May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
ClpX vs ClpP2
Genes: A B A+B
Length: 426 218 599
Sequences: 2189 2833 1327
Seq/Len: 5.14 13 2.22
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.57
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.07 0.14 2.00
2 0.08 0.14 2.04
5 0.08 0.14 2.06
10 0.08 0.14 2.07
20 0.08 0.14 2.06
100 0.08 0.15 2.13
∞ 0.09 0.19 2.46
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
272_G 99_Y 2.30 1.00 0.99
277_S 73_D 1.60 0.95 0.89
268_G 43_E 1.44 0.90 0.81
269_L 69_S 1.21 0.76 0.61
344_D 71_D 1.18 0.74 0.58
380_L 43_E 1.06 0.62 0.45
234_H 28_S 1.04 0.60 0.43
120_L 69_S 1.04 0.60 0.42
380_L 49_G 1.03 0.59 0.42
221_Q 69_S 1.01 0.57 0.39
75_V 165_R 0.96 0.51 0.34
300_L 52_V 0.95 0.49 0.32
269_L 24_I 0.94 0.49 0.32
286_H 61_M 0.94 0.49 0.32
304_F 116_A 0.94 0.49 0.32
84_T 33_E 0.93 0.48 0.31
268_G 45_I 0.93 0.47 0.30
250_A 104_I 0.93 0.47 0.30
175_V 208_L 0.93 0.47 0.30
125_C 99_Y 0.92 0.47 0.30
305_I 29_F 0.90 0.44 0.27
390_R 175_H 0.90 0.44 0.27
381_L 56_S 0.90 0.43 0.27
257_E 124_T 0.88 0.42 0.26
312_A 42_E 0.88 0.42 0.25
63_K 208_L 0.88 0.41 0.25
90_Y 127_K 0.87 0.41 0.24
393_V 94_Y 0.87 0.41 0.24
86_A 69_S 0.87 0.40 0.24
312_A 135_R 0.87 0.40 0.24
385_Y 186_D 0.87 0.40 0.24
332_A 210_Y 0.87 0.40 0.24
363_I 122_A 0.85 0.39 0.23
356_E 173_A 0.85 0.39 0.23
382_P 66_V 0.84 0.38 0.22
236_E 27_S 0.84 0.37 0.21
40_D 159_A 0.84 0.37 0.21
275_V 68_E 0.84 0.37 0.21
183_I 174_R 0.83 0.36 0.21
361_Q 53_D 0.83 0.36 0.21
84_T 133_N 0.83 0.36 0.20
119_M 134_A 0.82 0.35 0.20
129_Y 34_S 0.82 0.35 0.20
293_E 111_Q 0.81 0.35 0.19
129_Y 31_V 0.81 0.34 0.19
216_I 92_A 0.81 0.34 0.19
22_Q 91_M 0.81 0.34 0.19
258_K 118_V 0.81 0.34 0.18
332_A 89_S 0.80 0.34 0.18
171_A 49_G 0.80 0.34 0.18
365_R 52_V 0.80 0.33 0.18
304_F 37_Y 0.80 0.33 0.18
197_N 107_V 0.79 0.32 0.17
132_Q 187_T 0.79 0.32 0.17
43_N 148_Q 0.79 0.32 0.17
334_V 136_V 0.78 0.32 0.17
293_E 160_E 0.78 0.31 0.16
216_I 163_R 0.78 0.31 0.16
112_L 118_V 0.77 0.30 0.16
380_L 142_A 0.76 0.29 0.15
113_T 187_T 0.76 0.29 0.15
353_E 165_R 0.76 0.29 0.15
120_L 71_D 0.76 0.29 0.15
239_Q 71_D 0.76 0.29 0.15
358_I 158_A 0.75 0.29 0.15
90_Y 75_D 0.75 0.29 0.15
380_L 69_S 0.75 0.28 0.14
385_Y 134_A 0.75 0.28 0.14
149_A 133_N 0.75 0.28 0.14
321_S 142_A 0.75 0.28 0.14
400_K 101_R 0.75 0.28 0.14
335_K 194_T 0.75 0.28 0.14
305_I 109_L 0.75 0.28 0.14
334_V 42_E 0.75 0.28 0.14
254_A 111_Q 0.75 0.28 0.14
339_R 49_G 0.74 0.28 0.14
27_I 52_V 0.74 0.28 0.14
85_L 100_V 0.74 0.27 0.14
298_F 183_I 0.73 0.27 0.13
275_V 211_R 0.73 0.27 0.13
327_S 172_L 0.73 0.27 0.13
386_D 180_P 0.73 0.26 0.13
177_R 99_Y 0.73 0.26 0.13
96_I 71_D 0.73 0.26 0.13
298_F 57_A 0.72 0.26 0.13
379_V 182_Q 0.72 0.26 0.13
227_Q 103_D 0.72 0.26 0.12
375_I 27_S 0.72 0.26 0.12
236_E 88_T 0.72 0.25 0.12
129_Y 52_V 0.72 0.25 0.12
398_V 182_Q 0.71 0.25 0.12
36_D 159_A 0.71 0.25 0.12
269_L 163_R 0.71 0.25 0.12
113_T 77_T 0.71 0.25 0.12
371_G 122_A 0.71 0.25 0.12
318_D 203_I 0.71 0.24 0.12
136_K 86_S 0.71 0.24 0.12
164_L 135_R 0.70 0.24 0.11
259_I 27_S 0.70 0.24 0.11
79_D 207_V 0.70 0.23 0.11
22_Q 129_L 0.70 0.23 0.11
382_P 69_S 0.69 0.23 0.11
50_L 137_L 0.69 0.23 0.11
269_L 66_V 0.69 0.23 0.11
179_E 107_V 0.69 0.23 0.11
335_K 210_Y 0.69 0.23 0.11
258_K 87_F 0.69 0.23 0.11
236_E 147_I 0.69 0.23 0.10
376_M 58_N 0.69 0.23 0.10
269_L 59_D 0.69 0.23 0.10
261_S 165_R 0.69 0.23 0.10
273_A 68_E 0.69 0.23 0.10
343_M 60_I 0.69 0.23 0.10
293_E 42_E 0.69 0.23 0.10
273_A 43_E 0.68 0.22 0.10
62_P 73_D 0.68 0.22 0.10
81_A 197_E 0.68 0.22 0.10
73_G 46_I 0.68 0.22 0.10
316_N 111_Q 0.68 0.22 0.10
134_L 41_F 0.68 0.22 0.10
180_T 99_Y 0.68 0.22 0.10
357_A 173_A 0.68 0.22 0.10
132_Q 28_S 0.68 0.22 0.10
297_K 76_I 0.68 0.22 0.10
257_E 185_K 0.68 0.22 0.10
385_Y 59_D 0.68 0.22 0.10
193_R 152_S 0.68 0.22 0.10
120_L 194_T 0.68 0.22 0.10
61_L 172_L 0.68 0.22 0.10
234_H 27_S 0.67 0.22 0.10
113_T 178_K 0.67 0.22 0.10
63_K 136_V 0.67 0.21 0.10
245_V 78_M 0.67 0.21 0.10
145_A 32_K 0.67 0.21 0.10
296_I 61_M 0.67 0.21 0.10
399_T 147_I 0.67 0.21 0.10
220_T 116_A 0.67 0.21 0.10
312_A 70_L 0.67 0.21 0.09
237_F 211_R 0.67 0.21 0.09
134_L 32_K 0.67 0.21 0.09
74_Y 195_A 0.67 0.21 0.09
162_N 41_F 0.66 0.21 0.09
312_A 34_S 0.66 0.21 0.09
174_D 187_T 0.66 0.21 0.09
354_A 121_A 0.66 0.21 0.09
298_F 78_M 0.66 0.21 0.09
83_R 103_D 0.66 0.21 0.09
258_K 91_M 0.66 0.20 0.09
216_I 49_G 0.66 0.20 0.09
371_G 69_S 0.66 0.20 0.09
310_V 134_A 0.66 0.20 0.09
117_I 124_T 0.66 0.20 0.09
269_L 71_D 0.65 0.20 0.09
120_L 102_A 0.65 0.20 0.09
168_I 55_A 0.65 0.20 0.09
333_L 158_A 0.65 0.20 0.09
364_H 52_V 0.65 0.20 0.09
60_E 122_A 0.65 0.20 0.09
134_L 29_F 0.65 0.20 0.09
314_V 90_L 0.65 0.20 0.09
216_I 45_I 0.65 0.20 0.09
409_P 134_A 0.65 0.20 0.09
310_V 100_V 0.65 0.20 0.08
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
9728 2.22 ClpX vs ClpP2 Δgene:(1, 5) A:(1E-60, 8) B:(1E-60, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.99 Done
9712 2.25 ClpX vs ClpP2 Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.95 Done - Shared
Page generated in 0.0878 seconds.