May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
a-c
Genes: A B A+B
Length: 180 182 354
Sequences: 1526 2442 74
Seq/Len: 8.48 13.42 0.21
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.86
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.04 0.01 0.01
2 0.04 0.26 0.14
5 0.04 0.27 0.16
10 0.04 0.27 0.18
20 0.04 0.27 0.20
100 0.05 0.28 0.45
∞ 0.06 0.31 2.30
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
74_A 155_Q 1.84 0.53 0.00
42_P 12_V 1.80 0.51 0.00
67_Y 75_V 1.55 0.36 0.00
157_N 97_D 1.48 0.32 0.00
170_P 150_G 1.48 0.32 0.00
16_A 12_V 1.45 0.30 0.00
24_D 10_L 1.45 0.30 0.00
59_S 12_V 1.44 0.30 0.00
141_V 133_G 1.33 0.24 0.00
29_A 9_T 1.31 0.24 0.00
67_Y 152_I 1.31 0.24 0.00
152_L 179_I 1.26 0.22 0.00
71_V 27_R 1.26 0.21 0.00
150_Y 85_V 1.26 0.21 0.00
52_P 22_M 1.25 0.21 0.00
74_A 16_V 1.24 0.21 0.00
20_Q 22_M 1.23 0.20 0.00
172_G 8_I 1.23 0.20 0.00
77_T 155_Q 1.23 0.20 0.00
74_A 134_D 1.23 0.20 0.00
77_T 119_I 1.22 0.20 0.00
77_T 8_I 1.21 0.20 0.00
87_P 125_A 1.21 0.20 0.00
49_M 170_V 1.21 0.19 0.00
13_S 136_I 1.20 0.19 0.00
145_D 75_V 1.20 0.19 0.00
165_F 47_G 1.19 0.19 0.00
137_Q 136_I 1.18 0.19 0.00
45_F 20_S 1.18 0.18 0.00
13_S 12_V 1.17 0.18 0.00
66_F 75_V 1.17 0.18 0.00
23_T 178_N 1.16 0.18 0.00
57_L 17_T 1.16 0.17 0.00
152_L 40_A 1.14 0.17 0.00
71_V 74_D 1.14 0.17 0.00
163_A 129_G 1.14 0.17 0.00
146_Q 39_Q 1.13 0.17 0.00
49_M 22_M 1.12 0.16 0.00
67_Y 124_L 1.11 0.16 0.00
58_V 20_S 1.11 0.16 0.00
58_V 89_L 1.10 0.16 0.00
8_L 128_L 1.10 0.16 0.00
104_I 125_A 1.10 0.16 0.00
43_N 133_G 1.09 0.15 0.00
143_Q 142_S 1.08 0.15 0.00
167_F 26_E 1.08 0.15 0.00
11_V 12_V 1.07 0.15 0.00
14_F 41_I 1.07 0.15 0.00
32_E 136_I 1.07 0.15 0.00
80_K 88_M 1.07 0.15 0.00
51_Q 118_V 1.07 0.15 0.00
168_T 97_D 1.05 0.14 0.00
61_G 125_A 1.05 0.14 0.00
172_G 97_D 1.05 0.14 0.00
129_V 44_S 1.05 0.14 0.00
74_A 125_A 1.05 0.14 0.00
9_D 103_L 1.05 0.14 0.00
135_I 8_I 1.05 0.14 0.00
93_R 88_M 1.04 0.14 0.00
59_S 144_S 1.03 0.14 0.00
108_G 97_D 1.03 0.14 0.00
91_I 13_M 1.03 0.14 0.00
65_W 96_K 1.03 0.14 0.00
21_K 128_L 1.03 0.14 0.00
60_D 93_P 1.03 0.13 0.00
20_Q 23_N 1.02 0.13 0.00
142_E 170_V 1.02 0.13 0.00
69_P 80_A 1.02 0.13 0.00
134_T 25_F 1.02 0.13 0.00
64_L 160_V 1.02 0.13 0.00
68_N 145_Q 1.02 0.13 0.00
142_E 15_L 1.01 0.13 0.00
67_Y 128_L 1.01 0.13 0.00
36_D 16_V 1.01 0.13 0.00
36_D 136_I 1.01 0.13 0.00
10_K 119_I 1.01 0.13 0.00
145_D 133_G 1.00 0.13 0.00
51_Q 9_T 1.00 0.13 0.00
49_M 15_L 1.00 0.13 0.00
161_D 94_A 1.00 0.13 0.00
139_S 70_I 1.00 0.13 0.00
145_D 117_N 1.00 0.13 0.00
154_S 136_I 1.00 0.13 0.00
157_N 126_S 0.99 0.12 0.00
55_S 99_L 0.99 0.12 0.00
59_S 45_E 0.99 0.12 0.00
67_Y 88_M 0.99 0.12 0.00
75_T 71_T 0.99 0.12 0.00
51_Q 162_G 0.99 0.12 0.00
18_F 24_G 0.99 0.12 0.00
35_G 24_G 0.99 0.12 0.00
152_L 12_V 0.99 0.12 0.00
18_F 121_G 0.98 0.12 0.00
35_G 121_G 0.98 0.12 0.00
93_R 76_V 0.98 0.12 0.00
73_Q 121_G 0.98 0.12 0.00
49_M 19_L 0.98 0.12 0.00
45_F 17_T 0.97 0.12 0.00
45_F 86_G 0.97 0.12 0.00
74_A 173_Y 0.97 0.12 0.00
44_L 125_A 0.97 0.12 0.00
24_D 136_I 0.97 0.12 0.00
37_L 152_I 0.97 0.12 0.00
74_A 31_N 0.97 0.12 0.00
61_G 163_T 0.97 0.12 0.00
161_D 119_I 0.96 0.12 0.00
137_Q 159_N 0.96 0.12 0.00
99_W 143_A 0.96 0.12 0.00
20_Q 121_G 0.96 0.12 0.00
13_S 8_I 0.96 0.12 0.00
73_Q 23_N 0.96 0.12 0.00
165_F 162_G 0.96 0.12 0.00
125_F 106_V 0.96 0.12 0.00
74_A 131_N 0.95 0.12 0.00
33_G 3_L 0.95 0.11 0.00
167_F 162_G 0.95 0.11 0.00
70_F 175_M 0.95 0.11 0.00
29_A 93_P 0.95 0.11 0.00
89_M 41_I 0.95 0.11 0.00
33_G 29_L 0.95 0.11 0.00
50_T 8_I 0.95 0.11 0.00
145_D 63_G 0.95 0.11 0.00
63_T 63_G 0.95 0.11 0.00
11_V 8_I 0.94 0.11 0.00
178_Q 42_L 0.94 0.11 0.00
147_R 42_L 0.94 0.11 0.00
59_S 8_I 0.94 0.11 0.00
169_P 42_L 0.94 0.11 0.00
167_F 20_S 0.94 0.11 0.00
174_T 27_R 0.94 0.11 0.00
32_E 134_D 0.94 0.11 0.00
33_G 18_V 0.93 0.11 0.00
100_Q 88_M 0.93 0.11 0.00
156_Q 129_G 0.93 0.11 0.00
59_S 44_S 0.93 0.11 0.00
55_S 68_A 0.93 0.11 0.00
55_S 38_P 0.93 0.11 0.00
174_T 167_N 0.93 0.11 0.00
151_Q 10_L 0.93 0.11 0.00
19_T 118_V 0.93 0.11 0.00
73_Q 28_E 0.93 0.11 0.00
51_Q 165_A 0.93 0.11 0.00
12_S 56_E 0.92 0.11 0.00
170_P 153_P 0.92 0.11 0.00
94_N 3_L 0.92 0.11 0.00
174_T 85_V 0.92 0.11 0.00
170_P 28_E 0.92 0.11 0.00
47_W 157_L 0.92 0.11 0.00
2_S 36_L 0.92 0.11 0.00
37_L 12_V 0.92 0.11 0.00
68_N 89_L 0.92 0.11 0.00
167_F 16_V 0.92 0.11 0.00
12_S 43_S 0.91 0.10 0.00
55_S 156_R 0.91 0.10 0.00
135_I 17_T 0.91 0.10 0.00
41_R 130_V 0.91 0.10 0.00
55_S 19_L 0.91 0.10 0.00
143_Q 161_I 0.90 0.10 0.00
39_V 80_A 0.90 0.10 0.00
47_W 68_A 0.90 0.10 0.00
148_S 31_N 0.90 0.10 0.00
102_Y 10_L 0.90 0.10 0.00
109_D 133_G 0.90 0.10 0.00
91_I 136_I 0.90 0.10 0.00
64_L 44_S 0.90 0.10 0.00
37_L 76_V 0.90 0.10 0.00
37_L 178_N 0.90 0.10 0.00
53_D 160_V 0.90 0.10 0.00
37_L 25_F 0.90 0.10 0.00
47_W 22_M 0.89 0.10 0.00
55_S 37_M 0.89 0.10 0.00
13_S 126_S 0.89 0.10 0.00
176_D 85_V 0.89 0.10 0.00
67_Y 92_D 0.89 0.10 0.00
40_K 101_P 0.89 0.10 0.00
19_T 114_G 0.89 0.10 0.00
91_I 97_D 0.89 0.10 0.00
67_Y 162_G 0.89 0.10 0.00
171_Q 83_V 0.89 0.10 0.00
30_V 53_Q 0.89 0.10 0.00
61_G 136_I 0.89 0.10 0.00
38_W 42_L 0.89 0.10 0.00
166_T 123_Q 0.89 0.10 0.00
56_I 88_M 0.88 0.10 0.00
127_I 43_S 0.88 0.10 0.00
91_I 118_V 0.88 0.10 0.00
46_N 141_P 0.88 0.10 0.00
143_Q 8_I 0.88 0.10 0.00
167_F 128_L 0.88 0.10 0.00
147_R 123_Q 0.88 0.10 0.00
18_F 69_P 0.88 0.10 0.00
35_G 69_P 0.88 0.10 0.00
102_Y 163_T 0.88 0.10 0.00
17_S 42_L 0.88 0.10 0.00
24_D 138_V 0.88 0.10 0.00
37_L 47_G 0.88 0.10 0.00
49_M 156_R 0.88 0.10 0.00
64_L 139_M 0.88 0.10 0.00
87_P 8_I 0.87 0.10 0.00
33_G 156_R 0.87 0.10 0.00
65_W 177_V 0.87 0.10 0.00
172_G 57_T 0.87 0.10 0.00
63_T 138_V 0.87 0.10 0.00
49_M 36_L 0.87 0.10 0.00
61_G 133_G 0.87 0.10 0.00
32_E 131_N 0.87 0.10 0.00
31_Q 169_E 0.87 0.10 0.00
60_D 133_G 0.86 0.10 0.00
73_Q 164_F 0.86 0.09 0.00
49_M 38_P 0.86 0.09 0.00
159_A 133_G 0.86 0.09 0.00
49_M 167_N 0.86 0.09 0.00
87_P 25_F 0.86 0.09 0.00
149_S 125_A 0.86 0.09 0.00
87_P 17_T 0.86 0.09 0.00
177_D 53_Q 0.86 0.09 0.00
67_Y 175_M 0.86 0.09 0.00
179_R 5_T 0.86 0.09 0.00
160_V 161_I 0.86 0.09 0.00
39_V 20_S 0.86 0.09 0.00
58_V 141_P 0.85 0.09 0.00
141_V 63_G 0.85 0.09 0.00
14_F 55_P 0.85 0.09 0.00
135_I 31_N 0.85 0.09 0.00
122_L 116_Y 0.85 0.09 0.00
163_A 124_L 0.85 0.09 0.00
156_Q 123_Q 0.84 0.09 0.00
166_T 122_E 0.84 0.09 0.00
119_N 7_G 0.84 0.09 0.00
12_S 77_L 0.84 0.09 0.00
135_I 124_L 0.84 0.09 0.00
19_T 57_T 0.84 0.09 0.00
2_S 68_A 0.84 0.09 0.00
42_P 81_R 0.84 0.09 0.00
42_P 40_A 0.84 0.09 0.00
30_V 114_G 0.84 0.09 0.00
137_Q 2_W 0.84 0.09 0.00
74_A 42_L 0.84 0.09 0.00
36_D 119_I 0.84 0.09 0.00
91_I 21_V 0.84 0.09 0.00
73_Q 166_A 0.84 0.09 0.00
115_P 111_L 0.84 0.09 0.00
68_N 71_T 0.83 0.09 0.00
163_A 136_I 0.83 0.09 0.00
57_L 81_R 0.83 0.09 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.3329 seconds.