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OPENSEQ.org
sprB F
Genes: A B A+B
Length: 333 423 705
Sequences: 1444 236 63
Seq/Len: 4.34 0.56 0.09
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.77
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.02 0.07
2 0.04 0.03 0.08
5 0.05 0.03 0.08
10 0.06 0.03 0.09
20 0.07 0.03 0.09
100 0.11 0.05 0.12
∞ 0.16 0.19 0.16
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
61_A 277_T 1.63 0.23 0.00
313_I 140_A 1.38 0.16 0.00
49_A 276_L 1.37 0.15 0.00
46_L 421_T 1.37 0.15 0.00
292_Y 163_G 1.37 0.15 0.00
101_G 104_C 1.36 0.15 0.00
58_R 73_P 1.34 0.15 0.00
185_A 153_T 1.32 0.14 0.00
95_M 341_V 1.30 0.14 0.00
42_N 75_P 1.30 0.14 0.00
162_Y 90_I 1.28 0.13 0.00
171_S 175_T 1.26 0.13 0.00
231_Y 419_P 1.25 0.12 0.00
129_G 249_Y 1.24 0.12 0.00
67_W 262_C 1.24 0.12 0.00
67_W 287_C 1.24 0.12 0.00
66_Q 378_C 1.20 0.12 0.00
282_G 163_G 1.20 0.12 0.00
315_F 296_V 1.19 0.11 0.00
176_N 96_K 1.19 0.11 0.00
311_V 70_P 1.19 0.11 0.00
171_S 25_Q 1.19 0.11 0.00
90_G 104_C 1.18 0.11 0.00
260_I 386_N 1.18 0.11 0.00
91_V 396_Y 1.17 0.11 0.00
43_P 294_I 1.17 0.11 0.00
67_W 204_C 1.17 0.11 0.00
67_W 378_C 1.16 0.11 0.00
313_I 385_A 1.16 0.11 0.00
142_D 157_Y 1.15 0.11 0.00
171_S 51_N 1.14 0.10 0.00
42_N 335_A 1.14 0.10 0.00
59_I 328_T 1.14 0.10 0.00
179_F 208_G 1.13 0.10 0.00
122_G 412_N 1.13 0.10 0.00
84_R 166_R 1.13 0.10 0.00
172_A 280_T 1.13 0.10 0.00
101_G 43_F 1.13 0.10 0.00
315_F 401_N 1.12 0.10 0.00
185_A 221_Y 1.11 0.10 0.00
85_I 417_T 1.11 0.10 0.00
33_P 208_G 1.10 0.10 0.00
307_G 163_G 1.10 0.10 0.00
140_D 349_V 1.10 0.10 0.00
235_A 62_G 1.10 0.10 0.00
307_G 210_I 1.10 0.10 0.00
283_F 421_T 1.09 0.10 0.00
291_G 402_N 1.09 0.10 0.00
48_P 174_G 1.09 0.10 0.00
253_R 72_I 1.09 0.10 0.00
33_P 329_F 1.08 0.10 0.00
129_G 247_A 1.08 0.09 0.00
258_Y 94_D 1.08 0.09 0.00
79_L 221_Y 1.07 0.09 0.00
101_G 124_W 1.07 0.09 0.00
271_F 96_K 1.07 0.09 0.00
188_V 221_Y 1.07 0.09 0.00
309_H 163_G 1.07 0.09 0.00
140_D 408_N 1.06 0.09 0.00
299_N 101_L 1.05 0.09 0.00
48_P 262_C 1.05 0.09 0.00
48_P 287_C 1.05 0.09 0.00
154_D 336_T 1.05 0.09 0.00
91_V 82_G 1.05 0.09 0.00
178_N 31_N 1.04 0.09 0.00
66_Q 262_C 1.04 0.09 0.00
66_Q 287_C 1.04 0.09 0.00
25_S 214_G 1.04 0.09 0.00
67_W 175_T 1.04 0.09 0.00
272_P 90_I 1.04 0.09 0.00
59_I 307_Y 1.04 0.09 0.00
111_S 396_Y 1.03 0.09 0.00
67_W 350_S 1.03 0.09 0.00
86_L 412_N 1.03 0.09 0.00
130_L 356_R 1.03 0.09 0.00
139_I 162_A 1.03 0.09 0.00
153_L 324_A 1.03 0.09 0.00
79_L 69_V 1.02 0.09 0.00
136_T 15_A 1.02 0.09 0.00
110_V 295_T 1.02 0.09 0.00
110_V 354_S 1.02 0.09 0.00
28_Q 10_L 1.01 0.08 0.00
95_M 406_V 1.01 0.08 0.00
260_I 271_I 1.01 0.08 0.00
295_Q 309_L 1.01 0.08 0.00
71_K 392_S 1.01 0.08 0.00
81_A 353_I 1.01 0.08 0.00
134_F 299_S 1.00 0.08 0.00
33_P 292_G 1.00 0.08 0.00
281_A 339_R 1.00 0.08 0.00
187_N 139_C 1.00 0.08 0.00
119_D 307_Y 1.00 0.08 0.00
264_Y 124_W 1.00 0.08 0.00
185_A 219_Y 1.00 0.08 0.00
47_S 206_I 1.00 0.08 0.00
117_I 157_Y 1.00 0.08 0.00
233_Y 109_A 0.99 0.08 0.00
218_A 162_A 0.99 0.08 0.00
90_G 210_I 0.99 0.08 0.00
306_T 377_G 0.99 0.08 0.00
145_N 314_T 0.99 0.08 0.00
180_Y 364_L 0.98 0.08 0.00
182_S 309_L 0.98 0.08 0.00
300_D 135_A 0.98 0.08 0.00
251_Y 355_N 0.98 0.08 0.00
59_I 314_T 0.98 0.08 0.00
250_R 300_D 0.98 0.08 0.00
181_I 218_K 0.98 0.08 0.00
253_R 403_A 0.98 0.08 0.00
45_V 95_G 0.98 0.08 0.00
140_D 336_T 0.97 0.08 0.00
221_R 165_Y 0.97 0.08 0.00
36_T 20_F 0.97 0.08 0.00
262_V 359_N 0.97 0.08 0.00
183_F 90_I 0.97 0.08 0.00
291_G 156_N 0.97 0.08 0.00
129_G 262_C 0.97 0.08 0.00
129_G 287_C 0.97 0.08 0.00
47_S 164_E 0.97 0.08 0.00
49_A 380_T 0.97 0.08 0.00
156_S 419_P 0.97 0.08 0.00
63_G 101_L 0.96 0.08 0.00
216_K 407_P 0.96 0.08 0.00
211_T 223_I 0.96 0.08 0.00
293_S 63_I 0.96 0.08 0.00
311_V 33_K 0.96 0.07 0.00
130_L 340_A 0.96 0.07 0.00
139_I 195_K 0.96 0.07 0.00
21_A 263_V 0.95 0.07 0.00
93_I 293_S 0.95 0.07 0.00
172_A 90_I 0.95 0.07 0.00
129_G 422_Y 0.95 0.07 0.00
277_V 216_G 0.95 0.07 0.00
72_D 64_V 0.95 0.07 0.00
174_Y 211_T 0.95 0.07 0.00
253_R 8_R 0.95 0.07 0.00
310_V 309_L 0.95 0.07 0.00
291_G 269_I 0.95 0.07 0.00
46_L 361_A 0.94 0.07 0.00
90_G 262_C 0.94 0.07 0.00
90_G 287_C 0.94 0.07 0.00
225_Y 96_K 0.94 0.07 0.00
90_G 51_N 0.94 0.07 0.00
67_W 104_C 0.94 0.07 0.00
91_V 271_I 0.94 0.07 0.00
181_I 158_S 0.94 0.07 0.00
262_V 317_G 0.94 0.07 0.00
66_Q 23_Y 0.94 0.07 0.00
118_L 181_F 0.94 0.07 0.00
229_I 29_S 0.94 0.07 0.00
136_T 416_V 0.94 0.07 0.00
81_A 112_I 0.94 0.07 0.00
93_I 316_V 0.94 0.07 0.00
311_V 314_T 0.94 0.07 0.00
276_S 406_V 0.94 0.07 0.00
311_V 283_N 0.94 0.07 0.00
160_N 108_D 0.94 0.07 0.00
130_L 309_L 0.94 0.07 0.00
230_Y 168_R 0.94 0.07 0.00
311_V 251_V 0.93 0.07 0.00
85_I 253_V 0.93 0.07 0.00
156_S 417_T 0.93 0.07 0.00
171_S 349_V 0.93 0.07 0.00
93_I 69_V 0.93 0.07 0.00
315_F 423_Q 0.93 0.07 0.00
264_Y 104_C 0.93 0.07 0.00
221_R 8_R 0.92 0.07 0.00
284_M 64_V 0.92 0.07 0.00
81_A 314_T 0.92 0.07 0.00
255_E 107_N 0.92 0.07 0.00
209_V 66_K 0.92 0.07 0.00
188_V 315_Q 0.92 0.07 0.00
229_I 421_T 0.92 0.07 0.00
222_R 34_F 0.92 0.07 0.00
35_F 223_I 0.92 0.07 0.00
198_G 8_R 0.92 0.07 0.00
154_D 293_S 0.92 0.07 0.00
287_K 294_I 0.91 0.07 0.00
318_L 387_P 0.91 0.07 0.00
101_G 183_V 0.91 0.07 0.00
313_I 258_V 0.91 0.07 0.00
174_Y 101_L 0.91 0.07 0.00
188_V 342_V 0.91 0.07 0.00
310_V 88_I 0.91 0.07 0.00
306_T 408_N 0.91 0.07 0.00
37_Q 51_N 0.91 0.07 0.00
46_L 90_I 0.91 0.07 0.00
310_V 109_A 0.91 0.07 0.00
194_N 165_Y 0.90 0.07 0.00
134_F 81_Q 0.90 0.07 0.00
42_N 271_I 0.90 0.07 0.00
76_N 385_A 0.90 0.07 0.00
301_L 241_A 0.90 0.07 0.00
287_K 132_T 0.90 0.07 0.00
155_P 93_N 0.90 0.07 0.00
300_D 8_R 0.90 0.07 0.00
129_G 350_S 0.90 0.07 0.00
231_Y 37_N 0.90 0.07 0.00
276_S 38_L 0.90 0.07 0.00
67_W 51_N 0.90 0.07 0.00
329_S 5_T 0.90 0.07 0.00
22_V 295_T 0.90 0.07 0.00
122_G 65_E 0.90 0.07 0.00
64_L 138_N 0.90 0.07 0.00
258_Y 421_T 0.89 0.07 0.00
288_F 162_A 0.89 0.07 0.00
85_I 326_E 0.89 0.07 0.00
259_W 187_D 0.89 0.07 0.00
301_L 260_G 0.89 0.07 0.00
61_A 300_D 0.89 0.07 0.00
231_Y 113_E 0.89 0.07 0.00
92_G 163_G 0.89 0.07 0.00
188_V 126_R 0.89 0.07 0.00
284_M 62_G 0.89 0.07 0.00
181_I 143_A 0.89 0.07 0.00
297_M 299_S 0.89 0.07 0.00
305_N 394_Y 0.88 0.07 0.00
37_Q 262_C 0.88 0.07 0.00
37_Q 287_C 0.88 0.07 0.00
42_N 378_C 0.88 0.07 0.00
313_I 123_N 0.88 0.07 0.00
180_Y 135_A 0.88 0.07 0.00
223_I 340_A 0.88 0.07 0.00
227_P 163_G 0.88 0.07 0.00
44_F 389_G 0.88 0.07 0.00
233_Y 419_P 0.88 0.07 0.00
328_Q 175_T 0.88 0.07 0.00
66_Q 249_Y 0.88 0.07 0.00
122_G 17_M 0.88 0.07 0.00
125_Y 375_N 0.88 0.07 0.00
129_G 42_I 0.88 0.07 0.00
183_F 128_T 0.88 0.07 0.00
281_A 253_V 0.88 0.07 0.00
170_I 342_V 0.87 0.07 0.00
281_A 140_A 0.87 0.07 0.00
169_D 105_G 0.87 0.07 0.00
36_T 293_S 0.87 0.07 0.00
101_G 396_Y 0.87 0.06 0.00
215_F 286_K 0.87 0.06 0.00
215_F 237_S 0.87 0.06 0.00
213_M 73_P 0.87 0.06 0.00
34_V 96_K 0.87 0.06 0.00
63_G 169_I 0.87 0.06 0.00
93_I 342_V 0.87 0.06 0.00
154_D 191_T 0.87 0.06 0.00
310_V 165_Y 0.87 0.06 0.00
222_R 283_N 0.86 0.06 0.00
179_F 157_Y 0.86 0.06 0.00
156_S 92_P 0.86 0.06 0.00
49_A 68_A 0.86 0.06 0.00
311_V 388_S 0.86 0.06 0.00
140_D 167_L 0.86 0.06 0.00
108_A 31_N 0.86 0.06 0.00
306_T 126_R 0.86 0.06 0.00
209_V 316_V 0.86 0.06 0.00
78_S 96_K 0.86 0.06 0.00
188_V 73_P 0.86 0.06 0.00
93_I 205_S 0.86 0.06 0.00
66_Q 175_T 0.86 0.06 0.00
116_L 229_T 0.86 0.06 0.00
298_F 340_A 0.86 0.06 0.00
292_Y 420_G 0.86 0.06 0.00
159_D 50_P 0.86 0.06 0.00
113_A 247_A 0.86 0.06 0.00
45_V 77_L 0.86 0.06 0.00
42_N 390_G 0.86 0.06 0.00
180_Y 271_I 0.86 0.06 0.00
291_G 8_R 0.85 0.06 0.00
69_G 154_G 0.85 0.06 0.00
123_E 189_D 0.85 0.06 0.00
304_Y 207_P 0.85 0.06 0.00
36_T 238_N 0.85 0.06 0.00
171_S 262_C 0.85 0.06 0.00
171_S 287_C 0.85 0.06 0.00
241_T 237_S 0.85 0.06 0.00
23_T 230_P 0.85 0.06 0.00
138_R 50_P 0.85 0.06 0.00
22_V 70_P 0.85 0.06 0.00
298_F 130_G 0.85 0.06 0.00
72_D 213_G 0.85 0.06 0.00
196_Y 298_T 0.85 0.06 0.00
21_A 407_P 0.85 0.06 0.00
272_P 248_T 0.85 0.06 0.00
36_T 282_I 0.85 0.06 0.00
76_N 266_V 0.85 0.06 0.00
85_I 289_G 0.85 0.06 0.00
221_R 259_T 0.85 0.06 0.00
192_N 77_L 0.85 0.06 0.00
75_Q 226_G 0.85 0.06 0.00
112_F 254_R 0.85 0.06 0.00
185_A 34_F 0.84 0.06 0.00
125_Y 214_G 0.84 0.06 0.00
76_N 49_Q 0.84 0.06 0.00
306_T 384_Q 0.84 0.06 0.00
138_R 108_D 0.84 0.06 0.00
288_F 31_N 0.84 0.06 0.00
291_G 37_N 0.84 0.06 0.00
65_T 271_I 0.84 0.06 0.00
83_F 122_F 0.84 0.06 0.00
304_Y 119_A 0.84 0.06 0.00
112_F 335_A 0.84 0.06 0.00
35_F 135_A 0.84 0.06 0.00
166_N 142_E 0.84 0.06 0.00
154_D 250_N 0.84 0.06 0.00
93_I 277_T 0.84 0.06 0.00
308_T 108_D 0.84 0.06 0.00
301_L 78_K 0.84 0.06 0.00
291_G 192_N 0.84 0.06 0.00
296_V 283_N 0.83 0.06 0.00
310_V 138_N 0.83 0.06 0.00
186_N 142_E 0.83 0.06 0.00
306_T 245_T 0.83 0.06 0.00
91_V 138_N 0.83 0.06 0.00
97_N 306_D 0.83 0.06 0.00
85_I 31_N 0.83 0.06 0.00
178_N 319_I 0.83 0.06 0.00
252_N 142_E 0.83 0.06 0.00
283_F 237_S 0.83 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
9425 0.13 sprB F Δgene:(1, 20) A:(1E-02, 8) B:(1E-02, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
9424 0.13 sprB F Δgene:(1, 10) A:(1E-06, 8) B:(1E-06, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
9423 0.09 sprB F Δgene:(1, 5) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
9422 0.12 sprB F Δgene:(1, 5) A:(1E-06, 8) B:(1E-06, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
9421 0.12 sprB F Δgene:(1, 5) A:(1E-20, 8) B:(1E-06, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
9352 0.05 sprB F Δgene:(1, 5) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) Killed - Shared
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