_W 0.97 0.08 0.00
430_V 104_G 0.97 0.08 0.00
236_A 307_V 0.97 0.08 0.00
437_K 177_M 0.97 0.08 0.00
496_T 10_S 0.97 0.08 0.00
232_V 119_A 0.97 0.08 0.00
620_G 59_E 0.97 0.08 0.00
452_M 73_D 0.97 0.08 0.00
693_E 230_I 0.97 0.08 0.00
264_A 211_I 0.97 0.08 0.00
173_V 98_I 0.97 0.08 0.00
159_I 147_L 0.96 0.08 0.00
417_L 150_V 0.96 0.08 0.00
548_N 47_E 0.96 0.08 0.00
659_S 269_E 0.96 0.08 0.00
633_G 228_F 0.96 0.08 0.00
468_F 33_I 0.96 0.08 0.00
577_R 60_V 0.96 0.08 0.00
633_G 47_E 0.96 0.08 0.00
540_Y 180_K 0.96 0.08 0.00
345_N 309_R 0.96 0.08 0.00
325_G 47_E 0.96 0.08 0.00
648_G 101_K 0.96 0.08 0.00
234_P 212_V 0.96 0.08 0.00
270_I 287_T 0.96 0.08 0.00
168_A 317_L 0.96 0.08 0.00
548_N 214_D 0.96 0.08 0.00
333_I 269_E 0.96 0.08 0.00
511_S 98_I 0.96 0.08 0.00
682_F 287_T 0.96 0.08 0.00
667_I 167_E 0.96 0.07 0.00
384_L 98_I 0.96 0.07 0.00
507_V 218_G 0.95 0.07 0.00
305_A 283_W 0.95 0.07 0.00
279_D 19_L 0.95 0.07 0.00
415_E 117_C 0.95 0.07 0.00
214_Q 33_I 0.95 0.07 0.00
633_G 232_E 0.95 0.07 0.00
428_L 156_G 0.95 0.07 0.00
699_I 118_V 0.95 0.07 0.00
473_K 118_V 0.95 0.07 0.00
495_L 145_E 0.95 0.07 0.00
430_V 118_V 0.95 0.07 0.00
579_L 201_I 0.95 0.07 0.00
698_K 281_I 0.95 0.07 0.00
379_G 181_H 0.95 0.07 0.00
554_E 205_N 0.95 0.07 0.00
459_I 75_F 0.95 0.07 0.00
175_E 128_V 0.95 0.07 0.00
684_R 276_E 0.95 0.07 0.00
466_T 128_V 0.95 0.07 0.00
253_L 283_W 0.95 0.07 0.00
343_G 235_R 0.94 0.07 0.00
387_L 292_L 0.94 0.07 0.00
574_A 75_F 0.94 0.07 0.00
559_P 53_R 0.94 0.07 0.00
550_P 85_W 0.94 0.07 0.00
578_N 280_G 0.94 0.07 0.00
486_K 315_D 0.94 0.07 0.00
257_E 19_L 0.94 0.07 0.00
366_I 301_M 0.94 0.07 0.00
614_T 134_V 0.94 0.07 0.00
649_R 294_A 0.94 0.07 0.00
502_T 300_L 0.94 0.07 0.00
115_A 161_L 0.94 0.07 0.00
359_S 60_V 0.94 0.07 0.00
367_E 19_L 0.94 0.07 0.00
315_K 128_V 0.94 0.07 0.00
227_M 294_A 0.94 0.07 0.00
442_K 183_I 0.93 0.07 0.00
346_R 294_A 0.93 0.07 0.00
403_L 138_G 0.93 0.07 0.00
112_I 305_E 0.93 0.07 0.00
618_H 30_S 0.93 0.07 0.00
439_F 231_M 0.93 0.07 0.00
444_Y 14_V 0.93 0.07 0.00
306_M 19_L 0.93 0.07 0.00
496_T 240_Q 0.93 0.07 0.00
264_A 95_A 0.93 0.07 0.00
388_V 60_V 0.93 0.07 0.00
459_I 53_R 0.93 0.07 0.00
542_I 215_P 0.93 0.07 0.00
709_D 116_Q 0.93 0.07 0.00
226_G 178_V 0.93 0.07 0.00
587_L 87_Q 0.93 0.07 0.00
654_S 287_T 0.93 0.07 0.00
531_V 117_C 0.93 0.07 0.00
449_V 154_A 0.93 0.07 0.00
465_V 134_V 0.93 0.07 0.00
344_G 250_I 0.93 0.07 0.00
384_L 12_A 0.93 0.07 0.00
391_Y 14_V 0.93 0.07 0.00
225_A 122_K 0.92 0.07 0.00
339_Y 157_E 0.92 0.07 0.00
660_A 104_G 0.92 0.07 0.00
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483_E 104_G 0.85 0.06 0.00
368_V 83_G 0.84 0.06 0.00
418_W 246_S 0.84 0.06 0.00
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412_N 214_D 0.84 0.06 0.00
435_V 209_D 0.84 0.06 0.00
465_V 132_L 0.84 0.06 0.00
503_F 200_L 0.84 0.06 0.00
410_F 212_V 0.84 0.06 0.00
710_E 281_I 0.84 0.06 0.00
493_R 34_V 0.84 0.06 0.00
458_A 13_A 0.84 0.06 0.00
390_I 149_A 0.84 0.06 0.00
324_F 44_H 0.84 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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